Leishmaniasisde Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu için Sitokrom B Gen Bölgesinden Tür Ayrımı Yapabilen Primer ve Probların Tasarlanması: Pilot Çalışma
Yıl: 2020 Cilt: 50 Sayı: 2 Sayfa Aralığı: 86 - 94 Metin Dili: Türkçe DOI: 10.5222/TMCD.2020.087 İndeks Tarihi: 01-11-2020
Leishmaniasisde Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu için Sitokrom B Gen Bölgesinden Tür Ayrımı Yapabilen Primer ve Probların Tasarlanması: Pilot Çalışma
Öz: Amaç: Bu çalışmada, gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi ile parazitin sitokrom bgen bölgesi kullanılarak leishmaniasis etkeninin (Leishmania donovani, Leishmania major,Leishmania tropica ve Leishmania infantum) tür tayininin belirlenmesi için primer ve problarındizayn edilmesi amaçlanmıştır.Yöntem: Manisa Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi Parazit Bankası’nda kriyoprezervasyonuyapılarak sıvı azot tankında saklanmış olan Leishmania suşları uygun koşullarda canlandırılarakbesiyerlerine aktarılmış ve ticari kit ile DNA izolasyonları yapılmıştır. Elde edilen DNA’laraLeishmania’nın yeni tasarladığımız sitokrom b gen bölgesi primer ve prob adayları ve kontrol içindaha önce kullandığımız internal transcribed spacer-1 gen bölgesine özgü tasarlanan primer veproblar kullanılarak gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu erime analizleri uygulanmıştır.Bulgular: Yeni tasarlanan sitokrom b gen bölgesi primer ve probları ile Leishmania tropica,Leishmania major, Leishmania infantum, Leishmania donovani, Leishmania aethiopica veLeishmania infantum/donovani hibrit türlerinin genotiplendiği saptanmıştır.Sonuç: Yeni Dünya leishmaniasis etkenleri olan Leishmania brazilensis ve Leishmania amazonensis dışında, Eski Dünya leishmaniasis etkeni olan Leishmania tropica, Leishmania major,Leishmania infantum, Leishmania donovani, Leishmania aethiopica ve Leishmania infantum/donovani hibritinin yeni tasarlanan sitokrom b gen bölgesi primer ve probları kullanılarak başarı-lı bir şekilde genotiplendirildiği görülmüştür
Anahtar Kelime: Designing of the Primers and Probes for Real Time Polymerase Chain Reaction of Cytochrome B Gene Region in Leishmaniasis: A Pilot Study
Öz: Objective: In this study, it was aimed to design primers and probes to identify Leishmania species (Leishmania donovani, Leishmania major, Leishmania tropica and Leishmania infantum) through Real Time Polymerase Chain Reaction using the cytochrome b gene region. Method: The Leishmania strains, which have been cryopreserved and stored in liquid nitrogen in the Parasite Bank of Manisa Celal Bayar University, were transferred to culture media after being revived under the appropriate conditions and their DNA isolations were conducted using a commercial kit. Real Time Polymerase Chain Reaction melting analyses were conducted for the extracted DNA by utilizing both the candidate primers and probes of cytochrome b gene region, newly designed for Leishmania, and the primers and probes, designed for internal transcribed spacer-1 gene region we had previously used for control. Results: Leishmania tropica, Leishmania major, Leishmania infantum, Leishmania donovani, Leishmania aethiopica and Leishmania infantum/donovani hybrid species were managed to be genotyped succesfully using the primers and probes of the newly designed cytochrome b gene region. Conclusion: It has been observed that Old World Leishmania species (Leishmania tropica, Leishmania major, Leishmania infantum, Leishmania donovani, Leishmania aethiopica and Leishmania infantum/donovani hybrid), rather than New World Leishmania species (Leishmania brazilensis and Leishmania amazonensis), were successfully genotyped by the primers and probes of the newly designed cytochrome b gene region.
Anahtar Kelime: Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık
- 1. Marquardt WC, Demaree RS, Grieve RB. Leishmania and the Leishmanioses. In: Parasitology and Vector Biology. Academic Press, San Diego, CA. 2000:57-71.
- 2. Osman OF. The PCR and direct aglutination test for diagnosis and management. Universiteit van Amsterdam [Doktora tezi], 1998.
- 3. Unat EK, Yücel A, Altaş K, Samastı M. Unat’ın Tıp Parazitolojisi. 4. baskı. İstanbul: İstanbul: İÜ Cerr Tıp Fak Yayınları; 1991.
- 4. Cupolillo E, Grimaldi Júnior G, Momen H, Beverley SM. Intergenic region typing (IRT): A rapid molecular approach to the characterization and evolution of Leishmania. Mol Biochem Parasitol. 1995;73(1-2):145- 55. https://doi.org/10.1016/0166-6851(95)00108-D
- 5. de Paiva-Cavalcanti M, de Morais RCS, Pessoa-e-Silva R, et al. Leishmaniases diagnosis: An update on the use of immunological and molecular tools. Cell Biosci. 2015;5:31. https://doi.org/10.1186/s13578-015-0021-2
- 6. Nath-Chowdhury M, Sangaralingam M, Bastien P, et al. Real-time PCR using FRET technology for Old World cutaneous leishmaniasis species differentiation. Parasit Vectors. 2016;9:255. https://doi.org/10.1186/s13071-016-1531-4
- 7. Gebhardt M, Ertas B, Falk TM, Blödorn-Schlicht N, Metze D, Böer-Auer A. Fast, sensitive and specific diagnosis of infections with Leishmania spp. in formalin-fixed, paraffin-embedded skin biopsies by cytochrome b polymerase chain reaction. Br J Dermatol. 2015;173(5):1239-49. https://doi.org/10.1111/bjd.14088
- 8. Toz SO, Culha G, Zeyrek FY, et al. A real-time ITS1-PCR based method in the diagnosis and species identification of Leishmania parasite from human and dog clinical samples in Turkey. PLoS Negl Trop Dis. 2013;7(5): e2205. https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0002205
- 9. Jhingaran A, Chatterjee M, Madhubala R. Leishmaniasis: Epidemiological trends and diagnosis. In: Myler PJ, Fasel N (Eds.) Leishmania: After the genome. Caiser Academic Press, Norfolk, UK. 2008:1-14.
- 10. Gouzelou E, Haralambous C, Antoniou M, et al. Genetic diversity and structure in Leishmania infantum populations from southeastern Europe revealed by microsatellite analysis. Parasit Vectors 2013;6:342. https://doi.org/10.1186/1756-3305-6-342
- 11. Vitale F, Reale S, Vitale M, Petrotta E, Torina A, Caracappa S. TaqMan-based detection of Leishmania infantum DNA using canine samples. Ann N Y Acad Sci. 2004;1026:139-43. https://doi.org/10.1196/annals.1307.018
- 12. Desjeux P. Leishmaniasis: current situation and new perspectives. Comp Immunol Microbiol Infect Dis. 2004;27(5):305-18. https://doi.org/10.1016/j.cimid.2004.03.004
- 13. Sundar S, Rai M. Laboratory diagnosis of visceral leishmaniasis. Clin Diagn Lab Immunol. 2002;9(5):951-8. https://doi.org/10.1128/CDLI.9.5.951-958.2002
- 14. El Tai NO, El Fari M, Mauricio I, et al. Leishmania donovani: Intraspecific polymorphisms of Sudanese isolates revealed by PCR-based analyses and DNA sequencing. Exp Parasitol. 2001;97(1):35-44. https://doi.org/10.1006/expr.2001.4592
- 15. El Tai NO, Osman OF, El Fari M, Presber W, Schönian G. Genetic heterogeneity of ribosomal internal transcribed spacer in clinical samples of Leishmania donovani spotted on filter paper as revealed by single-strand conformation polymorphisms and sequencing. Trans R Soc Trop Med Hyg. 2000;94(5):575-9. https://doi.org/10.1016/S0035-9203(00)90093-2
- 16. Kuhls K, Mauricio IL, Pratlong F, Presber W, Schönian G. Analysis of ribosomal DNA internal transcribed spacer sequences of the Leishmania donovani complex. Microbes Infect. 2005;7(11–12):1224-34.https://doi.org/10.1016/j.micinf.2005.04.009
- 17. Vega-López F. Diagnosis of cutaneous leishmaniasis. Curr Opin Infect Dis. 2003;16(2):97-101. https://doi.org/10.1097/01.aco.0000065077.06965.4d
- 18. Le Fichoux Y, Quaranta JF, Aufeuvre JP, et al. Occurrence of Leishmania infantum parasitemia in asymptomatic blood donors living in an area of endemicity in southern France. J Clin Microbiol. 1999;37(6):1953-7.
- 19. Reithinger R, Dujardin JC. Molecular diagnosis of leishmaniasis: current status and future applications. J Clin Microbiol. 2007;45(1):21-5. https://doi.org/10.1128/JCM.02029-06
- 20. Schallig HDFH, Oskam L. Molecular biological applications in the diagnosis and control of leishmaniasis and parasite identification. Trop Med Int Heal. 2002;7(8):641-51. https://doi.org/10.1046/j.1365-3156.2002.00911.x
- 21. Carvalho GML, Rêgo FD, Tanure A, vd. Bloodmeal identification in field-collected sand flies from Casa Branca, Brazil, using the cytochrome b PCR method. J Med Entomol. 2017;54(4):1049-54. https://doi.org/10.1093/jme/tjx051
- 22. Yamamoto K, Cáceres AG, Gomez EA, et al. Genetic diversity of the mitochondrial cytochrome b gene in Lutzomyia spp., with special reference to Lutzomyia peruensis, a main vector of Leishmania (Viannia) peruviana in the Peruvian Andes. Acta Trop. 2013;126(2):156-63. https://doi.org/10.1016/j.actatropica.2013.02.007
| APA | Ozbilgin A, Goker Bagca B, HARMAN M, çavuş i, KAYA T, YILDIRIM A, Gunduz C (2020). Leishmaniasisde Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu için Sitokrom B Gen Bölgesinden Tür Ayrımı Yapabilen Primer ve Probların Tasarlanması: Pilot Çalışma. , 86 - 94. 10.5222/TMCD.2020.087 |
| Chicago | Ozbilgin Ahmet,Goker Bagca Bakiye,HARMAN MEHMET,çavuş ibrahim,KAYA TUGBA,YILDIRIM AHMET,Gunduz Cumhur Leishmaniasisde Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu için Sitokrom B Gen Bölgesinden Tür Ayrımı Yapabilen Primer ve Probların Tasarlanması: Pilot Çalışma. (2020): 86 - 94. 10.5222/TMCD.2020.087 |
| MLA | Ozbilgin Ahmet,Goker Bagca Bakiye,HARMAN MEHMET,çavuş ibrahim,KAYA TUGBA,YILDIRIM AHMET,Gunduz Cumhur Leishmaniasisde Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu için Sitokrom B Gen Bölgesinden Tür Ayrımı Yapabilen Primer ve Probların Tasarlanması: Pilot Çalışma. , 2020, ss.86 - 94. 10.5222/TMCD.2020.087 |
| AMA | Ozbilgin A,Goker Bagca B,HARMAN M,çavuş i,KAYA T,YILDIRIM A,Gunduz C Leishmaniasisde Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu için Sitokrom B Gen Bölgesinden Tür Ayrımı Yapabilen Primer ve Probların Tasarlanması: Pilot Çalışma. . 2020; 86 - 94. 10.5222/TMCD.2020.087 |
| Vancouver | Ozbilgin A,Goker Bagca B,HARMAN M,çavuş i,KAYA T,YILDIRIM A,Gunduz C Leishmaniasisde Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu için Sitokrom B Gen Bölgesinden Tür Ayrımı Yapabilen Primer ve Probların Tasarlanması: Pilot Çalışma. . 2020; 86 - 94. 10.5222/TMCD.2020.087 |
| IEEE | Ozbilgin A,Goker Bagca B,HARMAN M,çavuş i,KAYA T,YILDIRIM A,Gunduz C "Leishmaniasisde Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu için Sitokrom B Gen Bölgesinden Tür Ayrımı Yapabilen Primer ve Probların Tasarlanması: Pilot Çalışma." , ss.86 - 94, 2020. 10.5222/TMCD.2020.087 |
| ISNAD | Ozbilgin, Ahmet vd. "Leishmaniasisde Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu için Sitokrom B Gen Bölgesinden Tür Ayrımı Yapabilen Primer ve Probların Tasarlanması: Pilot Çalışma". (2020), 86-94. https://doi.org/10.5222/TMCD.2020.087 |
| APA | Ozbilgin A, Goker Bagca B, HARMAN M, çavuş i, KAYA T, YILDIRIM A, Gunduz C (2020). Leishmaniasisde Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu için Sitokrom B Gen Bölgesinden Tür Ayrımı Yapabilen Primer ve Probların Tasarlanması: Pilot Çalışma. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi, 50(2), 86 - 94. 10.5222/TMCD.2020.087 |
| Chicago | Ozbilgin Ahmet,Goker Bagca Bakiye,HARMAN MEHMET,çavuş ibrahim,KAYA TUGBA,YILDIRIM AHMET,Gunduz Cumhur Leishmaniasisde Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu için Sitokrom B Gen Bölgesinden Tür Ayrımı Yapabilen Primer ve Probların Tasarlanması: Pilot Çalışma. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi 50, no.2 (2020): 86 - 94. 10.5222/TMCD.2020.087 |
| MLA | Ozbilgin Ahmet,Goker Bagca Bakiye,HARMAN MEHMET,çavuş ibrahim,KAYA TUGBA,YILDIRIM AHMET,Gunduz Cumhur Leishmaniasisde Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu için Sitokrom B Gen Bölgesinden Tür Ayrımı Yapabilen Primer ve Probların Tasarlanması: Pilot Çalışma. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi, vol.50, no.2, 2020, ss.86 - 94. 10.5222/TMCD.2020.087 |
| AMA | Ozbilgin A,Goker Bagca B,HARMAN M,çavuş i,KAYA T,YILDIRIM A,Gunduz C Leishmaniasisde Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu için Sitokrom B Gen Bölgesinden Tür Ayrımı Yapabilen Primer ve Probların Tasarlanması: Pilot Çalışma. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi. 2020; 50(2): 86 - 94. 10.5222/TMCD.2020.087 |
| Vancouver | Ozbilgin A,Goker Bagca B,HARMAN M,çavuş i,KAYA T,YILDIRIM A,Gunduz C Leishmaniasisde Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu için Sitokrom B Gen Bölgesinden Tür Ayrımı Yapabilen Primer ve Probların Tasarlanması: Pilot Çalışma. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi. 2020; 50(2): 86 - 94. 10.5222/TMCD.2020.087 |
| IEEE | Ozbilgin A,Goker Bagca B,HARMAN M,çavuş i,KAYA T,YILDIRIM A,Gunduz C "Leishmaniasisde Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu için Sitokrom B Gen Bölgesinden Tür Ayrımı Yapabilen Primer ve Probların Tasarlanması: Pilot Çalışma." Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi, 50, ss.86 - 94, 2020. 10.5222/TMCD.2020.087 |
| ISNAD | Ozbilgin, Ahmet vd. "Leishmaniasisde Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu için Sitokrom B Gen Bölgesinden Tür Ayrımı Yapabilen Primer ve Probların Tasarlanması: Pilot Çalışma". Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi 50/2 (2020), 86-94. https://doi.org/10.5222/TMCD.2020.087 |
