Mantar İnfeksiyonlarının Laboratuvar Tanısında Klasik Yöntemler ve Yeni Gelişmeler

Gülmez, Dolunay; Alp, Sehnaz

doi:10.5578/flora.20219904

Mantar İnfeksiyonlarının Laboratuvar Tanısında Klasik Yöntemler ve Yeni Gelişmeler

Dolunay GÜLMEZ, (Hacettepe Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Şehnaz ALP (Hacettepe Üniversitesi, Tıp Fakültesi, İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Flora İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Dergisi

32 2

Yıl: 2021 Cilt: 26 Sayı: 1 Sayfa Aralığı: 34 - 49 Metin Dili: Türkçe DOI: 10.5578/flora.20219904 İndeks Tarihi: 20-05-2021

Mantar İnfeksiyonlarının Laboratuvar Tanısında Klasik Yöntemler ve Yeni Gelişmeler

Öz:

Mantarların etken olduğu hastalıklar dünyada çok sayıda kişiyi etkilemektedir. Son zamanlarda bağışıklık sistemini baskılayan hastalık-ların ve tedavi uygulamalarının artması, mantar infeksiyonlarının sıklığı ve çeşitliliğinde artışa neden olmuştur. Bu durum, zamanında ve kesin tanıyı zorlaştırmış ve daha başarılı tanısal yaklaşımlara gereksinimini artırmıştır. Özellikle invaziv mantar infeksiyonlarının tanısında yeni yöntemler geliştirilerek risk altındaki hastalarda erken dönemde doğru tanının konması ve prognozun iyileştirilmesine çalışılmaktadır. Bu amaçla, tanımlanan yeni testlerin farklı hasta gruplarında ve farklı patojenler için performansları değerlendirilmek-tedir. Uygun bulunanlar tanı algoritmalarına eklenmektedir. Bu derlemede mantar infeksiyonlarının tanısı için kullanılan konvansiyonel ve non-konvansiyonel laboratuvar tanı testlerinin avantaj ve dezavantajları ile özetlenmesi amaçlanmıştır.

Anahtar Kelime:

Classical Methods and New Developments in Laboratory Diagnosis of Fungal Infections

Öz:

Diseases caused by fungi affect a large number of people in the world. Recently, the increase of diseases and treatment applications that suppress the immune system has caused a rise in the frequency and variety of fungal infections. This has complicated timely and definitive diagnosis and increased the need for more successful diagnostic approaches. New methods are developed especially for the diagnosis of invasive fungal infections in order to provide early and correct diagnosis and improve prognosis in vulnerable patients. For this purpose, the performances of new tests defined are evaluated in different patient groups and for different pathogens. Those found suitable are added to diagnostic algorithms. The aim of this review was to summarize the conventional and non-conventional laboratory diagnostic tests used for fungal diagnosis with their advantages and disadvantages.

Anahtar Kelime:

Belge Türü: Makale Makale Türü: Derleme Erişim Türü: Erişime Açık

1. Kohler JR, Casadevall A, Perfect J. The spectrum of fungi that infects humans. Cold Spring Harb Perspect Med 2014;5:a019273.
2. Richardson M, Lass-Florl C. Changing epidemiology of systemic fungal infections. Clin Microbiol Infect 2008;14(Suppl 4):5-24.
3. Cole DC, Govender NP, Chakrabarti A, Sacarlal J, Denning DW. Improvement of fungal disease identification and management: combined health systems and public health approaches. Lancet Infect Dis 2017;17:e412-e9.
4. Bongomin F, Gago S, Oladele RO, Denning DW. Global and multi-national prevalence of fungal diseases-estimate precision. J Fungi (Basel) 2017;3.
5. Hilmioglu-Polat S, Seyedmousavi S, Ilkit M, Hedayati MT, Inci R, Tumbay E, et al. Estimated burden of serious human fungal diseases in Turkey. Mycoses 2019;62:22-31.
6. Wickes BL, Romanelli AM. Diagnostic mycology: Xtreme challenges. J Clin Microbiol 2020;58.
7. Walsh TH, Hayden TH, Larone DH. Larone’s Medically Important Fungi: A Guide to Identification. 6th ed. Washington DC: ASM Press, 2018.
8. Tortorano AM, Richardson M, Roilides E, van Diepeningen A, Caira M, Munoz P, et al. ESCMID and ECMM joint guidelines on diagnosis and management of hyalohyphomycosis: Fusarium spp., Scedosporium spp. and others. Clin Microbiol Infect 2014;20(Suppl 3):27-46.
9. Guarner J, Brandt ME. Histopathologic diagnosis of fungal infections in the 21st century. Clin Microbiol Rev 2011;24:247-80.
10. Cuenca-Estrella M, Verweij PE, Arendrup MC, Arikan-Akdagli S, Bille J, Donnelly JP, et al. ESCMID* guideline for the diagnosis and management of Candida diseases 2012: diagnostic procedures. Clin Microbiol Infect 2012;18(Suppl 7):9-18.
11. Ullmann AJ, Aguado JM, Arikan-Akdagli S, Denning DW, Groll AH, Lagrou K, et al. Diagnosis and management of Aspergillus diseases: executive summary of the 2017 ESCMID-ECMM-ERS guideline. Clin Microbiol Infect 2018;24(Suppl 1):e1-e38.
12. Karcioglu O, Dogan R, Uzun O, Tokat F, Gulmez D, Arikan- Akdagli S, et al. A rare presentation of pulmonary aspergillosis: Bronchial stump aspergillosis. J Bronchology Interv Pulmonol 2020;27:e28-e33.
13. Petrucelli MF, Abreu MH, Cantelli BAM, Segura GG, Nishimura FG, Bitencourt TA, et al. Epidemiology and diagnostic perspectives of dermatophytoses. J Fungi (Basel) 2020;6.
14. Moodley B, Tempia S, Frean, JA. Comparison of quantitative real-time PCR and direct immunofluorescence for the detection of Pneumocystis jirovecii. PLoS One 2017;12:e0180589.
15. Pitarch A, Nombela C, Gil C. Diagnosis of invasive candidiasis: From gold standard methods to promising leading-edge technologies. Curr Top Med Chem 2018;18:1375-92.
16. Hage CA, Carmona EM, Epelbaum O, Evans SE, Gabe LM, Haydour Q, et al. Microbiological Laboratory Testing in the Diagnosis of Fungal Infections in Pulmonary and Critical Care Practice. An Official American Thoracic Society Clinical Practice Guideline. Am J Respir Crit Care Med 2019;200:535-50.
17. Clancy CJ, Nguyen MH. Diagnosing invasive candidiasis. J Clin Microbiol 2018;56.
18. Hazen K, Howell SA. Mycology and Antifungal Susceptibility Testing, in Clinical Microbiology Procedures Handbook. In: Leber AL (ed). ASM Press: Washington DC, 2016.
19. Vergidis P, Moore CB, Novak-Frazer L, Rautemaa-Richardson R, Walker A, Denning DW, et al. High-volume culture and quantitative real-time PCR for the detection of Aspergillus in sputum. Clin Microbiol Infect 2020;26:935-40.
20. Song Y, Ren Y, Wang X, Li R. Recent advances in the diagnosis of Pneumocystis pneumonia. Med Mycol J 2016;57:E111-E116.
21. Gulmez D, Alp S, Gursoy G, Ayaz CM, Dogan O, Arikan-Akdagli S, et al. Mixed fungaemia: an 18-year report from a tertiary-care university hospital and a systematic review. Clin Microbiol Infect 2020;26:833-841.
22. Horvath LL, George BJ, Murray CK, Harrison LS, Hospenthal DR. Direct comparison of the BACTEC 9240 and BacT/ ALERT 3D automated blood culture systems for candida growth detection. J Clin Microbiol 2004;42:115-8.
23. Arendrup MC, Bergmann OJ, Larsson L, Nielsen HV, Jarlov JO, Christensson B. Detection of candidaemia in patients with and without underlying haematological disease. Clin Microbiol Infect 2010;16:855-62.
24. Gokbolat E, Oz Y, Metintas S. Evaluation of three different bottles in BACTEC 9240 automated blood culture system and direct identification of Candida species to shorten the turnaround time of blood culture. J Med Microbiol 2017;66:470-6.
25. Uyan A, Taşbakan M, Metin DY, Pullukçu H, Durusoy R, Hilmioglu-Polat S. Kandidürili hastalara yaklaşımda koloni sayısının önemi var mı? FLORA 2016;21:105-10.
26. Doğan O, Gülmez D, Arıkan Akdağlı S. Fungemi olgularında hızlı bir ön tanımlama testi: Pozitif kan kültürü şişesinden yapılan doğrudan germ tüp testinin değerlendirilmesi. ANKEM Derg 2016;30:102-8.
27. Dogan O, Inkaya AC, Gulmez D, Uzun O, Akova M, Arikan Akdagli S. [Evaluation of PNA-FISH method for direct identification of Candida species in blood culture samples and its potential impact on guidance of antifungal therapy]. Mikrobiyol Bul 2016;50:580-9.
28. Bal AM, McGill M. Rapid species identification of Candida directly from blood culture broths by Sepsityper-MALDI-TOF mass spectrometry: impact on antifungal therapy. J R Coll Physicians Edinb 2018;48:114-9.
29. Denning DW, Cadranel J, Beigelman-Aubry C, Ader F, Chakrabarti A, Blot S, et al. Chronic pulmonary aspergillosis: rationale and clinical guidelines for diagnosis and management. Eur Respir J 2016;47:45-68.
30. Boch T, Spiess B, Cornely OA, Vehreschild JJ, Rath PM, Steinmann J, et al. Diagnosis of invasive fungal infections in haematological patients by combined use of galactomannan, 1,3-beta-D-glucan, Aspergillus PCR, multifungal DNA-microarray, and Aspergillus azole resistance PCRs in blood and bronchoalveolar lavage samples: results of a prospective multicentre study. Clin Microbiol Infect 2016;22:862-8.
31. Warris A, Lehrnbecher T, Roilides E, Castagnola E, Bruggemann RJM, Groll AH. ESCMID-ECMM guideline: diagnosis and management of invasive aspergillosis in neonates and children. Clin Microbiol Infect 2019;25:1096-13.
32. Wright WF, Overman SB, Ribes JA. (1-3)-β-D-glucan assay: A review of its laboratory and clinical application. Lab Medicine 2011;42:679-85.
33. Mercier T, Guldentops E, Patteet S, Beuselinck K, Lagrou K, Maertens J. Beta-d-glucan for diagnosing Pneumocystis pneumonia: a direct comparison between the Wako beta- glucan assay and the Fungitell assay. J Clin Microbiol 2019;57.
34. Karageorgopoulos DE, Vouloumanou EK, Ntziora F, Michalopoulos A, Rafailidis PI, Falagas ME. beta-D-glucan assay for the diagnosis of invasive fungal infections: a meta-analysis. Clin Infect Dis 2011;52:750-70.
35. Bouza E, Almirante B, Garcia Rodriguez J, Garnacho-Montero J, Salavert M, Munoz P, et al. Biomarkers of fungal infection: Expert opinion on the current situation. Rev Esp Quimioter 2020;33:1-10.
36. Del Corpo O, Butler-Laporte G, Sheppard DC, Cheng MP, McDonald EG, Lee TC. Diagnostic accuracy of serum (1-3)-beta-D-glucan for Pneumocystis jirovecii pneumonia: a systematic review and meta-analysis. Clin Microbiol Infect 2020; 26(9):1137-43.
37. Tekinşen FF, Koç AN. Klinik örneklerde çeşitli yöntemlerle Pneumocystis jirovecii araştırılması. Mikrobiyol Bul 2013;47:658-67.
38. Nucci M, Barreiros G, Reis H, Paixao M, Akiti T, Nouer SA. Performance of 1,3-beta-D-glucan in the diagnosis and monitoring of invasive fusariosis. Mycoses 2019;62:570-5.
39. Özger S, Hızel K, Kalkancı A, Aydoğdu M, Civil F, Dizbay M, et al. Nötropenik olmayan yoğun bakım hastalarında invazif pulmoner aspergilloz için risk faktörlerinin değerlendirilmesi ve bronkoalveoler lavaj örneklerinde galaktomannan ve PCR testlerinin tanısal değerinin belirlenmesi. Mikrobiyol Bul 2015;49:565-75.
40. Sav H, Koç N, Atalay MA, Yıldız O, Demir G. Sistemik aspergilloz tanısında çeşitli yöntemlerin araştırılması. FLORA 2014;19:66-73.
41. Walter W, Bornhauser M, Stolzel F, Knoth H. False-positive Candida and Aspergillus antigen testing in recipients of allogeneic haematopoietic cell transplantation due to administration of parenteral nutrition and fixed combinations of piperacillin-tazobactam. Mycoses 2019;62:576-83.
42. Çağlar I, Özkerim D, Tahta N, Düzgöl M, Bayram N, Demirağ B, et al. Assessment of serum galactomannan test results of pediatric patients with hematologic malignancies according to consecutive positivity and threshold level in terms of invasive aspergillosis diagnosis: Cross-sectional research in a tertiary care hospital. J Pediatr Hematol Oncol 2020;42:e271-e6.
43. Salzer HJF, Prattes J, Flick H, Reimann M, Heyckendorf J, Kalsdorf B, et al., Evaluation of galactomannan testing, the Aspergillus- specific lateral-flow device test and levels of cytokines in bronchoalveolar lavage fluid for diagnosis of chronic pulmonary aspergillosis. Front Microbiol 2018;9:2223.
44. Melancon CC, Lindsey J, Russell GB, Clinger JD. The role of galactomannan Aspergillus antigen in diagnosing acute invasive fungal sinusitis. Int Forum Allergy Rhinol 2019;9:60- 6.
45. Metan G, Keklik M, Dinc G, Pala C, Yildirim A, Saraymen B, et al. Performance of galactomannan antigen, beta-d-glucan, and Aspergillus-lateral-flow device for the diagnosis of invasive aspergillosis. Indian J Hematol Blood Transfus 2017;33:87-92.
46. Wang K, Luo Y, Zhang W, Xie S, Yan P, Liu Y, et al. Diagnostic value of Candida mannan antigen and anti-mannan IgG and IgM antibodies for Candida infection. Mycoses 2020;63:181-8.
47. Herent P, Stynen D, Hernando F, Fruit J, Poulain D. Retrospective evaluation of two latex agglutination tests for detection of circulating antigens during invasive candidosis. J Clin Microbiol 1992;30:2158-64.
48. Meng Y, Kang M, Li D, Wang T, Kuang Z, Ma Y. Performance of a new Candida anti-mannan IgM and IgG assays in the diagnosis of candidemia. Rev Inst Med Trop Sao Paulo 2020;62:e25.
49. Held J, Kohlberger I, Rappold E, Busse Grawitz A, Hacker G. Comparison of (1->3)-beta-D-glucan, mannan/anti-mannan antibodies, and Cand-Tec Candida antigen as serum biomarkers for candidemia. J Clin Microbiol 2013;51:1158- 64.
50. Lunel FM, Donnelly JP, van der Lee HA, Blijlevens NM, Verweij PE. Performance of the new Platelia Candida Plus assays for the diagnosis of invasive Candida infection in patients undergoing myeloablative therapy. Med Mycol 2011;49:848-55.
51. Hartl B, Zeller I, Manhart A, Selitsch B, Lass-Florl C, Willinger B. A retrospective assessment of four antigen assays for the detection of invasive candidiasis among high-risk hospitalized patients. Mycopathologia 2018;183:513-9.
52. Chammard TB, Temfack E, Lortholary O. Alanio A. Diagnostic and therapeutic strategies in cryptococcosis: impact on outcome. Mem Inst Oswaldo Cruz 2018;113:e180050.
53. Arendrup MC, Boekhout T, Akova M, Meis JF, Cornely OA, Lortholary O, et al. ESCMID and ECMM joint clinical guidelines for the diagnosis and management of rare invasive yeast infections. Clin Microbiol Infect 2014;20 (Suppl 3):76-98.
54. Alp S, Gulmez D, Ayaz CM, Arikan-Akdagli S, Akova M. Fungaemia due to rare yeasts in a tertiary care university centre within 18 years. Mycoses 2020;63:488-93.
55. Oz Y, Aslan M, Aksit F, Metintas S, Gunduz E. The effect of clinical characteristics on the performance of galactomannan and PCR for the diagnosis of invasive aspergillosis in febrile neutropenic patients. Mycoses 2016;59:86-92.
56. Morton CO, White PL, Barnes RA, Klingspor L, Cuenca-Estrella M, Lagrou K, et al. Determining the analytical specificity of PCR-based assays for the diagnosis of IA: What is Aspergillus? Med Mycol 2017;55:402-13.
57. Dannaoui E, Gabriel F, Gaboyard M, Lagardere G, Audebert L, Quesne G, et al. Molecular diagnosis of invasive aspergillosis and detection of azole resistance by a newly commercialized PCR kit. J Clin Microbiol 2017;55:3210-8.
58. Fuchs S, Lass-Florl C, Posch W. Diagnostic performance of a novel multiplex PCR assay for candidemia among ICU patients. J Fungi (Basel) 2019;5(3):86.
59. Baldin C, Soliman SSM, Jeon HH, Alkhazraji S, Gebremariam T, Gu Y, et al. PCR-based approach targeting Mucorales- specific gene family for diagnosis of mucormycosis. J Clin Microbiol 2018;56(10):e00746-18.
60. Springer J, Lackner M, Ensinger C, Risslegger B, Morton CO, Nachbaur D, et al. Clinical evaluation of a Mucorales-specific real-time PCR assay in tissue and serum samples. J Med Microbiol 2016;65:1414-21.
61. Ala-Houhala M, Koukila-Kahkola P, Antikainen J, Valve J, Kirveskari J, Anttila VJ. Clinical use of fungal PCR from deep tissue samples in the diagnosis of invasive fungal diseases: a retrospective observational study. Clin Microbiol Infect 2018;24:301-5.
62. Wehrle-Wieland E, Affolter K, Goldenberger D, Tschudin Sutter S, Halter J, Passweg J, et al. Diagnosis of invasive mold diseases in patients with hematological malignancies using Aspergillus, Mucorales, and panfungal PCR in BAL. Transpl Infect Dis 2018;20:e12953.
63. Valero C, de la Cruz-Villar L, Zaragoza O, Buitrago MJ. New panfungal real-time PCR assay for diagnosis of invasive fungal infections. J Clin Microbiol 2016;54:2910-8.
64. Massire C, Buelow DR, Zhang SX, Lovari R, Matthews HE, Toleno DM, et al. PCR followed by electrospray ionization mass spectrometry for broad-range identification of fungal pathogens. J Clin Microbiol 2013;51:959-66.?

APA	Gülmez D, Alp S (2021). Mantar İnfeksiyonlarının Laboratuvar Tanısında Klasik Yöntemler ve Yeni Gelişmeler. , 34 - 49. 10.5578/flora.20219904
Chicago	Gülmez Dolunay,Alp Sehnaz Mantar İnfeksiyonlarının Laboratuvar Tanısında Klasik Yöntemler ve Yeni Gelişmeler. (2021): 34 - 49. 10.5578/flora.20219904
MLA	Gülmez Dolunay,Alp Sehnaz Mantar İnfeksiyonlarının Laboratuvar Tanısında Klasik Yöntemler ve Yeni Gelişmeler. , 2021, ss.34 - 49. 10.5578/flora.20219904
AMA	Gülmez D,Alp S Mantar İnfeksiyonlarının Laboratuvar Tanısında Klasik Yöntemler ve Yeni Gelişmeler. . 2021; 34 - 49. 10.5578/flora.20219904
Vancouver	Gülmez D,Alp S Mantar İnfeksiyonlarının Laboratuvar Tanısında Klasik Yöntemler ve Yeni Gelişmeler. . 2021; 34 - 49. 10.5578/flora.20219904
IEEE	Gülmez D,Alp S "Mantar İnfeksiyonlarının Laboratuvar Tanısında Klasik Yöntemler ve Yeni Gelişmeler." , ss.34 - 49, 2021. 10.5578/flora.20219904
ISNAD	Gülmez, Dolunay - Alp, Sehnaz. "Mantar İnfeksiyonlarının Laboratuvar Tanısında Klasik Yöntemler ve Yeni Gelişmeler". (2021), 34-49. https://doi.org/10.5578/flora.20219904

APA	Gülmez D, Alp S (2021). Mantar İnfeksiyonlarının Laboratuvar Tanısında Klasik Yöntemler ve Yeni Gelişmeler. Flora İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Dergisi, 26(1), 34 - 49. 10.5578/flora.20219904
Chicago	Gülmez Dolunay,Alp Sehnaz Mantar İnfeksiyonlarının Laboratuvar Tanısında Klasik Yöntemler ve Yeni Gelişmeler. Flora İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Dergisi 26, no.1 (2021): 34 - 49. 10.5578/flora.20219904
MLA	Gülmez Dolunay,Alp Sehnaz Mantar İnfeksiyonlarının Laboratuvar Tanısında Klasik Yöntemler ve Yeni Gelişmeler. Flora İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Dergisi, vol.26, no.1, 2021, ss.34 - 49. 10.5578/flora.20219904
AMA	Gülmez D,Alp S Mantar İnfeksiyonlarının Laboratuvar Tanısında Klasik Yöntemler ve Yeni Gelişmeler. Flora İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Dergisi. 2021; 26(1): 34 - 49. 10.5578/flora.20219904
Vancouver	Gülmez D,Alp S Mantar İnfeksiyonlarının Laboratuvar Tanısında Klasik Yöntemler ve Yeni Gelişmeler. Flora İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Dergisi. 2021; 26(1): 34 - 49. 10.5578/flora.20219904
IEEE	Gülmez D,Alp S "Mantar İnfeksiyonlarının Laboratuvar Tanısında Klasik Yöntemler ve Yeni Gelişmeler." Flora İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Dergisi, 26, ss.34 - 49, 2021. 10.5578/flora.20219904
ISNAD	Gülmez, Dolunay - Alp, Sehnaz. "Mantar İnfeksiyonlarının Laboratuvar Tanısında Klasik Yöntemler ve Yeni Gelişmeler". Flora İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Dergisi 26/1 (2021), 34-49. https://doi.org/10.5578/flora.20219904