Emre ÖZKARATAŞ, Müge Hacer ÖZKARATAŞ, Ayşe Aydan ÖZKÜTÜK, Nuran ESEN
Emre ÖZKARATAŞ, Müge Hacer ÖZKARATAŞ, Ayşe Aydan ÖZKÜTÜK, Nuran ESEN
Amaç: Bu çalışmada, Haziran 2012-Kasım 2016 tarihleri arasında Dokuz Eylül ÜniversitesiHastanesi Merkez Laboratuvarı’nda kullanılan GeneXpert MTB/RIF (GX) testinin Mycobacteriumtuberculosis kompleks (MTK) tanısı ve rifampisin (RIF) direncinin saptanmasındaki performansınınmikroskopi ve kültür yöntemleriyle karşılaştırılarak değerlendirilmesi amaçlanmıştır.Yöntem: Klinik istem doğrultusunda Kinyoun boyalı mikroskopik inceleme ve kültür yöntemleriylebirlikte GX testi çalışılan 4.199 hasta örneğinin (1361 akciğer, 2.838 akciğer dışı örnek) sonuçlarıretrospektif olarak çalışmaya alınmıştır.Bulgular: MTK saptanmasında kültür referans yöntem alınarak; GX testinin duyarlılığı ve özgüllü- ğü sırasıyla, tüm örneklerde %74.5 ve %99.1; akciğer örneklerinde %82.7 ve %98.7; akciğer dışıörneklerde %67.2 ve %99.3 olarak hesaplanmıştır. Mikroskopik incelemenin duyarlılık ve özgüllü- ğü sırasıyla, tüm örneklerde %16.4 ve %99.7; akciğer örneklerinde %28.8 ve %99.2; akciğer dışıörneklerde %5.2 ve %99.9 olarak hesaplanmıştır. Tüm örneklerde ve akciğer ile akciğer dışı örnek- lerde GX testiyle mikroskopik incelemenin duyarlılıkları arasındaki fark istatistiksel olarak anlam- lı bulunmuştur (p<0.001). MGIT SIRE yöntemiyle elde edilen RIF duyarlılık sonuçları referansalındığında, GX testinin RIF direncini saptamadaki duyarlılığı %100, özgüllüğü %95.8 olarakhesaplanmıştır.Sonuç: Sonuç olarak, GX testinin kolay uygulanabilirliği, iki saat içinde doğrudan klinik örnektenMTK DNA’sı ve RIF direncini birlikte saptayabilmesi, mikroskopik incelemeye göre duyarlılığınındaha yüksek olması göz önünde bulundurulduğunda TB hızlı tanısında yararlı bir yöntem olduğusonucuna varılmıştır. Ancak, test sonuçlarının daima kültür yöntemleriyle doğrulanması öneril- mektedir.
|
Amaç: Mikrobiyoloji laboratuvarlarında yürütülen araştırmalara farklı özelliklere sahip çok sayıdaki türün ve izolatın dâhil edilmesi çalışma verilerini değerli kılan önemli göstergelerden biridir.Bu amaçla her laboratuvar özgün bir suş koleksiyonu oluşturur. Bunun sürdürülebilirliği için tercihedilen saklama yöntemi izolatların uzun süreli saklanmasına ve hücrelerin canlı ve stabil kalmasına uygun olmalıdır. Bu çalışmada, Candida türlerinin soğukta saklama koşullarına olan dayanıklılıklarının tür düzeyinde incelenmesi amaçlanmıştır.Yöntem: Çalışmaya 10 yıldan daha uzun bir süredir laboratuvarımızda saklanan (-20°C’de boncuklu saklama tüpleri içerisinde) ve bu süre zarfında üzerlerinde herhangi bir canlandırma işlemiveya farklı bir çalışma yapılmayan, klinik örneklerden elde edilmiş 94 stok Candida izolatı dâhiledilmiştir. Çalışma örneklerinden sıvı ve katı besiyerlerine pasajlar alınarak canlanan suşlarıngüncel rutin tanı yöntemleriyle doğrulaması yapılmıştır.Bulgular: Çalışma izolatlarında canlanma oranı Candida parapsilosis için %59.1 (13/22), Candidaglabrata için %41.7 (5/12), Candida tropicalis için %25 (4/16) ve Candida albicans için %9.52(4/42) olarak bulundu. C. parapsilosis izolatlarının canlı kalma oranı, C. albicans ve C. tropicalisizolatları ile karşılaştırıldığında istatistiksel olarak anlamlı derecede yüksek bulundu (sırasıylap<0.0001 ve p=0.037).Sonuç: Bu çalışmada sunulan veriler yüksek sıcaklıklarda canlılığını sürdürebilen, soğuk koşullaraadapte olan ve hastane ortamlarında uzun süre canlılığını sürdürebilen bir tür olan C. parapsilosisizolatlarının soğuk saklama koşullarına C. albicans başta olmak üzere C. tropicalis ve C. glabratatürlerinden daha dayanıklı olduğunu desteklemektedir.
|
Amaç: Hepatit C virüsü (HCV), karaciğer ile ilişkili morbidite ve mortalitenin önde gelen nedenlerinden olan, küreselboyutlarda halk sağlığı sorunu oluşturan bir virüstür. Akut veya kronik HCV enfeksiyonundan kuşkulanıldığında,ulusal ve uluslararası kılavuzlar ilk basamak test olarak anti-HCV tarama testini önermektedir. HCV-RNA testi ise,viral RNA’yı doğrudan saptayarak, aktif ve eski HCV enfeksiyonunu birbirinden ayırma ve anti-HCV pozitifliğinidoğrulama avantajına sahiptir. Çalışmamızın amacı, Anti-HCV pozitifliği saptanan serum örneklerinde, HCV-RNApozitiflik oranlarının belirlenmesi, HCV-RNA test istem oranlarının, test istemi yapan ve yapmayan birimlerin değerlendirilmesidir.Yöntem: 01.01.2008 ve 01.01.2018 tarihleri arasında Anti-HCV test istemi ile Mikrobiyoloji Laboratuvarına serumugönderilen hastaların test sonuçları geriye dönük olarak incelenmiştir. Çalışmaya belirtilen tarihlerde çeşitli birimlerden laboratuvarımıza Anti-HCV test istemi ile gönderilen 46.964 hastanın test sonuçları dâhil edilmiştir. AntiHCV testi sonuçları Sample/Cut-off (S/Co) indeks değeri üzerinden değerlendirilmiştir. Hastaların HCV-RNA testistem durumu ve Enfeksiyon Hastalıkları Hepatit Polikliniği’ne başvurma durumu değerlendirilmiştir.Bulgular: 01.01.2008 ve 01.01.2018 tarihleri arasında Mikrobiyoloji Laboratuvarı’na gönderilen 46.964 hastanıntest sonuçlarına göre 618 (%1.24) hastada Anti-HCV pozitifliği saptanmıştır. HCV-RNA test istemi bu hastalarınyalnızca 308 (%49.84)’inde yapılmış, 310 (%50.16) hastadan ise test istemi yapılmamıştır. HCV-RNA test istemi yapılanhastaların 218’inde (%70.78) negatiflik saptanmış, 90 (%29.22) hastada viral yük pozitif olarak bulunmuştur. HCVRNA istemi yapılmamış olan hastaların anti-HCV istemlerinin yapıldığı birimler değerlendirildiğinde, 219’unun (%70.6)cerrahi birimler, 81’inin (%26.1) dahili birimler ve 10’unun (%3.3) Enfeksiyon Hastalıkları birimi tarafından istendiğisaptanmıştır. HCV-RNA pozitifliği saptanan hastaların 72’si (%80), HCV-RNA negatif hastaların 170’i (%78) ve HCVRNA istemi olmayan hastaların 31’i (%10) Enfeksiyon Hastalıkları Hepatit Polikliniği’ne başvurmuştur.Sonuç: Sonuç olarak; hastaların yaklaşık olarak yarısı için HCV tanısını doğrulama işlemini şansa bırakmayacakuygulamalara gereksinim vardır. Bu amaçla Mikrobiyoloji Laboratuvarı hastane dinamiklerini de göz önündebulundurarak tanısal algoritmalar oluşturmalıdır. Bunun yanında “Akılcı Laboratuvar Kullanımı Projesi”nde reflekstest uygulamasına göre, anti-HCV pozitifliği saptanan hastalarda refleks test tanımlamasıyla HCV-RNA istemininyapılması sağlanabilir. Anti-HCV pozitifliği saptanan hastalar, algoritma veya refleks test istemi kapsamında sonuç-lara eklenecek yönlendirici notlar ile Enfeksiyon Hastalıkları Hepatit Polikliniği’ne yönlendirilmelidir.
|
Amaç: Bu çalışmada, gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi ile parazitin sitokrom bgen bölgesi kullanılarak leishmaniasis etkeninin (Leishmania donovani, Leishmania major,Leishmania tropica ve Leishmania infantum) tür tayininin belirlenmesi için primer ve problarındizayn edilmesi amaçlanmıştır.Yöntem: Manisa Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi Parazit Bankası’nda kriyoprezervasyonuyapılarak sıvı azot tankında saklanmış olan Leishmania suşları uygun koşullarda canlandırılarakbesiyerlerine aktarılmış ve ticari kit ile DNA izolasyonları yapılmıştır. Elde edilen DNA’laraLeishmania’nın yeni tasarladığımız sitokrom b gen bölgesi primer ve prob adayları ve kontrol içindaha önce kullandığımız internal transcribed spacer-1 gen bölgesine özgü tasarlanan primer veproblar kullanılarak gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu erime analizleri uygulanmıştır.Bulgular: Yeni tasarlanan sitokrom b gen bölgesi primer ve probları ile Leishmania tropica,Leishmania major, Leishmania infantum, Leishmania donovani, Leishmania aethiopica veLeishmania infantum/donovani hibrit türlerinin genotiplendiği saptanmıştır.Sonuç: Yeni Dünya leishmaniasis etkenleri olan Leishmania brazilensis ve Leishmania amazonensis dışında, Eski Dünya leishmaniasis etkeni olan Leishmania tropica, Leishmania major,Leishmania infantum, Leishmania donovani, Leishmania aethiopica ve Leishmania infantum/donovani hibritinin yeni tasarlanan sitokrom b gen bölgesi primer ve probları kullanılarak başarı-lı bir şekilde genotiplendirildiği görülmüştür
|
Rothia mucilaginosa gram-pozitif, katalaz değişken, koagulaz ve oksidaz negatif; kanlıbesiyerinde hemolizsiz, gri-beyaz koloniler oluşturan fakültatif anaerop bir bakteridir.Tüm bu özellikleri ile koagulaz-negatif stafilolok kolonilerine benzemekte ve gözdenkaçabilmektedir. Orofarenks ve üst solunum yollarının mikrobiyotasında yer almaklabirlikte, son yıllarda özellikle bağışıklık sistemi baskılanmış hastalarda enfeksiyon etke-ni olarak bildirilmektedir. Rothia mucilaginosa için antimikrobiyal duyarlılık testlerihenüz standardize edilmemiş ve optimal antimikrobiyal tedavi belirlenememiş olmaklabirlikte, sıklıkla aminoglikozidlere, kotrimaksozole ve kinolonlara dirençli olduğu bildi-rilmiştir.Bu makalede de kolon kanseri nedeniyle kemoterapi alan ve kronik obstruktif akciğerhastalığı olan bir hastada Rothia mucilaginosa’nın neden olduğu bir pnömoni olgususunulmaktadır.
|
Amaç: Bu çalışma, Ondokuz Mayıs Üniversitesi Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı’nagönderilen Enterobacteriaceae izolatları belirlenip, bu ajanlara karşı oldukça etkili olankarbapenemlere karşı oluşan 3 yıllık süre içindeki antibiyotik direnç değişimi bulmak amaçlanmıştır.Yöntem: Laboratuvara 2015-2018 yılları arasında gönderilmiş olan klinik örneklerden izoleedilmiş toplam 11.264 Enterobacteriaceae üyesi izole edilmiştir. Klinik örneklerin %5 koyunkanlı agar ve EMB agar besiyerlerine ekimi yapılmıştır. Bakteri türlerinin tanımlanmasındaVitek MS (BioMérieux, Fransa) ve bakterilerin antibiyotik duyarlılığının belirlenmesindeVitek2 (BioMérieux, Fransa) Compact otomatize sistemleri kullanılmıştır.Bulgular: Çalışmaya, 13 Haziran 2015 ve 13 Haziran 2018 yılları arasında gönderilmiş olanklinik örnekler retrospektif olarak değerlendirilerek elde ettiğimiz toplam 11.264Enterobacteriaceae üyesinden 518 (%4.59)’inin karbapenem dirençli izolat olduğu belirlenmiş ve yıllara göre dağılımı belirlenmiştir. 2015’te direnç oranı %4.62, 2018’de ise bu oran%5.79’dur. İzolatların gönderildiği kliniklere ve örnek türlerine göre dağılımına bakıldığında,en yüksek sıklığın %71.62 ile Dâhiliye Servisinde ve %52.32 ile idrar örneklerinde olduğubelirlenmiştir.Sonuç: Çalışmamızda, karbapenem direncinin en sık olarak Klebsiella türlerinde olduğusaptanmıştır. Karbapenem dirençli izolatlarda amikasin direncinin yüksek olduğu görülmüştür. Direnç durumunun hastanelerde aktif sürveyansla takip edilmesi uygun tedavi seçeneğinin belirlenmesi açısından önem göstermektedir
|
Amaç: Bu çalışmada, Kronik süppüratif otitis medialı hastalardan Staphylococcuc aureus izolasyonu ve antibiyotiklere duyarlılıklarının belirlenmesi amaçlanmıştır.Yöntem: Çalışmaya Kulak Burun Boğaz kliniğine Ocak-2016 ile Haziran-2016 tarihleri arasındabaşvuran ve Kronik süppüratif otitis media tanısı konulan 100 hasta dâhil edildi. Hastaların kulaklarından steril eküvyonla örnek alındı ve %5 defibrine koyun kanlı agara ekimleri yapıldı. 37°C’de18-24 saatlik inkübasyondan sonra üreyen mikroorganizmalar için konvansiyonel testler yapıldı.İzolatlar, konvansiyonel yöntemler ve otomatize bir sistem ile tanımlandı. S. aureus olarak isimlendirilen 25 izolatın antibiyotiklere duyarlılıkları otomatize sistem ile belirlendi.Bulgular: Toplamda 100 hastadan alınan örneklerden 49 Staphylococcuc ssp. izole edildi. Yüzizolatın 49’unun katalaz pozitifti. Katalaz pozitif olan 49 izolat için koagülaz testi yapıldı ve 49örneğin 25’inin koagülaz pozitif, 24’ünün ise koagülaz negatif olduğu görüldü. Koagülaz pozitifolan 25 izolat için DNase ve mannitol fermantasyon testleri yapıldı. Bu 25 izolat S. aureus olaraktanımlandı. S. aureus suşlarının tamamının daptomisin, fusidik asit, teikoplanin, tigesiklin,quinopristin-dalfopristin, trimetoprim-sulfametoksazol, linezolit ve vankomisine %100 duyarlıolduğu görüldü. S. aureus suşlarının sefoksitin, oksasilin, fosfomisin, klindamisin, tetrasiklin’e%96, eritromisin, siprofloksasin ve levofloksasin’e ise %92 duyarlı olduğu belirlendi. S. aureussuşlarının tamamının ampisilin ve penisilin G’ye %100 dirençli olduğu belirlendi.Sonuç: Sonuç olarak bu çalışmada, kronik süppüratif otitis media tanısı konulan hastalardan %25S. aureus izole edildi ve çeşitli antibiyotiklere karşı değişik oranlarda duyarlılık belirlendi.Antibiyotiklere direnç gelişimini önlemek veya geciktirmek için antibiyotik duyarlılık test sonuçlarına göre tedaviye başlanması ve tedavinin bu sonuçlara göre yönlendirilmesi daha yararlı olacaktır
|
Amaç: Klebsiella pneumoniae insanda deride, gastrointestinal florada ve nazofarinkste kolonizeolarak bulunabilen bakteriler arasındadır. Çalışmada, karbapenem dirençli Klebsiella pneumoniaeizolatlarında alternatif tedavi olan kolistinin minimal, inhibitör konsantrasyon değerlerinin yıllariçerisindeki artış düzeyinin irdelenmesi ve kolistin duyarlılığının altın standart olan sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle çalışılarak elde edilen sonuçların, otomatize sistemle bulunan sonuçlarla karşılaştırılması amaçlanmıştır.Yöntem: Ocak 2015-Temmuz 2017 tarihleri arasındaki klinik örneklerden izole edilen 66 karbapenem dirençli Klebsiella pneumoniae suşu çalışmaya dâhil edildi. Otomatize sistemle çalışılansuşların karbapenem duyarlılıkları disk difüzyon yöntemiyle de test edildi. Kolistin duyarlılıklarınıölçmek için sıvı mikrodilüsyon testi EUCAST önerileri doğrultusunda kolistin sülfat etken maddesikullanılarak çalışıldı. Kolistin için MIK aralığı 0.125-64 µg/ml değerleri arasında olacak çalışıldı.Verilerin analizde ki-kare testi kullanıldı.Bulgular: 2015 yılında altı (%37.5), 2016 yılında sekiz (%35.8), 2017 yılında 10 (%41.7) olmaküzere toplam 24 (%36.4) suş kolistine dirençli olarak belirlendi. Yapılan istatistiksel değerlendirmede yıllar içerisinde kolistin MİK değerlerinde anlamlı fark saptanmadı (p>0.05). İki farklı yöntemle bulunan sonuçlar arasında uyumsuzluk görüldü. İki izolatta çok büyük hata, iki izolattabüyük hata saptandı.Sonuç: Çalışmadaki karbapenem dirençli Klebsiella pneumoniae izolatlarının yaklaşık 1/3’indekolistin direncinin belirlenmiş olması kaygı vericidir. Ayrıca kolistin duyarlılığının altın standartolan sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle çalışıp direnç oranını belirlemek büyük önem taşımaktadır. Budurum tek başına veya kombine tedavi seçeneklerini azaltmakta bu izolatların ileriki yıllardatedavisinin daha da zorlaşacağını ve yeni tedavi stratejileri üzerinde çalışılması gerektiğini göstermektedir
|
Amaç: Hem dünyada hem de ülkemizde Escherichia coli üriner sistem enfeksiyonlarının en sıknedenidir. Gelişen bakteriyel direnç mekanizmaları bu enfeksiyonların tedavisini de kısıtlamaktadır. Tedavide kullanılacak antibiyotiklerin doğru bir antibiyotik duyarlılık testi sonucuna görebelirlenmesi gelişen antibiyotik direncini kontrol altına almakta büyük önem taşımaktadır.Hastanemizde görülen üriner sistem enfeksiyonları etkeni olan E. coli izolatlarının çeşitli antibiyotiklere karşı duyarlılıklarının ve direnç durumlarının belirlenmesi amaçlanmıştır.Yöntem: 01.01.2018-01.11.2019 tarihleri arasında, hastanemiz mikrobiyoloji laboratuvarınakomplike olmayan üriner sistem enfeksiyonu ön tanısı ile gönderilen idrar örnekleri hastane arşivinden retrospektif olarak incelenmiştir. İdrar kültür örneklerinde üreme saptanan örneklerinbakteri tanımlanmasında ve antibiyotik duyarlılıklarının tespitinde tam otomatize cihaz (Vitek 2,bioMérieux, Fransa) kullanılmıştır. Antibiyotik duyarlılıkları “European Committee on AntimicrobialSusceptibility Testing” (EUCAST) 2018 standartlarına uygun olarak minimal inhibitör konsantrasyonlarına göre yorumlanmıştır.Bulgular: Toplam 22.774 idrar örneğinden 1.962’sinde (%9) üreme saptanmıştır. Bunlardan1.466’sı (%75) E. coli olarak tanımlanmıştır. İzolatların antibiyotik dirençleri incelendiğinde,%81’inde ampisilin, %18’inde gentamisin, %40’ında trimetoprim-sülfametoksazol, %4’ünde nitrofurantoin, %4’ünde fosfomisin, %46’sında amoksisilin-klavulanik asit, %42’sinde sefiksim,%41’inde siprofloksasin, %5’inde amikasin, %2’sinde imipenem direnci saptanmıştır.Sonuç: Bu çalışmada, etkeni E. coli olan üriner sistem enfeksiyonlarının tedavisinde ampirik olarakampisilin, amoksisilin klavulanik asit antibiyotiklerinin kullanımının uygun olmayacağı, fosfomisin, nitrofurantoin antibiyotiklerinin tercih edilmesinin daha uygun olacağı anlaşılmıştır
|
Leishmaniasis, kamçılı protozoonlardan olan Leishmania türlerinin neden olduğu, insanlaraPhlebotomus cinsi dişi kum sinekleri ile bulaşan paraziter bir hastalıktır. Leishmaniasisin en sıkgörülen formu kutanöz (KL) formudur. Dünya Sağlık Örgütü dünyada 98 ülkede yaklaşık 12 milyoninsanın leishmaniasis ile enfekte olduğunu, 350 milyon kişinin ise risk altında olduğunu bildirmektedir. Her yıl bu rakamlara iki milyon yeni olgunun katıldığı, bu olguların yaklaşık bir buçuk milyonunun KL olduğu düşünülmektedir. Özellikle son yıllarda yaşanan siyasi iç karışıklıklara ve savaşlara bağlı olarak endemik bölgelerden ülkemize göç eden mülteciler ya da bu bölgelere belirlisüreler için giden vatandaşlarımızın Leishmania ile enfekte olması sonucu ülkemizin endemikolmayan bölgelerinde de KL olguları görülmeye başlanmıştır. Bu makalede, yurt dışı kaynaklı birKL olgusunun itrakonazol-kryoterapi kombinasyonu ile tedavisini sunmaktayız
|
