Bir üniversite hastanesinde bakteriyel ve viral menenjit etkenlerinin farklı PCR yöntemleri ile araştırılması

GÜLTEPE, Bilge; Guducuoglu, Huseyin; ÇIKMAN, Aytekin; BERKTAŞ, Mustafa; BAYRAM, YASEMIN

Bir üniversite hastanesinde bakteriyel ve viral menenjit etkenlerinin farklı PCR yöntemleri ile araştırılması

Bilge GÜLTEPE, (Bezmialem Vakıf Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye)

Yasemin BAYRAM, (Yüzüncü Yıl Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Van, Türkiye)

Hüseyin GÜDÜCÜOĞLU, (Yüzüncü Yıl Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Van, Türkiye)

Aytekin ÇIKMAN, (Erzincan Mengücek Gazi Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Mikrobiyoloji Bölümü, Erzincan, Türkiye)

Mustafa BERKTAŞ (Özel Van Lokman Hekim Hastanesi, Van, Türkiye)

Abant Tıp Dergisi

13 2

Yıl: 2015 Cilt: 4 Sayı: 2 Sayfa Aralığı: 125 - 129 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Bir üniversite hastanesinde bakteriyel ve viral menenjit etkenlerinin farklı PCR yöntemleri ile araştırılması

Öz:

Amaç: Menenjit, tanısının hızla konarak erken tedavi yapılmasıgereken komplikasyonları yüksek bir enfeksiyon hastalığıdır.Menenjitlerin çoğunda etiyoloji bilinmeden ampirik tedaviyebaşlanması gerekmektedir. Bu ampirik antimikrobiyal tedaviseçimi, coğrafi bölgedeki yaygın olan patojenlere, hastanın yaşınave o bölgedeki pa tojenlerin antibiyotik duyarlılıklarına göreyapılmaktadır. Çalışmada, menenjit ön tanısı ile takip edilenhastaların beyin omurilik sıvısı (BOS) örneklerinde molekülertestler kullanılarak bakteriyel ve viral etkenlerin belirlenmesiamaçlanmıştır.Yöntem: Çalışmamızda, menenjit ön tanısı ile çeşitli kliniklerdengönderilen farklı hastalara ait 100 BOS örneği incelenmiştir.Bakteriyel menenjit etkenlerinden Streptococcus pneumoniae ,Neisseria meningitidis ve Haemophilus influenzae ; NHS MeningitisReal - TM (Sacace, Italy) ve Speed -Oligo Bacterial Meningitis Test(Vircell, Spain) yöntemleri ile, aseptik menejit etkenlerinden HSVise; HSV I/II Typing Real - TM (Sacace, Italy) ve Attomol HSV 1,2differentiation - DNA- LINA (Vircell, Spain) yöntemleri ilearaştırılmıştır.Bulgular: NHS Meningitis Real - TM yöntemi ile BOS örneklerinde10 S. pneumoniae , 2 N. meningitidis ve bir H. influenzae tespitedilmiştir. Speed -Oligo Bacterial Meningitis yöntemi kullanılarak;4 örnekte S. pneumoniae ve 1 örnekte ise N. meningitidissa ptanmıştır. Bu yöntem ile H. influenzaeya rastlanmamıştır. HSVI/II Typing Real -TM ile 5 BOS örneğinde HSV pozitifliğibelirlenmiştir. Tespit edilen HSVün 3ü HSV tip 2 bulunmuş, 2siise HSV tip 1 olarak saptanmıştır. Attomol HSV 1 -2 yöntemikullanılara k da HSV pozitifliği 3 örnekte belirlenmiştir. Bu yöntemile belirlenen tüm HSVler, HSV tip 1 olarak saptanmıştır.Sonuç: Menenjit hastalarında uygun ve yeterli antimikrobiyaltedavi için öncelikle etkenin belirlenmesi gerekmektedir. PCR gibimoleküler yöntemlerle etkenlerin erken saptanması mümkünolmaktadır. Ortamda bulunan inhibitörler, kontaminant maddelerve DNA izolasyonundan kaynaklanan hatalar ile yönteminstandardize olmaması gibi nedenlerden kaynaklanan yanlış pozitifve yanlış negatif sonuçlara rağmen moleküler yöntemlerinönemini koruduğu düşünülmektedir.

Anahtar Kelime:

Konular: Mikrobiyoloji

Investigation of bacterial and viral meningitis agents with different PCR methods at a university hospital

Öz:

Objective : Meningitis is an infectious disease with high risk ofcomplications that must be diagnosed and treated immediately. Inmost of the cases, meningitis treated empirically without knowingthe etiology. This empirical choice of antimicrobial treatment ismade according to the common pathogens present in thatparticular geographic region and antibiotic susceptibility of thesepathogens and age of the patient. In this study, the aim wa s todetermine bacterial and viral meningitis agents that might bepresent in the CSF of patients who are followed with earlydiagnosis of meningitis.Method : In our study, 100 CSF samples, which belongs to differentpatients, sent from multiple clinics wi th early diagnosis ofmeningitis were analyzed. Among the bacterial meningitis agents,the presence of Streptococcus pneumoniae , Neisseria meningitidisand Haemophilus influenzae were investigated by NHS MeningitisReal - TM (Sacace, Italy) and Speed - Oligo Bacterial Meningitis Test(Vircell, Spain); the presence of the HSV, as one of the agents ofthe aseptic meningitis, was investigated by HSV I/II Typing Real -TM(Sacace, Italy) and Attomol HSV 1 - 2 differentiation - DNA- LINA(Vircell, Spain).Results: With NHS Meningitis Real -TM method, 10 S. pneumonia,two N. meningitidis and one H. influenzae identified from CSFsamples. By using the Speed - Oligo Bacterial Meningitis method , S.pneumoniae was identified in four of the samples and only in onesample N. meningitidis was identified. No H. influenzae wasidentified in any of the samples with this method. With HSV I/IITyping Real -TM, HSV positivity was identified in 5 of the CSFsamples and 3 of them were identified as type 2 and other 2 wereidentified as type 1 . With the use of Attomol HSV 1 - 2 method,HSV positivity was identified in 3 samples. All the HSVs determinedwith the use of this method were identified as type 1.Conclusion : For appropriate and adequate treatment of patientswith meningitis, first of all the agent must be determined. Withmethods like PCR, it is possible to identify the agents early in theinfection. Despite the wrong positive and negative results arisingfrom the reasons like inhibitors present in the environment,contaminant material s, mistakes arising from DNA isolation stepsand being unable to standardize these methods, molecularmethods are thought to maintain their importance.

Anahtar Kelime:

Konular: Mikrobiyoloji

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık

1. Kanra G, Ceyhan M, Kara A. Menenjit I: etiyopatogenez. Çocuk Sağlığı ve Hast Derg 2003; 46(1): 57-66.
2. Celik N, Tanir G, Aydemir C, Tuygun N, Zorlu P. Differential diagnosis of bacterial and viral meningitis in childhood acute meningitis: a statistical model. Mikrobiyol Bul. 2007; 41(1): 63 -9.
3. Karakartal G, Altay G, Arısoy ES, Doğanay M. Menenjitler: Topçu -Willke A, Söyletir G, Doğanay M (editörler), İnfeksiyon Hastalıkları ve Mikrobiyolojisi. İstanbul: Nobel Tıp Kitabevi: 985 -1018, 2002.
4. Coşkun D, Göktaş P, Özyürek S, Dağ Z. Akut pürülan, viral ve tüberküloz menenjitlerde prognoz ile prognoza etki eden faktörlerin değerlendirilmesi. Flora 1997; 3:188-94.
5. Şen S, Vardar F. Acute Bacterial Meningitis. Turkiye Klinikleri J Pediatr Sci 2011;7(4):20-7.
6. Bamberger DM. Diagnosis, initial management, and prevention of meningitis. Am Fam Physician 2010; 82(12): 1491 -8.
7. Duman Y, Yakupoğulları Y, Tekerekoğlu MS, Güçlüer N, Otlu B. Bir üniversite hastanesi laboratuvarında beyin omurilik sıvısında izole edilen mikroorganizmaların üç yıllık geriye dönük analizi. Dicle Tıp Derg 2012; 39 (1): 70-4.
8. Furyk JS, Swann O, Molyneux E. Systematic review: neonatal meningitis in the developing world. Trop Med Int Health 2011; 16(6): 672 -9.
9. Brouwer MC, Tunkel AR, van de Beek D. Epidemiology, diagnosis, and antimicrobial treatment of acute bacterial meningitis. Clin Microbiol Rev 2010; 23(3): 467-92.
10. Durand ML, Calderwood SB, Weber DJ, Miller SI, Southwick FS, Caviness VS Jr, Swartz MN. Acute bacterial meningitis in adults. A review of 493 episodes. N Engl J Med. 1993;328(1):21 -8.
11. Kim KS. New diagnostic and therapeutic options in bacterial meningitis in infants and children. Minerva Pediatr 2009; 61(5): 531 -48.
12. Chadwick DR. Viral meningitis. Br Med Bul 2006; 75-76:1-14.
13. Jerome KR, Ashley RL. Herpes simplex viruses and Herpes B virus. pp: 1291 -1303, In: Murray PR. (ed), Manuel of Clinical Microbiology. 2003, 8th ed. vol. 2. ASM Press, Washington DC.
14. Çolak D, Mutlu D. Herpes grubu viruslar. pp:113 - 44. In: Ustaçelebi Ş, Abacıoğlu H, Badur S. (Eds), Moleküler, Klinik ve Tanısal Viroloji. 2004. Güneş Kitabevi, Ankara.
15. Sayıner AA. Viral merkezi sinir sistemi infeksiyonlarında tanı. ANKEM Derg 2005; 19(Ek 2): 130-6.
16. Saez -Llorens X, McCracken GH. Acute bacterial meningitis beyond the neonatal period, pp: 284-91. In: Long SS, Pickering LK, Prober CG (eds). Principles and practice of pediatric infectious diseases. 2008, 3th ed. Churchill Livingstone Elsevier, Philadelphia.
17. Van de Beek D, de Gans J, Spanjaard L, Weisfelt M, Reitsma JB, Vermeulen M: Clinical features and prognostic factors in adults with bacterial meningitis. N Engl J Med 2004; 351(18): 1849-59.
18. Turhan V, Acar A, Kılıç A, Budak S, Oncül O, Haznedaroğlu T, Görenek L. Meningococcemia and meningitis due to Neisseria meningitidis W135 developed in two cases vaccinated with bivalent (A/C) meningococcal vaccine. Mikrobiyol Bul. 2010;44(3):473 -8.
19. Aktaş F, Altoparlak U, Celebi S, Erol S. Etiological agents in bacterial meningitis and cerebrospinal fluid shunt infections and their antibiotic susceptibilities. Mikrobiyol Bul 2005; 39(1): 9-16.
20. Özdemir H, Tapsız A, Çiftçi E, İnce E, Doğru Ü: Çocuklarda akut bakteriyel menenjit. Çocuk Enf Derg 2010; 4(1): 9-14.
21. Pehlivanoğlu F, Kart Yaşar K, Şengöz G. Beyin omurilik sıvısından izole edilen mikroorganizmalar ve antibiyotik duyarlılıkları. ANKEM Derg 2011; 25(1): 1 -5.
22. Buzgan T, Karahocagil MK, Irmak H, Binici İ, Karsen H, Akdeniz H. Retrospective evaluation of two hundred and four bacterial meningitis cases. Turkiye Klinikleri J Med Sci 2010; 30(5):1675 -82.
23. Papavasileiou K, Papavasileiou E, Tzanakaki G, Voyatzi A, Kremastinou J, Chatzipanagiotou S: Acute bacterial meningitis cases diagnosed by culture and PCR in a children's hospital throughout a 9-Year period (2000-2008) in Athens, Greece. Mol Diagn Ther 2011; 15(2): 109-13.
24. Kılıç I, Altuğlu I, Ciçek C, Pullukçu H, Bayram N, Sirin H, Erensoy S. Identification of enteroviruses from central nervous system infections by RT-PCR and cell culture methods. Mikrobiyol Bul. 2011 Jul;45(3):468-77.
25. Lee BE, Davies HD. Aseptic meningitis. Curr Opin Infect Dis 2007; 20(3): 272 -7.
26. Read ST, Kurtz JB. Laboratory diagnosis of common viral infections of the central nervous system by using a single multiplex PCR screening assay. J Clin Microbiol 1999; 37(5): 1352 -5.
27. Gaeta A, Verzaro S, Cristina LM, Mancini C, Nazzari C: Diagnosis of neurological Herpesvirus infections: real time PCR in cerebral spinal fluid analysis. New Microbiol 2009;32(4):333 -40.
28. Vidal LR, Almeida SM, Messias -Reason IJ, Nogueira MB, Debur Mdo C, Pessa LF, Pereira LA, Rotta I, Takahashi GR, Silveira CS, Araújo JM, Raboni SM. Enterovirus and herpesviridae family as etiologic agents of lymphomonocytary meningitis, Southern Brazil. Arq Neuropsiquiatr. 2011 Jun;69(3):475 -81.
29. Demiroğlu YZ, Turunç T, Alışkan H, Çolakoğlu Ş, Erdoğan AF, Arslan H. Community acquired meningitis/meningoencephalitis: retrospective evaluation of five years. Turkiye Klinikleri J Med Sci 2010; 30(1):218-26.

APA	GÜLTEPE B, BAYRAM Y, Guducuoglu H, ÇIKMAN A, BERKTAŞ M (2015). Bir üniversite hastanesinde bakteriyel ve viral menenjit etkenlerinin farklı PCR yöntemleri ile araştırılması. , 125 - 129.
Chicago	GÜLTEPE Bilge,BAYRAM YASEMIN,Guducuoglu Huseyin,ÇIKMAN Aytekin,BERKTAŞ Mustafa Bir üniversite hastanesinde bakteriyel ve viral menenjit etkenlerinin farklı PCR yöntemleri ile araştırılması. (2015): 125 - 129.
MLA	GÜLTEPE Bilge,BAYRAM YASEMIN,Guducuoglu Huseyin,ÇIKMAN Aytekin,BERKTAŞ Mustafa Bir üniversite hastanesinde bakteriyel ve viral menenjit etkenlerinin farklı PCR yöntemleri ile araştırılması. , 2015, ss.125 - 129.
AMA	GÜLTEPE B,BAYRAM Y,Guducuoglu H,ÇIKMAN A,BERKTAŞ M Bir üniversite hastanesinde bakteriyel ve viral menenjit etkenlerinin farklı PCR yöntemleri ile araştırılması. . 2015; 125 - 129.
Vancouver	GÜLTEPE B,BAYRAM Y,Guducuoglu H,ÇIKMAN A,BERKTAŞ M Bir üniversite hastanesinde bakteriyel ve viral menenjit etkenlerinin farklı PCR yöntemleri ile araştırılması. . 2015; 125 - 129.
IEEE	GÜLTEPE B,BAYRAM Y,Guducuoglu H,ÇIKMAN A,BERKTAŞ M "Bir üniversite hastanesinde bakteriyel ve viral menenjit etkenlerinin farklı PCR yöntemleri ile araştırılması." , ss.125 - 129, 2015.
ISNAD	GÜLTEPE, Bilge vd. "Bir üniversite hastanesinde bakteriyel ve viral menenjit etkenlerinin farklı PCR yöntemleri ile araştırılması". (2015), 125-129.

APA	GÜLTEPE B, BAYRAM Y, Guducuoglu H, ÇIKMAN A, BERKTAŞ M (2015). Bir üniversite hastanesinde bakteriyel ve viral menenjit etkenlerinin farklı PCR yöntemleri ile araştırılması. Abant Tıp Dergisi, 4(2), 125 - 129.
Chicago	GÜLTEPE Bilge,BAYRAM YASEMIN,Guducuoglu Huseyin,ÇIKMAN Aytekin,BERKTAŞ Mustafa Bir üniversite hastanesinde bakteriyel ve viral menenjit etkenlerinin farklı PCR yöntemleri ile araştırılması. Abant Tıp Dergisi 4, no.2 (2015): 125 - 129.
MLA	GÜLTEPE Bilge,BAYRAM YASEMIN,Guducuoglu Huseyin,ÇIKMAN Aytekin,BERKTAŞ Mustafa Bir üniversite hastanesinde bakteriyel ve viral menenjit etkenlerinin farklı PCR yöntemleri ile araştırılması. Abant Tıp Dergisi, vol.4, no.2, 2015, ss.125 - 129.
AMA	GÜLTEPE B,BAYRAM Y,Guducuoglu H,ÇIKMAN A,BERKTAŞ M Bir üniversite hastanesinde bakteriyel ve viral menenjit etkenlerinin farklı PCR yöntemleri ile araştırılması. Abant Tıp Dergisi. 2015; 4(2): 125 - 129.
Vancouver	GÜLTEPE B,BAYRAM Y,Guducuoglu H,ÇIKMAN A,BERKTAŞ M Bir üniversite hastanesinde bakteriyel ve viral menenjit etkenlerinin farklı PCR yöntemleri ile araştırılması. Abant Tıp Dergisi. 2015; 4(2): 125 - 129.
IEEE	GÜLTEPE B,BAYRAM Y,Guducuoglu H,ÇIKMAN A,BERKTAŞ M "Bir üniversite hastanesinde bakteriyel ve viral menenjit etkenlerinin farklı PCR yöntemleri ile araştırılması." Abant Tıp Dergisi, 4, ss.125 - 129, 2015.
ISNAD	GÜLTEPE, Bilge vd. "Bir üniversite hastanesinde bakteriyel ve viral menenjit etkenlerinin farklı PCR yöntemleri ile araştırılması". Abant Tıp Dergisi 4/2 (2015), 125-129.