Akut Solunum Yolu Enfeksiyonlu Çocuk ve Erişkin Hastalarda Rinovirüs Genotiplerinin Belirlenmesi

KURT ÖMÜRLÜ, İMRAN; Kırdar, Sevin; DEMİRKAN, Eda; YENİGÜN, Ayşe; Ceylan, Emel

Akut Solunum Yolu Enfeksiyonlu Çocuk ve Erişkin Hastalarda Rinovirüs Genotiplerinin Belirlenmesi

Eda DEMİRKAN, (Erzurum Traning and Research Hospital, Microbiology Laboratory, Erzurum, Turkey.)

Sevin KIRDAR, (Adnan Menderes Üniversitesi tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Aydın.)

Emel CEYLAN, (Adnan Menderes Üniversitesi tıp Fakültesi, Göğüs Hastalıkları Anabilim Dalı, Aydın.)

Ayşe YENİGÜN, (Adnan Menderes Üniversitesi tıp Fakültesi, Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı, İmmünoloji ve Allerji Bilim Dalı, Aydın.)

İmran KURT ÖMÜRLÜ (Adnan Menderes Üniversitesi tıp Fakültesi, Biyoistatistik Anabilim Dalı, Aydın.)

Mikrobiyoloji Bülteni

1 0

Yıl: 2017 Cilt: 51 Sayı: 4 Sayfa Aralığı: 350 - 360 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Akut Solunum Yolu Enfeksiyonlu Çocuk ve Erişkin Hastalarda Rinovirüs Genotiplerinin Belirlenmesi

Öz:

Rinovirüs (RV), tüm dünyada akut solunum yolu enfeksiyonlarında en sık saptanan etkenlerden biridir. Virüs, hafif seyreden soğuk algınlığının yanı sıra bağışıklık sisteminin etkilendiği veya eşlik eden hastalığı olan kişilerde daha ciddi klinik tablolara neden olabilmektedir. RV'ler moleküler yöntemlerle RV-A, RV-B ve RV-C olarak üç tür altında tanımlanmıştır. Yapılan çalışmalarda RV-A ve RV-C türlerinin daha çok alt solunum yolu enfeksiyonu ve astım alevlenmeleriyle ilişkili olduğu, RV-B'nin ise bu türlere göre alt solunum yolu enfeksiyonlarında daha az sıklıkta yer aldığı gösterilmiştir. Bu çalışmada, akut solunum yolu enfeksiyonu tanısı almış ve RV pozitif olarak saptanmış örneklerde dizi analizi yöntemiyle RV türlerinin belirlenmesi, RV türleriyle hastaların klinik tanı, yaş ve cinsiyetleri arasındaki ilişkilerin ortaya konulması amaçlanmıştır. Ek olarak, RV türlerinin belirlenmesinde dizi analizi yönteminin verimliliğinin vurgulanması planlanmıştır. Üniversite hastanemizde Ocak 2014-Ocak 2016 tarihleri arasında akut solunum yolu enfeksiyonu tanısıyla takip edilen çocuk ve erişkin olmak üzere 127 hasta değerlendirilmiştir. ticari kit ile nazofarengeal sürüntü örneklerinde RV pozitifliği belirlenmiş olan hastalarda kantitatif gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile viral yükler belirlenmiştir. Viral yükleri belirlenemeyen 31 örnek çalışma dışı bırakılmıştır. Viral yükleri uygun bulunan 96 (46 erişkin, 50 çocuk) örnek, VP4/VP2 gen bölgesinin hedef alındığı konvansiyonel PCR ile yeniden değerlendirilmiştir. Konvansiyonel PCR sonrası 549 baz çifti (bp) büyüklüğünde bant görülen 32'si erişkin ve 33'ü çocuk olmak üzere toplam 65 örneğe DNA dizi analizi yapılmıştır. "Neighbour-joining" yöntemi kullanılarak filogenetik ağaç oluşturulmuştur. Dizi analizi yapılabilen 65 örnek değerlendirildiğinde; 28 (%43.07) örnekte RV-A, 7 (%10.76) örnekte RV-B, 28 (%43.07) örnekte RV-C; birer örnekte ise enterovirüs (EV) türleri EV-D68 (%1.53) ve EV-C (%1.53) belirlenmiştir. Erişkin hasta örneklerinin 15 (%48.3)'inde RV-A, 5 (%16.1)'inde RV-B, 11 (%35.4)'inde RV-C olarak tanımlanırken, çocuk hastaların 13 (%40.6)'ünde RV-A, 2 (%6.3)'sinde RV-B ve 17 (%53.1)'sinde RV-C olarak tiplendirilmiştir. RV-C enfeksiyonu bronşiyolit tanılı ya da hışıltılı çocuklarda, RV-A enfeksiyonu pnömoni tanısı almış erişkin hastalarda saptanmıştır. Hastalarda belirlenen RV türleri ile klinik tanı, viral yük, yaş ve cinsiyet arasındaki ilişkiler değerlendirildiğinde; hem çocuk hem de erişkin hastalarda belirlenen türler ve hastaların klinik tanıları arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki bulunamamıştır (p> 0.05). Sonuç olarak, akut solunum yolu enfeksiyonlu çocuk ve erişkin hastalarda RV türlerinin ilk kez gösterildiği bu çalışmada; tüm yaş gruplarına ait örneklerde, RV-A ve RV-C türleri eşit oranlarda ve RV-B türünden daha fazla saptanmıştır. Çocuk hastalarda RV-C türü, erişkin hastalarda ise RV-A türü en yüksek oranlarda belirlenmiştir. toplumda dolaşan RV türleri ve bunların yol açtığı enfeksiyonların öneminin ortaya konmasına yönelik daha ileri çalışmalara gereksinim vardır.

Anahtar Kelime:

Konular: Solunum Sistemi Mikrobiyoloji Enfeksiyon Hastalıkları Pediatri

Genotypes of Rhinoviruses in Children and Adults Patients with Acute Respiratory Tract Infections

Öz:

Rhinovirus (RV) is one of the most frequent causative agent of acute respiratory tract infections in the world. the virus may cause a mild cold, as well as more serious clinical symptoms in patients with immune system deficiency or comorbidities. Rhinoviruses have been identified by molecular methods under three types: RV-A, RV-B and RV-C. In most of the cases, it was reported that RV-A and RV-C were related with lower respiratory tract infections and asthma exacerbations, while RV-B was rarely reported in lower respiratory tract infections. the main objective of this study was to investigate RV species by sequence analysis in nasopharyngeal samples in pediatric and adult patients who were admitted to hospital with acute respiratory tract infections and to establish the relationship between species and age, gender and clinical diagnosis of the patients. Secondly, it was planned to emphasize the efficiency of the sequence analysis method in the determination of RV species. One hundred twenty seven patients (children and adults) who were followed up with acute respiratory tract infections in our university hospital were evaluated between January 2014 and January 2016. Viral loads were determined by quantitative real-time PCR in RV positive patients detected by a commercial kit in nasopharyngeal swab specimens. thirty-one samples whose viral loads could not be determined were excluded from the study. the remaining 96 samples (50 children and 46 adults) were retested by conventional PCR using the target of VP4/VP2 gene region. A total of 65 samples (32 adults and 33 children) with the bands (549 bp) corresponding to the VP4/VP2 gene regions after the conventional PCR were analyzed by DNA sequencing. A phylogenetic tree was constructed using the neighbour-joining method. After sequence analysis it was determined that 28 (43.07%) were RV-A, 7 (10.76%) were RV-B and 28 (43.07%) were RV-C; and moreover one of each enterovirus (EV) species EV-D68 (1.53%) and EV-C (1.53%) were detected. the distribution of the species in adults was: 15 (48.3%) RV-A, 5 (16.1%) RV-B and 11 (35.4%) RV-C. the distribution of the species in children was 13 (40.6%) RV-A, 2 (6.3%) RV-B and 17 (53.1%) RV-C. RV-A is more frequent in adults, while RV-C is more frequent among children. It has been observed that RV-C infection is detected in children with bronchiolitis, while RV-A infection is detected in adults with pneumonia. there was no statistically significant difference between RV species and clinical diagnosis, age and gender in both of the age groups (p> 0.05). In conclusion, this is the first study that reports the frequency of RV species in children and adult patients with acute respiratory tract infections; the frequency of RV-A and RV-C species were found to be similar but higher than RV-B species in all age groups. RV-C and RV-A was the highest species seen in children and adult patients, respectively. there is a need for further research to identify the types of RV circulating in the community and the prevalence of infections caused by the species.

Anahtar Kelime:

Konular: Solunum Sistemi Mikrobiyoloji Enfeksiyon Hastalıkları Pediatri

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Bibliyografik

1. Royston L, Tapparel C. Rhinoviruses and respiratory enteroviruses: not as simple as ABC. Viruses 2016; 8(1): 16.
2. Troy NM, Bosco A. Respiratory viral infections and host responses; insights from genomics. Respir Res 2016; 17: 156.
3. Richter J, Nikolaou E, Panayiotou C, Tryfonos C, Koliou M, Christodoulou C. Molecular epidemiology of rhinoviruses in Cyprus over three consecutive seasons. Epidemiol Infect 2015; 143(9): 1876-83.
4. Chen WJ, Arnold JC, Fairchok MP, et al. Epidemiologic, clinical, and virologic characteristics of human rhinovirus infection among otherwise healthy children and adults: Rhinovirus among adults and children. J Clin Virol 2015; 64: 74-82.
5. To KKW, Yip CCY, Yuen KY. Rhinovirus-from bench to bedside. J Formos Med Assoc 2017; 116: 496-504.
6. Midulla F, Pierangeli A, Cangiano G, et al. Rhinovirus bronchiolitis and recurrent wheezing: 1-year follow-up. Eur Respir J 2012; 39(2): 396-402.
7. Bizzintino J, Lee WM, Laing IA, et al. Association between human rhinovirus C and severity of acute asthma in children. Eur Respir J 2011; 37(5): 1037-42.
8. Dagher H, Donninger H, Hutchinson P, Ghidyal R, Bardin P. Rhinovirus detection: comparison of real-time and conventional PCR. J Virol Methods 2004; 117(2): 113-21.
9. Xiang Z, Gonzalez R, Zhengde X, et al. Human rhinovirus group C infection in children with lower respiratory tract infection. Emerg Infect Dis 2008; 14(10): 1665-7.
10. Savolainen C, Mulders MN, Hovi T. Phylogenetic analysis of rhinovirus isolates collected during successive epidemic seasons. Virus Res 2002; 85(1): 41-6.
11. Fendrick AM, Monto AS, Nightengale B, Sarnes M. The economic burden of non-influenza-related viral respiratory tract infection in the United States. Arch Intern Med 2003; 163(4): 487-94.
12. Akçalı S, Yılmaz N, Güler Ö, Şanlidağ T, Anıl M. Alt solunum yolu enfeksiyonu olan çocuklarda solunum yolu viral etkenlerinin sıklığı. Turk Pediatri Ars 2013; 48(3): 215-20.
13. Sancaklı Ö, Yenigün A, Kırdar S. Alt solunum yolu enfeksiyonunda nazofaringeal örneklerde polimeraz zincir reaksiyonu sonuçları. J Pediatr Inf 2012; 6(3): 84-9.
14. Çicek C, Bayram N, Anıl M, et al. Simultaneous detection of respiratory viruses and influenza A virus subtypes using multiplex PCR. Mikrobiyol Bul 2014; 48(4): 652-60.
15. Wisdom A, Leitch EM, Gaunt E, Harvala H, Simmonds P. Screening respiratory samples for detection of human rhinoviruses (HRVs) and enteroviruses: comprehensive VP4-VP2 typing reveals high incidence and genetic diversity of HRV species C. J Clin Microbiol 2009; 47(12): 3958-67.
16. Peltola V, Jartti T, Putto-Laurila A, et al. Rhinovirus infections in children: A retrospective and prospective hospital-based study. J Med Virol 2009; 81(10): 1831-8.
17. Calvo C, Casas I, García-García ML, et al. Role of rhinovirus C respiratory infections in sick and healthy children in Spain. Pediatr Infect Diseas J 2010; 29(8): 717-20.
18. Onyango CO, Welch SR, Munywoki PK, et al. Molecular epidemiology of human rhinovirus infections in Kilifi, coastal Kenya. J Med Virol 2012; 84(5): 823-31.
19. Arakawa M, Okamoto-Nakagawa R, Toda S, et al. Molecular epidemiological study of human rhinovirus species A, B and C from patients with acute respiratory illnesses in Japan. J Med Microbiol 2012; 61(Pt 3): 410-9.
20. Franco D, Delfraro A, Abrego L, et al. High genetic diversity and predominance of rhinovirus A and C from Panamanian hospitalized children under five years with respiratory infections. Virol J 2012; 9: 257.
21. Naoko Kiyota, Kobayashi M, Tsukagoshi H, et al. Genetic analysis of human rhinovirus species A to C detected in patients with acute respiratory infection in Kumamoto prefecture, Japan 2011-2012. Infect Genet Evol 2014; 21: 90-102.
22. To KK, Lau SK, Chan KH, et al. Pulmonary and extrapulmonary complications of human rhinovirus infection in critically ill patients. J Clin Virol 2016; 77: 85-91.
23. Pierangeli A, Ciccozzi M, Chiavelli S, et al. Molecular epidemiology and genetic diversity of human rhinovirus affecting hospitalized children in Rome. Med Microbiol Immunol 2013; 202(4): 303-11.
24. Espinola E, Russomando G, Aquina C, Basualdo W. Phylogeny-based classification of human rhinoviruses detected in hospitalized children with acute lower respiratory infection in Paraguay, 2010-2011. J Med Virol 2013; 85(9): 1645-51.
25. Watanabe ASA, Carraro E, Candeias JM, et al. Viral etiology among the elderly presenting acute respiratory infection during the influenza season. Rev Soc Bras Med Trop 2011; 44(1): 18-21.
26. Henguell C, Mirand A, Deusebis AL, et al. Prospective genotyping of human rhinoviruses in children and adults during the winter of 2009-2010. J Clin Virol 2012; 53(4): 280-4.
27. Fry AM, Lu X, Olsen SJ, et al. Human rhinovirus infections in rural Thailand: epidemiological evidence for rhinovirus as both pathogen and bystander. PloS One 2011; 6(3): e17780.
28. Garcia J, Espejo V, Nelson M, et al. Human rhinoviruses and enteroviruses in influenza-like illness in Latin America. Virol J 2013; 10305.
29. Iwane MK, Prill MM, Lu X, et al. Human rhinovirus species associated with hospitalizations for acute respiratory illness in young US children. J Infect Dis 2011; 204(11): 1702-10.
30. Almeida MB, Zerbinati RM, Tateno AF, et al. Rhinovirus C and respiratory exacerbations in children with cystic fibrosis. Emerg Infect Dis 2010; 16(6): 996-9.
31. Huang T, Wang W, Bessaud M, et al. Evidence of recombination and genetic diversity in human rhinoviruses in children with acute respiratory infection. PLoS One 2009; 4(7): e6355.
32. Altındiş M, Dal T. Yeni bir viral tehdit: Enterovirüs D68. Turk Hij Den Biyol Derg 2016; 73(3): 293-302.

APA	DEMİRKAN E, Kırdar S, Ceylan E, YENİGÜN A, KURT ÖMÜRLÜ İ (2017). Akut Solunum Yolu Enfeksiyonlu Çocuk ve Erişkin Hastalarda Rinovirüs Genotiplerinin Belirlenmesi. , 350 - 360.
Chicago	DEMİRKAN Eda,Kırdar Sevin,Ceylan Emel,YENİGÜN Ayşe,KURT ÖMÜRLÜ İMRAN Akut Solunum Yolu Enfeksiyonlu Çocuk ve Erişkin Hastalarda Rinovirüs Genotiplerinin Belirlenmesi. (2017): 350 - 360.
MLA	DEMİRKAN Eda,Kırdar Sevin,Ceylan Emel,YENİGÜN Ayşe,KURT ÖMÜRLÜ İMRAN Akut Solunum Yolu Enfeksiyonlu Çocuk ve Erişkin Hastalarda Rinovirüs Genotiplerinin Belirlenmesi. , 2017, ss.350 - 360.
AMA	DEMİRKAN E,Kırdar S,Ceylan E,YENİGÜN A,KURT ÖMÜRLÜ İ Akut Solunum Yolu Enfeksiyonlu Çocuk ve Erişkin Hastalarda Rinovirüs Genotiplerinin Belirlenmesi. . 2017; 350 - 360.
Vancouver	DEMİRKAN E,Kırdar S,Ceylan E,YENİGÜN A,KURT ÖMÜRLÜ İ Akut Solunum Yolu Enfeksiyonlu Çocuk ve Erişkin Hastalarda Rinovirüs Genotiplerinin Belirlenmesi. . 2017; 350 - 360.
IEEE	DEMİRKAN E,Kırdar S,Ceylan E,YENİGÜN A,KURT ÖMÜRLÜ İ "Akut Solunum Yolu Enfeksiyonlu Çocuk ve Erişkin Hastalarda Rinovirüs Genotiplerinin Belirlenmesi." , ss.350 - 360, 2017.
ISNAD	DEMİRKAN, Eda vd. "Akut Solunum Yolu Enfeksiyonlu Çocuk ve Erişkin Hastalarda Rinovirüs Genotiplerinin Belirlenmesi". (2017), 350-360.

APA	DEMİRKAN E, Kırdar S, Ceylan E, YENİGÜN A, KURT ÖMÜRLÜ İ (2017). Akut Solunum Yolu Enfeksiyonlu Çocuk ve Erişkin Hastalarda Rinovirüs Genotiplerinin Belirlenmesi. Mikrobiyoloji Bülteni, 51(4), 350 - 360.
Chicago	DEMİRKAN Eda,Kırdar Sevin,Ceylan Emel,YENİGÜN Ayşe,KURT ÖMÜRLÜ İMRAN Akut Solunum Yolu Enfeksiyonlu Çocuk ve Erişkin Hastalarda Rinovirüs Genotiplerinin Belirlenmesi. Mikrobiyoloji Bülteni 51, no.4 (2017): 350 - 360.
MLA	DEMİRKAN Eda,Kırdar Sevin,Ceylan Emel,YENİGÜN Ayşe,KURT ÖMÜRLÜ İMRAN Akut Solunum Yolu Enfeksiyonlu Çocuk ve Erişkin Hastalarda Rinovirüs Genotiplerinin Belirlenmesi. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.51, no.4, 2017, ss.350 - 360.
AMA	DEMİRKAN E,Kırdar S,Ceylan E,YENİGÜN A,KURT ÖMÜRLÜ İ Akut Solunum Yolu Enfeksiyonlu Çocuk ve Erişkin Hastalarda Rinovirüs Genotiplerinin Belirlenmesi. Mikrobiyoloji Bülteni. 2017; 51(4): 350 - 360.
Vancouver	DEMİRKAN E,Kırdar S,Ceylan E,YENİGÜN A,KURT ÖMÜRLÜ İ Akut Solunum Yolu Enfeksiyonlu Çocuk ve Erişkin Hastalarda Rinovirüs Genotiplerinin Belirlenmesi. Mikrobiyoloji Bülteni. 2017; 51(4): 350 - 360.
IEEE	DEMİRKAN E,Kırdar S,Ceylan E,YENİGÜN A,KURT ÖMÜRLÜ İ "Akut Solunum Yolu Enfeksiyonlu Çocuk ve Erişkin Hastalarda Rinovirüs Genotiplerinin Belirlenmesi." Mikrobiyoloji Bülteni, 51, ss.350 - 360, 2017.
ISNAD	DEMİRKAN, Eda vd. "Akut Solunum Yolu Enfeksiyonlu Çocuk ve Erişkin Hastalarda Rinovirüs Genotiplerinin Belirlenmesi". Mikrobiyoloji Bülteni 51/4 (2017), 350-360.