Yıl: 2016 Cilt: 23 Sayı: 2 Sayfa Aralığı: 144 - 149 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Kerevit doku örneklerinde referans genlerin geçerlilik ve etkinliğinin karşılaştırılması

Öz:
Amaç: qPCR sonuçlarının analizinde belli bir referans değer oluşturmak için bir dizi referans gen önerilmiştir. Ancak, bu genlerin büyük bir kısmı memeli dokularında araştırılmıştır. Kerevit dokularında bu genlerin etkinlik ve geçerliliğini araştıran bir çalışma henüz mevcut değildir. Mevcut çalışmanın temel amacı bir dizi referans genin farklı kerevit doku örneklerindeki ifade düzeylerini karşılaştırarak, ifade düzeylerinin nicel olarak karşılaştırılması için güvenilir bir referans gen belirlemektir.Metod: Dokuz farklı doku örneğinden elde edilen total RNA örneklerinden RT-PCR ile cDNA kopyaları sentezlendi. cDNA örneklerinden ?-aktin,Peptidil izomeraz B, Sarkoplazmik kalsiyum bağlayıcı protein ve 18S ribosomal RNA'ya spesifik dört farklı primer kullanılarak qPCR gerçekleştirildi.Bulgular: qAktin2 primeri tüm örneklerde ?-aktin gen kısımları çoğalttı. Çoğaltma döngü zamanı araştırılan dokularda büyük farklılıklar gösterdi. Benzer bir farklılık erime eğrilerinde de gözlendi. PPIB primeri sadece kalp, kas ve barsak örneklerinde peptidil izomeraz geni kısımları çoğalttı. Ayrıca kalp, kas ve barsak örnekleri için oluşan erime eğrileri de farklıydı. qSCP sadece kalp, kas ve gangliyon örneklerinde sarkoplasmik kalsiyum bağlayıcı protein gene kısımları üretti. 18S_1 primeri tüm dokularda 18S kısımları üretti. Dokulara ait kopyalanma eğrileri üst üste çakışmaktaydı. Ürünlerin erime eğrileri de benzerdi. Verilerin değişkenliği 18S ribosomal RNA için en düşüktü.Sonuç: Mevcut bulgulara göre; çalıştığımız genler arasında kerevit dokularında ifade düzeyi en homojen olan ribosomal 18S RNAsıdır. Bundan öte bu durum kabuk değiştirme gibi uç bir biyolojik durumdan bile en düşük olarak etkilenmekteydi. Bu sonuçlarla ribosomal 18S RNAsı kerevit dokularında doku spesifik ifade düzeyleri araştırılırken referans olarak önerilmektedir.
Anahtar Kelime:

Konular: Biyokimya ve Moleküler Biyoloji Biyofizik

Semptomatik koroner arter hastalığı olan bir hastada akut pulmoner embolizm

Öz:
Pulmoner embolizm spesifik olmayan semptomatoloji ve laboratuvar bulguları nedeniyle bazen tanı konulması zor olan, yaşamı tehdit eden acil bir durumdur. Stabil angina pektoris öyküsü olan 65 yaşındaki bir kadın, acil servisimize ciddi akut nefes darlığı ve göğüs ağrısı nedeniyle başvurdu. EKG'de V1'den V6'ya kadar T negatifliği saptandı ve ilk troponin değeri 16.8 ng/ml, D-dimer 897?g/L idi. Laboratuvar ve ekokardiyografik bulgular, klinik tablo kesin tanıyı koymada yetersiz kaldığı için hastayı koroner ve pulmoner anjiyografi yapmak maksatlı kateter laboratuvarına gönderdik. Kateter laboratuvarında sol ön inen koroner arter proksimal-orta kısmında ciddi daralma ve sol ana pulmoner arterde geniş bir trombo-emboli nedeniyle kısmi tıkanıklık saptadık ve başarılı bir şekilde tedavi ettik.
Anahtar Kelime:

Konular: Biyokimya ve Moleküler Biyoloji Biyofizik

Acute pulmonary embolism in a patient with symptomatic coronary artery disease

Öz:
Pulmonary embolism (PE) is a life-threatening emergency that is sometimes difficult to diagnose due to nonspecific symptomatology and laboratory findings. A 65 years old women who has past stable angina pectoris history was admitted to the our emergency department with severe acute dyspnea and chest pain. The ECG revealed negative T waves in leads V1 through V6 and initial troponin was 16.8 ng/ml and Ddimer 897?g/L. Since these both laboratory and echocardiographic findings and clinical presentation did not let us establish a definite diagnosis, we sent the patient to the catheterization laboratory in order to perform both coronary and pulmonary angiography. We detected severe stenosis of proximal-mid left anterior descending artery and partially occluded left main pulmonary artery by large thrombo-emboli at the catheterization laboratory and treated successfully.
Anahtar Kelime:

Konular: Biyokimya ve Moleküler Biyoloji Biyofizik

Comparison of the efficiency and relevancy of reference genes in crayfish tissue samples

Öz:
Objective: Relevancy of the reference genes have not been investigated in crayfish tissue samples. Various genes have been proposed for establishing a reference level to analyze qPCR results obtained in different tissue samples. However, majority of those genes have been investigated solely in mammalian species. There is no report related to the relevancy and the efficiency of those common reference genes in crayfish tissue samples yet. The primary aim of the present work is to compare the expression level of a set of reference genes in various crayfish tissue samples to establish a reliable reference gene for quantitative expression level comparisons.Methods: cDNA copies were synthesized by RT-PCR from equalised total RNA samples of nine different tissue samples. qPCR were performed on cDNA samples by using four different primer pairs specific for ?-actin, Peptidylprolyl Isomerase B, Sarcoplasmic Calcium Binding Protein and 18S ribosomal RNA genes.Results: qActin2 amplified gene fragments for ?-actin in all samples. Cycle time of the amplification reaction differed substantially between the investigated tissue types. A similar difference was observed between the melting curves of the products. The primer pair PPIB amplified gene fragments for Peptidylprolyl Isomerase B only in heart, muscle and intestine samples but not in the rest of the tissue samples. Further, both amplification and melting curves for heart, muscle and intestine were different. qSCP. amplified some gene fragments for Sarcoplasmic ReticulumBinding Protein only in muscle, heart and ganglionsamples. The 18S_1 amplified fragments for 18S. Amplificationcurves the samples superimposed on each other.Melting curves of the products were very similar. Varianceof the obtained data was the lowest for 18S ribosomal RNA.Conclusion: In refer to present results; it is conceivableto propose that among all the genes investigated in thepresent study, expression level of ribosomal 18S RNA isthe most homogeneously distributed one within the bodyparts of the crayfish. Further, it is minimally affected byextreme biological changes such as molting. Thus, 18SRibosomal RNA would be suggested as a reference geneto be used when investigating tissue specific expressionlevel of a gene in the crayfish.
Anahtar Kelime:

Konular: Biyokimya ve Moleküler Biyoloji Biyofizik
Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık
  • 1. Konstantinides SV, Torbicki A, Agnelli G, Danchin N, Fitzmaurice D, Galiè N, et al. 2014 ESC guidelines on the diagnosis and management of acute pulmonary embolism. The task force for the diagnosis and management of acute pulmonary embolism of the european society of cardiology (ESC). Eur Heart J 2014;35(43):3033-69.
  • [1] Kuffler SW, Eyzaguirre C. Synaptic inhibition in an isolated nerve cell. J Gen Physiol 1955; 39(1):155-84.
  • 2. Heit JA. The epidemiology of venous thromboembolism in the community. Arterioscler Thromb Vasc Biol 2008;28:370-2.
  • [2] Wiersma CAG, Furshpan E, Florex E. Physiological and pharmacological observations on muscle receptor organ of the crayfish, Cambarus clarkii Girard. J Exp Biol 1953; 30:136-50.
  • 3. Klok FA, van Kralingen KW, van Dijk AP, Heyning FH, Vliegen HW, Kaptein AA. et al. Quality of life in longterm survivors of acute pulmonary embolism. Chest 2010;138:1432-40.
  • [3] Marder E. Neuromodulation of neuronal circuits: back to the future. Neuron 2012; 76(1):1-11.
  • 4. Condliffe R, Kiely DG, Gibbs JS, Corris PA, Peacock AJ, Jenkins DP, et al. Prognostic and aetiological factors in chronic thromboembolic pulmonary hypertension. Eur Respir J 2009;33:332-8.
  • [4] Purali N. Structure and function relationship in the abdominal stretch receptor organs of the crayfish. J Comp Neurol 2005; 488(4):369-83.
  • 5. Van Beek EJ, Reekers JA, Batchelor DA, Brandjes DP, Büller HR. Feasibility, safety and clinical utility of angiography in patients with suspected pulmonary embolism. Eur Radiol 1996;6:415-9.
  • [5] Purali N. Antidromic potential spread modulates the receptor responses in the stretch receptor neurons of the crayfish. Pflugers Arch 2011; 462(6):821-34.
  • 6. Vranckx P, Hector H, Heidbuchel H. A case of extensive pulmonary embolism presenting as an acute myocardial infarction - notes on its possible pathophysiology. Eur J Emer Med 1998;5:253-8.
  • [6] NCBI. Nucleotide. www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/KT187402.1 (Last accessed: December 2015).
  • [7] Purali N. Kerevit (Astacus leptodactylus) soyium-kalsiyum karşı değiştiricisi (NCX) geninin klonlanması ve farklı dokulardaki expresyon düzeyinin belirlenmesi. Hacettepe BAB proje sonuç raporu 2015: 1-11.
  • [8] Coskun C, Purali N. Cloning and molecular characterization of a putative voltage-gated sodium channel gene in the crayfish. Invert Neurosci 2016; 16(2):2.
  • [9] Chomczynski P, Sacchi N. Single-step method of RNA isolation by acid guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform extraction. Anal Biochem 1987; 162(1):156-9.
  • [10] Gao Y, Gillen CM, Wheatly MG. Molecular characterization of the sarcoplasmic calcium-binding protein (SCP) from crayfish Procambarus clarkii. Comp Biochem Physiol B Biochem Mol Biol 2006; 144(4):478-87.
  • [11] Morrison TB, Weis JJ, Wittwer CT. Quantification of low-copy transcripts by continuous SYBR Green I monitoring during amplification. Biotechniques 1998; 24(6):954-8, 960-2.
  • [12] Andersen CL, Jensen JL, Ørntoft TF. Normalization of real-time quantitative reverse transcription-PCR data: a model-based variance estimation approach to identify genes suited for normalization, applied to bladder and colon cancer data sets. Cancer Res 2004; 64(15):5245-50.
  • [13] Radonic A, Thulke S, Mackay IM, Landt O, Siegert W, Nitsche A. Guideline to reference gene selection for quantitative real-time PCR. Biochem Biophys Res Commun 2004; 313(4):856-62.
  • [14] Pachot A, Blond JL, Mougin B, Miossec P. Peptidylpropyl isomerase B (PPIB): a suitable reference gene for mRNA quantification in peripheral whole blood. J Biotechnol 2004; 114:121-4.
  • [15] Schmittgen TD, Zakrajsek BA. Effect of experimental treatment on housekeeping gene expression: validation by real-time, quantitative RT-PCR. J Biochem Biophys Methods 2000; 46(1-2):69-81.
APA ERGİN B, ERMİŞ N, PURALI N, Doğan C, AKPINAR S (2016). Kerevit doku örneklerinde referans genlerin geçerlilik ve etkinliğinin karşılaştırılması. , 144 - 149.
Chicago ERGİN BORA,ERMİŞ Necip,PURALI Nuhan,Doğan Cem,AKPINAR Suzan HATİPOĞLU Kerevit doku örneklerinde referans genlerin geçerlilik ve etkinliğinin karşılaştırılması. (2016): 144 - 149.
MLA ERGİN BORA,ERMİŞ Necip,PURALI Nuhan,Doğan Cem,AKPINAR Suzan HATİPOĞLU Kerevit doku örneklerinde referans genlerin geçerlilik ve etkinliğinin karşılaştırılması. , 2016, ss.144 - 149.
AMA ERGİN B,ERMİŞ N,PURALI N,Doğan C,AKPINAR S Kerevit doku örneklerinde referans genlerin geçerlilik ve etkinliğinin karşılaştırılması. . 2016; 144 - 149.
Vancouver ERGİN B,ERMİŞ N,PURALI N,Doğan C,AKPINAR S Kerevit doku örneklerinde referans genlerin geçerlilik ve etkinliğinin karşılaştırılması. . 2016; 144 - 149.
IEEE ERGİN B,ERMİŞ N,PURALI N,Doğan C,AKPINAR S "Kerevit doku örneklerinde referans genlerin geçerlilik ve etkinliğinin karşılaştırılması." , ss.144 - 149, 2016.
ISNAD ERGİN, BORA vd. "Kerevit doku örneklerinde referans genlerin geçerlilik ve etkinliğinin karşılaştırılması". (2016), 144-149.
APA ERGİN B, ERMİŞ N, PURALI N, Doğan C, AKPINAR S (2016). Kerevit doku örneklerinde referans genlerin geçerlilik ve etkinliğinin karşılaştırılması. Türk Biyokimya Dergisi, 23(2), 144 - 149.
Chicago ERGİN BORA,ERMİŞ Necip,PURALI Nuhan,Doğan Cem,AKPINAR Suzan HATİPOĞLU Kerevit doku örneklerinde referans genlerin geçerlilik ve etkinliğinin karşılaştırılması. Türk Biyokimya Dergisi 23, no.2 (2016): 144 - 149.
MLA ERGİN BORA,ERMİŞ Necip,PURALI Nuhan,Doğan Cem,AKPINAR Suzan HATİPOĞLU Kerevit doku örneklerinde referans genlerin geçerlilik ve etkinliğinin karşılaştırılması. Türk Biyokimya Dergisi, vol.23, no.2, 2016, ss.144 - 149.
AMA ERGİN B,ERMİŞ N,PURALI N,Doğan C,AKPINAR S Kerevit doku örneklerinde referans genlerin geçerlilik ve etkinliğinin karşılaştırılması. Türk Biyokimya Dergisi. 2016; 23(2): 144 - 149.
Vancouver ERGİN B,ERMİŞ N,PURALI N,Doğan C,AKPINAR S Kerevit doku örneklerinde referans genlerin geçerlilik ve etkinliğinin karşılaştırılması. Türk Biyokimya Dergisi. 2016; 23(2): 144 - 149.
IEEE ERGİN B,ERMİŞ N,PURALI N,Doğan C,AKPINAR S "Kerevit doku örneklerinde referans genlerin geçerlilik ve etkinliğinin karşılaştırılması." Türk Biyokimya Dergisi, 23, ss.144 - 149, 2016.
ISNAD ERGİN, BORA vd. "Kerevit doku örneklerinde referans genlerin geçerlilik ve etkinliğinin karşılaştırılması". Türk Biyokimya Dergisi 23/2 (2016), 144-149.