Allele distribution data for 16 short tandem repeat loci in Bolu

ERKOL, MEHMET HAYRİ; ALAKOÇ, Doğan Yeşim; ELMA, Cüneyt; TUĞ, Ayşim; ÇETİNYÜREK, Aysun; BÜKEN, Bora; ERKOL, ZEHRA ZERRIN

Allele distribution data for 16 short tandem repeat loci in Bolu

Ayşim TUĞ, (Ankara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Adli Tıp Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Zerrin ERKOL, (İzzet Baysal Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Adli Tıp Anabilim Dalı, Bolu, Türkiye)

Aysun ÇETİNYÜREK, (Department, de Mathematique, Service de Statistique, Fac. des Sciences, Univercity de Liege, Liege, BELGIQU)

Doğan Yeşim ALAKOÇ, (Ankara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Adli Tıp Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Cüneyt ELMA, (Ankara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Adli Tıp Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Bora BÜKEN, (İzzet Baysal Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Adli Tıp Anabilim Dalı, Bolu, Türkiye)

MEHMET HAYRİ ERKOL (Abant İzzet Baysal Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Genel Cerrahi Anabilim Dalı, Bolu, Türkiye)

Turkish Journal of Medical Sciences

1 1

Yıl: 2010 Cilt: 40 Sayı: 4 Sayfa Aralığı: 659 - 664 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Allele distribution data for 16 short tandem repeat loci in Bolu

Öz:

Amaç: Bu çalışmanın amacı, Bolu populasyonunda STR verilerini belirlemek, daha önce yapılmış populasyon çalışmaları ve önceden kendisine bağlı bir ilçe iken 1999 depreminden sonra il olan Düzce’nin verileri ile karşılaştırma yapmaktır. Yöntem ve gereç: Birbirleriyle akraba olmayan 175 kişinin kan örnekleri alınmıştır. DNA Kit kullanılarak DNAlar izole edilmiş ve AmpFℓSTR Identifier kit ile çoğaltılmıştır. ABI Prism 310 genetik analizörü ile referans dizi kullanılarak tiplendirme yapılmıştır. Allel sıklığı, Hardy Weinberg eşitliği, dışlama ve ayırt etme değerleri gibi farklı parametreler hesaplanmış ve karşılaştırmalı analizlerde belirgin farklılıkların doğruluğunun kontrolü için testler uygulanmıştır. Bulgular: Dışlama ve ayırım gücü değerlerine göre, D18S51 ve D2S1338 lokuslarının ayrım gücü en yüksek, TPOX lokusunun ise en düşük lokuslar olduğu belirlenmiştir. Bolu ile eski ilçesi Düzce’nin en ayırt edici lokus ve paternite indeksi açısından farklı özelliklere sahip olduğunun ortaya çıkarılması ilginç bir bulgu olmuştur.Sonuç: Elde edilen sonuçlar,özellikle göç yaşanan ve farklı etnik gruplar arasında kız alıp vermenin sosyal açıdan uygun görülmediği bölgelerde genetik verilerin etkilendiğini ve yerel populasyon çalışmalarının önemini göstermiştir.

Anahtar Kelime:

Konular: Cerrahi

Bolu’da 16 otozomal STR lokusunun allel dağılımı

Öz:

Aim: To examine the short tandem repeat (STR) data of Bolu population and compare the data with previously published population studies and with the data of a neighboring province, Düzce (a former district of Bolu), which became a province after the earthquake in 1999. Materials and methods: Blood samples were taken from 175 unrelated individuals. DNA was isolated using a DNA Kit and the amplification was performed using an AmpFℓSTR Identifier kit. Genotyping was carried out by an ABI Prism 310 genetic analyzer by using a reference ladder. Several parameters, such as allele frequencies, Hardy-Weinberg equilibrium, power of exclusion, power of discrimination, pairwise comparison, were calculated and correction test was used to confirm significant differences found in the comparative analysis.Results: According to their power of exclusion and power of discrimination values, the most discriminating loci were D18S51 and D2S1338 whereas TPOX appears to be the least. The most discriminating loci and paternity index were found to be different in Bolu and its former district, Düzce, which is an interesting result.Conclusion: The results indicate the importance of local population studies, because in regions where migration occurs and marriages between members of different ethnic groups are not socially acceptable, genetic data are affected.

Anahtar Kelime:

Konular: Cerrahi

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık

1. Chakraborty R. Sample size requirements for addressing the population genetic issues of forensic use of DNA typing Hum Biol 1992; 64: 141-159.
2. Avaible from: http://www.bolu.gov.tr
3. Terreba A. Tools for analysis of population statistics. Profiles in DNA 1999 ; 2:14-16.
4. Weir BS, Cockerham CC. Estimating F-statistics for the analysis of population structure. Evolution 1984; 38: 1358-1370.
5. Jaccard J, Wan CK. LISREL approaches to interaction effets in multiple regression. Thousand Oaks (CA):Sage Publications 1996.
6. Holland BS, Copenhaver M. Improved Bonferroni-type multiple testing procedures. Psychological Bulletin 1988; 104: 145-149.
7. Erkol Z, Tuğ A, Alakoç YD, Elma C, Büken B, Çetinyürek A. STR data for the AmpfℓStr identifier loci from an old settlement in Nortwestern Turkey. Forensic Sci Int 2007; (173) 2: 238-240.
8. Yavuz I, Sarıkaya AT. Turkish population data for 15 STR loci by multiplex STR. J Forensic Sci 2005; 3: 737-739.
9. Vural B, Poda M,Atlioglu E,Kolusayın Ö, Cenani A, Morling N, Tümer Z. Turkish population data on the short tandem repeat locus TPOX. Int J Legal Med 1998; 111: 105-106.
10. Iwasa M, Wiegand P, Rand S, Schürenkamp M, Atasoy S, Brinkmann B. Genetic variation at five STR loci in subpopulations living in Turkey. Int J Legal Med. 1997; 110: 170-172.
11. Filoglu G, Abaci-Kalfoglu E, Atasoy S. Allele frequencies for 10 STR loci in Istanbul (Turkey) population J Forensic Sci 2002; 4: 909-901.
12. Çerkezi AB, Altunçul DH, Yükseloğlu H, Abaci-KalfoğluE, Atasoy S. Allele frequencies for three STR population of Kosovo. J Forensic Sci 2002; 47: 908.
13. Çakır AH, Celebioglu A, Altunbaş S. STR data for the AmpFℓSTR Plus from Marmara region of Turkey J Forensic Sci. 2002; 127: 240-242.
14. Çakır AH, Çelebioglu A, Altunbaş, Yardımcı E. Allele frequencies for 15 STR loci in Van-Ağrı districts of the Eastern Anatolia region of Turkey. Forensic Sci Int 2003; 135: 60-63.
15. Shimada I,Rand S,Brinkmann B, Hohoff C. Kurdish population data for 11 STR loci (ACTBP2, CSF1PO, FGA,THO1,TPOX, vWA, D3S1358, D5S818, D7S820, D13S317 and D21S11) Int J Legal Med, 2002; 116: 310-303.
16. Salem RY, Mawieh MH, Ali ZE, Adnan SJ. African Jordanian population genetic database on fifteen short tandem repeat genetic loci Croat Med J 2005; 4: 587-592.
17. Skitsa I, Salas A, Lareu MV , Carracedo A. STR-CODIS typing in Greece. Forensic Sci Int 2003; 137:104–106.
18. Shepard EM, Herrera RJ. Iranian STR variation at the fringes of biogeographical demarcation Forensic Sci Int. 2006; 158: 140-148.
19. Kornienko IV, Vodolazhsky DI, Ivanov PL. Genetic variation of the nine Profiler Plus loci in Russians Int J Legal Med 2002; 116: 309–311.
20. Budowle B,Chakraborty R. Population variation at the CODIS core short tandem repeat loci in Europeans, Legal Medicine 2001; 3:29-33.

APA	TUĞ A, ERKOL Z, ÇETİNYÜREK A, ALAKOÇ D, ELMA C, BÜKEN B, ERKOL M (2010). Allele distribution data for 16 short tandem repeat loci in Bolu. , 659 - 664.
Chicago	TUĞ Ayşim,ERKOL ZEHRA ZERRIN,ÇETİNYÜREK Aysun,ALAKOÇ Doğan Yeşim,ELMA Cüneyt,BÜKEN Bora,ERKOL MEHMET HAYRİ Allele distribution data for 16 short tandem repeat loci in Bolu. (2010): 659 - 664.
MLA	TUĞ Ayşim,ERKOL ZEHRA ZERRIN,ÇETİNYÜREK Aysun,ALAKOÇ Doğan Yeşim,ELMA Cüneyt,BÜKEN Bora,ERKOL MEHMET HAYRİ Allele distribution data for 16 short tandem repeat loci in Bolu. , 2010, ss.659 - 664.
AMA	TUĞ A,ERKOL Z,ÇETİNYÜREK A,ALAKOÇ D,ELMA C,BÜKEN B,ERKOL M Allele distribution data for 16 short tandem repeat loci in Bolu. . 2010; 659 - 664.
Vancouver	TUĞ A,ERKOL Z,ÇETİNYÜREK A,ALAKOÇ D,ELMA C,BÜKEN B,ERKOL M Allele distribution data for 16 short tandem repeat loci in Bolu. . 2010; 659 - 664.
IEEE	TUĞ A,ERKOL Z,ÇETİNYÜREK A,ALAKOÇ D,ELMA C,BÜKEN B,ERKOL M "Allele distribution data for 16 short tandem repeat loci in Bolu." , ss.659 - 664, 2010.
ISNAD	TUĞ, Ayşim vd. "Allele distribution data for 16 short tandem repeat loci in Bolu". (2010), 659-664.

APA	TUĞ A, ERKOL Z, ÇETİNYÜREK A, ALAKOÇ D, ELMA C, BÜKEN B, ERKOL M (2010). Allele distribution data for 16 short tandem repeat loci in Bolu. Turkish Journal of Medical Sciences, 40(4), 659 - 664.
Chicago	TUĞ Ayşim,ERKOL ZEHRA ZERRIN,ÇETİNYÜREK Aysun,ALAKOÇ Doğan Yeşim,ELMA Cüneyt,BÜKEN Bora,ERKOL MEHMET HAYRİ Allele distribution data for 16 short tandem repeat loci in Bolu. Turkish Journal of Medical Sciences 40, no.4 (2010): 659 - 664.
MLA	TUĞ Ayşim,ERKOL ZEHRA ZERRIN,ÇETİNYÜREK Aysun,ALAKOÇ Doğan Yeşim,ELMA Cüneyt,BÜKEN Bora,ERKOL MEHMET HAYRİ Allele distribution data for 16 short tandem repeat loci in Bolu. Turkish Journal of Medical Sciences, vol.40, no.4, 2010, ss.659 - 664.
AMA	TUĞ A,ERKOL Z,ÇETİNYÜREK A,ALAKOÇ D,ELMA C,BÜKEN B,ERKOL M Allele distribution data for 16 short tandem repeat loci in Bolu. Turkish Journal of Medical Sciences. 2010; 40(4): 659 - 664.
Vancouver	TUĞ A,ERKOL Z,ÇETİNYÜREK A,ALAKOÇ D,ELMA C,BÜKEN B,ERKOL M Allele distribution data for 16 short tandem repeat loci in Bolu. Turkish Journal of Medical Sciences. 2010; 40(4): 659 - 664.
IEEE	TUĞ A,ERKOL Z,ÇETİNYÜREK A,ALAKOÇ D,ELMA C,BÜKEN B,ERKOL M "Allele distribution data for 16 short tandem repeat loci in Bolu." Turkish Journal of Medical Sciences, 40, ss.659 - 664, 2010.
ISNAD	TUĞ, Ayşim vd. "Allele distribution data for 16 short tandem repeat loci in Bolu". Turkish Journal of Medical Sciences 40/4 (2010), 659-664.