Farklı türlere ait yulaf (Avena spp.) aksesyonlarının genom büyüklüklerinin ve ploidi seviyelerinin belirlenmesi

M. Aydın AKBUDAK, (Akdeniz Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü)
Ahmet PAKSOY, (Necmettin Erbakan Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Moleküler Biyoloji ve Genetik Programı, Konya, Türkiye)
Metin TUNA (Namık Kemal Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Tarla Bitkileri Bölümü, Tekirdağ, Türkiye)
Mediterranean Agricultural Sciences
1 0
Yıl: 2018 Cilt: 31 Sayı: 1 Sayfa Aralığı: 49 - 54 Metin Dili: Türkçe DOI: 10.29136/mediterranean.363716 İndeks Tarihi: 04-03-2021

Farklı türlere ait yulaf (Avena spp.) aksesyonlarının genom büyüklüklerinin ve ploidi seviyelerinin belirlenmesi

Öz:
Genom büyüklüğü biyoloji, genetik, taksonomi ve evrim çalışmaları için son derece yararlı birölçüttür. Bu ölçüt türlere özel olduğundan, tür teşhisine ve gen bankalarında korunan genetikmateryalin etiket bilgilerinin hızlı bir şekilde teyit edilebilmesine imkân sağlamaktadır. Buçalışmada flow sitometri ile 13 farklı Avena türüne ait 64 aksesyonun ortalama genombüyüklüklerinin ve ploidi seviyelerinin belirlenmesi hedeflenmiştir. Analiz edilen A. brevis, A.hirtula, A. longiglumis, A. nuda, A. strigosa, A. ventricosa, A. abyssinica, A. barbata, A.murphyi, A. vaviloviana, A. fatua, A. sativa ve A. sterilis türlerine ait aksesyonların ortalamaçekirdek DNA içeriklerinin 8.58 ile 26.54 pg/2C arasında değiştiği belirlenmiştir. Avenaaksesyonlarının çekirdek DNA içerikleri arasındaki farklılık istatistiki olarak önemli bulunmuşve aksesyonların ploidi düzeylerinin diploid ile hekzaploid arasında değiştiği saptanmıştır.Analizlerden elde edilen sonuçlar USDA-NSGC gen bankasında saklanan bu aksesyonlardanbazılarının etiket bilgilerinin doğru olmadığını ortaya çıkarmıştır. Literatürde mevcutçalışmaların sonuçlarından farklı olarak, incelenen dokuz A. brevis aksesyonunun DNAiçeriklerinin 12.21–12.61 pg/2C aralığında olduğu tespit edilmiştir. Benzer şekilde, USDAGRIN sisteminde mevcut tek A. hirtula aksesyonunda daha önce yapılmış çalışmaların aksineçekirdek DNA miktarı 16.16 pg/2C olarak bulunmuştur.
Anahtar Kelime:

Determination of nuclear DNA content and ploidy levels of oat (Avena spp.) accessions belongs to different species

Öz:
Genome size is a good metric used in taxonomy and breeding studies for characterization of the genome and determination of evolutionary distances. It is mostly invariable within species; therefore, genome size estimations could be used for species identification and determination of genetic material integrity in germplasm collections. The present study targets verification of genome sizes and ploidy levels of 64 accessions classified in 13 Avena species using flow cytometry. Estimated nuclear DNA content of A. brevis, A. hirtula, A. longiglumus, A. nuda, A. strigosa, A. ventricosa, A. abyssinica, A. barbata, A. murphyi, A. vaviloviana, A. fatua, A. sativa ve A. sterilis accessions in this study ranged between 8.58–26.45 pg/2C. It was found that nuclear DNA contents of the Avena accessions were statistically different, and ploidy levels of accessions are between diploid and hexaploid. Based on the data obtained from the flow cytometry analyses, it was concluded that some accessions were labelled wrongly in the USDA-NSGC collection. Contradicted from the studies in the literature, nuclear DNA content of nine A. brevis accessions were found between 12.21–12.61 pg/2C. Similarly, nuclear DNA content of the sole A. hirtula accession available in the USDA-GRIN system was found as 16.16 pg/2C, which was reported differently in the previous studies.
Anahtar Kelime:

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık
  • Bennett MD, Smith JB (1976) Nuclear DNA amounts in angiosperms. Philos. Trans. R. Soc. B Biol Sci. 274(933): 227-274.
  • Bullen MR, Rees H (1972) Nuclear variation within Avenae. Chromosoma 39(1): 93-100.
  • Dokuyucu T, Peterson DM, Akkaya A (2003) Contents of antioxidant compounds in Turkish Oats: Simple phenolics and avenanthramide concentrations. Cereal Chemistry 80(5): 542-543.
  • Erbaş O (2012) Yulaf (Avena sativa L.) genotiplerinin tarımsal ve bazı kalite özelliklerinin belirlenmesi. Yüksek Lisans Tezi, Bozok Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, Yozgat, 1-4.
  • FAOStat (2014) F.A.O. Statistical databases. Food and Agriculture Organization of the United. http://www.fao.org/faostat/en/#data/QC. Iiyama K, Grant WF (1972) A correlation of nuclear DNA content and thin-layer chromatographic patterns in resolving genome relationships in Avena. Can. J. Bot. 50(7): 1529-1545.
  • Kaya M (2010) Medicago sativa ssp. varia populasyonlarının ploidi seviyesinin flow sitometri yöntemiyle belirlenmesi. Yüksek Lisans Tezi, Kafkas Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, Kars, 9-11.
  • Loskutov IG (2008) On evolutionary pathways of Avena species. Genetic Resources and Crop Evolution 55(2): 211-220.
  • Ohri D (1998) Genome size variation and plant systematics. Annals of Botany 82: 75-83.
  • Özkan H, Tuna M, Arumuganathan K (2003) Non-additive changes in genome size during allopolyploidization in the wheat (AegilopsTriticum) group, 94(3):260-4. Price HJ, Bachmann K (1975) DNA content and evolution in the Microseridinae. Amer. J. Bot. 62, 262 267.
  • Rees H, Walters MR (1965) Nuclear DNA and the evolution of wheat. Heredity 20, Part 1, pp. 73-82.
  • Swift H (1950) The constancy of deoxyribose nucleic acid in plant nuclei. Proc Natl Acad Sci USA. 36(11): 643–654.
  • Steel RGD, JH Torrie (1960) Principles and Procedures of Statistics. (With Special Reference to the Biological Sciences.) McGraw-Hill Book Company, New York, Toronto, London.
  • Şakiroğlu M, Brummer EC (2011) Clarifying the ploidy of some accessions in the USDA alfalfa germplasm collection. Turkish Journal of Botany 35: 509-519.
  • Şakiroğlu M, Kaya M (2012) Estimating genome size and confirming ploidy levels of wild tetraploid Alfalfa accessions (Medicago sativa subsp. x varia) using flow cytometry. Turkish Journal of Field Crops 17(2): 151-156.
  • Tuna M, Vogel KP, Arumuganathan K, Gill KS (2001) DNA content and ploidy determination of bromegrass germplasm accessions by flow cytometry. Crop Sci. 41: 1629–1634.
  • Tuna M (2014) Bazı buğdaygil yem bitkisi türlerine ait populasyonların çekirdek DNA içeriklerinin flow sitometri yöntemiyle belirlenmesi ve poidy analizi ile tür teşhisinde kullanımı. 20.500.11776/2119.
  • Wood M (2001) New oats and barleys, ready for breakfast, brewery, or bran. Agricultural Research 49(8): 18-19.
  • Yan H, Martin SL, Bekele WA, Latta RG, Diederichsen A, Peng Y, Tinker NA (2016) Genome size variation in the genus Avena. Genome 59(3), pp. 209-220.
APA Akbudak M, PAKSOY A, TUNA M (2018). Farklı türlere ait yulaf (Avena spp.) aksesyonlarının genom büyüklüklerinin ve ploidi seviyelerinin belirlenmesi. , 49 - 54. 10.29136/mediterranean.363716
Chicago Akbudak M. Aydin,PAKSOY Ahmet,TUNA Metin Farklı türlere ait yulaf (Avena spp.) aksesyonlarının genom büyüklüklerinin ve ploidi seviyelerinin belirlenmesi. (2018): 49 - 54. 10.29136/mediterranean.363716
MLA Akbudak M. Aydin,PAKSOY Ahmet,TUNA Metin Farklı türlere ait yulaf (Avena spp.) aksesyonlarının genom büyüklüklerinin ve ploidi seviyelerinin belirlenmesi. , 2018, ss.49 - 54. 10.29136/mediterranean.363716
AMA Akbudak M,PAKSOY A,TUNA M Farklı türlere ait yulaf (Avena spp.) aksesyonlarının genom büyüklüklerinin ve ploidi seviyelerinin belirlenmesi. . 2018; 49 - 54. 10.29136/mediterranean.363716
Vancouver Akbudak M,PAKSOY A,TUNA M Farklı türlere ait yulaf (Avena spp.) aksesyonlarının genom büyüklüklerinin ve ploidi seviyelerinin belirlenmesi. . 2018; 49 - 54. 10.29136/mediterranean.363716
IEEE Akbudak M,PAKSOY A,TUNA M "Farklı türlere ait yulaf (Avena spp.) aksesyonlarının genom büyüklüklerinin ve ploidi seviyelerinin belirlenmesi." , ss.49 - 54, 2018. 10.29136/mediterranean.363716
ISNAD Akbudak, M. Aydin vd. "Farklı türlere ait yulaf (Avena spp.) aksesyonlarının genom büyüklüklerinin ve ploidi seviyelerinin belirlenmesi". (2018), 49-54. https://doi.org/10.29136/mediterranean.363716
APA Akbudak M, PAKSOY A, TUNA M (2018). Farklı türlere ait yulaf (Avena spp.) aksesyonlarının genom büyüklüklerinin ve ploidi seviyelerinin belirlenmesi. Mediterranean Agricultural Sciences, 31(1), 49 - 54. 10.29136/mediterranean.363716
Chicago Akbudak M. Aydin,PAKSOY Ahmet,TUNA Metin Farklı türlere ait yulaf (Avena spp.) aksesyonlarının genom büyüklüklerinin ve ploidi seviyelerinin belirlenmesi. Mediterranean Agricultural Sciences 31, no.1 (2018): 49 - 54. 10.29136/mediterranean.363716
MLA Akbudak M. Aydin,PAKSOY Ahmet,TUNA Metin Farklı türlere ait yulaf (Avena spp.) aksesyonlarının genom büyüklüklerinin ve ploidi seviyelerinin belirlenmesi. Mediterranean Agricultural Sciences, vol.31, no.1, 2018, ss.49 - 54. 10.29136/mediterranean.363716
AMA Akbudak M,PAKSOY A,TUNA M Farklı türlere ait yulaf (Avena spp.) aksesyonlarının genom büyüklüklerinin ve ploidi seviyelerinin belirlenmesi. Mediterranean Agricultural Sciences. 2018; 31(1): 49 - 54. 10.29136/mediterranean.363716
Vancouver Akbudak M,PAKSOY A,TUNA M Farklı türlere ait yulaf (Avena spp.) aksesyonlarının genom büyüklüklerinin ve ploidi seviyelerinin belirlenmesi. Mediterranean Agricultural Sciences. 2018; 31(1): 49 - 54. 10.29136/mediterranean.363716
IEEE Akbudak M,PAKSOY A,TUNA M "Farklı türlere ait yulaf (Avena spp.) aksesyonlarının genom büyüklüklerinin ve ploidi seviyelerinin belirlenmesi." Mediterranean Agricultural Sciences, 31, ss.49 - 54, 2018. 10.29136/mediterranean.363716
ISNAD Akbudak, M. Aydin vd. "Farklı türlere ait yulaf (Avena spp.) aksesyonlarının genom büyüklüklerinin ve ploidi seviyelerinin belirlenmesi". Mediterranean Agricultural Sciences 31/1 (2018), 49-54. https://doi.org/10.29136/mediterranean.363716
Sayfa Oluşturulma Tarihi
07-05-2024 10:55

İLETİŞİM

TÜBİTAK ULAKBİM TR Dizin

Yüzüncüyıl, İşçi Blokları Mahallesi

Muhsin Yazıcıoğlu Caddesi No:51/C

06530 Çankaya / ANKARA +90 (312) 298 92 00

trdizin@tubitak.gov.tr

TÜBİTAK ULAKBİM Ulusal Akademik Ağ ve Bilgi Merkezi Cahit Arf Bilgi Merkezi © Tüm Hakları Saklıdır. Gizlilik Politikası Kullanım Şartları