Türkiye’de İzole Edilen Francisella tularensis Alt Türlerinin Moleküler Yöntemlerle Belirlenmesi
Yıl: 2020 Cilt: 54 Sayı: 1 Sayfa Aralığı: 1 - 10 Metin Dili: Türkçe DOI: 10.5578/mb.68784 İndeks Tarihi: 05-05-2021
Türkiye’de İzole Edilen Francisella tularensis Alt Türlerinin Moleküler Yöntemlerle Belirlenmesi
Öz: Francisella tularensis, gram-negatif, kokobasil şeklinde olan fakültatif hücre içi bakteridir. İnsanlarda zoonotik bir hastalık olan tularemiye neden olur. F.tularensis alt tür tularensis, F.tularensis alt tür holarctica, F.tularensis alt tür mediasiatica ve F.tularensis alt tür novicida olmak üzere insanlarda virülansı farklı dörtalt tür içermektedir. F.tularensis alt tür tularensis virülansı en yüksek alt tür olup neden olduğu olgulardamortalite oranı yüksektir. Ülkemizde bugüne kadar bildirilmiş olan F.tularensis alt tür holarctica’nın virülansı, alt tür tularensis’e göre daha düşük olup tedavi edilmeyen hastalarda ölüm nadiren görülmektedir.Eritromisin direnci, glikoz-gliserol fermentasyon özelliklerine göre F.tularensis alt tür holarctica’nın biovarI, biovar II ve biovar japonica olmak üzere üç biovarı bulunmaktadır. F.tularensis alt tür mediasiatica yalnızOrta Asya ülkelerinin birkaçında bildirilmiş olup virülansı F.tularensis alt tür holarctica’ya benzerlik göstermektedir. F.tularensis alt tür novicida immün sistemi yeterli bireyler için avirülan olup bağışıklık sistemibaskılanmış bireylerde enfeksiyona neden olduğu gözlenmiştir. Bu çalışmada, 2009-2014 yılları arasındaklinik örneklerden, içme sularından ve bir kemiriciden elde edilen toplam 259 adet F.tularensis izolatının ve klinik örneklerde polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile F.tularensis DNA’sı pozitif bulunan 517 örneğinait olduğu alt türün belirlenmesi amaçlanmıştır. F.tularensis’in RD1 (Region Difference) bölgesine özgülprimerler kullanılarak konvansiyonel PCR uygulanmıştır. PCR amplifikasyon ürününün büyüklüğündeki farklılığa bağlı olarak alt türler arası ayrım yapılmıştır. Çalışmamızda 764 örneğin, 922 baz çift (bp) amplifikasyon ürünü veren F.tularensis alt tür holarctica olduğu gözlenmiştir. Örneklerimizden, bir su izolatı ve 11 lenf aspiratından elde edilen DNA örneğinin F.tularensis alt tür holarctica biovar japonica’ya ait olduğu belirlenmiştir. Su izolatının RD1 bölgesine ait amplifikasyon ürününe yönelik DNA dizi analizi yapılmıştır. DNA dizi analizinden elde edilen 1136 bp dizilimi Genbank verileri ile karşılaştırıldığında, F.tularensis alt tür holarctica biovar japonica (FCS075 strain-erişim numarası AF469618) ile %100 uyumlu bulunmuştur. Bu izolatın tüm genom sekansı da yapılarak GenBank’a kayıt edilmiş ve CP007148 erişim numarası alınmıştır. Çalışmamızda kullanılan örneklerin hiçbiri diğer alt türlere ait çıkmamıştır. F.tularensis alt tür holarctica biovar japonica pozitif belirlenen 11 lenf aspiratı örneği merkezimize Ankara (n= 1), Kayseri (n= 1) ve Afyon (n= 9) illerinden gönderilmiştir. Bu çalışmanın sonuçları, ilk defa F.tularensis alt tür holarcticabiovar japonica’nın Afyon ilinde bir köyde tularemi salgınına neden olduğunu ve farklı iki ilde de sporadik olarak gözlendiğini ortaya koymuştur.
Anahtar Kelime: Determination of the Subspecies of Francisella tularensis Isolated in Turkey by Molecular Methods
Öz: Francisella tularensis is a gram-negative, coccobacillus, facultative intracellular bacteria and causes a zoonotic disease, tularemia in humans. F.tularensis has four subspecies, which have different virulences for humans as F.tularensis subsp. tularensis, F.tularensis subsp. holarctica, F.tularensis subsp. mediasiatica and F.tularensis subsp. novicida. F.tularensis subsp. tularensis is the most virulent subspecies and mortality rate is high in human cases. F.tularensis subsp. holarctica, which has been reported in our country to date, has lower virulence than that of subsp. tularensis, and causes rare lethality among untreated patients. According to the erythromycin resistance and the properties of glucose-glycerol fermentation, F.tularensis subsp. holarctica has three biovar as biovar I, biovar II and biovar japonica. F.tularensissubsp. mediasia tica has been reported only in a few central asian countries and its virulence is similar to the F.tularensis subsp. holarctica F.tularensis subsp. novicida is avirulent for immunocompetent individuals but has been observed to cause infection in immunocompromised individuals. The aim of this study was to determinethe F.tularensis subspecies in 259 F.tularensis strains isolated from clinical specimens, drinking water and a rodent sample and 517 F.tularensis PCR-positive DNA isolated from clinical specimens between years 2009 and 2014. Conventional PCR was performed using primers specific for the RD1 (Region Difference) region of F.tularensis. Subspecies were differentiated depending on the difference in PCR amplificationproduct size. In our study, F.tularensis subsp. holarctica was detected in 764 samples yielding 922 base pair (bp) amplification product. The DNA samples obtained from one water and 11 lymph aspirates were determined as F.tularensis subsp. holarctica biovar japonica. The DNA sequence analysis of the amplificati on product of the RD1 region of the isolate from water sample was determined. The 1136 bp nucleotide sequence obtained from the DNA sequence analysis was 100% similar to F.tularensis subsp. holarctica bio var japonica (FCS075 strain-accesion number AF469618) when compared with GenBank data. The whole genome sequence of this isolate was also determined and recorded to GenBank with accesion number CP007148. None of the samples used in our study belonged to other sub-species. F.tularensis subsp.holarctica biovar japonica positive 11 lymph aspirate samples were sent to our center from Ankara (n= 1), Kayseri (n= 1) and Afyon (n= 9) provinces. The results of the current study revealed that F.tularensis subsp. holarctica biovar japonica caused a tularemia outbreak in a village in Afyon province at first time and it was observed sporadically in two other different provinces.
Anahtar Kelime: Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Bibliyografik
- 1. Kılıç AU, Doğanay M. Tularemia: a re-emerging disease. Ankara Üniv Vet Fak Derg 2013;60:275-80.
- 2. Gürcan S. Epidemiology of tularemia. Balkan Med J 2014;31(1):3-10.
- 3. Aktas D, Celebi B, Isik ME, Tutus C, Ozturk H, Temel F, et al. Oropharyngeal tularemia outbreak associated with drinking contaminated tap water, Turkey, July-September 2013. Emerg Infect Dis 2015;21(12):2194-6.
- 4. Kilic S, Birdsell DN, Karagöz A, Çelebi B, Bakkaloglu Z, Arikan M, et al. Water as source of Francisella tularensis infection in humans, Turkey. Emerg Infect Dis 2015;21(12):2213-6.
- 5. Kılıç AU, Kılıç S, Sencan I, Sentürk GÇ, Gürüz Y, Tütüncü EE, et al. İç Anadolu Bölgesinde Francisella tularensis alt tür halorctica’ya bağlı su kaynaklı bir tularemi salgını. Mikrobiyol Bul 2011;45(2):234-47.
- 6. Boz A, Aktuna G, Özgülcü Ş, Sezgin B, Temel F, Çelebi B. Afyonkarahisar ili Dinar ilçesinde 2015 yılı Ocak ayında görülen tularemi vakaları. Turk Hij Den Biyol Derg 2016;73(3):233-44.
- 7. Keim P, Johansson A, Wagner DM. Molecular epidemiology, evolution, and ecology of Francisella. Ann N Y Acad Sci 2007;1105:30-66.
- 8. Sandström G, Sjöstedt A, Forsman M, Pavlovich NV, Mishankin BN. Characterization and classification of strains of Francisella tularensis isolated in the Central Asian focus of the Soviet Union and in Japan. J Clin Microbiol 1992;30(1):172-5.
- 9. Timofeev V, Bakhteeva I, Titareva G, Kopylov P, Christiany D, Mokrievich A, et al. Russian isolates enlarge the known geographic diversity of Francisella tularensis subsp. mediasiatica. PLoS One 2017:5;12(9):e0183714.
- 10. Olsufjev NG, Meshcheryakova IS. Subspecific taxonomy of Francisella tularensis McCoy and Chapin 1912. Int J Syst Bacteriol 1983;33(4):872-4.
- 11. Marchette NJ, Nicholes PS. Virulence and citrulline ureidase activity of Pasteurella tularensis. J Bacteriol 1961;82:26-32.
- 12. Broekhuijsen M, Larsson P, Johansson A, Byström M, Eriksson U, Larsson E, et al. Genome-wide DNA microarray analysis of Francisella tularensis strains demonstrates extensive genetic conservation within the species but identifies regions that are unique to the highly virulent F.tularensis subsp. tularensis. J Clin Microbiol 2003;41(7):2924-31.
- 13. Johansson A, Farlow J, Larsson P, Dukerich M, Chambers E, Byström M, et al. Worldwide genetic relationships among Francisella tularensis isolates determined by multiple-locus variable-number tandem repeat analysis. J Bacteriol 2004;186(17):5808-18.
- 14. Gotschlich E, Berkin T. 1936 yılında Trakya’da tularemiye ait yapılan epidemiyolojik ve bakteriyolojik araştırmalar. Türk Hij Den Biyol Derg 2007;64(1):71-5.
- 15. Celebi G, Baruönü F, Ayoğlu F, Cinar F, Karadenizli A, Uğur MB, et al. Tularemia, a reemerging disease in northwest Turkey: epidemiological investigation and evaluation of treatment responses. Jpn J Infect Dis 2006;59(4):229-34.
- 16. Uyar M, Cengiz B, Ünlü M, Çelebi B, Kılıç S, Eryılmaz A. Orta Anadolu Bölgesi illerinden hastanemize basvuran orofaringeal tularemi olgularının değerlendirilmesi. Mikrobiyol Bul 2011;45(1):58-66.
- 17. Akıncı E, Ülgen F, Kılıç S, Alıravcı D, Çelebi B, Eren SS, et al. Orta Anadolu kaynaklı tularemi olgularının değerlendirilmesi. Mikrobiyol Bul 2011;45(4):762-4.
- 18. Gurcan S, Karabay O, Karadenizli A, Karagol C, Kantardjiev T, Ivanov IN. Characteristics of the Turkish isolates of Francisella tularensis. Jpn J Infect Dis 2008;61(3):223-5.
- 19. Petersen JM, Carlson J, Yockey B, Pillai S, Kuske C, Garbalena G, et al. Direct isolation of Francisella spp. from environmental samples. Lett Appl Microbiol 2009;48(6):663-7.
- 20. Sjöstedt A, Eriksson U, Berglund L, Tärnvik A. Detection of Francisella tularensis in ulcers of patients with tularemia by PCR. J Clin Microbiol 1997;35(5):1045-8.
- 21. Gurycová D. First isolation of Francisella tularensis subsp. tularensis in Europe. Eur J Epidemiol 1998;14(8):797- 802.
- 22. Chaudhuri RR, Ren CP, Desmond L, Vincent GA, Silman NJ, Brehm JK, et al. Genome sequencing shows that European isolates of Francisella tularensis subspecies tularensis are almost identical to US laboratory strain Schu S4. PLoS One 2007:4;2(4):e352.
- 23. Yesilyurt M, Kılıç S, Çagasar Ö, Çelebi B, Gül S. Yozgat ilinde kene kaynaklı iki tularemi olgusu. Mikrobiyol Bul 2011;45(4):746-54.
- 24. Çelebi B, Kılıç S, Karagöz A, Durmaz R. Ülkemizde izole edilen Francisella tularensis izolatların alt türlerinin belirlenmesi. X. Ulusal Veteriner Mikrobiyoloji Kongresi, 24-27 Eylül 2012, Kuşadası/Aydın. Kongre Kitabı, s: 36-37, sözlü sunum 12.
- 25. Kiliç S, Çelebi B, Acar B, Atas M. In vitro susceptibility of isolates of Francisella tularensis from Turkey. Scand J Infect Dis 2013;45(5):337-41.
- 26. Wang Y, Peng Y, Hai R, Xia L, Li H, Zhang Z, et al. Diversity of Francisella tularensis subsp. holarctica lineages, China. Emerg Infect Dis 2014;20(7):1191-4.
- 27. Eden JS, Rose K, Ng J, Shi M, Wang Q, Sintchenko V, et al. Francisella tularensis spp. holarctica in ringtail possums, Australia. Emerg Infect Dis 2017;23(7):1198-201.
- 28. Vogler AJ, Birdsell D, Price LB, Bowers JR, Beckstrom-Sternberg SM, Auerbach RK, et al. Phylogeography of Francisella tularensis: global expansion of a highly fit clone. J Bacteriol 2009;191(8):2474-84.
| APA | Çelebi B, Bakkaloglu Z, ünaldı ö, KILIÇ S, KARAGÖZ A, DURMAZ R (2020). Türkiye’de İzole Edilen Francisella tularensis Alt Türlerinin Moleküler Yöntemlerle Belirlenmesi. , 1 - 10. 10.5578/mb.68784 |
| Chicago | Çelebi Bekir,Bakkaloglu Zekiye,ünaldı özlem,KILIÇ Selçuk,KARAGÖZ Alper,DURMAZ RIZA Türkiye’de İzole Edilen Francisella tularensis Alt Türlerinin Moleküler Yöntemlerle Belirlenmesi. (2020): 1 - 10. 10.5578/mb.68784 |
| MLA | Çelebi Bekir,Bakkaloglu Zekiye,ünaldı özlem,KILIÇ Selçuk,KARAGÖZ Alper,DURMAZ RIZA Türkiye’de İzole Edilen Francisella tularensis Alt Türlerinin Moleküler Yöntemlerle Belirlenmesi. , 2020, ss.1 - 10. 10.5578/mb.68784 |
| AMA | Çelebi B,Bakkaloglu Z,ünaldı ö,KILIÇ S,KARAGÖZ A,DURMAZ R Türkiye’de İzole Edilen Francisella tularensis Alt Türlerinin Moleküler Yöntemlerle Belirlenmesi. . 2020; 1 - 10. 10.5578/mb.68784 |
| Vancouver | Çelebi B,Bakkaloglu Z,ünaldı ö,KILIÇ S,KARAGÖZ A,DURMAZ R Türkiye’de İzole Edilen Francisella tularensis Alt Türlerinin Moleküler Yöntemlerle Belirlenmesi. . 2020; 1 - 10. 10.5578/mb.68784 |
| IEEE | Çelebi B,Bakkaloglu Z,ünaldı ö,KILIÇ S,KARAGÖZ A,DURMAZ R "Türkiye’de İzole Edilen Francisella tularensis Alt Türlerinin Moleküler Yöntemlerle Belirlenmesi." , ss.1 - 10, 2020. 10.5578/mb.68784 |
| ISNAD | Çelebi, Bekir vd. "Türkiye’de İzole Edilen Francisella tularensis Alt Türlerinin Moleküler Yöntemlerle Belirlenmesi". (2020), 1-10. https://doi.org/10.5578/mb.68784 |
| APA | Çelebi B, Bakkaloglu Z, ünaldı ö, KILIÇ S, KARAGÖZ A, DURMAZ R (2020). Türkiye’de İzole Edilen Francisella tularensis Alt Türlerinin Moleküler Yöntemlerle Belirlenmesi. Mikrobiyoloji Bülteni, 54(1), 1 - 10. 10.5578/mb.68784 |
| Chicago | Çelebi Bekir,Bakkaloglu Zekiye,ünaldı özlem,KILIÇ Selçuk,KARAGÖZ Alper,DURMAZ RIZA Türkiye’de İzole Edilen Francisella tularensis Alt Türlerinin Moleküler Yöntemlerle Belirlenmesi. Mikrobiyoloji Bülteni 54, no.1 (2020): 1 - 10. 10.5578/mb.68784 |
| MLA | Çelebi Bekir,Bakkaloglu Zekiye,ünaldı özlem,KILIÇ Selçuk,KARAGÖZ Alper,DURMAZ RIZA Türkiye’de İzole Edilen Francisella tularensis Alt Türlerinin Moleküler Yöntemlerle Belirlenmesi. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.54, no.1, 2020, ss.1 - 10. 10.5578/mb.68784 |
| AMA | Çelebi B,Bakkaloglu Z,ünaldı ö,KILIÇ S,KARAGÖZ A,DURMAZ R Türkiye’de İzole Edilen Francisella tularensis Alt Türlerinin Moleküler Yöntemlerle Belirlenmesi. Mikrobiyoloji Bülteni. 2020; 54(1): 1 - 10. 10.5578/mb.68784 |
| Vancouver | Çelebi B,Bakkaloglu Z,ünaldı ö,KILIÇ S,KARAGÖZ A,DURMAZ R Türkiye’de İzole Edilen Francisella tularensis Alt Türlerinin Moleküler Yöntemlerle Belirlenmesi. Mikrobiyoloji Bülteni. 2020; 54(1): 1 - 10. 10.5578/mb.68784 |
| IEEE | Çelebi B,Bakkaloglu Z,ünaldı ö,KILIÇ S,KARAGÖZ A,DURMAZ R "Türkiye’de İzole Edilen Francisella tularensis Alt Türlerinin Moleküler Yöntemlerle Belirlenmesi." Mikrobiyoloji Bülteni, 54, ss.1 - 10, 2020. 10.5578/mb.68784 |
| ISNAD | Çelebi, Bekir vd. "Türkiye’de İzole Edilen Francisella tularensis Alt Türlerinin Moleküler Yöntemlerle Belirlenmesi". Mikrobiyoloji Bülteni 54/1 (2020), 1-10. https://doi.org/10.5578/mb.68784 |
