Yıl: 2016 Cilt: 4 Sayı: 51 Sayfa Aralığı: 522 - 534 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Bir Üniversite Hastanesinde İzole Edilen Çok İlaca Dirençli Acinetobacter baumannii İzolatlarının Antimikrobiyal Duyarlılığı ve Moleküler Karakterizasyonu

Öz:
Aerobik, hareketsiz, gram-negatif bir bakteri olan Acinetobacter baumannii, birçok antibiyotiğe direnç gösteren önemli bir nozokomiyal patojendir. Karbapenemler, bu patojenin neden olduğu enfeksiyonların tedavisi için en yaygın kullanılan antibiyotiklerdendir. Ancak son yıllarda A.baumannii'de karbapenem direncinin giderek artan oranlarda saptanması, tedavide ciddi problemlere yol açmaktadır. Bu çalışmanın amacı, klinik A.baumannii izolatlarının antibiyotik duyarlılık profillerinin saptanması, blagenlerinin varlığının araştırılması ve izolatlar arasındaki klonal ilişkinin belirlenmesidir. Çalışmaya, Mayıs 2012-Ocak 2013 tarihleri arasında Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'ne başvuran hastaların çeOXA direnç şitli klinik örneklerinden (37 solunum yolu örneği, 11 yara, 10 kan, 8 kateter, 6 doku, 5 idrar, 2 apse) izole edilen 79 A.baumannii suşu dahil edilmiştir. İzolatlar konvansiyonel yöntemler ve Vitek®2 Compact otomatize sistemi ile tanımlanmıştır. İzolatların antibiyotik duyarlılıkları Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemiyle araştırılmış ve CLSI kriterlerine göre değerlendirilmiştir. Suşlarda blabla arasındaki klonal ilişki, ApaI restriksiyon enziminin kullanıldığı değişken alanlı (pulse-field) jel elektroforezi (PFGE) ile belirlenmiştir. Çalışmamızda, tüm izolatların kolistine duyarlı olduğu görülmüş; piperasilin/tazobaktam, siprofloksasin, imipenem, meropenem, sefaperazon/sülbaktam, trimetoprim/sülfametoksazol, seftazidim, levofloksasin, gentamisin, tetrasiklin, ampisilin/sülbaktam, amikasin, netilmisin ve tigesikline direnç oranları sırasıyla; %97.5, %96.2, %94.9, %94.9, %93.6, %91.1, %88.6, %86, %83.6, %77.2, %69.6, %55.7, %27.8 ve %3.8 olarak saptanmıştır. Tüm suşlar, OXA'ya özgül PCR ve OXA16S rDNA dizi analizi ile A.baumannii olarak tanımlanmıştır. İzolatların tümünde (%100) blabla PFGE sonuçlarına göre 10 pulsotip tanımlanmış; bunlardan sekizinde 3-30 arasında değişen, birbirinden ayırt edilemeyen benzer PFGE profilleri gösteren 77 (%97.5) izolatın [A (n= 30), B (n= 20), C (n= 9), D (n= 5), E (n= 4), F (n= 3), G (n= 3), H (n= 3)] bulunduğu belirlenmiştir. Klon A ve B'nin, diğer klonlarla karşılaştırıldığında hasta örneklerinde baskın olduğu ve antibiyotiklere direncin yüksek seviyelerde olduğu.
Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji Tıbbi Laboratuar Teknolojisi

Antimicrobial Susceptibility and Molecular Characterization of Multidrug-Resistant Acinetobacter baumannii Isolated in an University Hospital

Öz:
Acinetobacter baumannii, an aerobic, non-motile, gram-negative bacterium is an important nosocomial pathogen which shows resistance to the most antibiotics. Carbapenems are the most commonly used antibiotics for the treatment of infections caused by this pathogen. However the emergence of resistance against carbapenems in an increasing rate generates serious problems for antimicrobial therapy. The aims of this study were to detect the antibiotic susceptibility, and the presence of blaOXA resistance genes of clinical A.baumannii isolates and to determine the clonal relationship between these isolates. A total of 79 A.baumannii strains isolated from various clinical specimens (37 respiratory tract samples, 11 wound, 10 blood, 8 catheters, 6 tissue, 5 urine, 2 abscess) of the patients admitted to Mersin University Medical School Hospital between May 2012-January 2013, were included in the study. The isolates were identified by conventional methods and Vitek®2 Compact automated system. Antibiotic susceptibilities of the isolates were determined by Kirby-Bauer disk diffusion method and evaluated according to CLSI criteria. The presence of blaOXA-51, blaOXA-23, blaOXA-24, blaOXA-48 and blaOXA-58 genes were detected by an in-house polymerase chain reaction (PCR), and the clonal relationship between the isolates were identified by pulsed-field gel electroforesis (PFGE) using the ApaI restriction enzyme. In our study, all of the isolates were susceptible to colistin, while the resistance rates against piperacillin-tazobactam, ciprofloxacin, imipenem, meropenem, cefoperazone/sulbactam, trimethoprim-sulfamethoxazole, ceftazidime, levofloxacin, gentamicin, tetracycline, ampicillin-sulbactam, amikacin, netilmicin and tigecycline were 97.5%, 96.2%, 94.9%, 94.9%, 93.6%, 91.1%, 88.6%, 86%, 83.6%, 77.2%, 69.6%, 55.7%, 27.8% and 3.8%, respectively. All the isolates were identified as A.baumannii with the OXA-specific PCR and OXA16S rDNA sequence analysis. All of the isolates (100%) harboured blaOXA-51 and 71 (89.9%) harboured blaOXA-23 gene, however they were all negative for blaOXA-24, blaOXA-48 and blaOXA-58 genes. According to PFGE results 10 pulsotypes were identified, of these eight pulsotypes formed 77 (97.5%) similar strains with indistinguishable PFGE profiles ranging between 3-30 [A (n= 30), B (n= 20), C (n= 9), D (n= 5), E (n= 4), F (n= 3), G (n= 3), H (n= 3)]. When compared with the other clones, clones A and B were dominant among the samples and they have exhibited high level of antibiotic resistance. The rest two pulsotypes [I (n= 1), J (n= 1)] were in close relation with the main cluster. No common outbreak isolate was detected, but the relationship between the majority of the strains pointed out that there was a cross contamination problem in our hospital. In conclusion blaOXA-51 and blaOXA-23 were detected as predominant genes responsible from carbapenem resistance in our clinical A.baumannii strains, and it was considered that the high prevalence of clones A and B may constitute a threat in terms of hospitalized patients.
Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji Tıbbi Laboratuar Teknolojisi
Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Bibliyografik
  • Ertürk A, Çiçek AÇ, Gümüş A, et al. Molecular characterisation and control of Acinetobacter baumannii isolates resistant to multi-drugs emerging in inter-intensive care units. Ann Clin Microbiol Antimicrob 2014; 13: 36.
  • Martínez P, Mattar S. Imipenem-resistant Acinetobacter baumannii carrying the ISAba1-bla OXA-23,51 and ISAba1-bla ADC-7 genes in Monteria, Colombia. Braz J Microbiol 2012; 43(4): 1274-80.
  • Cicek AC, Karagoz A, Koksal E, et al. A single clone Acinetobacter baumannii outbreak in a state hospital in Turkey. Jpn J Infect Dis 2013; 66(3): 245-8.
  • Zhao SY, Jiang DY, Xu PC, et al. An investigation of drug-resistant Acinetobacter baumannii infections in a comprehensive hospital of East China. Ann Clin Microbiol Antimicrob 2015; 14:7.
  • Souli M, Galani I, Giamarellou H. Emergence of extensively drug-resistant and pandrug-resistant Gram- negative bacilli in Europe. Euro Surveill 2008; 13(47). pii: 19045.
  • Xu T, Xia W, Rong G, Pan S, Huang P, Gu B. A 4-year surveillance of antimicrobial resistance patterns of Acinetobacter baumannii in a university-affiliated hospital in China. J Thorac Dis 2013; 5(4): 506-12.
  • Gonçalves CR, Vaz TM, Araujo E, Boni Rd, Leite D, Irino K. Biotyping, serotyping and ribotyping as epidemiological tools in the evaluation of Acinetobacter baumannii dissemination in hospital units, Sorocaba, São Paulo, Brazil. Rev Inst Med Trop Sao Paulo 2000; 42(5): 277-82.
  • Lin YC, Sheng WH, Chen YC, Chang SC, Hsia KC, Li SY. Differences in carbapenem resistance genes among Acinetobacter baumannii, Acinetobacter genospecies 3 and Acinetobacter genospecies 13TU in Taiwan. Int J Antimicrob Agents 2010; 35(5): 439-43.
  • Peleg AY, Seifert H, Paterson DL. Acinetobacter baumannii: emergence of a successful pathogen. Clin Microbiol Rev 2008; 21(3): 538-82.
  • Poirel L, Marqué S, Héritier C, Segonds C, Chabanon G, Nordmann P. OXA-58, a novel class D {beta}- lactamase involved in resistance to carbapenems in Acinetobacter baumannii. Antimicrob Agents Chemother 2005; 49(1): 202-8.
  • Lopes BS, Al-Agamy MH, Ismail MA, et al. The transferability of blaOXA-23 gene in multidrug resistant Acinetobacter baumannii isolates from Saudi Arabia and Egypt. Int J Med Microbiol 2015; 305(6): 581-8.
  • Hamouda A, Evans BA, Towner KJ, Amyes SG. Characterization of epidemiologically unrelated Acinetobacter baumannii isolates from four continents by use of multilocus sequence typing, pulsed-field gel electrophoresis, and sequence-based typing of bla (OXA-51-like) genes. J Clin Microbiol 2010; 48(7): 2476-83.
  • Clinical and Laboratory Standards Institute: Performance Standards for Antimicrobial Susceptibility Testing. Twenty-Third Informational Supplement M100-S22, 2012. CLSI, Wayne, PA.
  • Zarkotou O, Pournaras S, Altouvas G, et al. Comparative evaluation of tigecycline susceptibility testing methods for expanded-spectrum cephalosporin- and carbapenem-resistant gram-negative pathogens. Clin Microbiol 2012; 50(11): 3747-50.
  • Durmaz R, Otlu B, Koksal F, et al. The optimization of a rapid pulsed-field gel electrophoresis protocol for the typing of Acinetobacter baumannii, Escherichia coli and Klebsiella spp. Jpn J Infect Dis 2009; 62(5): 372-7.
  • Tenover FC, Arbeit RD, Goering RV, et al. Interpreting chromosomal DNA restriction patterns produced by pulsed-field gel electrophoresis: criteria for bacterial strain typing. J Clin Microbiol 1995; 33(9): 2233-9.
  • Çiftçi İH, Aşık G. Acinetobacter baumannii'nin antibiyotik direnç mekanizmaları. ANKEM Derg 2011; 25(3):196-207.
  • Cicek AC, Saral A, Iraz M, et al. OXA- and GES-type ?-lactamases predominate in extensively drug-resistant Acinetobacter baumannii isolates from a Turkish University Hospital. Clin Microbiol Infect 2014; 20(5): 410-5.
  • Keskin H, Tekeli A, Dolapci İ, Öcal D. Klinik örneklerden izole edilen Acinetobacter baumannii suşlarında beta- laktamaz kaynaklı direncin moleküler karakterizasyonu. Mikrobiyol Bul 2014; 48(3):365-76.
  • Gülbudak H, Aslan G, Tezcan S ve ark. Hastane enfeksiyonu etkeni olan Acinetobacter baumannii izolatları arasındaki klonal ilişkinin Rep-PCR ile araştırılması. Mikrobiyol Bul 2014; 48(2):316-24.
  • Keyik S, Arslan U, Türk Dağı H, Seyhan T, Fındık D. Investigation of OXA type beta-lactamases and PFGE patterns in Acinetobacter baumannii strains resistant to carbapenems. Mikrobiyol Bul 2014; 48(4):556-65.
  • Chuang YC, Sheng WH, Lauderdale TL, et al. Molecular epidemiology, antimicrobial susceptibility and carbapenemase resistance determinants among Acinetobacter baumannii clinical isolates in Taiwan. J Microbiol Immunol Infect 2014; 47(4):324-32.
  • Direkel Ş, Uzunoğlu E, Keleş S, Yapar K. Antibiotic resistance rates of Acinetobacter baumannii strains isolated from various clinical samples in Giresun Prof. Dr. Atilla Ilhan Ozdemir State Hospital. Gazi Medical Journal 2015; 26(3):92-6.
  • Alp E, Kiran B, Altun D, et al. Changing pattern of antibiotic susceptibility in intensive care units: ten years experience of a university hospital. Anaerobe 2011; 17(6): 422-5.
  • Dedeic-Ljubovic A, Granov D, Hukic M. Emergence of extensive drug-resistant (XDR) Acinetobacter baumannii in the Clinical Center University of Sarajevo, Bosnia and Herzegovina. Med Glas (Zenica) 2015; 12(2): 169-76.
  • Hou C, Yang F. Drug-resistant gene of blaOXA-23, blaOXA-24, blaOXA-51 and blaOXA-58 in Acinetobacter baumannii. Int J Clin Exp Med 2015; 8(8): 13859-63.
  • Ma Z, Zhou LQ, Wang H, Luo LP. Investigations on the genomic diversity of OXA from isolated Acinetobacter baumannii. Genet Mol Res 2015; 14(4): 14711-6.
  • Al-Sultan AA, Evans BA, Aboulmagd E, et al. Dissemination of multiple carbapenem-resistant clones of Acinetobacter baumannii in the Eastern District of Saudi Arabia. Front Microbiol 2015; 6: 634.
  • Mohajeri P, Farahani A, Feizabadi MM, Ketabi H, Abiri R, Najafi F. Antimicrobial susceptibility profiling and genomic diversity of Acinetobacter baumannii isolates: a study in western Iran. Iran J Microbiol 2013; 5(3): 195-202.
  • Metan G, Sariguzel F, Sumerkan B, Reijden Tv, Dijkshoorn L. Clonal diversity and high prevalence of OXA-58 among Acinetobacter baumannii isolates from blood cultures in a tertiary care centre in Turkey. Infect Genet Evol 2013; 14: 92-7.
  • Ece G, Erac B, Yurday Cetin H, Ece C, Baysak A. Antimicrobial susceptibility and clonal relation between Acinetobacter baumannii strains at a Tertiary Care Center in Turkey. Jundishapur J Microbiol 2015; 8(2): e15612.
  • Cetin ES, Durmaz R, Tetik T, Otlu B, Kaya S, Calişkan A. Epidemiologic characterization of nosocomial Acinetobacter baumannii infections in a Turkish university hospital by pulsed-field gel electrophoresis. Am J Infect Control 2009; 37(1): 56-64.
  • Karagöz A, Baran I, Aksu N, Acar S, Durmaz R. Characterization and determination of antibiotic resistance profiles of a single clone Acinetobacter baumannii strains isolated from blood cultures. Mikrobiyol Bul 2014; 48(4): 566-76.
APA DİREKEL Ş, ÇİÇEK ÇOPUR A, KARAGOZ A, EJDER AYDOĞAN N, OKTAY E, DELİALİOĞLU N, ÖZGÜMÜŞ O, DURMAZ R (2016). Bir Üniversite Hastanesinde İzole Edilen Çok İlaca Dirençli Acinetobacter baumannii İzolatlarının Antimikrobiyal Duyarlılığı ve Moleküler Karakterizasyonu. , 522 - 534.
Chicago DİREKEL ŞAHİN,ÇİÇEK ÇOPUR Ayşegül,KARAGOZ ALPER,EJDER AYDOĞAN Nebahat,OKTAY Efdal,DELİALİOĞLU Nuran,ÖZGÜMÜŞ OSMAN BİROL,DURMAZ Rıza Bir Üniversite Hastanesinde İzole Edilen Çok İlaca Dirençli Acinetobacter baumannii İzolatlarının Antimikrobiyal Duyarlılığı ve Moleküler Karakterizasyonu. (2016): 522 - 534.
MLA DİREKEL ŞAHİN,ÇİÇEK ÇOPUR Ayşegül,KARAGOZ ALPER,EJDER AYDOĞAN Nebahat,OKTAY Efdal,DELİALİOĞLU Nuran,ÖZGÜMÜŞ OSMAN BİROL,DURMAZ Rıza Bir Üniversite Hastanesinde İzole Edilen Çok İlaca Dirençli Acinetobacter baumannii İzolatlarının Antimikrobiyal Duyarlılığı ve Moleküler Karakterizasyonu. , 2016, ss.522 - 534.
AMA DİREKEL Ş,ÇİÇEK ÇOPUR A,KARAGOZ A,EJDER AYDOĞAN N,OKTAY E,DELİALİOĞLU N,ÖZGÜMÜŞ O,DURMAZ R Bir Üniversite Hastanesinde İzole Edilen Çok İlaca Dirençli Acinetobacter baumannii İzolatlarının Antimikrobiyal Duyarlılığı ve Moleküler Karakterizasyonu. . 2016; 522 - 534.
Vancouver DİREKEL Ş,ÇİÇEK ÇOPUR A,KARAGOZ A,EJDER AYDOĞAN N,OKTAY E,DELİALİOĞLU N,ÖZGÜMÜŞ O,DURMAZ R Bir Üniversite Hastanesinde İzole Edilen Çok İlaca Dirençli Acinetobacter baumannii İzolatlarının Antimikrobiyal Duyarlılığı ve Moleküler Karakterizasyonu. . 2016; 522 - 534.
IEEE DİREKEL Ş,ÇİÇEK ÇOPUR A,KARAGOZ A,EJDER AYDOĞAN N,OKTAY E,DELİALİOĞLU N,ÖZGÜMÜŞ O,DURMAZ R "Bir Üniversite Hastanesinde İzole Edilen Çok İlaca Dirençli Acinetobacter baumannii İzolatlarının Antimikrobiyal Duyarlılığı ve Moleküler Karakterizasyonu." , ss.522 - 534, 2016.
ISNAD DİREKEL, ŞAHİN vd. "Bir Üniversite Hastanesinde İzole Edilen Çok İlaca Dirençli Acinetobacter baumannii İzolatlarının Antimikrobiyal Duyarlılığı ve Moleküler Karakterizasyonu". (2016), 522-534.
APA DİREKEL Ş, ÇİÇEK ÇOPUR A, KARAGOZ A, EJDER AYDOĞAN N, OKTAY E, DELİALİOĞLU N, ÖZGÜMÜŞ O, DURMAZ R (2016). Bir Üniversite Hastanesinde İzole Edilen Çok İlaca Dirençli Acinetobacter baumannii İzolatlarının Antimikrobiyal Duyarlılığı ve Moleküler Karakterizasyonu. Mikrobiyoloji Bülteni, 4(51), 522 - 534.
Chicago DİREKEL ŞAHİN,ÇİÇEK ÇOPUR Ayşegül,KARAGOZ ALPER,EJDER AYDOĞAN Nebahat,OKTAY Efdal,DELİALİOĞLU Nuran,ÖZGÜMÜŞ OSMAN BİROL,DURMAZ Rıza Bir Üniversite Hastanesinde İzole Edilen Çok İlaca Dirençli Acinetobacter baumannii İzolatlarının Antimikrobiyal Duyarlılığı ve Moleküler Karakterizasyonu. Mikrobiyoloji Bülteni 4, no.51 (2016): 522 - 534.
MLA DİREKEL ŞAHİN,ÇİÇEK ÇOPUR Ayşegül,KARAGOZ ALPER,EJDER AYDOĞAN Nebahat,OKTAY Efdal,DELİALİOĞLU Nuran,ÖZGÜMÜŞ OSMAN BİROL,DURMAZ Rıza Bir Üniversite Hastanesinde İzole Edilen Çok İlaca Dirençli Acinetobacter baumannii İzolatlarının Antimikrobiyal Duyarlılığı ve Moleküler Karakterizasyonu. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.4, no.51, 2016, ss.522 - 534.
AMA DİREKEL Ş,ÇİÇEK ÇOPUR A,KARAGOZ A,EJDER AYDOĞAN N,OKTAY E,DELİALİOĞLU N,ÖZGÜMÜŞ O,DURMAZ R Bir Üniversite Hastanesinde İzole Edilen Çok İlaca Dirençli Acinetobacter baumannii İzolatlarının Antimikrobiyal Duyarlılığı ve Moleküler Karakterizasyonu. Mikrobiyoloji Bülteni. 2016; 4(51): 522 - 534.
Vancouver DİREKEL Ş,ÇİÇEK ÇOPUR A,KARAGOZ A,EJDER AYDOĞAN N,OKTAY E,DELİALİOĞLU N,ÖZGÜMÜŞ O,DURMAZ R Bir Üniversite Hastanesinde İzole Edilen Çok İlaca Dirençli Acinetobacter baumannii İzolatlarının Antimikrobiyal Duyarlılığı ve Moleküler Karakterizasyonu. Mikrobiyoloji Bülteni. 2016; 4(51): 522 - 534.
IEEE DİREKEL Ş,ÇİÇEK ÇOPUR A,KARAGOZ A,EJDER AYDOĞAN N,OKTAY E,DELİALİOĞLU N,ÖZGÜMÜŞ O,DURMAZ R "Bir Üniversite Hastanesinde İzole Edilen Çok İlaca Dirençli Acinetobacter baumannii İzolatlarının Antimikrobiyal Duyarlılığı ve Moleküler Karakterizasyonu." Mikrobiyoloji Bülteni, 4, ss.522 - 534, 2016.
ISNAD DİREKEL, ŞAHİN vd. "Bir Üniversite Hastanesinde İzole Edilen Çok İlaca Dirençli Acinetobacter baumannii İzolatlarının Antimikrobiyal Duyarlılığı ve Moleküler Karakterizasyonu". Mikrobiyoloji Bülteni 4/51 (2016), 522-534.