Moleküler mikrobiyoloji laboratuvarında ortam kontrolü nasıl yapılır?

GÜLDEMİR, Dilek

doi:10.5505/TurkHijyen.2018.83713

Moleküler mikrobiyoloji laboratuvarında ortam kontrolü nasıl yapılır?

Dilek GÜLDEMİR (Halk Sağlığı Genel Müdürlüğü, Ulusal Moleküler Mikrobiyoloji Referans Laboratuvarı, Ankara, Türkiye)

Türk Hijyen ve Deneysel Biyoloji Dergisi

7 0

Yıl: 2018 Cilt: 75 Sayı: 2 Sayfa Aralığı: 135 - 142 Metin Dili: Türkçe DOI: 10.5505/TurkHijyen.2018.83713 İndeks Tarihi: 20-07-2020

Moleküler mikrobiyoloji laboratuvarında ortam kontrolü nasıl yapılır?

Öz:

Amaç: Moleküler mikrobiyoloji laboratuvarlarında invitro amplifikasyon reaksiyonu (IVAR, İn vitro AmplifikasyonReaksiyonları) ürünleri ile çapraz kontaminasyon, çalışılantestlerde yanlış pozitifliğe neden olabilir. Bu durum,moleküler mikrobiyoloji laboratuvarlarında çok ciddibir problemdir. Günümüzde moleküler mikrobiyolojilaboratuvarlarında iyi klinik laboratuvar uygulamaları(GCLP, Good Clinical Laboratory Practice) ile ilgili pekçok kaynak mevcut olmasına rağmen ortam kontrolününnasıl yapılacağı hususunda halen özgün araştırmalaraihtiyaç duyulmaktadır. Bu çalışmanın amacı, molekülermikrobiyoloji laboratuvarında ortam kontrolünün nasılyapılabileceği konusunda edindiğimiz tecrübelerinpaylaşmaktır.Yöntem: Halk Sağlığı Genel Müdürlüğü, MikrobiyolojiReferans Laboratuvarları Daire Başkanlığına bağlı,“Ulusal Moleküler Mikrobiyoloji Referans Laboratuvarı(UMMRL)”nda, TS EN ISO 15189 standardına dayalıkalite yönetim sistemi (KYS) kapsamındaki, kalite veakreditasyon çalışmalarında ilk kez moleküler mikrobiyolojilaboratuvarında ortam kontrolünün nasıl yapılacağıhususu ele alınmış ve laboratuvar koşullarında optimizeedilmiştir. Söz konusu çalışmalar; laboratuvar güvenliğineuygun olacak şekilde yürütülmüş ve sonuç olarak birtalimat (ÇT03/MRLDB-06 kodlu ve 15.11.2014/01 tarihli)haline getirilmiştir. Bu talimatta, laboratuvarımızdakiçalışma ortamının kontrolü için, dokuz alan belirlenmiş,bu alanlardan ne şekilde örnek alınacağı, bu örneklerinnasıl test edileceği, sonuçların nasıl değerlendirileceği vekayıt edileceği detaylı bir şekilde tarif edilmiştir. Seçilenalanlardan alınan örnekler, laboratuvarımızda optimizeedilen sekans bazlı 16S rRNA testi ile analiz edilmiştir.Bulgular: ÇT03/MRLDB-06 talimatı uyarınca,UMMRL’deki TS EN ISO 15189 standardına dayalı KYSkapsamındaki ortam kontrolü çalışmalarında, UMMRL’dekiortam kontrolü incelemelerinde, seçili alanlardan alınanörneklerin hiçbirinde nükleik asit kontaminasyonunarastlanmamıştır. Elde edilen sonuçlar, ilgili kalite formlarıkullanılarak kayıt altına alınmıştır.Sonuç: Moleküler mikrobiyoloji laboratuvarlarındaçapraz bulaş ya da nükleik asit kontaminasyonununönlenmesi için periyodik olarak ortam kontrolününyapılması gereklidir. Günümüzde IVAR ürünlerinin kontrolügiderek önem kazanmakta ve laboratuvar akreditasyonkuruluşları sertifikasyon için klinik laboratuvarlarda, ortamkontrolünün sağlanmasını istemektedirler. Bu çalışmanın,moleküler mikrobiyoloji laboratuvarlarında ortamkontrolü ve laboratuvar güvenliği konularını ele alınırkenve bu konularda kendi ihtiyaçlarına yönelik talimatlaroluşturulurken yararlı olabileceği kanaatindeyiz.

Anahtar Kelime:

How to control of the workspace environment in the molecular microbiology laboratory?

Öz:

Objective: Cross-contamination with the product of “in vitro amplification reactions (IVAR)” can cause false positive results in laboratory tests. This study is a more seriously problem for molecular microbiology laboratories. In the recent, although many sources can be obtained about good clinical laboratory practices (GCLP) for molecular microbiology laboratories, specific research is needed how to control of the workspace environment. The aim of this study, it is shared our laboratory experiences about control of the workspace environment for molecular microbiology laboratories. Methods: In the scope of the quality management system (QMS) based on TS EN ISO 15189 standard in “Public Health General Directorate, Department of Microbiology Reference Laboratories, National Molecular Microbiology Referans Laboratory (NMMRL)”, it was dealed how to control of the work space environment in the molecular microbiology laboratory for the first time, and it was optimized in the laboratory conditions. These experiments were conducted in accordance with laboratory safety and as a result an instruction (coded ÇT03 / MRLDB-06, dated 15.11.2014/01) was formed. In this instruction, nine areas have been identified in our laboratory for the control of the laboratory workspace environment, how these samples will be taken from these areas, how these samples will be tested, how the results will be assessed and how they will be recorded have been described in detail. The samples from the selected areas were analyzed with the sequence-based 16S rRNA assay optimized in our laboratory. Results: According to the instructions of ÇT03 / MRLDB-06 within the scope of QMS based on TS EN ISO 15189 standard, nucleic acid contamination were not found in none of the samples taken from selected areas in NMMRL workspace environment control studies. The results obtained are recorded using the relevant quality forms. Conclusion: Periodic control of the workspace environment in the molecular microbiology laboratory is required to prevent cross contamination or nucleic acid contamination. Today, control of IVAR products is getting more and more important, and laboratory accreditation organizations demand the control of the workspace environment in clinical laboratories for certification. We believe that this study can be useful when discussing workspace environment control and laboratory safety issues in molecular microbiology laboratories and preparing instructions for their own needs in this regard.

Anahtar Kelime:

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık

1. Mifflin TE. Control of contamination associated with PCR and other amplification reactions. Clin Chem News, 1992; 18: 8-15.
2. Lo YM, Mehal WZ, Fleming KA. False-positive results and the polymerase chain reaction. Lancet, 1988; 2(8612): 679.
3. Kitchin PA, Szotyori Z, Fromholc C, Almond N. Avoidance of PCR false positives. Nature, 1990; 344(6263): 201.
4. Hughes T, Janssen JW, Morgan G, Martiat P, Saglio G, Pignon JM, et al. False-positive results with PCR to detect leukaemia-specific transcript. Lancet, 1990; 335(8696): 1037-8.
5. Anonymous. İyi Laboratuvar Uygulamaları Prensipleri ve Test Laboratuvarlarının Belgelendirilmesine Dair Yönetmelik. h t t p s : / / w w w. s a g l i k . g o v. t r / T R , 1 0 4 5 0 / i y i - laboratuvaruygulamalari-prensipleri-ve-test-laboratuvarlarininbelgelendirilmesine-dair-yonetmelik.html, (Erişim Tarihi: 25.02.2018).
6. Anonmyous. Good Clinical Laboratory Practice (GCLP). http://www.who.int/tdr/publications/ documents/ gclp-web.pdf, (Erişim Tarihi: 25.02.2018).
7. Viana RV, Wallis CL. Good clinical laboratory practice (GCLP) for molecular based tests used in diagnostic laboratories. In: Akyar I, ed. Wide Spectra of Quality Control. 1st ed. Rijeka, Croatia: Intech, 2011: 30–34.
8. Edwards U, Rogall T, Blöcker H, Emde M, Böttger EC. Isolation and direct complete nucleotide determination of entire genes. Characterization of a gene coding for 16S ribosomal RNA. Nucleic Acids Res, 1989; 17(19): 7843-53.
9. Amann RI, Krumholz L, Stahl DA. Fluorescentoligonucleotide probing of whole cells for determinative, phylogenetic, and environmental studies in microbiology. J Bacteriol, 1990; 172(2): 762-70.
10. Lane DJ, Pace B, Olsen GJ, Stahl DA, Sogin ML, Pace NR. Rapid determination of 16S ribosomal RNA sequences for phylogenetic analyses. Proc Natl Acad Sci USA, 1985; 82(20): 6955-9.
11. Relman DA, Schmidt TM, MacDermott RP, Falkow S. Identification of the uncultured bacillus of Whipple’s disease. N Engl J Med, 1992; 327(5): 293-301.
12. Wilson KH, Blitchington RB, Greene RC. Amplification of bacterial 16S ribosomal DNA with polymerase chain reaction. J Clin Microbiol, 1990; 28(9): 1942-6.
13. Eden PA, Schmidt TM, Blakemore RP, Pace NR. Phylogenetic analysis of Aquaspirillum magnetotacticum using polymerase chain reactionamplified 16S rRNA-specific DNA. Int J Syst Bacteriol, 1991; 41(2): 324-5.
14. Maiwald M. Broad-range PCR for detection and identification of bacteria. In: Persing DH, Tenover FC, Tang YW, Nolte FS, Hayden RT, van Belkum A, eds. Molecular Microbiology: Diagnostic Principles And Practice. 2nd edition. Washington DC: American Society for Microbiology. 2011: 491-505.
15. Kwok S, Higuchi R. Avoiding false positives with PCR. Nature, 1989; 339(6221): 237-8.
16. Sambrook J, Fritsch EF, Maniatis T. Molecular Cloning: A Laboratory Manual. 2nd ed. New York: Cold Spring Harbor Press, 1989.
17. Kwok S. Procedures to minimize PCR product carryover. In: Innis MA, Gelfand DH, Sninsky JJ, White TJ, eds. PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications. San Diego: Academic Press, 1990: 142-5.
18. Fischer M, Renevey N, Thür B, Hoffmann D, Beer M, Hoffmann B. Efficacy assessment of nucleic acid decontamination reagents used in molecular diagnostic laboratories. PLoS One, 2016; 11(7): e0159274.
19. van Klingeren B, Koller W, Bloomfield SF, Böhm R, Cremieux A, Holah J, et al. Assessment of the efficacy of disinfectants on surfaces. Int Biodeter Biodegr, 1998; 41(3–4): 289–96.
20. Reybrouck G. The testing of disinfectants. Int Biodeter Biodegr, 1998; 41(3–4): 269–72.
21. Vandewoestyne M, Van Hoofstat D, De Groote S, Van Thuyne N, Haerinck S, Van Nieuwerburgh F, et al. Sources of DNA contamination and decontamination procedures in the forensic laboratory. J Forensic Res, 2011; (2): S2-001.
22. Prince AM, Andrus L. PCR: how to kill unwanted DNA. Biotechniques, 1992; 12(3): 358–60.
23. Ou CY, Moore JL, Schochetman G. Use of UV irradiation to reduce false positivity in polymerase chain reaction. Biotechniques, 1991; 10(4): 442-5.
24. Niederhauser C, Höfelein C, Wegmüller B, Lüthy J, Candrian U. Reliability of PCR decontamination systems. PCR Methods Appl, 1994; 4(2): 117-23.
25. Pao CC, Hor JJ, Tsai PL, Horng MY. Inhibition of in vitro enzymatic DNA amplification reaction by ultraviolet light irradiation. Mol Cell Probes, 1993; 7(3): 217-9.
26. Salter SJ, Cox MJ, Turek EM, Calus ST, Cookson WO, Moffatt MF, et al. Reagent and laboratory contamination can critically impact sequence-based microbiome analyses. BMC Biol, 2014; 12: 87.

APA	GÜLDEMİR D (2018). Moleküler mikrobiyoloji laboratuvarında ortam kontrolü nasıl yapılır?. , 135 - 142. 10.5505/TurkHijyen.2018.83713
Chicago	GÜLDEMİR Dilek Moleküler mikrobiyoloji laboratuvarında ortam kontrolü nasıl yapılır?. (2018): 135 - 142. 10.5505/TurkHijyen.2018.83713
MLA	GÜLDEMİR Dilek Moleküler mikrobiyoloji laboratuvarında ortam kontrolü nasıl yapılır?. , 2018, ss.135 - 142. 10.5505/TurkHijyen.2018.83713
AMA	GÜLDEMİR D Moleküler mikrobiyoloji laboratuvarında ortam kontrolü nasıl yapılır?. . 2018; 135 - 142. 10.5505/TurkHijyen.2018.83713
Vancouver	GÜLDEMİR D Moleküler mikrobiyoloji laboratuvarında ortam kontrolü nasıl yapılır?. . 2018; 135 - 142. 10.5505/TurkHijyen.2018.83713
IEEE	GÜLDEMİR D "Moleküler mikrobiyoloji laboratuvarında ortam kontrolü nasıl yapılır?." , ss.135 - 142, 2018. 10.5505/TurkHijyen.2018.83713
ISNAD	GÜLDEMİR, Dilek. "Moleküler mikrobiyoloji laboratuvarında ortam kontrolü nasıl yapılır?". (2018), 135-142. https://doi.org/10.5505/TurkHijyen.2018.83713

APA	GÜLDEMİR D (2018). Moleküler mikrobiyoloji laboratuvarında ortam kontrolü nasıl yapılır?. Türk Hijyen ve Deneysel Biyoloji Dergisi, 75(2), 135 - 142. 10.5505/TurkHijyen.2018.83713
Chicago	GÜLDEMİR Dilek Moleküler mikrobiyoloji laboratuvarında ortam kontrolü nasıl yapılır?. Türk Hijyen ve Deneysel Biyoloji Dergisi 75, no.2 (2018): 135 - 142. 10.5505/TurkHijyen.2018.83713
MLA	GÜLDEMİR Dilek Moleküler mikrobiyoloji laboratuvarında ortam kontrolü nasıl yapılır?. Türk Hijyen ve Deneysel Biyoloji Dergisi, vol.75, no.2, 2018, ss.135 - 142. 10.5505/TurkHijyen.2018.83713
AMA	GÜLDEMİR D Moleküler mikrobiyoloji laboratuvarında ortam kontrolü nasıl yapılır?. Türk Hijyen ve Deneysel Biyoloji Dergisi. 2018; 75(2): 135 - 142. 10.5505/TurkHijyen.2018.83713
Vancouver	GÜLDEMİR D Moleküler mikrobiyoloji laboratuvarında ortam kontrolü nasıl yapılır?. Türk Hijyen ve Deneysel Biyoloji Dergisi. 2018; 75(2): 135 - 142. 10.5505/TurkHijyen.2018.83713
IEEE	GÜLDEMİR D "Moleküler mikrobiyoloji laboratuvarında ortam kontrolü nasıl yapılır?." Türk Hijyen ve Deneysel Biyoloji Dergisi, 75, ss.135 - 142, 2018. 10.5505/TurkHijyen.2018.83713
ISNAD	GÜLDEMİR, Dilek. "Moleküler mikrobiyoloji laboratuvarında ortam kontrolü nasıl yapılır?". Türk Hijyen ve Deneysel Biyoloji Dergisi 75/2 (2018), 135-142. https://doi.org/10.5505/TurkHijyen.2018.83713