Hastane ve toplum kaynaklı staphylococcus aureus izolatlarında çeşitli virülans faktörlerinin gerçek zamanlı PCR yöntemiyle araştırılması

YILMAZ, Soner; Kiliç, Abdullah; BEDİR, Orhan; GÜÇLÜ ÜSKÜDAR, Aylin; KARAGÖZ, Alper; BAŞUSTAOĞLU, Ahmet Celal

Hastane ve toplum kaynaklı staphylococcus aureus izolatlarında çeşitli virülans faktörlerinin gerçek zamanlı PCR yöntemiyle araştırılması

Soner YILMAZ, (Gülhane Askeri Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Abdullah KILIÇ, (Gülhane Askeri Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Alper KARAGÖZ, (Türkiye Halk Sağlığı Kurumu, Moleküler Mikrobiyoloji Laboratuvarı, Ankara, Türkiye)

Orhan BEDİR, (Gülhane Askeri Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Aylin GÜÇLÜ ÜSKÜDAR, (Gülhane Askeri Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Ahmet Celal BAŞUSTAOĞLU (Gülhane Askeri Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Mikrobiyoloji Bülteni

5 0

Yıl: 2012 Cilt: 46 Sayı: 4 Sayfa Aralığı: 532 - 545 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Hastane ve toplum kaynaklı staphylococcus aureus izolatlarında çeşitli virülans faktörlerinin gerçek zamanlı PCR yöntemiyle araştırılması

Öz:

Staphylococcus aureus, toplumda görülen deri ve yumuşak doku enfeksiyonlarının en sık nedenlerinden biri ve hastane kaynaklı enfeksiyonların en önemli nedenidir. Bu çalışmada çeşitli klinik örneklerden elde edilen toplum ve hastane kaynaklı S.aureus izolatlarında stafilokokal enterotoksin A-D (sırasıyla SEA, SEB, SEC ve SED), toksik şok sendromu toksin-1 (TŞST-1), Panton-Valentin lökosidin (PVL) toksinleri ile SCC mec fenotiplerinin [metisiline dirençli S.aureus (MRSA) izolatlarında] tespit edilmesi ve hastane ve toplum kaynaklı izolatlar arasındaki genotipik ilişkinin gösterilmesi amaçlanmıştır. Çalışmada Gülhane Askeri Tıp Akademisi Mikrobiyoloji Laboratuvarında 2007-2010 yılları arasında farklı klinik örneklerden izo- le edilen 147 S.aureus suşuna ait virülans faktörleri gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi ile araştırılmıştır. Hastane ve toplum kaynaklı izolatlar arasındaki genotipik ilişki MLVA (multiple locus variable number of tandem repeat analysis) yöntemi kullanılarak tespit edilmiştir. Çalışmaya alınan 147 S.aureus izolatının 72 (%48.9)si hastane kaynaklı, 75 (%51.1)i toplum kaynaklı olarak tanımlanmıştır. İzolatlardan 93 (%63.2)ü en az bir adet (77 izolatta bir adet, 16 izolatta birden fazla) toksine sahiptir. Toksin tespit edilen izolatların %59.1 (55/93)i hastane kaynaklı, %40.9 (38/93)u ise toplum kaynaklıdır. İzolatların 59 (%40.1)unda SEA, 8 (%5.4)inde SEB, 12 (%8.1)sinde SEC, 8 (%5.4)inde SED, 17 (%11.5)sinde TŞST-1 ve 6 (%4.0)sında PVL tespit edilmiştir. Metisilin direnci hastane kaynaklı izolatların %61.1 (44/72)inde, toplum kaynaklı izolatların %6.7 (5/75)sinde saptanmıştır. Çalışmamızda hastane kaynaklı MRSA suşlarında %90.9 (40/44) oranında SCC mec tip III, toplum kaynaklı MRSA suşlarında %40 (2/5) oranında SCC mec tip IV varlığı bulunmuştur. SEA tespit edilen izolatların çoğunun (40/47, %85.1) hastane kaynaklı olup metisiline dirençli oldukları belirlenmiştir. MLVA yöntemine göre hastane ve toplum kaynaklı grupların kümeleşme oranları, klon sayıları, özgün profil sayıları sırasıyla %73.6 ve %57.3, %34 ve %47, %19 ve %32 olarak saptanmıştır. Sonuç olarak, hastane kaynaklı MRSA izolatlarında yüksek oranda SEA tespit edilmesi, bu toksin ile antibiyotik direnç gelişimi arasında bir ilişki olabileceğini düşündürmüştür.

Anahtar Kelime:

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Bibliyografik

1. Nhan TX, Leclercq R, Cattoir V. Prevalence of toxin genes in consecutive clinical isolates of Staphylococcus aureus and clinical impact. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2011; 30(6): 719-25.
2. Mangram AJ, Horan TC, Pearson ML, Silver LC, Jarvis WR. Guideline for prevention of surgical site infecti- on. Hospital Infection Control Practices Advisory Committee. Infect Control Hosp Epidemiol 1999; 20(4): 250-78.
3. Bohach GA.Staphylococcus aureus exotoxins, pp: 464-77. In: Vincent AF, Richard PN, Joseph JF (eds), Gram- Positive Pathogens. 2006, 2th ed. ASM Press, Washigton, DC.
4. Pinchuk IV, Beswick EJ, Reyes VE. Staphylococcal enterotoxins. Toxins 2010; 2(8): 2177-97.
5. Manders SM. Toxin-mediated streptococcal and staphylococcal disease. J Am Acad Dermatol 1998; 39(3): 383-98.
6. Boyle-Vavra S, Daum RS. Community-acquired methicillin-resistant Staphylococcus aureus: the role of Panton-Valentine leukocidin. Lab Invest 2006; 87(1): 3-9. 7. Deresinski S. Methicillin-resistant Staphylococcus aureus: an evolutionary, epidemiologic, and therapeutic odyssey. Clin Infect Dis 2005; 40(4): 562-73.
8. Horan TC, Andrus M, Dudeck MA. CDC/NHSN surveillance definition of health care-associated infection and criteria for specific types of infections in the acute care setting. Am J Infect Control 2008; 36(5): 309- 32.
9. Cirit OS.Staphylococcus aureus klinik izolatlarında Panton-Valentin lökosidin varlığının araştırılması. Uzmanlık Tezi, 2009. Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Fakültesi, Samsun.
10. Layer F, Ghebremedhin B, Moder KA, König W, König B. Comparative study using various methods for identification of Staphylococcus species in clinical specimens. J Clin Microbiol 2006; 44(8): 2824-30.
11. Clinical and Laboratory Standards Institute. Performance standards for antimicrobial susceptibility testing. 20th Informational Supplement. Document M100-S20, 2010. CLSI, Wayne, PA
12. Kiliç A, Guclu AU, Senses Z, Bedir O, Aydogan H, Basustaoglu AC. Staphylococcal cassette chromosome mec (SCC mec) characterization and Panton-Valentine leukocidin gene occurrence for methicillin-resistant Staphylococcus aureus in Turkey, from 2003 to 2006. Antonie Van Leeuwenhoek 2008; 94(4): 607-14.
13. Kiliç A, Li H, Stratton CW, Tang YW. Antimicrobial susceptibility patterns and staphylococcal cassette chro-mosome mec types of, as well as Panton-Valentine leukocidin occurrence among, methicillin-resistant Staphylococcus aureus isolates from children and adults in middle Tennessee. J Clin Microbiol 2006; 44(12):4436-40.
14. Kumar R, Yadav BR, Dev K, Singh RS. A simple protocol for DNA extraction from Staphylococcus aureus.http://www.protocol-online.org/prot/Protocols/A-Simple-Protocol-for-DNA-Extraction-from-Staphylococcus-Aureus-4999.html
15. Sabat A, Krzyszton-Russjan J, Strzalka W, et al. New method for typing Staphylococcus aureus strains: multiple-locus variable-number tandem repeat analysis of polymorphism and genetic relationships of clinical isolates. J Clin Microbiol 2003; 41(4): 1801-4.
16. Rasschaert G, Vanderhaeghen W, Dewaele I, et al. Comparison of fingerprinting methods for typing met-hicillin-resistant Staphylococcus aureus sequence type 398. J Clin Microbiol 2009; 47(10): 3313-22.
17. Baranovich T, Zaraket H, Shabana II, Nevzorova V, Turcutyuicov V. Molecular characterization and suscep-tibility of methicillin-resistant and methicillin-susceptible Staphylococcus aureus isolates from hospitals and the community in Vladivostok, Russia. Clin Microbiol Infect 2010; 16(6):575-82.
18. Van der Mee-Marquet N, Blanchard M, Domelier AS, Quentin R. Virulence and antibiotic susceptibility of Staphylococcus aureus strains isolated from various origins. Pathol Biol (Paris) 2004; 52(10): 579-83.
19. Padmanabhan RA, Fraser TG. The emergence of methicillin-resistant Staphylococcus aureus in the commu-nity. Cleve Clin J Med 2005; 72(3): 235-41.
20. Naimi TS, LeDell KH, Como-Sabetti K, et al. Comparison of community- and health care-associated methi-cillin-resistant Staphylococcus aureus infection. JAMA 2003; 290(22): 2976-84.
21. Herold BC, Immergluck LC, Maranan MC, et al. Community-acquired methicillin-resistant Staphylococcus aureus in children with no identified predisposing risk. JAMA 1998; 279(8): 593-8.
22. Popovich KJ, Weinstein RA, Hota B. Are community-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) strains replacing traditional nosocomial MRSA strains? Clin Infect Dis 2008; 46(6): 787-94.
23. Scazzocchio F, Aquilanti L, Tabacchini C, Lebba V, Passariello C. Microbiological and molecular characterization of nosocomial and community Staphylococcus aureus isolates. Epidemiol Infect 2011; 139(4): 613- 22.
24. Klevens RM, Morrison MA, Nadle J, et al. Active bacterial core surveillance (ABCs) MRSA investigators, in-vasive methicillin-resistant Staphylococcus aureus infections in the United States. JAMA 2007; 298(15): 1763-71.
25. Kim JS, Song W, Kim HS, et al. Association between the methicillin resistance of clinical isolates of Staphy-lococcus aureus, their staphylococcal cassette chromosome mec (SCC mec) subtype classification, and their toxin gene profiles. Diagn Microbiol Infect Dis 2006; 56(3): 289-95.
26. Hu DL, Omoe K, Inoue F, et al. Comparative prevalence of superantigenic toxin genes in meticillin-resistant and meticillin-susceptible Staphylococcus aureus isolates. Med Microbiol 2008; 57(Pt 9):1106-12.
27. Demir C, Aslantaş O, Duran N, Ocak S, Ozer B. Investigation of toxin genes in Staphylococcus aureus stra-ins isolated in Mustafa Kemal University Hospital. Turk J Med Sci 2011; 41 (2): 343-52.
28. Boussaud V, Parrot A, Mayaud C, et al. Life-threatening hemoptysis in adults with community-acquired pneumonia due to Panton-Valentine leukocidin-secreting Staphylococcus aureus. Intensive Care Med 2003; 29(10):1840-3.
29. Holmes A, Ganner M, McGuane S, Pitt TL, Cookson BD, Kearns AM. Staphylococcus aureus isolates carrying Panton-Valentine leucocidin genes in England and Wales: frequency, characterization, and association with clinical disease. J Clin Microbiol 2005; 43(5): 2384-90.
30. Issartel B, Tristan A, Lechevallier S, et al. Frequent carriage of Panton-Valentine leucocidin genes by Staphy-lococcus aureus isolates from surgically drained abscesses. J Clin Microbiol 2005; 43(7): 3203-7
31. Karahan ZC, Tekeli A, Adaleti R, Koyuncu E, Dolapci I, Akan OA. Investigation of Panton-Valentine leukoci- din genes and SCCmec types in clinical Staphylococcus aureus isolates from Turkey. Microb Drug Resist 2008; 14(3): 203-10
32. Maree CL, Daum RS, Boyle-Vavra S, Matayoshi K, Miller LG. Community-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus isolates causing healthcare-associated infections. Emerg Infect Dis 2007; 13(2): 236-42.
33. Altoparlak Ü, Uslu H, Kireççi E, Aktaş F. Klinik örneklerden izole edilen stafilokoklarda antibiyotik direnci. An- kem Derg 2002; 16(1): 69-72.
34. Kurutepe S, Sürücüoğlu S, Gazi H, Özbakkaloğlu B, Teker A. Metisiline dirençli ve duyarlı Staphylococcus au-reussuşlarının antibiyotiklere direnç oranları. İnfeksiyon Derg 2007; 21(4): 187-91.
35. Groom AV, Wolsey DH, Naimi TS, Smith K, et al. Community-acquired methicillin-resistant Staphylococcus aureus in a rural American Indian community. JAMA 2001; 286(10):1201-5.
36. Okuma K, Iwakawa K, Turnidge JD, et al. Dissemination of new methicillin-resistant Staphylococcus aureus clones in the community. Microbiol 2002; 40(11): 4289-94.
37. Seybold U, Halvosa JS, White N, Voris V, Ray SM, Blumberg HM. Emergence of and risk factors for methi-cillin-resistant Staphylococcus aureus of community origin in intensive care nurseries. Pediatrics 2008; 122(5): 1039-46.
38. Fey PD, Saïd-Salim B, Rupp ME, et al. Comparative molecular analysis of community- or hospital-acquired methicillin-resistant Staphylococcus aureus. Antimicrob Agents Chemother 2003; 47(1): 196-203.
39. Malachowa N, DeLeo FR. Mobile genetic elements of Staphylococcus aureus. Cell Mol Life Sci 2010; 67(18): 3057-71

APA	YILMAZ S, Kiliç A, KARAGÖZ A, BEDİR O, GÜÇLÜ ÜSKÜDAR A, BAŞUSTAOĞLU A (2012). Hastane ve toplum kaynaklı staphylococcus aureus izolatlarında çeşitli virülans faktörlerinin gerçek zamanlı PCR yöntemiyle araştırılması. , 532 - 545.
Chicago	YILMAZ Soner,Kiliç Abdullah,KARAGÖZ Alper,BEDİR Orhan,GÜÇLÜ ÜSKÜDAR Aylin,BAŞUSTAOĞLU Ahmet Celal Hastane ve toplum kaynaklı staphylococcus aureus izolatlarında çeşitli virülans faktörlerinin gerçek zamanlı PCR yöntemiyle araştırılması. (2012): 532 - 545.
MLA	YILMAZ Soner,Kiliç Abdullah,KARAGÖZ Alper,BEDİR Orhan,GÜÇLÜ ÜSKÜDAR Aylin,BAŞUSTAOĞLU Ahmet Celal Hastane ve toplum kaynaklı staphylococcus aureus izolatlarında çeşitli virülans faktörlerinin gerçek zamanlı PCR yöntemiyle araştırılması. , 2012, ss.532 - 545.
AMA	YILMAZ S,Kiliç A,KARAGÖZ A,BEDİR O,GÜÇLÜ ÜSKÜDAR A,BAŞUSTAOĞLU A Hastane ve toplum kaynaklı staphylococcus aureus izolatlarında çeşitli virülans faktörlerinin gerçek zamanlı PCR yöntemiyle araştırılması. . 2012; 532 - 545.
Vancouver	YILMAZ S,Kiliç A,KARAGÖZ A,BEDİR O,GÜÇLÜ ÜSKÜDAR A,BAŞUSTAOĞLU A Hastane ve toplum kaynaklı staphylococcus aureus izolatlarında çeşitli virülans faktörlerinin gerçek zamanlı PCR yöntemiyle araştırılması. . 2012; 532 - 545.
IEEE	YILMAZ S,Kiliç A,KARAGÖZ A,BEDİR O,GÜÇLÜ ÜSKÜDAR A,BAŞUSTAOĞLU A "Hastane ve toplum kaynaklı staphylococcus aureus izolatlarında çeşitli virülans faktörlerinin gerçek zamanlı PCR yöntemiyle araştırılması." , ss.532 - 545, 2012.
ISNAD	YILMAZ, Soner vd. "Hastane ve toplum kaynaklı staphylococcus aureus izolatlarında çeşitli virülans faktörlerinin gerçek zamanlı PCR yöntemiyle araştırılması". (2012), 532-545.

APA	YILMAZ S, Kiliç A, KARAGÖZ A, BEDİR O, GÜÇLÜ ÜSKÜDAR A, BAŞUSTAOĞLU A (2012). Hastane ve toplum kaynaklı staphylococcus aureus izolatlarında çeşitli virülans faktörlerinin gerçek zamanlı PCR yöntemiyle araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni, 46(4), 532 - 545.
Chicago	YILMAZ Soner,Kiliç Abdullah,KARAGÖZ Alper,BEDİR Orhan,GÜÇLÜ ÜSKÜDAR Aylin,BAŞUSTAOĞLU Ahmet Celal Hastane ve toplum kaynaklı staphylococcus aureus izolatlarında çeşitli virülans faktörlerinin gerçek zamanlı PCR yöntemiyle araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni 46, no.4 (2012): 532 - 545.
MLA	YILMAZ Soner,Kiliç Abdullah,KARAGÖZ Alper,BEDİR Orhan,GÜÇLÜ ÜSKÜDAR Aylin,BAŞUSTAOĞLU Ahmet Celal Hastane ve toplum kaynaklı staphylococcus aureus izolatlarında çeşitli virülans faktörlerinin gerçek zamanlı PCR yöntemiyle araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.46, no.4, 2012, ss.532 - 545.
AMA	YILMAZ S,Kiliç A,KARAGÖZ A,BEDİR O,GÜÇLÜ ÜSKÜDAR A,BAŞUSTAOĞLU A Hastane ve toplum kaynaklı staphylococcus aureus izolatlarında çeşitli virülans faktörlerinin gerçek zamanlı PCR yöntemiyle araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni. 2012; 46(4): 532 - 545.
Vancouver	YILMAZ S,Kiliç A,KARAGÖZ A,BEDİR O,GÜÇLÜ ÜSKÜDAR A,BAŞUSTAOĞLU A Hastane ve toplum kaynaklı staphylococcus aureus izolatlarında çeşitli virülans faktörlerinin gerçek zamanlı PCR yöntemiyle araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni. 2012; 46(4): 532 - 545.
IEEE	YILMAZ S,Kiliç A,KARAGÖZ A,BEDİR O,GÜÇLÜ ÜSKÜDAR A,BAŞUSTAOĞLU A "Hastane ve toplum kaynaklı staphylococcus aureus izolatlarında çeşitli virülans faktörlerinin gerçek zamanlı PCR yöntemiyle araştırılması." Mikrobiyoloji Bülteni, 46, ss.532 - 545, 2012.
ISNAD	YILMAZ, Soner vd. "Hastane ve toplum kaynaklı staphylococcus aureus izolatlarında çeşitli virülans faktörlerinin gerçek zamanlı PCR yöntemiyle araştırılması". Mikrobiyoloji Bülteni 46/4 (2012), 532-545.