Acinetobacter baumannii izolatlarında blaOXA genlerinin dağılımı: Çok merkezli bir çalışma

Yıl: 2013 Cilt: 47 Sayı: 4 Sayfa Aralığı: 592 - 602 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Acinetobacter baumannii izolatlarında blaOXA genlerinin dağılımı: Çok merkezli bir çalışma

Öz:
Acinetobacter cinsi içerisinde hastane enfeksiyonlarının en önemli etkeni Acinetobacter baumannii’dir. Bu gram-negatif kokobasil, antimikrobiyal tedavide kullanılan çoğu antibiyotiğe dirençli olup aynı zamanda karbapenemlere de direnç geliştirme kapasitesindedir. Bu çalışmanın amacı, A.baumannii’nin OXA alt grupları için multipleks gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (qPCR) kiti tasarlamak ve Türkiye'nin farklı bölgelerinden toplanan A.baumannii izolatlarında OXA alt gruplarının dağılımını araştırmaktır. Çalışmaya, çeşitli illerdeki (Afyonkarahisar, Ankara, Bolu, Elazığ, Erzurum, Isparta, İstanbul, Kahramanmaraş, Konya, Sakarya, Van) 13 üniversite ve devlet hastanesinin mikrobiyoloji laboratuvarlarında, 2008-2011 tarihleri arasında izole edilen toplam 834 A.baumannii klinik izolatı dahil edilmiştir. İzolatlar, konvansiyonel yöntemler ve otomatize sistemler [Vitek2 (bioMerieux, ABD) ve Phoenix (BD Diagnostic, MD)] kullanıla- rak tanımlanmış; duyarlılık testleri otomatize sistemler ve disk difüzyon yöntemiyle yapılmıştır. Tüm örnek- lere blaOXA-51-like, blaOXA-23-like ve blaOXA-58-like genleri için qPCR uygulanmış; ayrıca, blaOXA-24-like geni araştırılmasında konvansiyonel PCR yöntemi kullanılmıştır. Çalışmamızda saptanan antibiyotik direnç oranları; amoksisilin-klavulanat için %96.8, siprofloksasin için %86.8, gentamisin için %74.7, amikasin için %71.7, sefaperazon-sulbaktam için %73.5, imipenem için %72.1 ve meropenem için %73 olarak izlenmiştir. Altı yüz iki (%72.2) izolat hem imipenem hem de meropeneme dirençli bulunmuştur. A.baumannii izolatları için en etkili antibiyotiğin, %100 duyarlılık oranı ile kolistin olduğu görülmüştür. İzolatların tümünde bla-geni pozitif bulunmuş; ancak blaOXA-24-like geni hiçbir izolatta gösterilememiştir. Toplam blaOXA-23- OXA-51-like ve blaOXA-58-like gen pozitiflikleri sırasıyla %53.7 ve %12.5 olarak saptanmıştır. Karbapeneme dirençli izolike latların blaOXA-23-like ve blaOXA-58-like gen pozitiflikleri ise sırasıyla %74.4 ve %17.3 olarak tespit edilmiştir. Yir- mi beş izolat hem blaOXA-23-like hem de blaOXA-58-like gen pozitifliği göstermiştir. blaOXA-24-like hariç, karbapeneme dirençli izolatların tamamında OXA tipi genler saptanmıştır. Çalışmaya katılan merkezlerin blaOXA-23- ve blaOXA-58-like gen pozitiflik oranları farklı bulunmuştur. Ek olarak, çalışma sürecinde blaOXA-58-like gen like pozitifliği azalırken, blaOXA-23-like gen pozitifliği ile birlikte karbapenem direncinin arttığı belirlenmiştir. So- nuç olarak, karbapenemler dahil antimikrobiyal tedavide kullanılan çoğu antibiyotiğe yüksek direnç gös- teren A.baumannii izolatlarının kolistine duyarlılığı devam etmektedir. Hem blaOXA-23-like hem de blaOXA-58- genleri karbapeneme dirençli A.baumannii klinik izolatlarında oldukça yaygın olmakla birlikte, yıllar için- like deki blaOXA-23-like pozitif izolatların artışı dikkat çekicidir. Günümüzde, hastane kaynaklı enfeksiyonların ön- lenmesi için dirençli bakterilerin hızlı tanısında, multipleks qPCR en uygun yöntemdir. Bu çalışmada geliştirilen multipleks qPCR kiti karbapeneme dirençli A.baumannii klinik izolatlarında blaOXA-23-like, blaOXA-58-like ve blaOXA-51-like genlerinin hızlı tanısı ve sıklığının ortaya konmasında yararlı olabilir.
Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji

Distribution of blaOXA genes in Acinetobacter baumannii strains: A multicenter study

Öz:
Acinetobacter baumannii is the most important agent of nosocomial infections within the Acinetobac- ter genus. This gram-negative coccobacillus is intrinsically resistant to many antibiotics used in antimic- robial therapy, and capable of developing resistance including carbapenems. The objective of this study was to develop a multiplex real time polymerase chain reaction (qPCR) kit for OXA subgroups in A.ba- umannii, and to investigate the distribution of OXA subgroups in A.baumannii strains isolated from ge- ographically different regions of Turkey. A total of 834 A.baumannii clinical isolates collected from diffe- rent state and university medical centers in 13 provinces (Afyonkarahisar, Ankara, Bolu, Elazig, Erzurum, Isparta, Istanbul, Kahramanmaras, Konya, Sakarya, Van) between 2008-2011, were included in the study. The isolates were identified by conventional methods and automated systems [Vitek2 (bioMeri- eux, ABD) and Phoenix (BD Diagnostic, MD)]. The susceptibility profiles of the isolates were studied with automated systems and standard disc diffusion method. All samples were subjected to qPCR to detect blaOXA-51-like, blaOXA-23-like and blaOXA-58-like genes. A conventional PCR method was also used to detect bla- gene. The resistance rates observed during the study period were as follows: 96.8% for amo- OXA-24-like xicillin-clavulanate, 86.8% for ciprofloxacin, 74.7% for gentamicin, 71.7% for amikacin, 73.5% for ce- faperozone-sulbactam, 72.1% for imipenem and 73% for meropenem. Six hundred and two (72.2 %) isolates were resistant to both imipenem and meropenem. Colistin was found to be the most effective antibiotic against A.baumannii isolates with 100% susceptibility rate. All isolates were positive for blaOXA- gene, however blaOXA-24-like gene could not be demonstrated in any isolate. Total positivity rates of 51-like blaOXA-23-like and blaOXA-58-like genes were found as 53.7% and 12.5%, respectively, while these rates we- re 74.4% and 17.3% in carbapenem-resistant isolates, respectively. Twenty-five isolates were positive for both blaOXA-23-like and blaOXA-58-like genes. All of the carbapenem-resistant isolates have OXA type genes with the exception of blaOXA-24-like gene. The positivity rates for blaOXA-23-like and blaOXA-58-like genes vari- ed for each center. In addition, there was a decrease in the frequency of blaOXA-58-like gene, however both blaOXA-23-like gene and carbapenem resistance rates increased during the study period. In conclusion, high rates of resistance to carbapenems were also remarkable but A.baumannii strains keep on sensiti- vity to colistin. Both blaOXA-23-like and blaOXA-58-like genes were shown to be widespread in carbapenem- resistant A.baumannii clinical isolates. However, blaOXA-23-like gene positive strains were increased throug- hout the study. Currently, multiplex qPCR is the best way for rapid diagnosis of resistant bacteria for pre- vention of hospital-acquired infections. The multiplex qPCR kit developed in this study could be useful for rapid diagnosis and identify the frequencies of blaOXA-23-like, blaOXA-51-like and blaOXA-58-like genes in car- bapenem-resistant A.baumannii clinical isolates.
Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji
Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Bibliyografik
  • 1. Coelho J, Woodford N, Turton J, Livermore DM. Multiresistant Acinetobacter in the UK: how big a threat? J Hosp Infect 2004; 58(3): 167-9.
  • 2. Çetin ES, Tetik T, Kaya S, Arıdoğan BC. Polimiksin B’nin imipeneme dirençli Acinetobacter baumannii suşla- rına karşı in-vitro aktivitesi. ANKEM 2011; 25(2): 94-8.
  • 3. Çiftci İH, Aşık G. Acinetobacter baumannii’nin antibiyotik direnç mekanizmaları. ANKEM 2011; 25(3): 196- 207.
  • 4. Ko KS, Suh JY, Kwon KT, et al. High rates of resis-tance to colistin and polymyxin B in subgroups of Acine- tobacter baumannii isolates from Korea. J Antimicrob Chemother 2007; 60(5): 1163-7.
  • 5. Coelho J, Woodford N, Afzal-Shah M, Livermore D. Occurrence of OXA-58-like carbapenemases in Acineto- bacter spp. collected over 10 years in three continents. Antimicrob Agent Chemother 2006; 50(2): 756-8.
  • 6. Towner JK. Molecular basis of antibiotic resistance in Acinetobacter spp. pp: 321-43. In: Gerischer U (ed), Acinetobacter Molecular Biology. 2008, Caister Academic Press, UK.
  • 7. Nadkarni MA, Martin FE, Jacques NA, Hunter N. Determination of bacterial load by real-time PCR using a broad-range (universal) probe and primers set. Microbiology 2002; 148(1): 257-66.
  • 8. Renwick L, Holmes A, Templeton K. Multiplex real-time PCR assay for the detection of methicillin-resistant Staphylococcus aureus and Panton-Valentine leukocidin from clinical samples. Methods Mol Biol 2013; 943(2):105-13.
  • 9. Cantarelli V, Cavalcante B, Pilger DA, et al. Rapid detection of Van genes in rectal swabs by real time PCR in Southern Brazil. Rev Soc Bras Med Trop 2011; 44(5): 631-2.
  • 10. Clinical and Laboratory Standards Institute. Performance standards for antimicrobial susceptibility testing. Twenty-first Informational Supplement. CLSI Document M100-S21, 2011. CLSI, Wayne, PA.
  • 11. Woodford N, Ellington MJ, Coelho JM, et al. Multiplex PCR for genes encoding prevalent OXA carbapene- mases in Acinetobacter spp. Int J Antimicrob Agents 2006; 27(4): 351-3.
  • 12. Kuşçu F, Öztürk DB, Tütüncü EE ve ark. Çoğul antibiyotik dirençli Acinetobacter baumannii izolatlarında ti- gesiklin duyarlılık oranlarının E-test yöntemiyle araştırılması. Klimik Derg 2009; 22(2): 48-51.
  • 13. Ruiz J, Nunez ML, Perez J, Simarro E, Martinez- Campos L, Gomez J. Evolution of resistance among clinical isolates of Acinetobacter over a 6-year period. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 1999; 18(4): 292-5.
  • 14. Balcı M, Bitigen M, Kandemir B, Türk Arıbaş E, Erayman I. Nozokomiyal Acinetobacter baumannii suşlarının antibiyotik duyarlılığı. Ankem 2010; 24(1): 28-33.
  • 15. Ergin A, Hascelik G, Eser OK. Molecular characterization of oxacillinases and genotyping of invasive Acine- tobacter baumannii isolates using repetitive extragenic palindromic sequence-based polymerase chain reaction in Ankara between 2004 and 2010. Scand J Infect Dis 2013; 45(1): 26-31.
  • 16. Cicek AC, Saral A, Iraz M, et al. OXA- and GES-type β-lactamases predominate in extensively drug-resistant Acinetobacter baumannii isolates from a Turkish University Hospital. Clin Microbiol Infect 2013 July 19. doi: 10.1111/1469-0691.12338 [Epub ahead of print]
  • 17. Papa A, Koulourida V, Souliou E. Molecular epidemiology of carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii in a newly established Greek hospital. Microb Drug Resist 2009; 15(4): 257-60.
  • 18. Villegas MV, Kattan JN, Correa A, et al. Dissemination of Acinetobacter baumannii clones with OXA-23 car- bapenemase in Colombian hospitals. Antimicrob Agent Chemother 2007; 51(6): 2001-4.
  • 19. Wang H, Guo P, Sun H, et al. Molecular epidemiology of clinical isolates of carbapenem-resistant Acineto- bacter spp. from Chinese hospitals. Antimicrob Agent Chemother 2007; 51(11): 4022-8.
  • 20. Park KO, Son HC, Bae IK, Jeong SH. Molecular epidemiology of infection caused by OXA-23 or IMP-1 be- ta-lactamase-producing Acinetobacter baumannii. Korean J Clin Microbiol 2005; 8(2): 121-9.
  • 21. Yang SC, Chang WJ, Chang YH, et al. Prevalence of antibiotics resistance and OXA carbapenemases genes in multidrug-resistant Acinetobacter baumannii isolates in central Taiwan. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2010; 29(5): 601-4.
  • 22. Marque S, Poirel L, Heritier C, et al. Regional occurrence of plasmid-mediated carbapenem-hydrolyzing oxacillinase OXA-58 in Acinetobacter spp. in Europe. J Clin Microbiol 2005; 43(9): 4885-8.
  • 23. Vahaboğlu H, Budak F, Kasap M, et al. High prevalence of OXA-51 type class D β-lactamases among cefta- zidime-resistant clinical isolates of Acinetobacter spp.: co-existence with OXA-58 in multiple centers. J Anti- microb Chemother 2006; 58(3): 537-42.
  • 24. Feizabadi MM, Fathollahzadeh B, Taherikalani M, et al. Antimicrobial susceptibility patterns and distributi- on of blaOXA genes among Acinetobacter spp. isolated from patients at Tehran hospitals. Jpn J Infect Dis 2008; 61(4): 274-8.
  • 25. Towner KJ, Levi K, Vlassiadi M; ARPAC Steering Group. Genetic diversity of carbapenem-resistant isolates of Acinetobacter baumannii in Europe. Clin Microbiol Infect 2008; 14(2):161-7.
  • 26. Lee K, Kim MN, Choi TY, et al; KONSAR Group. Wide dissemination of OXA-type carbapenemases in clinical Acinetobacter spp. isolates from South Korea. Int J Antimicrob Agents 2009; 33(6):520-4.
  • 27. Mendes RE, Bell JM, Turnidge JD, Castanheira M, Ronald N, Jones RN. Emergence and widespread dissemi- nation of OXA-23, -24/40 and -58 carbapenemases among Acinetobacter spp. in Asia-Pacific nations: report from the SENTRY Surveillance Program. J Antimicrob Chemother 2009; 63(1): 55-9.
  • 28. Morovat T, Bahram F, Mohammad E, Setareh S, Feizabadi MM. Distribution of different carbapenem resis- tant clones of Acinetobacter baumannii in Tehran Hospitals. New Microbiol 2009; 32(3): 265-71.
  • 29. Nowak P, Paluchowska P, Budak A. Distribution of blaOXA genes among carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii nosocomial strains in Poland. New Microbiol 2012; 35(3): 317-25.
APA ÇİFTCİ İ, AŞIK G, KARAKEÇE E, ÖKSÜZ L, YAĞCI S, SESLİ ÇETİN E, OZDEMIR M, ATASOY A, KOÇOĞLU E, GÜL M, KURTOĞLU M, KÖKSAL ÇAKIRLAR F, SEYREK A, BERKTAŞ M, GÜLTEPE B, AYYILDIZ A (2013). Acinetobacter baumannii izolatlarında blaOXA genlerinin dağılımı: Çok merkezli bir çalışma. , 592 - 602.
Chicago ÇİFTCİ İHSAN HAKKI,AŞIK Gülşah,KARAKEÇE Engin,ÖKSÜZ LÜTFİYE,YAĞCI Server,SESLİ ÇETİN EMEL,OZDEMIR MEHMET,ATASOY Ali Rıza,KOÇOĞLU Esra,GÜL MUSTAFA,KURTOĞLU Muhammet Güzel,KÖKSAL ÇAKIRLAR FATMA,SEYREK Adnan,BERKTAŞ Mustafa,GÜLTEPE Bilge,AYYILDIZ Ahmet Acinetobacter baumannii izolatlarında blaOXA genlerinin dağılımı: Çok merkezli bir çalışma. (2013): 592 - 602.
MLA ÇİFTCİ İHSAN HAKKI,AŞIK Gülşah,KARAKEÇE Engin,ÖKSÜZ LÜTFİYE,YAĞCI Server,SESLİ ÇETİN EMEL,OZDEMIR MEHMET,ATASOY Ali Rıza,KOÇOĞLU Esra,GÜL MUSTAFA,KURTOĞLU Muhammet Güzel,KÖKSAL ÇAKIRLAR FATMA,SEYREK Adnan,BERKTAŞ Mustafa,GÜLTEPE Bilge,AYYILDIZ Ahmet Acinetobacter baumannii izolatlarında blaOXA genlerinin dağılımı: Çok merkezli bir çalışma. , 2013, ss.592 - 602.
AMA ÇİFTCİ İ,AŞIK G,KARAKEÇE E,ÖKSÜZ L,YAĞCI S,SESLİ ÇETİN E,OZDEMIR M,ATASOY A,KOÇOĞLU E,GÜL M,KURTOĞLU M,KÖKSAL ÇAKIRLAR F,SEYREK A,BERKTAŞ M,GÜLTEPE B,AYYILDIZ A Acinetobacter baumannii izolatlarında blaOXA genlerinin dağılımı: Çok merkezli bir çalışma. . 2013; 592 - 602.
Vancouver ÇİFTCİ İ,AŞIK G,KARAKEÇE E,ÖKSÜZ L,YAĞCI S,SESLİ ÇETİN E,OZDEMIR M,ATASOY A,KOÇOĞLU E,GÜL M,KURTOĞLU M,KÖKSAL ÇAKIRLAR F,SEYREK A,BERKTAŞ M,GÜLTEPE B,AYYILDIZ A Acinetobacter baumannii izolatlarında blaOXA genlerinin dağılımı: Çok merkezli bir çalışma. . 2013; 592 - 602.
IEEE ÇİFTCİ İ,AŞIK G,KARAKEÇE E,ÖKSÜZ L,YAĞCI S,SESLİ ÇETİN E,OZDEMIR M,ATASOY A,KOÇOĞLU E,GÜL M,KURTOĞLU M,KÖKSAL ÇAKIRLAR F,SEYREK A,BERKTAŞ M,GÜLTEPE B,AYYILDIZ A "Acinetobacter baumannii izolatlarında blaOXA genlerinin dağılımı: Çok merkezli bir çalışma." , ss.592 - 602, 2013.
ISNAD ÇİFTCİ, İHSAN HAKKI vd. "Acinetobacter baumannii izolatlarında blaOXA genlerinin dağılımı: Çok merkezli bir çalışma". (2013), 592-602.
APA ÇİFTCİ İ, AŞIK G, KARAKEÇE E, ÖKSÜZ L, YAĞCI S, SESLİ ÇETİN E, OZDEMIR M, ATASOY A, KOÇOĞLU E, GÜL M, KURTOĞLU M, KÖKSAL ÇAKIRLAR F, SEYREK A, BERKTAŞ M, GÜLTEPE B, AYYILDIZ A (2013). Acinetobacter baumannii izolatlarında blaOXA genlerinin dağılımı: Çok merkezli bir çalışma. Mikrobiyoloji Bülteni, 47(4), 592 - 602.
Chicago ÇİFTCİ İHSAN HAKKI,AŞIK Gülşah,KARAKEÇE Engin,ÖKSÜZ LÜTFİYE,YAĞCI Server,SESLİ ÇETİN EMEL,OZDEMIR MEHMET,ATASOY Ali Rıza,KOÇOĞLU Esra,GÜL MUSTAFA,KURTOĞLU Muhammet Güzel,KÖKSAL ÇAKIRLAR FATMA,SEYREK Adnan,BERKTAŞ Mustafa,GÜLTEPE Bilge,AYYILDIZ Ahmet Acinetobacter baumannii izolatlarında blaOXA genlerinin dağılımı: Çok merkezli bir çalışma. Mikrobiyoloji Bülteni 47, no.4 (2013): 592 - 602.
MLA ÇİFTCİ İHSAN HAKKI,AŞIK Gülşah,KARAKEÇE Engin,ÖKSÜZ LÜTFİYE,YAĞCI Server,SESLİ ÇETİN EMEL,OZDEMIR MEHMET,ATASOY Ali Rıza,KOÇOĞLU Esra,GÜL MUSTAFA,KURTOĞLU Muhammet Güzel,KÖKSAL ÇAKIRLAR FATMA,SEYREK Adnan,BERKTAŞ Mustafa,GÜLTEPE Bilge,AYYILDIZ Ahmet Acinetobacter baumannii izolatlarında blaOXA genlerinin dağılımı: Çok merkezli bir çalışma. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.47, no.4, 2013, ss.592 - 602.
AMA ÇİFTCİ İ,AŞIK G,KARAKEÇE E,ÖKSÜZ L,YAĞCI S,SESLİ ÇETİN E,OZDEMIR M,ATASOY A,KOÇOĞLU E,GÜL M,KURTOĞLU M,KÖKSAL ÇAKIRLAR F,SEYREK A,BERKTAŞ M,GÜLTEPE B,AYYILDIZ A Acinetobacter baumannii izolatlarında blaOXA genlerinin dağılımı: Çok merkezli bir çalışma. Mikrobiyoloji Bülteni. 2013; 47(4): 592 - 602.
Vancouver ÇİFTCİ İ,AŞIK G,KARAKEÇE E,ÖKSÜZ L,YAĞCI S,SESLİ ÇETİN E,OZDEMIR M,ATASOY A,KOÇOĞLU E,GÜL M,KURTOĞLU M,KÖKSAL ÇAKIRLAR F,SEYREK A,BERKTAŞ M,GÜLTEPE B,AYYILDIZ A Acinetobacter baumannii izolatlarında blaOXA genlerinin dağılımı: Çok merkezli bir çalışma. Mikrobiyoloji Bülteni. 2013; 47(4): 592 - 602.
IEEE ÇİFTCİ İ,AŞIK G,KARAKEÇE E,ÖKSÜZ L,YAĞCI S,SESLİ ÇETİN E,OZDEMIR M,ATASOY A,KOÇOĞLU E,GÜL M,KURTOĞLU M,KÖKSAL ÇAKIRLAR F,SEYREK A,BERKTAŞ M,GÜLTEPE B,AYYILDIZ A "Acinetobacter baumannii izolatlarında blaOXA genlerinin dağılımı: Çok merkezli bir çalışma." Mikrobiyoloji Bülteni, 47, ss.592 - 602, 2013.
ISNAD ÇİFTCİ, İHSAN HAKKI vd. "Acinetobacter baumannii izolatlarında blaOXA genlerinin dağılımı: Çok merkezli bir çalışma". Mikrobiyoloji Bülteni 47/4 (2013), 592-602.