Yıl: 2021 Cilt: 51 Sayı: 3 Sayfa Aralığı: 225 - 232 Metin Dili: Türkçe DOI: 10.5222/TMCD.2021.29494 İndeks Tarihi: 20-05-2022

HIV Negatif İmmunkompromize Hastaların Bronkoalveolar Lavaj Örneklerinde Pneumocystis jirovecii ve Diğer Etkenler

Öz:
Amaç: Pneumocystis jirovecii, özellikle bağışıklık sistemi baskılanmış bireylerde önemli pnömoni etkenleri arasındadır. Çalışmamızda, pnömoni etiyolojisi açısından gönderilen bronkoalveolar lavaj örneklerinin Pneumocystis pnömonisi (PCP) açısından değerlendirilmesi ve altta yatan diğer etkenlerin tespiti amaçlanmıştır. Yöntem: Gönderilen bronkoalveolar lavaj örneklerine, May Grünwald/Giemsa, modifiye toluidin mavisi, immünfloresan antikor boyama ve gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi uygulanarak bu yöntemlerin Pneumocystis pnömonisi tanısındaki yeri araştırıldı. Bakteri, mantar etkenleriyle Mycobacterium tuberculosis ve Cytomegalovirus’ün belirlenmesi için de uygun yöntemler kullanıldı. Bulgular: Yaşları 18-90 (ortalama 53.02 yaş) arasında değişen 32’si kadın, 68’i erkek olmak üzere 100 hasta çalışmaya dâhil edildi. Hastaların 17’sine herhangi bir altta yatan hastalık saptanamamış olup, bu hastalara yalnızca pnömoni ön tanısı ile bronkoskopi yapıldı. Yalnızca bir hastada gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi ile Pneumocystis pnömonisi pozitifliği saptandı. Tüm hastalar değerlendirildiğinde %33’ünde bir enfeksiyon etkeni saptandığı görüldü. Sonuç: Sonuç olarak bu çalışmada, boyama yöntemleri ve gerçek zamanlı PCR ile PCP oranı düşük bulunmuştur. Daha fazla hastalarla yapılacak çalışmalarda daha yüksek oranlar elde edilebilir. Bununla beraber, bronkoalveolar lavaj örnekleri genel durumu bozuk hastalarda etiyolojiye ulaşma açısından önemidir.
Anahtar Kelime:

Detection of Pneumocystis jirovecii and Other Agents in Bronchoalveolar Lavage Samples of HIV- Negative Immuncompromised Patients

Öz:
Objective: : Pneumocystis jirovecii is among the important causative agents of pneumonia especially in immunocompromised individuals. In our study, we aimed to evaluate the etiology of pneumonia using bronchoalveolar lavage samples in terms of Pneumocystis pneumonia (PCP) and to identify other underlying agents. Method: : We analyzed bronchoalveolar lavage samples by May Grünwald/Giemsa, modified toluidine blue, immunofluorescent antibody staining and real-time polymerase chain reaction method, and investigated their roles in the diagnosis of PCP. Appropriate methods were also used to identify bacteria, fungi, Mycobacterium tuberculosis and Cytomegalovirus. Results: In this study,100 patients (32 females and 68 males) aged between 18-90 (mean age 53.02) years were included in the study.. In 17 patients any underlying disease was not detected, and bronchoscopy was performed only with a preliminary diagnosis of pneumonia, and in only one patient pmeuımocystitis pneumonia-positivity was detected by real-time polymerase chain reaction method. When all patients were evaluated, an infectious agent was found in 33% of them. Conclusion: As a result, in this study PCP rate was found to be low with staining methods and real-time polymerase chain reaction. Higher rates can be obtained in studies with greater number of patients. However, bronchoalveolar lavage samples are important in identifying etiology in patients with poor general condition.
Anahtar Kelime:

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık
  • 1. Miguel Montanes R, Elkrief L, Hajage D, et al. An outbreak of Pneumocytis jirovecii pneumonia among liver transplant recipients. Transpl Infect Dis. 2018;20(5): e12956. https://doi.org/10.1111/tid.12956
  • 2. Thomas CF, Limper AH. Pneumocystis pneumonia. N Engl J Med. 2004;350(24):2487-98. https://doi.org/10.1056/NEJMra032588
  • 3. Töz S, Gündüz C, Tetik A ve ark. Pneumocystis jirovecii pnömonisi tanısında mikroskopi ve gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu yöntemlerinin karşılaştırılması: Klinik bulgular ile yorumlanması. Tuberk Toraks. 2017;65(3):220-6. https://doi.org/10.5578/tt.58625
  • 4. Morris A, Norris KA. Colonization by Pneumocystis jirovecii and its role in disease. Clin Microbiol Rev. 2012;25(2):297-317. https://doi.org/10.1128/CMR.00013-12
  • 5. Ding CH, Yusoff H, Muttaqillah NAS, et al. The crucial role of molecular testing to facilitate the diagnosis of Pneumocystis pneumonia during pregnancy. Malays J Pathol. 2018;40(1):69-72.
  • 6. Tekinşen FF, Koç AN. Klinik örneklerde çeşitli yöntemlerle Pneumocystis jirovecii araştırılması. Mikrobiyol Bul. 2013;47(4):658-67. https://doi.org/10.5578/mb.5884
  • 7. Özmen A, Mıstık R, Alver O, Coşkun F, Ursavaş A, Uzaslan E. Bronkoalveoler lavaj (BAL) ve bronşiyal lavaj yapılan hastalardaki Pneumocystis jirovecii kolonizasyonu ve tanıda kullanılan yöntemlerin karşılaştırması. Tuberk Toraks. 2013;61(4):303-11. https://doi.org/10.5578/tt.2954
  • 8. Fan LC, Lu HW, Cheng KB, Li HP, Xu JF. Evaluation of PCR in bronchoalveolar lavage fluid for diagnosis of Pneumocystis jirovecii pneumonia: a bivariate metaanalysis and systematic review. PLoS One. 2013;8(9): e73099. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0073099
  • 9. Tosun I, Buruk K, Dede R, Kaklıkaya N. İmmün yetmezliği olan hastaların solunum yolu örneklerinde PCR, IFA ve Giemsa boyama yöntemleriyle Pneumocyctis jirovecii’nin araştırılmas. Mikrobiyol Bul. 2013;47(1): 195-7. https://doi.org/10.5578/mb.4292
  • 10. Cushion MT. Pneumocystis. In: Jorgensen JH, Pfaller MA, Carroll KC, Funke G, Landry ML, Richter SS, Warnock DW (Eds.) Manual of Clinical Microbiology. Washington DC: ASM Press, 2015:2015-29.
  • 11. Ma L, Cissé OH, Kovacs JA. A molecular window into the biology and epidemiology of Pneumocystis spp. Clin Microbiol Rev. 2018;31(3):e00009-18. https://doi.org/10.1128/CMR.00009-18
  • 12. Meyer KC, Raghu G, Baughman RP, et al. American Thoracic Society Committee on BAL in Interstitial Lung Disease. An official American Thoracic Society clinical practice guideline: the clinical utility of bronchoalveolar lavage cellular analysis in interstitial lung disease. Am J Respir Crit Care Med. 2012;185(9):1004-14. https://doi.org/ 10.1164/rccm.201202-0320ST
  • 13. Korkmaz M, Ok ÜZ. May Grünwald boyama yöntemi. Korkmaz M, Ok ÜZ (Eds). Parazitolojide Laboratuvar (kitabında). Türkiye Parazitoloji Derneği Yayın No:23, İzmir: META Basım, 2011;70.
  • 14. Gosey LL, Howard RM, Witebsky FG, et al. Advantages of a modified toluidine blue O stain and bronchoalveolar lavage for the diagnosis of Pneumocystis carinii pneumonia. J Clin Microbiol. 1985;22(5):803-7. https://doi.org/10.1128/JCM.22.5.803-807.1985
  • 15. BioRad. MONOFLUO Pneumocystis jirovecii IFA Test Kit 2020. [https://www.biorad.com] (Erişim tarihi: 23. Ekim.2020).
  • 16. Thermo Fisher Scientific. PureLink™ Genomic DNA Mini Kit 2020. [https://www.thermofisher.com] (Erişim tarihi: 23.10.2020)
  • 17. Arcenas RC, Uhl JR, Buckwalter SP, et al. A real-time polymerase chain reaction assay for detection of Pneumocystis from bronchoalveolar lavage fluid. Diagn Microbiol Infect Dis. 2006;54(3):169-75. https://doi.org/10.1016/j.diagmicrobio.2005.08.006
  • 18. Garcia LS. Respiratory Tract Cultures. In: Garcia LS (Ed.) Clinical Microbiology Procedures Handbook Washington DC: ASM Press, 2007:320-42.
  • 19. Garcia LS. Mycobacteriology and Antimycobacterial Susceptibility Testing. In: Garcia LS (Ed.) Clinical Microbiology Procedures Handbook Washington DC: ASM Press, 2007:1071-4.
  • 20. Garcia LS. Viruses and chlamydiae. In: Garcia LS (Ed.) Clinical Microbiology Procedures Handbook Washington DC: ASM Press, 2007:1631-73.
  • 21. Ullmann AJ, Aguado JM, Arıkan-Akdağlı S et al. Diagnosis and management of Aspergillus diseases: executive summary of the 2017 ESCMID-ECMM-ERS guideline. Clin Microbiol Infect. 2018;24(Suppl 1): e1-38. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2018.01.002
  • 22. Boeckh M, Stevens-Ayers T, Travi G, et al. Cytomegalovirus (CMV) DNA quantitation in bronchoalveolar lavage fluid from hematopoietic stem cell transplant recipients with CMV pneumonia. J Infect Dis. 2017;215(10):1514-22. https://doi.org/10.1093/infdis/jix048
  • 23. Pulvirenti J, Herrera P, Venkataraman P, Ahmed N. Pneumocystis carinii pneumonia in HIV-infected patients in the HAART era. AIDS Patient Care STDS. 2003;17(6):261-5. https://doi.org/10.1089/108729103322108139
  • 24. Tasaka S. Recent Advances in the diagnosis and management of Pneumocystis pneumonia. Tuberc Respir Dis. 2020;83(2):132-40. https://doi.org/10.4046/trd.2020.0015
  • 25. Bateman M, Oladele R, Kolls JK. Diagnosing Pneumocystis jirovecii pneumonia: A review of current methods and novel approaches. Med Mycol. 2020;58(8):1015-28. https://doi.org/10.1093/mmy/myaa024
  • 26. Huang L, Hecht FM, Stansell JD, Montanti R, Hadley WK, Hopewell PC. Suspected Pneumocystis carinii pneumonia with a negative induced sputum examination. Is early bronchoscopy useful? Am J Respir Crit Care Med. 1995;151(6):1866-71. https://doi.org/10.1164/ajrccm.151.6.7767533
  • 27. Rohner P, Jacomo V, Studer R, Schrenzel J, Graf JD. Detection of Pneumocystis jirovecii by two staining methods and two quantitative PCR assays. Infection. 2009;37(3):261-5. https://doi.org/10.1007/s15010-008-8027-x
  • 28. Wakefield AE, Pixley FJ, Banerji S, et al. Detection of Pneumocystis carinii with DNA amplification. Lancet. 1990;336(8713):451-3. https://doi.org/10.1016/0140-6736(90)92008-6
  • 29. Durgut EG, Kustimur S, Aydin M, Kalkanci A, Al FD. Comparison of real-time PCR, indirect immunofluorescence antibody assay, and different staining techniques for the diagnosis of Pneumocystis. Ann Med Res. 2020;27(1):244-51. https://doi.org/10.5455/annalsmedres.2019.10.625
  • 30. Lamas LM, Rodríguez MTP, Alvarez IA, Soage MEB, Lamas MPF, Fernández MA. Role of Pneumocystis jirovecii in patients with different pulmonary underlying condition using a nested-PCR. Rev Esp Quimioter. 2018;31(4):336-43.
  • 31. Santos CR, Assis AM, Luz EA, et al. Detection of Pneumocystis jirovecii by nested PCR in HIV-negative patients with pulmonary disease. Rev Iberoam Micol. 2017;34(2):83-8. https://doi.org/10.1016/j.riam.2015.12.002
  • 32. Mori H, Ohno Y, Ito F, et al. Polymerase chain reaction positivity of Pneumocystis jirovecii during primary lung cancer treatment. Jpn J Clin Oncol. 2010;40(7):658- 62. https://doi.org/10.1093/jjco/hyq040
  • 33. Corpo O, Butler-Laporte G, Sheppard DC, Cheng MP, McDonald EG, Lee TC. Diagnostic accuracy of serum (1-3)-β-D-glucan for Pneumocystis jirovecii pneumonia: a systematic review and meta-analysis. Clin Microbiol Infect. 2020;26(9):1137-43. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2020.05.024
APA tüzemen n, Demirdöğen E, Dalyan Cilo B, Alver O, Kazak E, Ozkocaman V, Ener B (2021). HIV Negatif İmmunkompromize Hastaların Bronkoalveolar Lavaj Örneklerinde Pneumocystis jirovecii ve Diğer Etkenler. , 225 - 232. 10.5222/TMCD.2021.29494
Chicago tüzemen nazmiye ülkü,Demirdöğen Ezgi,Dalyan Cilo Burcu,Alver Oktay,Kazak Esra,Ozkocaman Vildan,Ener Beyza HIV Negatif İmmunkompromize Hastaların Bronkoalveolar Lavaj Örneklerinde Pneumocystis jirovecii ve Diğer Etkenler. (2021): 225 - 232. 10.5222/TMCD.2021.29494
MLA tüzemen nazmiye ülkü,Demirdöğen Ezgi,Dalyan Cilo Burcu,Alver Oktay,Kazak Esra,Ozkocaman Vildan,Ener Beyza HIV Negatif İmmunkompromize Hastaların Bronkoalveolar Lavaj Örneklerinde Pneumocystis jirovecii ve Diğer Etkenler. , 2021, ss.225 - 232. 10.5222/TMCD.2021.29494
AMA tüzemen n,Demirdöğen E,Dalyan Cilo B,Alver O,Kazak E,Ozkocaman V,Ener B HIV Negatif İmmunkompromize Hastaların Bronkoalveolar Lavaj Örneklerinde Pneumocystis jirovecii ve Diğer Etkenler. . 2021; 225 - 232. 10.5222/TMCD.2021.29494
Vancouver tüzemen n,Demirdöğen E,Dalyan Cilo B,Alver O,Kazak E,Ozkocaman V,Ener B HIV Negatif İmmunkompromize Hastaların Bronkoalveolar Lavaj Örneklerinde Pneumocystis jirovecii ve Diğer Etkenler. . 2021; 225 - 232. 10.5222/TMCD.2021.29494
IEEE tüzemen n,Demirdöğen E,Dalyan Cilo B,Alver O,Kazak E,Ozkocaman V,Ener B "HIV Negatif İmmunkompromize Hastaların Bronkoalveolar Lavaj Örneklerinde Pneumocystis jirovecii ve Diğer Etkenler." , ss.225 - 232, 2021. 10.5222/TMCD.2021.29494
ISNAD tüzemen, nazmiye ülkü vd. "HIV Negatif İmmunkompromize Hastaların Bronkoalveolar Lavaj Örneklerinde Pneumocystis jirovecii ve Diğer Etkenler". (2021), 225-232. https://doi.org/10.5222/TMCD.2021.29494
APA tüzemen n, Demirdöğen E, Dalyan Cilo B, Alver O, Kazak E, Ozkocaman V, Ener B (2021). HIV Negatif İmmunkompromize Hastaların Bronkoalveolar Lavaj Örneklerinde Pneumocystis jirovecii ve Diğer Etkenler. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi, 51(3), 225 - 232. 10.5222/TMCD.2021.29494
Chicago tüzemen nazmiye ülkü,Demirdöğen Ezgi,Dalyan Cilo Burcu,Alver Oktay,Kazak Esra,Ozkocaman Vildan,Ener Beyza HIV Negatif İmmunkompromize Hastaların Bronkoalveolar Lavaj Örneklerinde Pneumocystis jirovecii ve Diğer Etkenler. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi 51, no.3 (2021): 225 - 232. 10.5222/TMCD.2021.29494
MLA tüzemen nazmiye ülkü,Demirdöğen Ezgi,Dalyan Cilo Burcu,Alver Oktay,Kazak Esra,Ozkocaman Vildan,Ener Beyza HIV Negatif İmmunkompromize Hastaların Bronkoalveolar Lavaj Örneklerinde Pneumocystis jirovecii ve Diğer Etkenler. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi, vol.51, no.3, 2021, ss.225 - 232. 10.5222/TMCD.2021.29494
AMA tüzemen n,Demirdöğen E,Dalyan Cilo B,Alver O,Kazak E,Ozkocaman V,Ener B HIV Negatif İmmunkompromize Hastaların Bronkoalveolar Lavaj Örneklerinde Pneumocystis jirovecii ve Diğer Etkenler. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi. 2021; 51(3): 225 - 232. 10.5222/TMCD.2021.29494
Vancouver tüzemen n,Demirdöğen E,Dalyan Cilo B,Alver O,Kazak E,Ozkocaman V,Ener B HIV Negatif İmmunkompromize Hastaların Bronkoalveolar Lavaj Örneklerinde Pneumocystis jirovecii ve Diğer Etkenler. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi. 2021; 51(3): 225 - 232. 10.5222/TMCD.2021.29494
IEEE tüzemen n,Demirdöğen E,Dalyan Cilo B,Alver O,Kazak E,Ozkocaman V,Ener B "HIV Negatif İmmunkompromize Hastaların Bronkoalveolar Lavaj Örneklerinde Pneumocystis jirovecii ve Diğer Etkenler." Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi, 51, ss.225 - 232, 2021. 10.5222/TMCD.2021.29494
ISNAD tüzemen, nazmiye ülkü vd. "HIV Negatif İmmunkompromize Hastaların Bronkoalveolar Lavaj Örneklerinde Pneumocystis jirovecii ve Diğer Etkenler". Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi 51/3 (2021), 225-232. https://doi.org/10.5222/TMCD.2021.29494