Yıl: 2020 Cilt: 50 Sayı: 1 Sayfa Aralığı: 10 - 20 Metin Dili: Türkçe DOI: 10.5222/TMCD.2020.010 İndeks Tarihi: 30-04-2020

Mycobacterium tuberculosis kompleks ve Rifampisin Direncinin Saptanmasında Hızlı Moleküler Yöntemle Konvansiyonel Yöntemlerin Karşılaştırılması

Öz:
Amaç: Bu çalışmada, Haziran 2012-Kasım 2016 tarihleri arasında Dokuz Eylül ÜniversitesiHastanesi Merkez Laboratuvarı’nda kullanılan GeneXpert MTB/RIF (GX) testinin Mycobacteriumtuberculosis kompleks (MTK) tanısı ve rifampisin (RIF) direncinin saptanmasındaki performansınınmikroskopi ve kültür yöntemleriyle karşılaştırılarak değerlendirilmesi amaçlanmıştır.Yöntem: Klinik istem doğrultusunda Kinyoun boyalı mikroskopik inceleme ve kültür yöntemleriylebirlikte GX testi çalışılan 4.199 hasta örneğinin (1361 akciğer, 2.838 akciğer dışı örnek) sonuçlarıretrospektif olarak çalışmaya alınmıştır.Bulgular: MTK saptanmasında kültür referans yöntem alınarak; GX testinin duyarlılığı ve özgüllü- ğü sırasıyla, tüm örneklerde %74.5 ve %99.1; akciğer örneklerinde %82.7 ve %98.7; akciğer dışıörneklerde %67.2 ve %99.3 olarak hesaplanmıştır. Mikroskopik incelemenin duyarlılık ve özgüllü- ğü sırasıyla, tüm örneklerde %16.4 ve %99.7; akciğer örneklerinde %28.8 ve %99.2; akciğer dışıörneklerde %5.2 ve %99.9 olarak hesaplanmıştır. Tüm örneklerde ve akciğer ile akciğer dışı örnek- lerde GX testiyle mikroskopik incelemenin duyarlılıkları arasındaki fark istatistiksel olarak anlam- lı bulunmuştur (p<0.001). MGIT SIRE yöntemiyle elde edilen RIF duyarlılık sonuçları referansalındığında, GX testinin RIF direncini saptamadaki duyarlılığı %100, özgüllüğü %95.8 olarakhesaplanmıştır.Sonuç: Sonuç olarak, GX testinin kolay uygulanabilirliği, iki saat içinde doğrudan klinik örnektenMTK DNA’sı ve RIF direncini birlikte saptayabilmesi, mikroskopik incelemeye göre duyarlılığınındaha yüksek olması göz önünde bulundurulduğunda TB hızlı tanısında yararlı bir yöntem olduğusonucuna varılmıştır. Ancak, test sonuçlarının daima kültür yöntemleriyle doğrulanması öneril- mektedir.
Anahtar Kelime:

Konular: Solunum Sistemi Mikrobiyoloji Biyokimya ve Moleküler Biyoloji

Comparison of a Rapid Molecular Method with Conventional Methods for Identification of Mycobacterium tuberculosis complex and Detection of Rifampicin Resistance

Öz:
Objective: In this study, it was aimed to evaluate the performance of GeneXpert MTB/RIF (GX) assay used for the identification of Mycobacterium tuberculosis complex (MTC) and detection of rifampicin (RIF) resistance in the Central Laboratory of Dokuz Eylul University Hospital between June 2012, and November 2016 by comparing microscopic, and culture methods. Method: The results of 4.199 patient samples (1361 pulmonary and 2838 extrapulmonary) using Kinyoun’s staining method for microscopic examinztion, culture methods and GX test as requested by clinics were retrospectively included in t he study. Results: By using culture as the reference method for the detection of MTC; sensitivity and specificity of GX assay were determined as 74.5% and 99.1% for all specimens; 82.7% and 98.7% for pulmonary specimens; 67.2% and 99.3% for extrapulmonary specimens, respectively. The sensitivity and specificity of microscopic examination were found to be 16.4% and 99.7% for all specimens; 28.8% and 99.2% for pulmonary specimens; and 5.2% and 99.9% for extrapulmonary specimens, respectively. The difference between the sensitivities of the GX assay and the microscopic examination was found statistically significant for all samples and for the pulmonary and extrapulmonary samples (p<0.001). By using the drug susceptibility test results of the MGT SIRE as a reference; the sensitivity and specificity of the GX test for detecting RIF resistance was 100% and 95.8%, respectively. Conclusion: In conclusion, GX assay is useful for rapid diagnosis of TB considering that the test is easily applicable and directly detects MTC DNA and resistance to RIF within 2 hours and is superior in sensitivity than microscopic examination. However, test results should always be confirmed by culture methods.
Anahtar Kelime:

Konular: Solunum Sistemi Mikrobiyoloji Biyokimya ve Moleküler Biyoloji
Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık
  • 1. WHO. Global tuberculosis report, 2018. Geneva: World Health Organization; 2018. Licence: CC BY-NC-SA 3.0 IGO.
  • 2. Ahmad S, Mokaddas E. Recent advances in the diagnosis and treatment of multidrug-resistant tuberculosis. Respir Med. 2009;103(12):1777-90. https://doi.org/10.1016/j.rmed.2009.07.010
  • 3. TC Sağlık Bakanlığı Türkiye Halk Sağlığı Kurumu Başkanlığı Mikrobiyoloji Referans Laboratuvarları Daire Başkanlığı. Ulusal Mikrobiyoloji Standartları. Ulusal Tüberküloz Tanı Rehberi (UTTR). Aydoğdu Ofset Matbaacılık. Ankara, 2014.
  • 4. Zeka AN, Tasbakan S, Cavusoglu C. Evaluation of the GeneXpert MTB/RIF assay for rapid diagnosis of tuberculosis and detection of rifampin resistance in pulmonary and extrapulmonary specimens. J Clin Microbiol. 2011;49(12):4138-41. https://doi.org/10.1128/JCM.05434-11
  • 5. Bunsow E, Ruiz-Serrano MJ, López Roa P, Kestler M, Viedma DG, Bouza E. Evaluation of GeneXpert MTB/ RIF for the detection of Mycobacterium tuberculosis and resistance to rifampin in clinical specimens. J Infect. 2014;68(4):338-43. https://doi.org/10.1016/j.jinf.2013.11.012
  • 6. American Thoracic Society, CDC; Infectious Diseases Society of America. Treatment of tuberculosis. MMWR Recomm Rep. 2003;52(RR-11):1-77.
  • 7. CDC. Centers for Disease Control and Prevention, Updated guidelines for the use of nucleic acid amplification tests in the diagnosis of tuberculosis. MMWR Morb Mortal Wkly Rep. 2009;58(1):7-10.
  • 8. Telenti A, Imboden P, Marchesi F, et al. Detection of rifampicin-resistance mutations in Mycobacterium tuberculosis. Lancet. 1993;341(8846):647-50. https://doi.org/10.1016/0140-6736(93)90417-F
  • 9. Boehme CC, Nabeta P, Hillemann D, et al. Rapid molecular detection of tuberculosis and rifampin resistance. N Engl J Med. 2010;363(11):1005-15. https://doi.org/10.1056/NEJMoa0907847
  • 10. Gürsoy NC, Yakupoğulları Y, Tekerekoğlu MS, Otlu B. Klinik örneklerde Mycobacterium tuberculosis’in saptanması ve rifampin direncinin tespitinde Xpert MTB/RIF testinin tanısal performansının değerlendirilmesi. Mikrobiyol Bul. 2016;50(2):196-204. https://doi.org/10.5578/mb.21033
  • 11. Özkütük N, Sürücüoğlu S. Orta prevalanslı bölgede akciğer ve akciğer dışı tüberküloz tanısında Xpert MTB/ RIF testinin değerlendirilmesi. Mikrobiyol Bul. 2014;48(2):223-32. https://doi.org/10.5578/mb.7456
  • 12. Albay A, Güney M, Tekin K, Kısa Ö, Sığ AK. Pulmoner ve ekstrapulmoner örneklerde tüberkülozun erken tanısı ve rifampisin direncinin tespiti için GeneXpert MTB/RIF testinin değerlendirilmesi. Cukurova Med J. 2016;41(3): 548-53. https://doi.org/10.17826/cukmedj.237514
  • 13. Çiftçi IH, Aslan MH, Aşık G. Klinik örneklerde Mycobacterium tuberculosis varlığının gösterilmesinde Xpert MTB/RIF sonuçlarının değerlendirilmesi Mikrobiyol Bul. 2011;45(1):43-7.
  • 14. Li S, Liu B, Peng M, et al. Diagnostic accuracy of Xpert MTB/RIF for tuberculosis detection in different regions with different endemic burden: A systematic review and meta-analysis. PLoS One. 2017;12(7):e0180725. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0180725
  • 15. Kohli M, Schiller I, Dendukuri N, et al. Xpert® MTB/RIF assay for extrapulmonary tuberculosis and rifampicin resistance. Cochrane Database Syst Rev. 2018;8:CD012768. https://doi.org/10.1002/14651858.CD012768.pub2
  • 16. Steingart KR, Schiller I, Horne DJ, Pai M, Boehme CC, Dendukuri N. Xpert® MTB/RIF assay for pulmonary tuberculosis and rifampicin resistance in adults. Cochrane Database Syst Rev. 2014;(1):CD009593. https://doi.org/10.1002/14651858.CD009593.pub3
  • 17. Chang K, Lu W, Wang J, et al. Rapid and effective diagnosis of tuberculosis and rifampicin resistance with Xpert MTB/RIF assay: a meta-analysis. J Infect. 2012;64(6):580-8. https://doi.org/10.1016/j.jinf.2012.02.012
  • 18. Maynard-Smith L, Larke N, Peters JA, Lawn SD. Diagnostic accuracy of the Xpert MTB/RIF assay for extrapulmonary and pulmonary tuberculosis when testing non-respiratory samples: a systematic review. BMC Infect Dis. 2014;14:709. https://doi.org/10.1186/s12879-014-0709-7
  • 19. Parcell BJ, Jarchow-MacDonald AA, Seagar AL, Laurenson IF, Prescott GJ, Lockhart M. Three year evaluation of Xpert MTB/RIF in a low prevalence tuberculosis setting: A Scottish perspective. J Infect. 2017;74(5):466-72. https://doi.org/10.1016/j.jinf.2017.02.005
  • 20. Sharma SK, Kohli M, Yadav RN, et al. Evaluating the diagnostic accuracy of Xpert MTB/RIF assay in pulmonary tuberculosis. PLoS One. 2015;10(10): e0141011. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0141011
  • 21. Geleta DA, Megerssa YC, Gudeta AN, Akalu GT, Debele MT, Tulu KD. Xpert MTB/RIF assay for diagnosis of pulmonary tuberculosis in sputum specimens in remote health care facility. BMC Microbiol. 2015;15:220. https://doi.org/10.1186/s12866-015-0566-6
  • 22. Tadesse M, Abebe G, Bekele A, et al. Xpert MTB/RIF assay for the diagnosis of extrapulmonary tuberculosis: a diagnostic evaluation study. Clin Microbiol Infect. 2019;25(8):1000-5. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2018.12.018
  • 23. Huo ZY, Peng L. Is Xpert MTB/RIF appropriate for diagnosing tuberculous pleurisy with pleural fluid samples? A systematic review. BMC Infect Dis. 2018;18(1):284. https://doi.org/10.1186/s12879-018-3196-4
  • 24. Mazzola E, Arosio M, Nava A, Fanti D, Gesu G, Farina C. Performance of real-time PCR Xpert ®MTB/RIF in diagnosing extrapulmonary tuberculosis. Infez Med. 2016;24(4):304-9.
  • 25. WHO. Automated real-time nucleic acid amplification technology for rapid and simultaneous detection of tuberculosis and rifampicin resistance: Xpert MTB/RIF assay for the diagnosis of pulmonary and extrapulmonary TB in adults and children: Policy Update. Geneva: World Health Organization; 2013.
  • 26. Theron G, Venter R, Calligaro G, et al. Xpert MTB/RIF results in patients with previous tuberculosis: Can we distinguish true from false positive results? Clin Infect Dis. 2016;62(8):995-1001. https://doi.org/10.1093/cid/civ1223
  • 27. Hillemann D, Rüsch-Gerdes S, Boehme C, Richter E. Rapid molecular detection of extrapulmonary tuberculosis by the automated GeneXpert MTB/RIF system. J Clin Microbiol. 2011;49(4):1202-5. https://doi.org/10.1128/JCM.02268-10
  • 28. Boehme CC, Nicol MP, Nabeta P, et al. Feasibility, diagnostic accuracy, and effectiveness of decentralised use of the Xpert MTB/RIF test for diagnosis of tuberculosis and multidrug resistance: a multicentre implementation study. Lancet. 2011;377(9776):1495- 505. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(11)60438-8
  • 29. Rahman A, Sahrin M, Afrin S, et al. Comparison of Xpert MTB/RIF Assay and GenoType MTBDRplus DNA probes for detection of mutations associated with rifampicin resistance in Mycobacterium tuberculosis. PLoS One. 2016;11(4):e0152694. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0152694
APA ÖZKARATAŞ E, Özkarataş M, ÖZKÜTÜK A, ESEN N (2020). Mycobacterium tuberculosis kompleks ve Rifampisin Direncinin Saptanmasında Hızlı Moleküler Yöntemle Konvansiyonel Yöntemlerin Karşılaştırılması. , 10 - 20. 10.5222/TMCD.2020.010
Chicago ÖZKARATAŞ Emre,Özkarataş Müge Hacer,ÖZKÜTÜK Ayşe Aydan,ESEN Nuran Mycobacterium tuberculosis kompleks ve Rifampisin Direncinin Saptanmasında Hızlı Moleküler Yöntemle Konvansiyonel Yöntemlerin Karşılaştırılması. (2020): 10 - 20. 10.5222/TMCD.2020.010
MLA ÖZKARATAŞ Emre,Özkarataş Müge Hacer,ÖZKÜTÜK Ayşe Aydan,ESEN Nuran Mycobacterium tuberculosis kompleks ve Rifampisin Direncinin Saptanmasında Hızlı Moleküler Yöntemle Konvansiyonel Yöntemlerin Karşılaştırılması. , 2020, ss.10 - 20. 10.5222/TMCD.2020.010
AMA ÖZKARATAŞ E,Özkarataş M,ÖZKÜTÜK A,ESEN N Mycobacterium tuberculosis kompleks ve Rifampisin Direncinin Saptanmasında Hızlı Moleküler Yöntemle Konvansiyonel Yöntemlerin Karşılaştırılması. . 2020; 10 - 20. 10.5222/TMCD.2020.010
Vancouver ÖZKARATAŞ E,Özkarataş M,ÖZKÜTÜK A,ESEN N Mycobacterium tuberculosis kompleks ve Rifampisin Direncinin Saptanmasında Hızlı Moleküler Yöntemle Konvansiyonel Yöntemlerin Karşılaştırılması. . 2020; 10 - 20. 10.5222/TMCD.2020.010
IEEE ÖZKARATAŞ E,Özkarataş M,ÖZKÜTÜK A,ESEN N "Mycobacterium tuberculosis kompleks ve Rifampisin Direncinin Saptanmasında Hızlı Moleküler Yöntemle Konvansiyonel Yöntemlerin Karşılaştırılması." , ss.10 - 20, 2020. 10.5222/TMCD.2020.010
ISNAD ÖZKARATAŞ, Emre vd. "Mycobacterium tuberculosis kompleks ve Rifampisin Direncinin Saptanmasında Hızlı Moleküler Yöntemle Konvansiyonel Yöntemlerin Karşılaştırılması". (2020), 10-20. https://doi.org/10.5222/TMCD.2020.010
APA ÖZKARATAŞ E, Özkarataş M, ÖZKÜTÜK A, ESEN N (2020). Mycobacterium tuberculosis kompleks ve Rifampisin Direncinin Saptanmasında Hızlı Moleküler Yöntemle Konvansiyonel Yöntemlerin Karşılaştırılması. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi, 50(1), 10 - 20. 10.5222/TMCD.2020.010
Chicago ÖZKARATAŞ Emre,Özkarataş Müge Hacer,ÖZKÜTÜK Ayşe Aydan,ESEN Nuran Mycobacterium tuberculosis kompleks ve Rifampisin Direncinin Saptanmasında Hızlı Moleküler Yöntemle Konvansiyonel Yöntemlerin Karşılaştırılması. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi 50, no.1 (2020): 10 - 20. 10.5222/TMCD.2020.010
MLA ÖZKARATAŞ Emre,Özkarataş Müge Hacer,ÖZKÜTÜK Ayşe Aydan,ESEN Nuran Mycobacterium tuberculosis kompleks ve Rifampisin Direncinin Saptanmasında Hızlı Moleküler Yöntemle Konvansiyonel Yöntemlerin Karşılaştırılması. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi, vol.50, no.1, 2020, ss.10 - 20. 10.5222/TMCD.2020.010
AMA ÖZKARATAŞ E,Özkarataş M,ÖZKÜTÜK A,ESEN N Mycobacterium tuberculosis kompleks ve Rifampisin Direncinin Saptanmasında Hızlı Moleküler Yöntemle Konvansiyonel Yöntemlerin Karşılaştırılması. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi. 2020; 50(1): 10 - 20. 10.5222/TMCD.2020.010
Vancouver ÖZKARATAŞ E,Özkarataş M,ÖZKÜTÜK A,ESEN N Mycobacterium tuberculosis kompleks ve Rifampisin Direncinin Saptanmasında Hızlı Moleküler Yöntemle Konvansiyonel Yöntemlerin Karşılaştırılması. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi. 2020; 50(1): 10 - 20. 10.5222/TMCD.2020.010
IEEE ÖZKARATAŞ E,Özkarataş M,ÖZKÜTÜK A,ESEN N "Mycobacterium tuberculosis kompleks ve Rifampisin Direncinin Saptanmasında Hızlı Moleküler Yöntemle Konvansiyonel Yöntemlerin Karşılaştırılması." Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi, 50, ss.10 - 20, 2020. 10.5222/TMCD.2020.010
ISNAD ÖZKARATAŞ, Emre vd. "Mycobacterium tuberculosis kompleks ve Rifampisin Direncinin Saptanmasında Hızlı Moleküler Yöntemle Konvansiyonel Yöntemlerin Karşılaştırılması". Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi 50/1 (2020), 10-20. https://doi.org/10.5222/TMCD.2020.010