Serap SÜZÜK YILDIZ
(Public Health Agency of Turkey, Department of Microbiology Reference Laboratories, Ankara, Turkey.)
BANU KAŞKATEPE
(Ankara Üniversitesi, Eczacılık Fakültesi, Farmasötik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara.)
Salih ALTINOK
(Public Health Agency of Turkey, Department of Microbiology Reference Laboratories, Ankara, Turkey.)
MUSTAFA ÇETİN
(Ankara Numune Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Kardiyoloji Kliniği, Ankara.)
ALPER KARAGÖZ
(Public Health Agency of Turkey, Department of Microbiology Reference Laboratories, Ankara, Turkey.)
Sümeyra SAVAŞ
(TÜBİTAK BİLGEM Hesaplamalı Biyoloji İleri Genom ve Biyoenformatik Araştırma Merkezi, Kocaeli.)
Yıl: 2017Cilt: 51Sayı: 1ISSN: 0374-9096Sayfa Aralığı: 1 - 9Türkçe

85 0
Viridans Grup Streptokok Tanımlamasında MALDI-TOF ve 16S rRNA Yöntemlerinin Karşılaştırılması
Enfektif endokardit etkeni olarak sıklıkla karşımıza çıkan viridans grup streptokoklar (VGS)'ın doğru tanımlanması her zaman klinik mikrobiyoloji laboratuvarı için sorun oluşturmaktadır. Klinik mikrobiyoloji laboratuvarları genellikle bu bakterilerin tanımlamasında konvansiyonel yöntemler ile birlikte yarı otomatize/otomatize sistemler ve moleküler yöntemleri kullanmaktadır. Son zamanlarda VGS tanısında "Matriks Yardımlı Lazer İyonizasyon Kütle Spektrometre, Matriks Assisted Laser Ionization-Time of Flight" MALDI-TOF sistemlerinin kullanıldığı çalışmalar yayımlanmaktadır. Bu çalışmada, enfektif endokardit açısından riskli kişilerin ağız mikrobiyotasındaki VGS'lerin tanısında kullanılan konvansiyonel yöntemler, yarı otomatize ve MALDI-TOF MS sistemlerinin altın standart yöntem 16S rRNA dizi analizi ile karşılaştırarak performanslarının belirlenmesi ve elde edilen veriler doğrultusunda klinik mikrobiyoloji laboratuvarında VGS identifikasyonu için kullanılabilecek bir tanı algoritmasının oluşturulması amaçlanmıştır. Çalışmaya Şubat-Haziran 2015 tarihleri arasında Ankara Numune Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Kardiyoloji Polikliniğine başvuran enfektif endokardit gelişme riski bulunan romatizmal kalp hastalığı, kapak hastalığı ve/veya prostetik kapağı olan hastaların ağız mikrobiyotasından elde edilen 51 VGS izolatı dahil edilmiştir. Bakterilerin izolasyonu için standart mikrobiyolojik yöntemler ile optokin ve safrada erime testi uygulanmıştır. Bakteriler API STREP (bioMérieux, Fransa) ve MALDI-TOF MS Bruker Microflex (Bruker Biotyper; Bruker Daltonics, Bremen, Almanya) yöntemleri ile tanımlanmıştır. Bakterilerin 16S rRNA dizi analizinde BSF-8 (5´-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3´) ve BSR-534 (5´-ATTACCGCGGCTGCTGGC-3´) primerleri kullanılmıştır. ABI PRISM 3100 Avant Genetic Analyzer (Applied Biosystems, Foster City, CA, ABD) cihazı kullanılarak dizi analizi gerçekleştirilmiştir. Elde edilen elektroferogramlar, Seq Scape Software (Applied Biosystems, Foster City, CA, ABD) programı ile analiz edilerek BLASTN (NCBI) programı ile GenBank referans dizileri ile karşılaştırılmıştır. Optokin ve safrada erime testleri sonucunda optokin ve safraya dirençli alfa hemolitik streptokokların API STREP sistemi ile 16 (%31.37)'sının Mitis grubunda, 15 (%29.41)'inin Anginosus grubunda, 9 (%17.65)'unun Salivarius grubunda, 7 (%13.73)'sinin Sanguinis grubunda ve 4 (%7.84)'ünün Bovis grubunda yer aldığı tespit edilmiştir. MALDI-TOF sistemi ile aynı izolatların 20 (%39.22)'sinin Mitis grubunda, 14 (%27.45)'ünün Anginosus grubunda, 13 (%25.49)'ünün Salivarius grubunda ve 4 (%7.84)'ünün Sanguinis grubunda yer aldığı tanımlanmıştır. 16S rRNA ile yapılan tanımlamada ise izolatların 25 (%49.02)'inin Mitis grubunda, 13 (%25.49)'ünün Anginosus grubunda, 12 (%23.53)'sinin Salivarius grubunda ve 1 (%1.96)'inin Sanguinis grubunda yer aldığı bulunmuştur. Elde edilen sonuçlara göre MALDI-TOF MS sisteminde tanımlanan 33 (%64.70) izolatın, API STREP sisteminde tanımlanan 31 (%60.78) izolatın 16s rRNA dizi analizi yöntemi ile uyumlu olduğu bulunmuştur. Mitis grubu için API STREP testinin duyarlılığı %48.00, özgüllüğü %84.62 olarak bulunurken, MALDI TOF MS'de duyarlılık %80.00, özgüllük %100 olarak bulunmuştur. Bu çalışma sonucunda, VGS'ların tanısının karmaşık bir süreç olması nedeniyle klinik mikrobiyoloji laboratuvarında bu izolatların tanımlamasında yöntemlerin tek başına yeterli olamayacağı ve MALDI-TOF MS sisteminin VGS tanısı için kullanılabileceğini ancak, gerektiği durumlarda optokin testi ve/veya moleküler yöntemlere tanı algoritmasında yer verilmesi gerektiği düşünülmüştür.
Fen > Temel Bilimler > Viroloji
Fen > Tıp > Mikrobiyoloji
DergiAraştırma MakalesiErişime Kapalı
  • 1. Whiley RA, Fraser HY, Douglas CWI, et al. Streptococcus parasanguis sp. Nov.: An atypical viridans Streptococcus from human clinical specimens. FEMS Microbiol Lett 1990; 56(1-2): 115-21.
  • 2. Ergin A. Viridans streptokokların laboratuvar tanısında klasik ve yeni yaklaşımlar. Mikrobiyol Bul 2010; 44(3): 495-503.
  • 3. Doern CD, Burnham CA. It's not easy being green: the viridans group streptococci, with a focus on pediatric clinical manifestations. J Clin Microbiol 2010; 48(11): 3829-35.
  • 4. Teles C, Smith A, Ramage G, Lang S. Identification of clinical lyrele vantviridans group streptococci byphenotypic and genotypicanalysis. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2011; 30(2): 243-50.
  • 5. Kellogg JA, Bankert DA, Elder Carol J, Gibbs J, Smith MC. Identification of Streptococcus pneumoniae revisited. J Clin Microbiol 2001; 39: 3373-5.
  • 6. Neville SA, Lecordier A, Ziochos H, et al. Utility of matrix-assisted laser desorptionion ization-time of flight mass spectrometry following introduction for routine laboratory bacterial identification. J Clin Microbiol 2011; 49(8): 2980-4.
  • 7. Sasaki E, Osawa R, Nishitani Y, Whiley RA. Development of a diagnostic PCR assay targeting themn dependent superoxide dismutase gene (sodA) for identification of Streptococcus gallolyticus. J Clin Microbiol 2004; 42(3): 1360-2.
  • 8. Kemp M, Bangsborg J, Kjerulf A, et al. Advantages and limitations of ribosomal RNA PCR and DNA sequencing for identification of bacteria in cardiac valves of danish patients. Open Microbiol J 2013; 7: 146-51.
  • 9. Ikryannikova LN, Filimonova AV, Malakhova MV, et al. Discrimination between Streptococcus pneumoniae and Streptococcus mitis based on sorting of their MALDI mass spectra. Clin Microbiol Infect 2013; 19(11): 1066-71.
  • 10. Angeletti S, Dicuonzo G, Avola A, et al. Viridans Group Streptococci clinical isolates: MALDI-TOF mass spectrometry versus gene sequence-based identification. PLoS One 2015; 10(3): e0120502-12.
  • 11. López Roa P, Sánchez Carrillo C, Marín M, Romero F, Cercenado E, Bouza E. Value of matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight for routine identification of viridans group streptococci causing bloods tream infections. Clin Microbiol Infect 2013; 19(5): 438-44.
  • 12. Chang YC, Lo HH. Identification, clinical aspects, susceptibility pattern, and molecular epidemiology of beta-haemolytic group G Streptococcus anginosus group isolates from central Taiwan. Diagn Microbiol Infect Dis 2013; 76(3): 262-5.
  • 13. Angeletti S. Matrixassisted laser desorption time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) in clinical microbiology. J Microbiol Methods 2016; 7012(16): 30253-6.
  • 14. Zhou M, Yang Q, Kudinha T, et al. Using Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight (MALDI-TOF) Complemented with Selected 16S rRNA and gyrB Genes Sequencing to Practically Identify Clinical Important Viridans Group Streptococci (VGS). Front Microbiol 2016; 7: 1328-35.
  • 15. Suzuki N, Seki M, Nakano Y, Kiyoura Y, Maeno M, Yamashita Y. Discrimination of Streptococcus pneumoniae from viridans group streptococci by genomic subtractive hybridization. J Clin Microbiol 2005; 43(9): 4528- 34.
  • 16. Haanperä M, Jalava J, Huovinen P, Meurman O, Rantakokko-Jalava K. Identification of alpha-hemolytic streptococci by pyrosequencing the 16S rRNA gene and by use of VITEK 2. J Clin Microbiol 2007; 45(3): 762-70.
  • 17. Scholz CF, Poulsen K, Kilian M. Novel molecular method for identification of Streptococcus pneumoniae applicable to clinical microbiology. and 16S rRNA sequence-based microbiome studies. J Clin Microbiol 2012; 50(6): 1968-73.
  • 18. Ikryannikova LN, Lapin KN, Malakhova MV, et al. Misidentification of alpha-hemolytic streptococci by routine tests in clinical practice. Infect Genet Evol 2011; 11(7): 1709-15.
  • 19. Chen JH, She KK, Wong OY, et al. Use of MALDI Biotyperplus Clin Pro Tools mass spectra analysis for correct identification of Streptococcus pneumoniae and Streptococcus mitis/oralis. J Clin Pathol 2015; 68(8): 652-6.
  • 20. Ko KS, Oh WS, Peck KR, Lee JH, Lee NY, Song JH. Phenotypic and genotypic discrepancy of Streptococcus pneumoniae strains isolated from Asian countries. FEMS Immunol Med Microbiol 2005; 45(1): 63-70.

TÜBİTAK ULAKBİM Ulusal Akademik Ağ ve Bilgi Merkezi Cahit Arf Bilgi Merkezi © 2019 Tüm Hakları Saklıdır.