Denizli X Leghorn F2 popülasyonunda canlı ağırlık ve yumurta verimini etkileyen kromozom bölgelerinin tanımlanması

YILMAZ, Alper; Nizamlioglu, Mehmet; DERE, Süleyman; ÇAĞLAYAN, TAMER; KURTOĞLU, Varol; GARİP, Mustafa; DOĞLAN, Müge; Bulut, Zafer; KURAR, Ercan; ÖZŞENSOY, Yusuf

Denizli X Leghorn F2 popülasyonunda canlı ağırlık ve yumurta verimini etkileyen kromozom bölgelerinin tanımlanması

Zafer BULUT, (Selçuk Üniversitesi, Veteriner Fakültesi, Biyokimya Anabilim Dalı, Konya, Türkiye)

Ercan KURAR, (Selçuk Üniversitesi, Veteriner Fakültesi, Genetik Anabilim Dalı, Konya, Türkiye)

YUSUF ÖZŞENSOY, (Bitlis Eren Üniversitesi, Sağlık Yüksek Okulu, Bitlis, Türkiye)

Mehmet NİZAMLIOĞLU, (Selçuk Üniversitesi, Veteriner Fakültesi, Biyokimya Anabilim Dalı, Konya, Türkiye)

Mustafa GARİP, (Selçuk Üniversitesi, Veteriner Fakültesi, Zootekni Anabilim Dalı, Konya, Türkiye)

Alper YILMAZ, (Selçuk Üniversitesi, Veteriner Fakültesi, Zootekni Anabilim Dalı, Konya, Türkiye)

Tamer ÇAĞLAYAN, (Selçuk Üniversitesi, Veteriner Fakültesi, Zootekni Anabilim Dalı, Konya, Türkiye)

Süleyman DERE, (Selçuk Üniversitesi, Veteriner Fakültesi, Zootekni Anabilim Dalı, Konya, Türkiye)

Varol KURTOĞLU, (Selçuk Üniversitesi, Veteriner Fakültesi, Hayvan Besleme ve Beslenme Hastalıkları Anabilim Dalı, Konya, Türkiye)

Müge DOĞLAN (Selçuk Üniversitesi, Veteriner Fakültesi, Biyokimya Anabilim Dalı, Konya, Türkiye)

Eurasian Journal of Veterinary Sciences

1 0

Yıl: 2013 Cilt: 29 Sayı: 1 Sayfa Aralığı: 30 - 38 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Denizli X Leghorn F2 popülasyonunda canlı ağırlık ve yumurta verimini etkileyen kromozom bölgelerinin tanımlanması

Öz:

Amaç: Bu çalışmanın amacı; Denizli X Leghorn F2 populasyonunda yumurta verimi ve farklı dönemlerde canlı agırlığı kontrol eden kromozom bölgelerinin tanımlanmasıdır. Gereç ve Yöntem: Denizli ve Leghorn ırkları kullanılarak F2 düzeyinde deneysel bir populasyon oluşturuldu ve verim kayıtları alındı. Kromozom tarama çalışmaları için kantitatif özellik lokusları (QTL) gen haritalama analizlerine uygun 113 mikrosatellit markörü F0, F1 ve F2 bireylerde Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ile yükseltgendi. Bulgular: Bu çalışmanın sonucunda farklı dönemlerde canlı ağırlık ile ilişkili QTL bölgeleri tavuk 1. kromozom çiftinde (GGA1), GGA2 ve GGA4 üzerinde tespit edildi. Yumurta verimi üzerine etkili iki farklı QTL bölgesinin varlığı, GGA8 ve cinsiyet kromozomu (GGAZ) üzerinde bulundu. GGA2, GGA4 ve GGAZ üzerinde bulunan üç farklı QTL ile yumurta ağırlığı arasında bir ilişki tespit edildi. Öneri: QTL bölgelerinin yeni markörler ile daraltılması ve bölgesel klonlama çalışmaları ile bu verim özelliklerini kontrol eden genlerin tespit edilmesi gerekmektedir.

Anahtar Kelime:

Konular: Veterinerlik

Determination of chromosomal regions affecting body weight and egg production in Denizli X White Leghorn F2 populations

Öz:

Aim: The objective of the present study was identification of the chromosomal regions responsible for egg yield and body weight at different age periods in a Denizli and White Leghorn F2 population. Materials and Methods: An experimental F2 population was constructed by crossing Denizli and White Leghorn breeds and the yields of the animals were recorded. In chromosomal scanning trials, a total of 113 microsatellite markers, suitable for use in quantitative trait locus (QTL) gene mapping, were amplified by the polymerase chain reaction (PCR) in F0, F1 and F2 animals. Results: Data obtained in the present study demonstrated that QTL regions associated with body weight at different age periods were located on chromosome 1 (GGA1), GGA2 and GGA4. It was determined that, two different QTL regions affecting egg yield existed, on GGA8 and the sex chromosome (GGAZ). Three different QTL regions located on the chromosomes GGA2, GGA4 and GGAZ were associated with egg weight. Conclusion: There is a need for narrowing these QTL regions by typing new markers in these intervals and for identifying genes that have affect on these economically important traits.

Anahtar Kelime:

Konular: Veterinerlik

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık

Alfonso L, Haley CS, 1998. Power of different F2 schemes for QTL detection in livestock. Anim Sci, 66, 1-8.
Buetow KH, 1991. Influence of aberrant observations on high resolution linkage outcomes. Am J Hum Genet, 49, 985-994.
Buitenhuis AJ, Rodenburg TB, Siwek M, Cornelissen SJ, Nieuwland MG, Crooijmans RP, Groenen MA, Koene P, Bovenhuis H, van der Poel JJ, 2003. Identification of quantitative trait loci for receiving pecks in young and adult hens. Poult Sci, 82, 1661-1667.
Buitenhuis AJ, Rodenburg TB, Siwek M, Cornelissen SJ, Nieuwland MGB, Crooijmans RPMA, Groenen MAM, Koene P, Bovenhuis H, van der Poel JJ 2004. Identification of QTLs involved in open-field behavior in young and adult laying hens. Behav Genet, 34, 325-333.
Bumstead N, 1998. Genomic mapping of resistance to Mareks diseases. Avian Pathol, 27, 78-81.
Burt DW, Hocking PM, 2002. Mapping quantitative trait loci and identification of genes that control fatness in poultry. Proc Nutr Soc, 61, 441-446.
Burt DW. 2005. Chicken genome: Current status and future opportunities. Genome Res, 15, 1692-1698.
Carlborg O, Kerje S, Schutz K, Jacobsson L, Jensen P, Andersson L, 2003. A global search reveals epistatic interaction between QTL for early growth in the chicken. Genome Res, 13, 413-421.
Churchill GA, Doerge RW, 1994. Empirical threshold values for quantitative trait mapping. Genetics, 138, 963-971.
de Koning DJ, Janss LL, Rattink AP, van Oers PAM, de Vries BJ, Groenen MAM, van der Poel JJ, de Groot PN, Brascamp EW, van Arendonk JAM, 1999. Detection of quantitative trait loci for backfat thichness and intramuscular fat content in pigs (Sus scrofa). Genetics, 152, 1679-1690.
Falconer DS, 1960. Introduction to Quantitative Genetics. Oliver and Boyd, Edinburgh, UK, pp:106.
Forgetta V, 2001. Systematic search for Salmonella-susceptibility quantitative trait loci in the chicken using a whole genome scan approach. Doktora tezi. McGill University, Montreal, Quebec, Kanada.
Gao Y, Hu XX, Du ZQ, Deng XM, Huang YH, Fei J, Feng JD, Liu ZL, Da Y, Li N, 2006. A genome scan for quantitative tarit loci associated with body weight at different developmental stages in chickens. Anim Genet, 37, 276-278.
Garip M, Nizamlioglu M, Kurar E, Yilmaz A, Caglayan T, Dere S, Bulut Z, Ozsensoy Y, Kurtoglu V, 2011. Growth and some period yield characteristics of Denizli X Leghorn crosses (F2). Eurasian J Vet Sci, 27, 177-182.
Green P, Falls K, Crooks S, 1990. Documentation for CRI-MAP, version 2.4, Washington University School of Medicine, St. Louis, MO, USA.
Groenen MA, Cheng HH, Bumstead N, Benkel BF, Briles WE, Burke T, Burt DW, Crittenden LB, Dodgson J, Hillel J, Lamont S, de Leon AP, Soller M, Takahashi H, Vignal A, 2000. A consensus linkage map of the chicken genome. Genome Res, 10, 137-147.
Haley CS, Knott SA, Elsen JM, 1994. Mapping quantitative trait loci in crosses between outbreed lines using least squares. Genetics, 136, 1195-1207.
Hill WG, 2010. Understanding and using quantitative genetic variation. Phil Trans R Soc B, 365 73-85.
Hu J, Bumstead N, Sebastiani G, 1997. Resistance to salmonellosis in the chicken is linked to NRAMP1 and TNC. Genome Res, 7, 693-704.
Ikeobi CO, Woolliams JA, Morrice DR, Law A, Windsor D, Burt DW, Hocking PM, 2002. Quantitative trait loci affecting fatness in the chicken. Anim Genet, 33, 428-435.
Jennen DG, Vereijken AL, Bovenhuis H, Crooijmans RPMA, Veenendaal A, van der Poel JJ, Groenen MA 2004. Detection and localization of quantitative trait loci affecting fatness in broilers. Poult Sci, 83, 295-301.
Jennen DG, Vereijken AL, Bovenhuis H, Crooijmans RPMA, van der Poel JJ, Groenen MA 2005. Confirmation of quantitative trait loci affecting fatness in chickens. Genet Sel Evol, 37, 215-228.
Kaiser MG, Lamont SJ, 2002. Microsatellites linked to Salmonella enterica Serovar Enteritidis burden in spleen and cecal content of young F1 broiler-cross chicks. Poult Sci, 81, 657-663.
Keeling L, Andersson L, Schütz KE, Kerje S, Fredriksson R, Carlborg O, Cornwallis CK, Pizzari T, Jensen P, 2004. Chicken genomics: feather-pecking and victim pigmentation. Nature, 431, 645-646.
Kerje S, Carlborg O, Jacobsson L, Schütz K, Hartmann C, Jensen P, Andersson L, 2003a. The twofold difference in adult size between the red junglefowl and White Leghorn chickens is largely explained by a limited number of QTLs. Anim Genet, 34, 264-274.
Kerje S, Lind J, Schütz K, Jensen P, Andersson L 2003b. Melanocortin 1-receptor (MC1R) mutations are associated with plumage colour in chicken. Anim Genet, 34, 241-248.
Kurar E, Barendse W, Bottema CDK, Davis S, Föster M, Kalm E, Kappes SM, Kister A, Lewin HA, Klungland H, Medjugorac I, Olsaker I, Pitchford WS, Schmutz SM, Taylor J, Thomsen H, Kirkpatrick BW, 2002. Consensus and comprehensive linkage maps of bovine chromosome 24. Anim Genet, 33, 460-463.
Kurar E, 2001. Comparative physical and linkage mapping of bovine chromosome 24 with human chromosome 18. Doktora Tezi, University of Wisconsin-Madison, USA Li H, Deeb N, Zhou H, Mitchell AD, Ashwell CM, Lamont SJ, 2003.
Chicken quantitative trait loci for growth and body composition associated with growth factor-beta genes. Poult Sci, 82, 347- 356.
Mariani P, Barrow PA, Cheng HH, Groenen MM, Negrini R, Bumstead N, 2001.
Localization to chicken chromosome 5 of a novel locus determining salmonellosis resistance. Immunogenetics, 53, 786-791.
Nones K, Ledur MC, Ruy DC, Baron EE, Melo CM, Moura AS, Zanella EL, Burt DW, Coutinho LL, 2006. Mapping QTLs on chicken chromosome 1 for performance and carcass traits in a broiler x layer cross. Anim Genet, 37, 95-100.
Özşensoy Y, Kurar E, Doğan M, Bulut Z, Altunok V, Işık A, Çamlıdağ A, Nizamlıoğlu M, 2010. Türkiyede Bulunan Bazı Yerli Sığır Irklarının STR Markörler ile Genetik Karakterizasyonu. Biyoloji Bilimleri Araştırma Dergisi (BIBAD), 3, 163-171.
Sasaki O, Odawara S, Takahashi H, Nirasawa K, Oyamada Y, Yamamoto R, Ishii K, Nagamine Y, Takeda H, Kobayashi E, Furukawa T, 2004. Genetic mapping of quantitative trait loci affecting body weight , egg character and egg production in F2 intercross chickens. Anim Genet, 35, 188-194.
Sax, K. 1923. The association of size differences with seed-coat pattern and pigmentation in Phaseeolus vulgaris. Genetics 8, 552-560.
Schutz K, Kerje S, Carlborg O, Jacobsson L, Andersson L, Jensen P, 2002. QTL analysis of a Red Junglefowl X White Leghorn intercross reveals trade-off in resource allocation between behavior and production traits. Behavl Genet, 32, 423433.
Schutz KE, Kerje S, Jacobsson L, Forkman B, Carlborg O, Andersson L, Jensen P, 2003. Major growth QTLs in fowl are related to fearful behavior: possible genetic links between fear responses and production traits in a Red Junglefowl × White Leghorn intercross. Behav Genet, 34, 121-130.
Seaton G, Haley CS, Knott SA, Kearsey M, Visscher PM, 2002. QTL Express: Mapping quantitative trait loci in simple and complexpedigrees. Bioinformatics, 18, 339-340.
Sewalem A, Morrice DM, Law A, Windsor D, Haley CS, Ikeobi CO,Burt DW, Hocking PM, 2002. Mapping of quantitative trait loci for body weight at three, and six and nine weeks of age in a broiler layer cross. Poult Sci, 81, 1775-1781.
Siwek M, Cornelissen SJ, Nieuwland MG, Buitenhuis AJ, Bovenhuis H, Crooijmans RP, Groenen MA, de Vries-Reilingh G, Parmentier HK, van der Poel JJ, 2003.
Detection of QTL for immune response to sheep red blood cells in laying hens. Anim Genet, 34, 422-428.
Siwek M, Cornelissen SJ, Buitenhuis AJ, Nieuwland MG, Bovenhuis H, Crooijmans RP, Groenen MA, Parmentier HK, van der Poel JJ, 2004. Quantitative trait loci for body weight in layers differ from quantitative trait loci specific for antibody responses to sheep red blood cells. Poult Sci, 83, 853-859.
Tatsuda K, Fujinaka K, Yamasaki T, 2000. Genetic mapping of a body weight trait in chicken. J Anim Sci, 71, 130-136.
Tatsuda K, Fujinaka K, 2001. Genetic mapping of the QTL affecting body weight in chickens using F2 familiy. Br Poult Sci, 42, 333-337.
Tuiskula-Haavisto M, Honkatukia M, Vilkki J, de Koning DJ, 2002.
Mapping of quantitative trait loci affecting quality and production traits in egg layers. Poult Sci, 81, 919-927.
Tuiskula-Haavisto M, de Koning DJ, Honkatukia M, Schulman NF, Maki-Tanila A, Vilkki J, 2004. Quantitative trait loci with parent-of-origin effects in chicken. Genet Res, 84, 57-66.
Van Kaam JB, Groenen MA, Bovenhuis H, Veenendaal A, Vereijken AL, Van Arendonk JA 1999. Whole genome scan in chickens for quantitative trait loci affecting growth and feed efficiency. Poult Sci, 78, 15-23.
Wardecka B, Olszewski R, Jaszczak K, Zieba G, Pierzchala M, Wicinska K, 2002. Relationship between microsatellite marker alleles on chromosomes 1-5 originating from the Rhode Island Red and Greenlegged Partrigenous breeds and egg production and quality traits in F(2) mapping population. J Appl Genet, 43, 319-329.
Wardecka B, Olszewski R, Jaszczak K, Zieba G, Pierzchala M, 2003. Preliminary mapping of QTLs affecting egg quality on chromosomes 1-5 in chickens. Czech J Anim Sci, 48, 97-105.
Yonash N, Cheng HH, Hillel J, Heller DE, Cahaner A, 2001. DNA microsatellites linked to quantitative trait loci affecting antibody response and survival rate in meat-type chickens. Poult Sci, 80, 22-28.
Yunis R, Heller ED, Hillel J, Cahaner A, 2002. Microsatellite markers associated with quantitative trait loci controlling antibody response to Escherichia coli and Salmonella enteritidis in young broilers. Anim Genet, 33, 407414.
Zhou J, Deeb N, Ashwell CM, Lamont SJ, 2006. Genome-wide linkage analysis to identify chromosomal regions affecting phenotypic traits in the chicken. II. Body composition. Poult Sci, 85, 1700-1711.
Zhu JJ, Lillehoj HS, Allen PC, Van Tassell CP, Sonstegard TS, Cheng HH, Pollock D, Sadjadi M, Min W, Emara MG, 2003. Mapping quantitative trait loci associated with resistance to coccidiosis and growth. Poult Sci, 82, 9-16.

APA	Bulut Z, KURAR E, ÖZŞENSOY Y, Nizamlioglu M, GARİP M, YILMAZ A, ÇAĞLAYAN T, DERE S, KURTOĞLU V, DOĞLAN M (2013). Denizli X Leghorn F2 popülasyonunda canlı ağırlık ve yumurta verimini etkileyen kromozom bölgelerinin tanımlanması. , 30 - 38.
Chicago	Bulut Zafer,KURAR Ercan,ÖZŞENSOY Yusuf,Nizamlioglu Mehmet,GARİP Mustafa,YILMAZ Alper,ÇAĞLAYAN TAMER,DERE Süleyman,KURTOĞLU Varol,DOĞLAN Müge Denizli X Leghorn F2 popülasyonunda canlı ağırlık ve yumurta verimini etkileyen kromozom bölgelerinin tanımlanması. (2013): 30 - 38.
MLA	Bulut Zafer,KURAR Ercan,ÖZŞENSOY Yusuf,Nizamlioglu Mehmet,GARİP Mustafa,YILMAZ Alper,ÇAĞLAYAN TAMER,DERE Süleyman,KURTOĞLU Varol,DOĞLAN Müge Denizli X Leghorn F2 popülasyonunda canlı ağırlık ve yumurta verimini etkileyen kromozom bölgelerinin tanımlanması. , 2013, ss.30 - 38.
AMA	Bulut Z,KURAR E,ÖZŞENSOY Y,Nizamlioglu M,GARİP M,YILMAZ A,ÇAĞLAYAN T,DERE S,KURTOĞLU V,DOĞLAN M Denizli X Leghorn F2 popülasyonunda canlı ağırlık ve yumurta verimini etkileyen kromozom bölgelerinin tanımlanması. . 2013; 30 - 38.
Vancouver	Bulut Z,KURAR E,ÖZŞENSOY Y,Nizamlioglu M,GARİP M,YILMAZ A,ÇAĞLAYAN T,DERE S,KURTOĞLU V,DOĞLAN M Denizli X Leghorn F2 popülasyonunda canlı ağırlık ve yumurta verimini etkileyen kromozom bölgelerinin tanımlanması. . 2013; 30 - 38.
IEEE	Bulut Z,KURAR E,ÖZŞENSOY Y,Nizamlioglu M,GARİP M,YILMAZ A,ÇAĞLAYAN T,DERE S,KURTOĞLU V,DOĞLAN M "Denizli X Leghorn F2 popülasyonunda canlı ağırlık ve yumurta verimini etkileyen kromozom bölgelerinin tanımlanması." , ss.30 - 38, 2013.
ISNAD	Bulut, Zafer vd. "Denizli X Leghorn F2 popülasyonunda canlı ağırlık ve yumurta verimini etkileyen kromozom bölgelerinin tanımlanması". (2013), 30-38.

APA	Bulut Z, KURAR E, ÖZŞENSOY Y, Nizamlioglu M, GARİP M, YILMAZ A, ÇAĞLAYAN T, DERE S, KURTOĞLU V, DOĞLAN M (2013). Denizli X Leghorn F2 popülasyonunda canlı ağırlık ve yumurta verimini etkileyen kromozom bölgelerinin tanımlanması. Eurasian Journal of Veterinary Sciences, 29(1), 30 - 38.
Chicago	Bulut Zafer,KURAR Ercan,ÖZŞENSOY Yusuf,Nizamlioglu Mehmet,GARİP Mustafa,YILMAZ Alper,ÇAĞLAYAN TAMER,DERE Süleyman,KURTOĞLU Varol,DOĞLAN Müge Denizli X Leghorn F2 popülasyonunda canlı ağırlık ve yumurta verimini etkileyen kromozom bölgelerinin tanımlanması. Eurasian Journal of Veterinary Sciences 29, no.1 (2013): 30 - 38.
MLA	Bulut Zafer,KURAR Ercan,ÖZŞENSOY Yusuf,Nizamlioglu Mehmet,GARİP Mustafa,YILMAZ Alper,ÇAĞLAYAN TAMER,DERE Süleyman,KURTOĞLU Varol,DOĞLAN Müge Denizli X Leghorn F2 popülasyonunda canlı ağırlık ve yumurta verimini etkileyen kromozom bölgelerinin tanımlanması. Eurasian Journal of Veterinary Sciences, vol.29, no.1, 2013, ss.30 - 38.
AMA	Bulut Z,KURAR E,ÖZŞENSOY Y,Nizamlioglu M,GARİP M,YILMAZ A,ÇAĞLAYAN T,DERE S,KURTOĞLU V,DOĞLAN M Denizli X Leghorn F2 popülasyonunda canlı ağırlık ve yumurta verimini etkileyen kromozom bölgelerinin tanımlanması. Eurasian Journal of Veterinary Sciences. 2013; 29(1): 30 - 38.
Vancouver	Bulut Z,KURAR E,ÖZŞENSOY Y,Nizamlioglu M,GARİP M,YILMAZ A,ÇAĞLAYAN T,DERE S,KURTOĞLU V,DOĞLAN M Denizli X Leghorn F2 popülasyonunda canlı ağırlık ve yumurta verimini etkileyen kromozom bölgelerinin tanımlanması. Eurasian Journal of Veterinary Sciences. 2013; 29(1): 30 - 38.
IEEE	Bulut Z,KURAR E,ÖZŞENSOY Y,Nizamlioglu M,GARİP M,YILMAZ A,ÇAĞLAYAN T,DERE S,KURTOĞLU V,DOĞLAN M "Denizli X Leghorn F2 popülasyonunda canlı ağırlık ve yumurta verimini etkileyen kromozom bölgelerinin tanımlanması." Eurasian Journal of Veterinary Sciences, 29, ss.30 - 38, 2013.
ISNAD	Bulut, Zafer vd. "Denizli X Leghorn F2 popülasyonunda canlı ağırlık ve yumurta verimini etkileyen kromozom bölgelerinin tanımlanması". Eurasian Journal of Veterinary Sciences 29/1 (2013), 30-38.