KÜÇÜK HÜCRELİ OLMAYAN AKCİĞER KANSERİ HÜCRELERİNDE LET-7B-5P’NİN APOPTOTİK GENLER İLE İLİŞKİSİNİN ARAŞTIRILMASI

Bozgeyik, Esra

KÜÇÜK HÜCRELİ OLMAYAN AKCİĞER KANSERİ HÜCRELERİNDE LET-7B-5P’NİN APOPTOTİK GENLER İLE İLİŞKİSİNİN ARAŞTIRILMASI

Esra BOZGEYİK (Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı, Tekirdağ, Türkiye)

Namık Kemal Tıp Dergisi

1 0

Yıl: 2019 Cilt: 7 Sayı: 2 Sayfa Aralığı: 61 - 71 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-06-2020

KÜÇÜK HÜCRELİ OLMAYAN AKCİĞER KANSERİ HÜCRELERİNDE LET-7B-5P’NİN APOPTOTİK GENLER İLE İLİŞKİSİNİN ARAŞTIRILMASI

Öz:

Amaç: Akciğer kanseri dünya genelinde kansere bağlı gerçekleşen ölümlerde kadınlarda ve erkeklerde ilk sıralarda yer almaktadır. Erken tanı yöntemlerinde ki gelişmeler ve yeni hedeflenen ajanların sayısının artmasına rağmen akciğer kanseri halen erken teşhis edilememekte ve etkin bir şekilde tedavi edilememektedir. Akciğer kanserinin tanısı için doğru ve güvenilir belirteçlere ihtiyaç duyulmaktadır. Ayrıca, akciğer kanserinde let-7b-5p’nin rolü ve terapötik potansiyelini ortaya koyan çalışmaların oldukça yetersiz olduğu gözükmektedir. Bu çalışmada A549 hücrelerinde let-7b-5p’nin ifade seviyesi miRNA mimik uygulaması ile arttırılarak apoptoz ile ilişkili genler ile ilişkisinin araştırılması amaçlanmıştır.Materyal ve Metot: Let-7b-5p’nin hedefi olabilecek apoptoz ile ilişkili genler onlineveri tabanlarından biyoinformatik araçlarla belirlenmiştir. Let-7b-5p’nin ifade seviyesinin A549 hücrelerinde arttırılması amacıyla, let-7b-5p mimiği hücrelereHiPerFect transfeksiyon ajanı ile transfekte edilmiştir. Daha sonra, elde edilen RNA’lardan let-7b-5p ve apoptoz ilişkili genlerin ifade seviyeleri qPCR yöntemi ile belirlenmiştir.Bulgular: Akciğer kanseri hücrelerinde let-7b-5p’nin ifade seviyesinin arttırılmasının ardından BCL2, RB1, XIAP, CASP9, TP53 ve PTEN genlerinin ifade seviyelerinin kontrol gruplarına kıyasla düştüğü bulunmuştur. Bunun aksine BAX geninin ifade seviyesinin arttığı ve CASP3 ve BCL2L1 genlerinin ifade seviyelerinde herhangi bir değişim olmadığı bulunmuştur. In silico analizler sonucunda TP53 geninin 3’ UTR bölgesinde iki farklı pozisyonda let-7b-5p bağlanma alanı olduğu gösterilmiştir.Sonuç: Sonuç olarak elde ettiğimiz bulgular let-7b-5p’nin apoptoz mekanizmasında yer alan genleri hedefleyebileceğini ve bu miRNA’nın akciğer kanserinin tanı ve/veya tedavisine yönelik önemli bir biyobelirteç olabileceğine işaret etmektedir.

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji Mühendislik, Biyotıp

INVESTİGATİON OF THE ASSOCİATİON OF LET-7B-5P WİTH APOPTOTİC GENES İN NON-SMALL CELL LUNG CANCER CELLS

Öz:

Aim: Lung cancer is the leading cause of cancer-related deaths in men and women worldwide. Developments in early diagnostics and the number of new targeted agents have increased, lung cancer still cannot be diagnosed early and treated effectively. Therefore, accurate and reliable markers are needed for the diagnosis of lung cancer. Furthermore, studies showing the role and therapeutic potential of let-7b-5p in lung cancer seem to be quite limited. In this study, the expression level of let-7b-5p was increased by miRNA mimic applications in A549 cells to investigate the relationship between let-7b-5p and apoptosis-related genes. Materials and Methods: The genes involved in the apoptosis and predicted to target let-7b-5p were determined by bioinformatics tools from online databases. In order to increase the expression levels of let-7b-5p in A549 cells, let-7b-5p mimics were transfected into the cells with the HiPerFect transfection reagent. Then, expression levels of let-7b-5p and apoptosis related genes were determined by qPCR method. Results: It was found that the expression levels of BCL2, RB1, XIAP, CASP9, TP53 and PTEN genes decreased after increasing expression levels of let-7b-5p as compared to control groups in lung cancer cells. In contrast, the expression level of the BAX gene increased and no changes were observed in the expression levels of CASP3 and BCL2L1 genes. As a result of the in silico analysis, the TP53 gene was shown to have let-7b-5p binding site at two different positions in the 3’UTR region. Conclusion: In conclusion, our findings suggest that let-7b-5p can target genes involved in apoptosis and this miRNA might be an important biomarker for the diagnosis and/or treatment of lung cancer.

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji Mühendislik, Biyotıp

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık

1. Ferlay J, Colombet M, Soerjomataram I, Mathers C, Parkin D, Piñeros M et al. Estimating the global cancer incidence and mortality in 2018: GLOBOCAN sources and methods. Int J Cancer. 2019;144(8):1941-53.
2. Goulart BH, Ramsey SD. Moving beyond the national lung screening trial: discussing strategies for implementation of lung cancer screening programs. Oncologist. 2013;18(8):941-46.
3. Church TR, Black WC, Aberle DR, Berg CD, Clingan KL, Duan F, et al. Results of initial low-dose computed tomographic screening for lung cancer. N Engl J Med. 2013;368(21):1980-91.
4. Krol J, Loedige I, Filipowicz W. The widespread regulation of microRNA biogenesis, function and decay. Nat Rev Genet. 2010;11(9):597-610.
5. Lee RC, Feinbaum RL, Ambros V. The C. elegans heterochronic gene lin-4 encodes small RNAs with antisense complementarity to lin-14. Cell. 1993;75(5):843-54.
6. Lee Y, Ahn C, Han J, Choi H, Kim J, Yim J. et al. The nuclear RNase III Drosha initiates microRNA processing. Nature. 2003;425(6956):415.
7. Lund E, Güttinger S, Calado A, Dahlberg JE, Kutay U. Nuclear export of microRNA precursors. Science. 2004;303(5654):95-8.
8. Esquela-Kerscher A, Slack FJ. Oncomirs—microRNAs with a role in cancer. Nat Rev Cancer. 2006;6(4):259.
9. Akao Y, Nakagawa Y, Naoe T. let-7 microRNA functions as a potential growth suppressor in human colon cancer cells. Biol Pharm Bull. 2006;29(5):903-6.
10. Park SM, Shell S, Radjabi AR, Schickel R, Feig C, Boyerinas B, et al. Let-7 prevents early cancer progression by suppressing expression of the embryonic gene HMGA2. Cell Cycle. 2007;6(21):2585-90.
11. Balzeau J, Menezes MR, Cao S, Hagan JP. The LIN28/let-7 Pathway in Cancer. Front Genet. 2017;8:31.
12. Mayr C, Hemann MT, Bartel DP. Disrupting the pairing between let-7 and Hmga2 enhances oncogenic transformation. Science. 2007;315(5818):1576-79.
13. Wu KL, Tsai YM, Lien CT, Kuo PL. The Roles of MicroRNA in Lung Cancer. Int J Mol Sci. 2019;20(7):1611.
14. Yu F, Yao H, Zhu P, Zhang X, Pan Q, Gong C. et al. let-7 regulates self renewal and tumorigenicity of breast cancer cells. Cell. 2007;131(6):1109-23.
15. Karagkouni D, Paraskevopoulou MD, Chatzopoulos S, Vlachos IS, Tastsoglou S, Kanellos I. et al. DIANATarBase v8: a decade-long collection of experimentally supported miRNA–gene interactions. Nucleic Acids Res. 2017;46(D1):D239-D245.
16. Laganà A, Forte S, Giudice A, Arena M, Puglisi PL, Giugno R. et al. miRo: a miRNA knowledge base. Database (Oxford). 2009;2009:bap008.
17. Wong N, Wang X. miRDB: an online resource for microRNA target prediction and functional annotations. Nucleic Acids Res. 2014;43(D1):D146-D152.
18. Chou CH, Shrestha S, Yang CD, Chang NW, Lin YL, Liao KW. et al. miRTarBase update 2018: a resource for experimentally validated microRNA-target interactions. Nucleic Aids Res. 2017;46(D1):D296-D302.
19. Schmittgen TD, Livak KJ. Analyzing real-time PCR data by the comparative C T method. Nat Protoc. 2008;3(6):1101.
20. Peng J, Mo R, Ma J, Fan J. let-7b and let-7c are determinants of intrinsic chemoresistance in renal cell carcinoma. World J Surg Oncol. 2015;13:175.
21. Xu H, Liu C, Zhang Y, Guo X, Liu Z, Luo Z, et al. Let-7b5p regulates proliferation and apoptosis in multiple myeloma by targeting IGF1R. Acta Biochim Biophys Sin (Shanghai). 2014;46(11):965-72.
22. Edmonds MD, Eischen CM. Differences in miRNA expression in early stage lung adenocarcinomas that did and did not relapse. PloS one. 2014;9(7):e101802.
23. Jusufović E, Rijavec M, Keser D, Korošec P, Sodja E, Iljazović E. et al. let-7b and miR-126 are down-regulated in tumor tissue and correlate with microvessel density and survival outcomes in non–small–cell lung cancer. PloS one. 2012;7(9):e45577.
24. Johnson SM, Grosshans H, Shingara J, Byrom M, Jarvis R, Cheng A. et al. RAS is regulated by the let-7 microRNA family. Cell. 2005;120(5):635-47.
25. Trang P, Medina PP Wiggins JF, Ruffino L, Kelnar K, Omotola M. et al. Regression of murine lung tumors by the let-7 microRNA. Oncogene. 2010;29(11):1580.

APA	Bozgeyik E (2019). KÜÇÜK HÜCRELİ OLMAYAN AKCİĞER KANSERİ HÜCRELERİNDE LET-7B-5P’NİN APOPTOTİK GENLER İLE İLİŞKİSİNİN ARAŞTIRILMASI. , 61 - 71.
Chicago	Bozgeyik Esra KÜÇÜK HÜCRELİ OLMAYAN AKCİĞER KANSERİ HÜCRELERİNDE LET-7B-5P’NİN APOPTOTİK GENLER İLE İLİŞKİSİNİN ARAŞTIRILMASI. (2019): 61 - 71.
MLA	Bozgeyik Esra KÜÇÜK HÜCRELİ OLMAYAN AKCİĞER KANSERİ HÜCRELERİNDE LET-7B-5P’NİN APOPTOTİK GENLER İLE İLİŞKİSİNİN ARAŞTIRILMASI. , 2019, ss.61 - 71.
AMA	Bozgeyik E KÜÇÜK HÜCRELİ OLMAYAN AKCİĞER KANSERİ HÜCRELERİNDE LET-7B-5P’NİN APOPTOTİK GENLER İLE İLİŞKİSİNİN ARAŞTIRILMASI. . 2019; 61 - 71.
Vancouver	Bozgeyik E KÜÇÜK HÜCRELİ OLMAYAN AKCİĞER KANSERİ HÜCRELERİNDE LET-7B-5P’NİN APOPTOTİK GENLER İLE İLİŞKİSİNİN ARAŞTIRILMASI. . 2019; 61 - 71.
IEEE	Bozgeyik E "KÜÇÜK HÜCRELİ OLMAYAN AKCİĞER KANSERİ HÜCRELERİNDE LET-7B-5P’NİN APOPTOTİK GENLER İLE İLİŞKİSİNİN ARAŞTIRILMASI." , ss.61 - 71, 2019.
ISNAD	Bozgeyik, Esra. "KÜÇÜK HÜCRELİ OLMAYAN AKCİĞER KANSERİ HÜCRELERİNDE LET-7B-5P’NİN APOPTOTİK GENLER İLE İLİŞKİSİNİN ARAŞTIRILMASI". (2019), 61-71.

APA	Bozgeyik E (2019). KÜÇÜK HÜCRELİ OLMAYAN AKCİĞER KANSERİ HÜCRELERİNDE LET-7B-5P’NİN APOPTOTİK GENLER İLE İLİŞKİSİNİN ARAŞTIRILMASI. Namık Kemal Tıp Dergisi, 7(2), 61 - 71.
Chicago	Bozgeyik Esra KÜÇÜK HÜCRELİ OLMAYAN AKCİĞER KANSERİ HÜCRELERİNDE LET-7B-5P’NİN APOPTOTİK GENLER İLE İLİŞKİSİNİN ARAŞTIRILMASI. Namık Kemal Tıp Dergisi 7, no.2 (2019): 61 - 71.
MLA	Bozgeyik Esra KÜÇÜK HÜCRELİ OLMAYAN AKCİĞER KANSERİ HÜCRELERİNDE LET-7B-5P’NİN APOPTOTİK GENLER İLE İLİŞKİSİNİN ARAŞTIRILMASI. Namık Kemal Tıp Dergisi, vol.7, no.2, 2019, ss.61 - 71.
AMA	Bozgeyik E KÜÇÜK HÜCRELİ OLMAYAN AKCİĞER KANSERİ HÜCRELERİNDE LET-7B-5P’NİN APOPTOTİK GENLER İLE İLİŞKİSİNİN ARAŞTIRILMASI. Namık Kemal Tıp Dergisi. 2019; 7(2): 61 - 71.
Vancouver	Bozgeyik E KÜÇÜK HÜCRELİ OLMAYAN AKCİĞER KANSERİ HÜCRELERİNDE LET-7B-5P’NİN APOPTOTİK GENLER İLE İLİŞKİSİNİN ARAŞTIRILMASI. Namık Kemal Tıp Dergisi. 2019; 7(2): 61 - 71.
IEEE	Bozgeyik E "KÜÇÜK HÜCRELİ OLMAYAN AKCİĞER KANSERİ HÜCRELERİNDE LET-7B-5P’NİN APOPTOTİK GENLER İLE İLİŞKİSİNİN ARAŞTIRILMASI." Namık Kemal Tıp Dergisi, 7, ss.61 - 71, 2019.
ISNAD	Bozgeyik, Esra. "KÜÇÜK HÜCRELİ OLMAYAN AKCİĞER KANSERİ HÜCRELERİNDE LET-7B-5P’NİN APOPTOTİK GENLER İLE İLİŞKİSİNİN ARAŞTIRILMASI". Namık Kemal Tıp Dergisi 7/2 (2019), 61-71.