Kistik fibrozisli hastalardan izole edilen pseudomonas aeruginosa suşlarında plazmid aracılı kinolon direncinin araştırılması

BOZDOĞAN, Bülent; Yildirim, Tuba; erturan, zayre; Coban, Ahmet Yilmaz; TANRIVERDİ ÇAYCI, Yeliz; DURUPINAR, Belma

Kistik fibrozisli hastalardan izole edilen pseudomonas aeruginosa suşlarında plazmid aracılı kinolon direncinin araştırılması

Ahmet Yılmaz ÇOBAN, (Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Samsun, Türkiye)

Yeliz TANRIVERDİ ÇAYCI, (Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Samsun, Türkiye)

Tuba YILDIRIM, (Amasya Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi, Biyoloji Bölümü, Amasya, Türkiye)

Zayre ERTURAN, (İstanbul Üniversitesi İstanbul Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye)

Belma DURUPINAR, (Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Samsun, Türkiye)

Bülent BOZDOĞAN (Adnan Menderes Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Aydın, Türkiye)

Mikrobiyoloji Bülteni

0 0

Yıl: 2011 Cilt: 45 Sayı: 4 Sayfa Aralığı: 602 - 608 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Kistik fibrozisli hastalardan izole edilen pseudomonas aeruginosa suşlarında plazmid aracılı kinolon direncinin araştırılması

Öz:

Pseudomonas aeruginosa doğada yaygın olarak bulunan ve ciddi nozokomiyal enfeksiyonlara neden olan bir bakteridir. Birçok antibakteriyel ajana karşı intrensek dirence sahip olması nedeniyle P.aeruginosa ile oluşan enfeksiyonların tedavisinde zorluklar yaşanmaktadır. Kinolonlar, özellikle siprofloksasin, tedavide kullanılan önemli ajanlardandır. Ancak kinolonlara da direnç gelişmesi önemli bir sorundur. Kinolonlara direnç sıklıkla kromozomal mutasyon ve dışa-atım pompaları aracılığıyla olmaktadır. Son yıllarda Enterobacteriaceae ailesi üyelerinde plazmid aracılı kinolon direnci de saptanmış; bu dirence neden olan gen ailesi qnr olarak adlandırılmıştır. Ayrıca yine plazmid ile aktarılan ve aminoglikozid direnci ile birlikte kinolon direncine de neden olan aac(6’)-Ib-cr gen bölgesi de Enterobacteriaceae ailesine ait bakteriyel izolatlarda tespit edilmiştir. Yapılan sınırlı sayıdaki çalışmada, P.aeruginosa izolatlarında qnr gen bölgesinin varlığı ve aac(6’)-Ib-cr gen bölgesi henüz gösterilememiştir. Bu çalışmada, kistik fibrozisli olgulardan izole edilen P.aeruginosa suşlarında plazmid aracılı florokinolon direncinin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya, hastaların solunum yolu örneklerinden izole edilen 110 P.aeruginosa suşu dahil edilmiş ve izolatların siprofloksasin duyarlılıkları CLSI önerileri doğrultusunda Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemiyle çalışılmıştır. Suşlarda qnrA, qnrB, qnrC, qnrS ve aac(6’)-Ib-cr gen bölgelerinin varlığı, bu bölgeler için özgül primer çiftleri kullanılarak multipleks polimeraz zincir reaksiyonu yöntemiyle araştırılmıştır. Çalışmada pozitif kontrol olarak Escherichia coli J53 pMG252 (qnrA1 pozitif), E.coli J53 pMG252 (qnrS1 pozitif), E.coli J53 pMG258 (qnrB1 ve aac(6’)-Ib-cr pozitif), Klebsiella pneumoniae ref.15 (qnrB pozitif), Enterobacter cloacae ref.287 (qnrS pozitif), E.coli ref.20 (qnrA pozitif) ve pHS11 plazmidinin (qnrC pozitif) konjugasyon yoluyla aktarıldığı E.coli DH10 suşu kullanılmıştır. P.aeruginosa klinik izolatlarının 13’ü siprofloksasine dirençli, yedisi orta duyarlı ve 90’ı duyarlı olarak bulunmuştur. Çalışma sonucunda test edilen toplam 110 P.aeruginosa izolatında hem qnr gen bölgesi hem de aac(6’)-Ib-cr gen bölgesi tespit edilememiştir. Bununla birlikte bu bulgunun daha çok klinik izolat içeren araştırmalarla desteklenmesi P.aeruginosa izolatlarında kinolon direncinin belirlenmesi ve önlenmesinde önemli olacaktır.

Anahtar Kelime:

Konular: Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji

Investigation of plasmid-mediated quinolone resistance in pseudomonas aeruginosa strains isolated from cystic fibrosis patients

Öz:

Pseudomonas aeruginosa which is widely found in the environment, may lead to serious nosocomial infections. Due to its intrinsic resistance to many antibacterial agents, treatment of P.aeruginosa infections usually present difficulty. Quinolones, especially ciprofloxacin, are crutial antibiotics for the treatment of P.aeruginosa infections. However resistance developing to quinolones may become an important problem. Resistance to quinolones is often a result of chromosomal mutations and by the effect of efflux pumps. Recently plasmid-mediated quinolone resistance have been reportedin the members of Enterobacteriaceae family. The gene responsible for this resistance is called qnr. In addition to qnr genes there is also another gene called aac(6’)-Ib-cr responsible for plasmid-mediated quinolone resistance and aminoglycoside resistance. Limited studies which to screen P.aeruginosa strains for the presence of qnr gene region, revealed no positivity. The aim of this study was to investigate the plasmid-mediated quinolone resistance in P.aeruginosa strains isolated from cystic fibrosis patients. A total of 110 P.aeruginosa strains isolated from respiratory tract specimens from the patients were included in the study. Ciprofloxacin susceptibilities of the isolates were detected by Kirby-Bauer disk diffusion method according to CLSI guidelines. The presence of qnrA, qnrB, qnrC, qnrS and aac(6’)-Ib-cr genes were searched by multiplex polymerase chain reaction (PCR) with the use of specific individual primer pairs. As positive control strains, Escherichia coli J53 pMG252 (qnrA1 positive), E.coli J53 pMG252 (qnrS1 positive), E.coli J53 pMG258 (qnrB1 and aac(6’)-Ib-cr positive), Klebsiella pneumoniae ref.15 (qnrB positive), Enterobacter cloacae ref.287 (qnrS positive), E.coli ref.20 (qnrA positive) and E.coli DH10 conjugated with pHS11 plasmid (qnrC positive) were used. Of 110 P.aeruginosa clinical isolates, 13 were found resistant to ciprofloxacin, while 7 were intermediate. However multiplex PCR yielded no positivity in terms of qnrA, qnrB, qnrC, qnrS and aac(6’)-Ib-cr gene regions. In conclusion, although our results indicated that none of the tested P.aeruginosa strains harboured those genes, further multicenter studies with large numbers of isolates are needed to confirm these results.

Anahtar Kelime:

Konular: Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Bibliyografik

1. Erdem B. Pseudomonas’lar, s: 551-8. Mutlu G, İmir T, Cengiz AT, Ustaçelebi Ş (ed), Temel ve Klinik Mikrobiyoloji. 1999, 1. Baskı. Güneş Kitabevi, Ankara.
2. Lambert PA. Mechanisms of antibiotic resistance in Pseudomonas aeruginosa. J R Soc Med 2002; 95(41): 22-6.
3. Livermore DM, Winstanley TG, Shannon KP. Interpretative reading: recognizing the unusual and inferring resistance mechanism from resistance phenotypes. J Antimicrob Chemother 2001; 1(48): 87-102.
4. Nazik H, Ongen B. Türkiye’de plazmit aracılı kinolon direnci. Ankem Derg 2010; 24(1): 46-54.
5. Clinical and Laboratory Standards Institute. Performance standards for antimicrobial disk susceptibility tests. Approved Standard M2-A9. 2006, 9th ed. CLSI, Wayne, PA.
6. Kim HB, Park CH, Kim CJ, Kim EC, Jacoby GA, Hooper DC. Prevalence of plasmid-mediated quinolone resistance determinants over a 9-year period. Antimicrob Agents Chemother 2009; 53(2): 639-45.
7. Cattoir V, Poirel L, Rotimi V, Soussy J, Nordmann P. Multiplex PCR for detection of plasmid- mediated quinolone resistance qnr genes in ESBL-producing enterobacterial isolates. J Antimicrob Chemother 2007; 60(2): 394-7.
8. Hooper DC, Strahilevitz J. Quinolones, pp: 487-510. In: Mandell GL, Bennett JE, Dolin R (eds), Mandell, Douglas and Bennett’s Principles and Practice of Infectious Diseases. 2010, 7th ed. Elsevier Chirchill Livingstone, Philadelphia.
9. Robicsek A, Jacoby GA, Hooper DC. The woldwide emergence of plasmid-mediated quinolone resistance. Lancet Infect Dis 2006; 6(10): 629-40.
10. Ruiz J. Mechanisms of resistance to quinolones target alterations, decreased accumulation and DNA gyrase protection. J Antimicrob Chemother 2003; 51(5): 1109-17.
11. Işık Y. Pseudomonas aeruginosa kökenlerinde kinolon direncinin moleküler olarak saptanması. Yüksek Lisans Tezi, 2008. Gazi Üniversitesi, Ankara.
12. Jacoby G, Cattoir V, Hooper D, et al. Qnr gene nomenclature. Antimicrob Agents Chemother 2008; 52(7): 2297-9.
13. Nordmann P, Poirel L. Emergence of plasmid-mediated resistance to quinolones in Enterobacteriaceae. J Antimicrob Chemother 2005; 56(3): 463-9.
14. Yamane K, Wachino J, Suzuki S, et al. New plasmid-mediated fluoroquinolone efflux pump, qepA found in an Escherichia coli clinical isolate. Antimicrob Agents Chemother 2007; 51(4): 3354-60.
15. Jonas D, Biehler K, Hartung D, Spitzmüller B, Daschner FD. Plasmid-mediated quinolone resistance in isolates obtained in German intensive care units. Antimicrob Agents Chemother 2005; 49(2): 773-5.
16. Wu JJ, Ko WC, Wu HM, Yan JJ. Prevalence of qnr determinants among bloodstream isolates of Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae in Taiwanese hospital, 1999-2005. J Antimicrob Chemother 2008; 61(6): 1234-9.
17. Iabedene H, Messai Y, Ammari H, et al. Dissemination of ESBL and qnr determinants in Enterobacter cloacae in Algeria. J Antimicrob Chemother 2008; 62(1): 133-6.
18. Park YJ, Yu JK, Kim SY, Lee S, Jeong SH. Prevalence and characteristics of qnr determinants and aac(6’)-Ibcr among ciprofloxacin-susceptible isolates of Klebsiella pneumoniae in Korea. J Antimicrob Chemother 2010; 65(9): 2041-3.
19. Nazik H, Ongen B, Kuvat N. Investigation of plasmid-mediated quinolone resistance among isolates obtained in a Turkish intensive care unit. Jpn J Infect Dis 2008; 61(4): 310-2.
20. Shin JH, Jeong HS, Jung HJ, et al. Prevalence of plasmid-mediated quinolone resistance and its association with extended-spectrum lactamases in clinical isolates in Korea. 19th ECCMID Congress, 16-19 May 2009, Helsinki, Finland. Abstracts book, Abstract no. P1478.
21. Jacoby GA, Chow N, Waites KB. Prevalence of plasmid-mediated quinolone resistance. Antimicrob Agents Chemother 2003; 47(2): 559-62.
22. Martinez-Martinez L, Pascual A, Jacoby GA. Quinolone resistance from a transferable plasmid. Lancet 1998; 352(9105): 797-9.
23. Robicsek A, Strahilevitz J, Sahm FD, Jacoby GA, Hooper DC. Qnr prevalence in ceftazidime- resistant Enterobacteriaceae isolates from the United States. Antimicrob Agents Chemother 2006; 50(8): 2872-4.
24. Park CH, Robicsek A, Jacoby GA, Sahm D, Hooper DC. Prevalence in the United States of aac(6’)-Ib-cr encoding a ciprofloxacin-modifying enzyme. Antimicrob Agents Chemother 2006; 50(11): 3953-5.

APA	Coban A, TANRIVERDİ ÇAYCI Y, Yildirim T, erturan z, DURUPINAR B, BOZDOĞAN B (2011). Kistik fibrozisli hastalardan izole edilen pseudomonas aeruginosa suşlarında plazmid aracılı kinolon direncinin araştırılması. , 602 - 608.
Chicago	Coban Ahmet Yilmaz,TANRIVERDİ ÇAYCI Yeliz,Yildirim Tuba,erturan zayre,DURUPINAR Belma,BOZDOĞAN Bülent Kistik fibrozisli hastalardan izole edilen pseudomonas aeruginosa suşlarında plazmid aracılı kinolon direncinin araştırılması. (2011): 602 - 608.
MLA	Coban Ahmet Yilmaz,TANRIVERDİ ÇAYCI Yeliz,Yildirim Tuba,erturan zayre,DURUPINAR Belma,BOZDOĞAN Bülent Kistik fibrozisli hastalardan izole edilen pseudomonas aeruginosa suşlarında plazmid aracılı kinolon direncinin araştırılması. , 2011, ss.602 - 608.
AMA	Coban A,TANRIVERDİ ÇAYCI Y,Yildirim T,erturan z,DURUPINAR B,BOZDOĞAN B Kistik fibrozisli hastalardan izole edilen pseudomonas aeruginosa suşlarında plazmid aracılı kinolon direncinin araştırılması. . 2011; 602 - 608.
Vancouver	Coban A,TANRIVERDİ ÇAYCI Y,Yildirim T,erturan z,DURUPINAR B,BOZDOĞAN B Kistik fibrozisli hastalardan izole edilen pseudomonas aeruginosa suşlarında plazmid aracılı kinolon direncinin araştırılması. . 2011; 602 - 608.
IEEE	Coban A,TANRIVERDİ ÇAYCI Y,Yildirim T,erturan z,DURUPINAR B,BOZDOĞAN B "Kistik fibrozisli hastalardan izole edilen pseudomonas aeruginosa suşlarında plazmid aracılı kinolon direncinin araştırılması." , ss.602 - 608, 2011.
ISNAD	Coban, Ahmet Yilmaz vd. "Kistik fibrozisli hastalardan izole edilen pseudomonas aeruginosa suşlarında plazmid aracılı kinolon direncinin araştırılması". (2011), 602-608.

APA	Coban A, TANRIVERDİ ÇAYCI Y, Yildirim T, erturan z, DURUPINAR B, BOZDOĞAN B (2011). Kistik fibrozisli hastalardan izole edilen pseudomonas aeruginosa suşlarında plazmid aracılı kinolon direncinin araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni, 45(4), 602 - 608.
Chicago	Coban Ahmet Yilmaz,TANRIVERDİ ÇAYCI Yeliz,Yildirim Tuba,erturan zayre,DURUPINAR Belma,BOZDOĞAN Bülent Kistik fibrozisli hastalardan izole edilen pseudomonas aeruginosa suşlarında plazmid aracılı kinolon direncinin araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni 45, no.4 (2011): 602 - 608.
MLA	Coban Ahmet Yilmaz,TANRIVERDİ ÇAYCI Yeliz,Yildirim Tuba,erturan zayre,DURUPINAR Belma,BOZDOĞAN Bülent Kistik fibrozisli hastalardan izole edilen pseudomonas aeruginosa suşlarında plazmid aracılı kinolon direncinin araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.45, no.4, 2011, ss.602 - 608.
AMA	Coban A,TANRIVERDİ ÇAYCI Y,Yildirim T,erturan z,DURUPINAR B,BOZDOĞAN B Kistik fibrozisli hastalardan izole edilen pseudomonas aeruginosa suşlarında plazmid aracılı kinolon direncinin araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni. 2011; 45(4): 602 - 608.
Vancouver	Coban A,TANRIVERDİ ÇAYCI Y,Yildirim T,erturan z,DURUPINAR B,BOZDOĞAN B Kistik fibrozisli hastalardan izole edilen pseudomonas aeruginosa suşlarında plazmid aracılı kinolon direncinin araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni. 2011; 45(4): 602 - 608.
IEEE	Coban A,TANRIVERDİ ÇAYCI Y,Yildirim T,erturan z,DURUPINAR B,BOZDOĞAN B "Kistik fibrozisli hastalardan izole edilen pseudomonas aeruginosa suşlarında plazmid aracılı kinolon direncinin araştırılması." Mikrobiyoloji Bülteni, 45, ss.602 - 608, 2011.
ISNAD	Coban, Ahmet Yilmaz vd. "Kistik fibrozisli hastalardan izole edilen pseudomonas aeruginosa suşlarında plazmid aracılı kinolon direncinin araştırılması". Mikrobiyoloji Bülteni 45/4 (2011), 602-608.