Çorum Çevresindeki Yayla Topraklarından İzole Edilen Actinobacteria Üyelerinin Biyosentetik Genlerinin Taranması

Demet Tatar, (Hitit Üniversitesi, Osmancık Ömer Derindere Meslek Yüksekokulu, Tıbbi Hizmetler ve Teknikler Bölümü, Çorum, Türkiye)
Aysel Veyisoğlu (Sinop Üniversitesi, Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu, Tıbbi Hizmetler ve Teknikler Bölümü, Sinop, Türkiye)
Türk Tarım ve Doğa Bilimleri Dergisi
0 0
Yıl: 2021 Cilt: 8 Sayı: 2 Sayfa Aralığı: 280 - 285 Metin Dili: Türkçe DOI: 10.30910/turkjans.715700 İndeks Tarihi: 28-09-2021

Çorum Çevresindeki Yayla Topraklarından İzole Edilen Actinobacteria Üyelerinin Biyosentetik Genlerinin Taranması

Öz:
Bu çalışmada, Çorum (Kargı ve Osmancık) çevresindeki yaylalardan izole edilen aktinomiset izolatlarınınpoliketit sentaz ve ribozomal olmayan peptit sentetaz biyosentetik sistemlerinin varlığı moleküler tekniklerlearaştırılmıştır. Toplamda 15 tane Actinobacteria üyesinin sekonder metabolit biyosentetik genlerinin (PKS III/NRPS) varlığı PCR temelli incelenmiştir. Yapılan çalışmanın sonuçlarına göre, 15 tane aktinomiset izolatının 7tanesi PKS-I, 11 tanesi PKS-II ve 14 tanesinin NRPS gen bölgesine sahip olduğu bulunmuştur. Sonuçlardeğerlendirildiğinde izolatların nonribozomal peptid sentetaz (NRPS) gen kümelerini tip I-II poliketit sentazlar(PKS-I-II) gen kümelerinden daha fazla içerdiği görülmüştür. Ayrıca 5 izolatın üç gen kümesini bir aradabulundurduğu tespit edilmiştir. Sonuç olarak yaylalardan izole edilen aktinomisetlerin yüksek sekonder metabolitüretme kapasitesine sahip olduğu görülmüştür.
Anahtar Kelime:

Screening of Biosynthetic Genes of Actinobacteria Members Isolated From Plateau Soils Around Çorum

Öz:
In this study, in the presence polyketide synthases and non-ribosomal peptide synthetase biosynthetic system of actinomycete strains isolated from plateau soils located near Çorum (Kargı and Osmancık) was investigated by molecular techniques. Totally of 15 Actinobacteria members presence of secondary metabolite biosynthetic genes (PKS I-II / NRPS) was investigated based on PCR. According to the results of the work done, of the 15 actinomycet isolates, 7 were found to have PKS-I, 11 were PKS-II and 14 had NRPS gene regions. When the results were evaluated, it was observed that the isolates contained more nonribozomal peptide synthetase (NRPS) gene clusters than type I-II polyketide synthase (PKS-I-II) gene clusters. In addition, it was determined that 5 isolates contain three gene clusters together. As a result, it was found that actinomycetes isolated from plateau soils have the capacity to produce high secondary metabolites.
Anahtar Kelime:

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık
  • Ayuso-Sacido, A., Genilloud, O. 2005. New PCR Primers for the Screening of NRPS and PKSI Systems in Actinomycetes: Detection and Distribution of These Biosynthetic Gene Sequences in Major Taxonomic Groups, Microbial Ecology., 49:10-24.
  • Cai, Y., Xue, Q., Chen, Z., Zhang R. 2009. Study on Cellulose-decomposed Actinomycetes in Soil in the Eastern of the Qinghai Plateau, Modern Applied Science, 3(2):83.
  • Colquhoun, J.A., Heald, C.S., Li, L., Tamaoka, J. and others. 1998. Taxonomy and biotransformation activities of some deep sea actinomycetes, Extremophiles, 2:269- 277.
  • Gonzalez, I., Ayuso-Sacido, A., Anderson, A., Genilloud, O. 2005. Actinomycetes isolated from lichens: Evaluation of their diversity and detection of biosynthetic gene sequences, FEMS Microbiology Ecology, 54:401-415.
  • Goodfellow, M., Stainsby, F.M., Davenport, R., Chun, J., Curtis, T.P., 1998. Activated sludge foaming: the true extent of actinomycetes diversity, Water Sci. Technol., 37:511-519.
  • Hertweck, C. 2009. The Biosynthetic Logic of Polyketide Diversity, Angew. Chem. Int. Ed., 48:4688-4716.
  • Isik, K., Gencbay, T., Ozdemir-Kocak, F., Cil, E.. 2014. Molecular identification of different actinomycetes isolated from East Black Sea region plateau soil by 16S rDNA gene sequencing, Afr. J. Microbiol. Res., 8(9):878-887.
  • Kuster, E., 1968. The actinomycetes. In: Soil Biology, eds. Burges (A.) & Raw (F.), Academic Press, London.
  • Kroken, S., Glass, N.L., Taylor, J.W., Yoder, O.C., Turgeon, B.G. 2003. Phylogenomic analysis of type I polyketide synthase genes in pathogenic and saprobic ascomycetes, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 100:15670-15675.
  • Lam, K.S. 2006. Discovery of novel metabolites from marine actinomycetes, Curr. Opin. Microbiol., 9:245-251.
  • Metsä-Ketelä, M., Salo, V., Halo, L., Hautala, A., Hakala, J., Mäntsälä, P., Ylihonko, K. 1999. An efficient approach for screening minimal PKS genes from Streptomyces, FEMS Microbiol. Lett., 180:1-6.
  • Ndonde, M.J.M., Semu, E. 2000. Preliminary characterization of some Streptomyces species from four Tanzanian soils and their antimicrobial potential against selected plant and animal pathogenic bacteria, World J. Microbiol. Biotechnol., 16:595- 599.
  • Osbourn, A. 2010. Secondary metabolic gene clusters: Evolutionary toolkits for chemical innovation, Trends Genet., 26:449-457.
  • Oskay, M., Tamer, A.U., Azeri, C. 2004. Antibacterial activity of some Actinomycetes isolated from farming soils of Turkey, Afr. J. Biotechnol., 3:441-446.
  • Özcan, K. 2017. Trabzon (Karadeniz) Deniz Sedimentlerinden Elde Edilen Denizel Aktinomisetlerin Sekonder Metabolit Biyosentez Genlerinin Taranması, Türk Tarım – Gıda Bilim ve Teknoloji Dergisi, 5(5):502-506.
  • Pascual, J., González, I., Estévez, M., Benito, P., Trujillo, M.E., et al. 2016. Description of Kibdelosporangium banguiense sp. nov., a novel actinomycete isolated from soil of the forest of Pama, on the plateau of Bangui, Central African Republic. Antonie van Leeuwenhoek, 109:685-695.
  • Sacramento, D.R., Coelho, R.R.R., Wigg, M.D., Linhares, LFTL., Santos, M.G.M., Semedo, LTAS. 2004. Antimicrobial and antiviral activities of an actinomycetes (Streptomycin sp.) isolated from a Brazilian tropical forest soil, World. J. Microbiol. Biotechnol., 20:225-229.
  • Shen, B. 2003. Polyketide biosynthesis beyond the type I, II and III polyketide synthase paradigms, Curr. Opin. Chem. Biol., 7:285- 295.
  • Takizawa, M., Colwel, R.R., Hill, R.T. 1993. Isolation and diversity of actinomycetes in the Chesapeake Bay, Appl. Environ. Microbiol., 59:997-1002.
  • Terkina, I.A., Drukker, V.V., Parfenova, V.V., Kostornova, T.Y. 2002. The biodiversity of actinomycetes in Lake Baikal, Microbiology, 71:346-349.
  • Wang, Y., Zhang, Z.S., Ruan, J.S., Wang, Y.M., Ali, S.M. 1999. Investigation of actinomycete diversity in the tropical rainforests of Singapore, J. Ind. Microbiol., 23:178-187.
  • Weber, T., Marahiel, M,A. 2001. Exploring the domain structure of modular nonribosomal peptite synthetases, Structure, 9:3-9.
  • Ventosa, A., Mellado, E., Sanchez-Porro, C., Marquez, M.C. 2008. Halophilic and halotolerant microorganism from soils, In: Dion, P, Nautiyal, C.S (eds) Microbiology of extreme soils. Springer-Verlag, Berlin, Heidelberg, pp. 87-115.
  • Von Dohren, H., Dieckmann, R., Pavela-Vrancic, M. 1999. The nonribosomal code, Chemistry and Biology, 6:273-279.
  • Zhao, J., Shao, Y., Zhao, Z., Liu, F., Zhou, H., Li, Z. 2011. Diversity of Fungi and Actinomycetes in Soil of Enclosed and Grazing Wetland on Inner Mongolian Plateau, Advanced Materials Research Vols. 356-360, pp.2703-2706.
  • Zocher, R., Keller, U. 1997. Thiol template peptite synthesis systems in bacteria and fungi, Advances in Microbial Physiology, 38:85-131.
APA TATAR D, VEYİSOĞLU A (2021). Çorum Çevresindeki Yayla Topraklarından İzole Edilen Actinobacteria Üyelerinin Biyosentetik Genlerinin Taranması. , 280 - 285. 10.30910/turkjans.715700
Chicago TATAR Demet,VEYİSOĞLU Aysel Çorum Çevresindeki Yayla Topraklarından İzole Edilen Actinobacteria Üyelerinin Biyosentetik Genlerinin Taranması. (2021): 280 - 285. 10.30910/turkjans.715700
MLA TATAR Demet,VEYİSOĞLU Aysel Çorum Çevresindeki Yayla Topraklarından İzole Edilen Actinobacteria Üyelerinin Biyosentetik Genlerinin Taranması. , 2021, ss.280 - 285. 10.30910/turkjans.715700
AMA TATAR D,VEYİSOĞLU A Çorum Çevresindeki Yayla Topraklarından İzole Edilen Actinobacteria Üyelerinin Biyosentetik Genlerinin Taranması. . 2021; 280 - 285. 10.30910/turkjans.715700
Vancouver TATAR D,VEYİSOĞLU A Çorum Çevresindeki Yayla Topraklarından İzole Edilen Actinobacteria Üyelerinin Biyosentetik Genlerinin Taranması. . 2021; 280 - 285. 10.30910/turkjans.715700
IEEE TATAR D,VEYİSOĞLU A "Çorum Çevresindeki Yayla Topraklarından İzole Edilen Actinobacteria Üyelerinin Biyosentetik Genlerinin Taranması." , ss.280 - 285, 2021. 10.30910/turkjans.715700
ISNAD TATAR, Demet - VEYİSOĞLU, Aysel. "Çorum Çevresindeki Yayla Topraklarından İzole Edilen Actinobacteria Üyelerinin Biyosentetik Genlerinin Taranması". (2021), 280-285. https://doi.org/10.30910/turkjans.715700
APA TATAR D, VEYİSOĞLU A (2021). Çorum Çevresindeki Yayla Topraklarından İzole Edilen Actinobacteria Üyelerinin Biyosentetik Genlerinin Taranması. Türk Tarım ve Doğa Bilimleri Dergisi, 8(2), 280 - 285. 10.30910/turkjans.715700
Chicago TATAR Demet,VEYİSOĞLU Aysel Çorum Çevresindeki Yayla Topraklarından İzole Edilen Actinobacteria Üyelerinin Biyosentetik Genlerinin Taranması. Türk Tarım ve Doğa Bilimleri Dergisi 8, no.2 (2021): 280 - 285. 10.30910/turkjans.715700
MLA TATAR Demet,VEYİSOĞLU Aysel Çorum Çevresindeki Yayla Topraklarından İzole Edilen Actinobacteria Üyelerinin Biyosentetik Genlerinin Taranması. Türk Tarım ve Doğa Bilimleri Dergisi, vol.8, no.2, 2021, ss.280 - 285. 10.30910/turkjans.715700
AMA TATAR D,VEYİSOĞLU A Çorum Çevresindeki Yayla Topraklarından İzole Edilen Actinobacteria Üyelerinin Biyosentetik Genlerinin Taranması. Türk Tarım ve Doğa Bilimleri Dergisi. 2021; 8(2): 280 - 285. 10.30910/turkjans.715700
Vancouver TATAR D,VEYİSOĞLU A Çorum Çevresindeki Yayla Topraklarından İzole Edilen Actinobacteria Üyelerinin Biyosentetik Genlerinin Taranması. Türk Tarım ve Doğa Bilimleri Dergisi. 2021; 8(2): 280 - 285. 10.30910/turkjans.715700
IEEE TATAR D,VEYİSOĞLU A "Çorum Çevresindeki Yayla Topraklarından İzole Edilen Actinobacteria Üyelerinin Biyosentetik Genlerinin Taranması." Türk Tarım ve Doğa Bilimleri Dergisi, 8, ss.280 - 285, 2021. 10.30910/turkjans.715700
ISNAD TATAR, Demet - VEYİSOĞLU, Aysel. "Çorum Çevresindeki Yayla Topraklarından İzole Edilen Actinobacteria Üyelerinin Biyosentetik Genlerinin Taranması". Türk Tarım ve Doğa Bilimleri Dergisi 8/2 (2021), 280-285. https://doi.org/10.30910/turkjans.715700
Sayfa Oluşturulma Tarihi
23-04-2024 19:12

İLETİŞİM

TÜBİTAK ULAKBİM TR Dizin

Yüzüncüyıl, İşçi Blokları Mahallesi

Muhsin Yazıcıoğlu Caddesi No:51/C

06530 Çankaya / ANKARA +90 (312) 298 92 00

trdizin@tubitak.gov.tr

TÜBİTAK ULAKBİM Ulusal Akademik Ağ ve Bilgi Merkezi Cahit Arf Bilgi Merkezi © Tüm Hakları Saklıdır. Gizlilik Politikası Kullanım Şartları