MOLEKÜLER VE GELENEKSEL YÖNTEMLERLE TANIMLANARAK UZUN SÜRE SAKLANMIŞ STOK CANDİDA KÖKENLERİNİN MALDI-TOF MS İLE ANALİZİ
Yıl: 2021 Cilt: 84 Sayı: 1 Sayfa Aralığı: 113 - 119 Metin Dili: Türkçe DOI: 10.26650/IUITFD.2020.0009 İndeks Tarihi: 06-05-2021
MOLEKÜLER VE GELENEKSEL YÖNTEMLERLE TANIMLANARAK UZUN SÜRE SAKLANMIŞ STOK CANDİDA KÖKENLERİNİN MALDI-TOF MS İLE ANALİZİ
Öz: Amaç: Son yıllarda Candida türlerine bağlı enfeksiyon oranların-da artış gözlenmesi ve antifungal duyarlılık sonuçlarının türleregöre farklılıklar sergilemesi gibi nedenlerle, Candida izolatlarınınhızlı ve doğru bir şekilde tür düzeyinde tanımlanması gerekli halegelmiştir. Bu çalışmada, MALDI-TOF MS yönteminin, gelenekselve moleküler yöntemler ile tür düzeyinde tanımlanmış ve uzunsüre -20°C’de saklanmış Candida klinik izolatlarını tanımlamada-ki etkinliğini araştırmak amaçlanmıştır.Gereç ve Yöntem: Çalışmaya, 10 yıldan daha uzun süredir-20°C’de saklanan, canlandırma işlemi yapılmamış ve API® ID32C, CHROMagar Candida ile PCR-RFLP gibi çeşitli yöntemlerletanımlanmış 28 Candida izolatı dahil edildi. İzolatlar yeniden pa-sajlandı ve MALDI-TOF MS ile analiz edildi. Daha önce tür düze-yinde tanımlanamayan bir izolat ile MALDI-TOF MS skoru düşükolan diğer bir izolat ITS dizileme ile analiz edildi. Ayrıca çalışmaizolatlarımız ile rutin kültürlerden izole edilmiş 57 Candida suşu-na ait MALDI-TOF MS skorları karşılaştırıldı.Bulgular: MALDI-TOF MS analizinde 11 (%39,3) izolat için türdüzeyinde ve 15 (%53,6) izolat için cins düzeyinde güvenilir ta-nımlama elde edilirken, iki izolat güvenilir tanımlama sınırlarınındışında kalmıştır. Çeşitli yöntemlerle ile tanımlanan 28 izolatıntamamında, MALDI-TOF MS yöntemi ile farklı skorlar elde edilsede tür düzeyinde doğru tanımlama yapılmıştır.Sonuç: MALDI-TOF MS uzun süre saklanmış stok Candida izolatlarının tanımlanmasında geleneksel ve RFLP gibi moleküleryöntemler ile kıyaslandığında kolaylıkla kullanılabilecek, düşükmaliyetli, hızlı ve güvenilir bir yöntemdir. Çalışmaya alınan izo-latlar sınırlı sayıda olmakla birlikte, MALDI-TOF MS ile yapılananalizlerde Candida türleri için alınan düşük skor değerlerinintanımlamada yararlı olabileceğini düşünüyoruz.
Anahtar Kelime: MALDI-TOF MS ANALYSIS OF LONG-TERM STORED STOCK CANDIDA STRAINS IDENTIFIED BY MOLECULAR AND CONVENTIONAL METHODS
Öz: Objective: In recent years, the rapid and accurate identifica- tion of Candida isolates at species level has been of great im- portance for reasons such as increased incidence of infectionsdue to Candida species and differing antifungal susceptibilities by species. Herein, we aimed to investigate the efficacy of the MALDI-TOF MS method in the identification of Candida clinical isolates stored at -20°C for years. Material and Method: Twenty eight Candida strains stored at-20°C for more than 10 years without any recultivation and iden- tified by various methods such as API® ID 32C, CHROMagarCandida and PCR-RFLP were included in the study. Isolates were subcultured and analysed by MALDI-TOF MS. An unidentified isolate at the species level previously and another isolate withlow MALDI-TOF MS score were analyzed by ITS sequencing. Ad- ditionally, MALDI-TOF MS scores of 57 Candida strains isolatedfrom routine cultures were compared with study isolates.Results: Of them, 11 (39.3%) isolates were identified at the spe- cies level and 15 (53.6%) were identified at the genus level, whiletwo isolates were outside the reliable identification limits byMALDI-TOF MS. MALDI-TOF MS yielded an accurate identifi- cation at the species level in all 28 isolates identified by variousmethods even though different scores were obtained. Conclusion: MALDI-TOF MS is a cost effective, easy to use, fast and reliable method compared with the conventional and molecular methods for identification of stock Candida isolatespreserved for many years. In conclusion, although a limited num- ber of stock Candida isolates were included in the study, lowidentification scores for Candida isolates may be valuable in the MALDI-TOF MS analysis.
Anahtar Kelime: Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık
- Alp S, Arikan-Akdagli S, Gulmez D, Ascioglu S, Uzun O, Akova M. Epidemiology of candidaemia in a tertiary care university hospital: 10-year experience with 381 candidaemia episodes between 2001 and 2010. Mycoses 2015;58(8):498-505. [CrossRef]
- Mellinghoff SC, Cornely OA, Jung N. Essentials in Candida bloodstream infection. Infection 2018;46(6):897-9. [CrossRef]
- d’Enfert C, Bougnoux ME. Human Fungal Infections, Reference Module in Biomedical Sciences. In: McQueen CA (ed). Encyclopedia of Microbiology. Elsevier Inc. Amsterdam, 3rd edition, 2014. p:652-64. [CrossRef]
- Ben-Ami R, Berman J, Novikov A, Bash E, Shachor- Meyouhas Y, Zakin S, et al. Multidrug-Resistant Candida haemulonii and C. auris, Tel Aviv, Israel. Emerg Infect Dis 2017;23(2):195-203. [CrossRef]
- Sun M, Chen C, Xiao W, Chang Y, Liu C, XU Q. Increase in Candida parapsilosis Candidemia in Cancer Patients. Mediterr J Hematol Infect Dis 2019;11(1):e2019012. [CrossRef]
- Mora Carpio AL, Climaco A. Fungemia Candidiasis. [Updated 2019 Jun 3]. In: StatPearls [Internet]. Treasure Island (FL): StatPearls Publishing. 2019. Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK436012.
- Şahiner F, Ergünay K, Özyurt M, Ardıç N, Hoşbul T, Haznedaroğlu T. Hastane enfeksiyonu etkeni olarak izole edilen Candida suşlarının genotipik ve fenotipik olarak tanımlanması. Mikrobiyol Bul 2011;45(3):478-88.
- Lima-Neto R, Santos C, Lima N, Sampaio P, Pais C, Neves RP. Application of MALDI-TOF MS for requalification of a Candida clinical isolates culture collection. Braz J Microbiol 2014;45(2):515-22. [CrossRef]
- Kassim A, Pflüger V, Premji Z, Daubenberger C, Revathi G. Comparison of biomarker based Matrix Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS) and conventional methods in the identification of clinically relevant bacteria and yeast. BMC Microbiol 2017;17(1):128. [CrossRef]
- Buchan BW, Ledeboer NA. Advances in identification of clinical yeast isolates by use of matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry. J Clin Microbiol 2013;51(5):1359-66. [CrossRef]
- Yıldıran ST, Gumral R, Saracli MA, Sahiner F. Evaluation the performance of the matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry for the identification of Candida isolates recovered from blood cultures. 6th Trends in Medical Mycology,11-14 October 2013, Copenhagen, Denmark. Mycoses 2013;56(3):75(P053).
- Özcan N, Ezin Ö, Akpolat N, Bozdağ H, Mete M, Gül K. Klinik örneklerde saptanan Candida türlerinin MALDI-TOF MS ile tiplendirilmesi. Dicle Tıp Derg 2016;43(3):390-4.
- Gabaldón T, Carreté L. The birth of a deadly yeast: tracing the evolutionary emergence of virulence traits in Candida glabrata. FEMS Yeast Res 2016;16(2):fov110. [CrossRef]
- Kal Çakmaklıoğulları E, Aşgın N, Değerli K. Candida Tür Tayininde Rutinde Yaygın Olarak Kullanılan Yöntemlerle Yeni Kullanılmaya Başlayan MALDI TOF-MS ve Moleküler Yöntemlerin Sonuç Verme Süreleri, Maliyetleri ve Güvenilirliklerinin Karşılaştırılması. Mikrobiyol Bul 2019;53(2):204-12. [CrossRef]
- Pfaller MA, Diekema DJ, Rinaldi MG, Barnes R, Hu B, Veselov AV, et al. Results from the ARTEMIS DISK global antifungal surveillance study: A 6.5-year analysis of susceptibilities of Candida and other yeast species to fluconazole and voriconazole by standardized disk diffusion testing. J Clin Microbiol 2005;43(12):5848-59. [CrossRef]
- Kathuria S, Singh PK, Sharma C, Prakash A, Masih A, Kumar A, Meis JF, Chowdharya A. Multidrug-Resistant Candida auris Misidentified as Candida haemulonii: Characterization by Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization–Time of Flight Mass Spectrometry and DNA Sequencing and Its Antifungal Susceptibility Profile Variability by Vitek 2, CLSI Broth Microdilution, and Etest Method. J Clin Microbiol 2015;53(6):1823-30. [CrossRef]
- Sow D, Fall B, Ndiaye M, Ba BS, Sylla K, Tine R, et al. Usefulness of MALDI-TOF mass spectrometry for routine identification of Candida species in a Resource-Poor setting. Mycopathologia 2015;180(3-4):173-9. [CrossRef]
- Turenne CY, Sanche SE, Hoban DJ, Karlowsky JA, Kabani AM. Rapid identification of fungi by using the internal transcribed spacer 2 genetic region and an automated fluorescent capillary electrophoresis system. J Clin Microbiol 1999;37:1846-51. [CrossRef]
- Mirhendi H, Makimura K, Khoramizadeh M, Yamaguchi H. A One-Enzyme PCR-RFLP assay for identification of six medically important Candida species. Jpn J Med Mycol 2006;47:225-9. [CrossRef]
- Fujita SI, Senda Y, Nakaguchi S, Hashimoto T. Multiplex PCR Using Internal transcribed spacer 1 and 2 regions for rapid detection and identification of yeast strains, J Clin Microbiol 2001;39(10):3617-22. [CrossRef]
- Gayıbova Ü, Cilo B, Ağca H, Ener B. Comparison of PhoenixTM TM Yeast ID Panel and API® ID 32C commercial systems for the identification of Candida species isolated from clinical samples. Mikrobiyol Bul 2014;48(3):438-48. [CrossRef]
- Maruccoa AP, Minervini P, Snitman GV, Sorge A, Guelfand LI, Moral LL. Comparison of the identification results of Candida species obtained by BD PhoenixTM and Maldi-TOF (Bruker Microflex LT Biotyper 3.1). Rev Argent Microbiol 2018;50(4):337-40. [CrossRef]
- Stefaniuk E, Baraniak A, Fortuna M, Hryniewicz W. Usefulness of CHROMagar Candida Medium, Biochemical Methods-API ID32C and VITEK 2 Compact and Two MALDI- TOF MS Systems for Candida spp. Identification. Pol J Microbiol 2016;65(1):111-4. [CrossRef]
- Lacroix C, Gicquel A, Sendid B, Meyer J, Accoceberry I, François N, et al. Evaluation of two matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) systems for the identification of Candida species. Clin Microbiol Infect 2013;20(2):153-8. [CrossRef]
| APA | HOŞBUL t, Şahiner F, GÜMRAL R, KAYA S, Bektore B, Tekin K, YILDIRAN S (2021). MOLEKÜLER VE GELENEKSEL YÖNTEMLERLE TANIMLANARAK UZUN SÜRE SAKLANMIŞ STOK CANDİDA KÖKENLERİNİN MALDI-TOF MS İLE ANALİZİ. , 113 - 119. 10.26650/IUITFD.2020.0009 |
| Chicago | HOŞBUL tugrul,Şahiner Fatih,GÜMRAL Ramazan,KAYA Sinem,Bektore Bayhan,Tekin Kemal,YILDIRAN SINASI TANER MOLEKÜLER VE GELENEKSEL YÖNTEMLERLE TANIMLANARAK UZUN SÜRE SAKLANMIŞ STOK CANDİDA KÖKENLERİNİN MALDI-TOF MS İLE ANALİZİ. (2021): 113 - 119. 10.26650/IUITFD.2020.0009 |
| MLA | HOŞBUL tugrul,Şahiner Fatih,GÜMRAL Ramazan,KAYA Sinem,Bektore Bayhan,Tekin Kemal,YILDIRAN SINASI TANER MOLEKÜLER VE GELENEKSEL YÖNTEMLERLE TANIMLANARAK UZUN SÜRE SAKLANMIŞ STOK CANDİDA KÖKENLERİNİN MALDI-TOF MS İLE ANALİZİ. , 2021, ss.113 - 119. 10.26650/IUITFD.2020.0009 |
| AMA | HOŞBUL t,Şahiner F,GÜMRAL R,KAYA S,Bektore B,Tekin K,YILDIRAN S MOLEKÜLER VE GELENEKSEL YÖNTEMLERLE TANIMLANARAK UZUN SÜRE SAKLANMIŞ STOK CANDİDA KÖKENLERİNİN MALDI-TOF MS İLE ANALİZİ. . 2021; 113 - 119. 10.26650/IUITFD.2020.0009 |
| Vancouver | HOŞBUL t,Şahiner F,GÜMRAL R,KAYA S,Bektore B,Tekin K,YILDIRAN S MOLEKÜLER VE GELENEKSEL YÖNTEMLERLE TANIMLANARAK UZUN SÜRE SAKLANMIŞ STOK CANDİDA KÖKENLERİNİN MALDI-TOF MS İLE ANALİZİ. . 2021; 113 - 119. 10.26650/IUITFD.2020.0009 |
| IEEE | HOŞBUL t,Şahiner F,GÜMRAL R,KAYA S,Bektore B,Tekin K,YILDIRAN S "MOLEKÜLER VE GELENEKSEL YÖNTEMLERLE TANIMLANARAK UZUN SÜRE SAKLANMIŞ STOK CANDİDA KÖKENLERİNİN MALDI-TOF MS İLE ANALİZİ." , ss.113 - 119, 2021. 10.26650/IUITFD.2020.0009 |
| ISNAD | HOŞBUL, tugrul vd. "MOLEKÜLER VE GELENEKSEL YÖNTEMLERLE TANIMLANARAK UZUN SÜRE SAKLANMIŞ STOK CANDİDA KÖKENLERİNİN MALDI-TOF MS İLE ANALİZİ". (2021), 113-119. https://doi.org/10.26650/IUITFD.2020.0009 |
| APA | HOŞBUL t, Şahiner F, GÜMRAL R, KAYA S, Bektore B, Tekin K, YILDIRAN S (2021). MOLEKÜLER VE GELENEKSEL YÖNTEMLERLE TANIMLANARAK UZUN SÜRE SAKLANMIŞ STOK CANDİDA KÖKENLERİNİN MALDI-TOF MS İLE ANALİZİ. İstanbul Tıp Fakültesi Dergisi, 84(1), 113 - 119. 10.26650/IUITFD.2020.0009 |
| Chicago | HOŞBUL tugrul,Şahiner Fatih,GÜMRAL Ramazan,KAYA Sinem,Bektore Bayhan,Tekin Kemal,YILDIRAN SINASI TANER MOLEKÜLER VE GELENEKSEL YÖNTEMLERLE TANIMLANARAK UZUN SÜRE SAKLANMIŞ STOK CANDİDA KÖKENLERİNİN MALDI-TOF MS İLE ANALİZİ. İstanbul Tıp Fakültesi Dergisi 84, no.1 (2021): 113 - 119. 10.26650/IUITFD.2020.0009 |
| MLA | HOŞBUL tugrul,Şahiner Fatih,GÜMRAL Ramazan,KAYA Sinem,Bektore Bayhan,Tekin Kemal,YILDIRAN SINASI TANER MOLEKÜLER VE GELENEKSEL YÖNTEMLERLE TANIMLANARAK UZUN SÜRE SAKLANMIŞ STOK CANDİDA KÖKENLERİNİN MALDI-TOF MS İLE ANALİZİ. İstanbul Tıp Fakültesi Dergisi, vol.84, no.1, 2021, ss.113 - 119. 10.26650/IUITFD.2020.0009 |
| AMA | HOŞBUL t,Şahiner F,GÜMRAL R,KAYA S,Bektore B,Tekin K,YILDIRAN S MOLEKÜLER VE GELENEKSEL YÖNTEMLERLE TANIMLANARAK UZUN SÜRE SAKLANMIŞ STOK CANDİDA KÖKENLERİNİN MALDI-TOF MS İLE ANALİZİ. İstanbul Tıp Fakültesi Dergisi. 2021; 84(1): 113 - 119. 10.26650/IUITFD.2020.0009 |
| Vancouver | HOŞBUL t,Şahiner F,GÜMRAL R,KAYA S,Bektore B,Tekin K,YILDIRAN S MOLEKÜLER VE GELENEKSEL YÖNTEMLERLE TANIMLANARAK UZUN SÜRE SAKLANMIŞ STOK CANDİDA KÖKENLERİNİN MALDI-TOF MS İLE ANALİZİ. İstanbul Tıp Fakültesi Dergisi. 2021; 84(1): 113 - 119. 10.26650/IUITFD.2020.0009 |
| IEEE | HOŞBUL t,Şahiner F,GÜMRAL R,KAYA S,Bektore B,Tekin K,YILDIRAN S "MOLEKÜLER VE GELENEKSEL YÖNTEMLERLE TANIMLANARAK UZUN SÜRE SAKLANMIŞ STOK CANDİDA KÖKENLERİNİN MALDI-TOF MS İLE ANALİZİ." İstanbul Tıp Fakültesi Dergisi, 84, ss.113 - 119, 2021. 10.26650/IUITFD.2020.0009 |
| ISNAD | HOŞBUL, tugrul vd. "MOLEKÜLER VE GELENEKSEL YÖNTEMLERLE TANIMLANARAK UZUN SÜRE SAKLANMIŞ STOK CANDİDA KÖKENLERİNİN MALDI-TOF MS İLE ANALİZİ". İstanbul Tıp Fakültesi Dergisi 84/1 (2021), 113-119. https://doi.org/10.26650/IUITFD.2020.0009 |
