Yıl: 2021 Cilt: 51 Sayı: 4 Sayfa Aralığı: 354 - 562 Metin Dili: Türkçe DOI: 10.5222/TMCD.2021.20981 İndeks Tarihi: 20-05-2022

Blastocystis sp., Cryptosporidium sp. ve Giardia intestinalis’in Multipleks Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile Tanısı: Optimizasyon Çalışması

Öz:
Amaç: Özellikle immun sistemi baskılanmış hastalar ve çocuklarda şiddetli gastrointestinal sistem yakınmalarına yol açabilen Blastocystis sp., Cryptosporidium sp. ve Giardia intestinalis’in tanısı için yerli hastalardan elde edilen izolatlarla yeni bir Multipleks Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) protokolünün geliştirilmesi amaçlanmıştır. Yöntem: Mikroskobik incelemesinde yoğun miktarlarda Blastocystis sp., Cryptosporidium sp. ve Giardia intestinalis saptanan farklı hastalara ait üç dışkı örneğinden ticari bir kit ile DNA izolasyonu yapılmıştır. Önce her bir protozoona karşı özel PZR protokolü geliştirilmiştir. Sonrasında bu üç protozoonun birlikte tanı konabildiği multipleks PZR protokolü optimize edilmiştir. Bulgular: DNA izolasyonu sonrası gerçekleştirilen multipleks PZR protokolünde Cryptosporidium sp., Blastocystis sp. ve G. intestinalis için sırasıyla 95 bp, 227 bp ve 258 bp’lik bantlar elde edilmiştir. Sonuç: Geliştirilen özgün protokolle Cryptosporidium sp., Blastocystis sp. ve G. intestinalis’in multipleks PZR ile tanısı gerçekleştirilmiştir. Parazitolojik incelemelerde farklı yöntemlerin kullanılmasındaki zorluklar nedeniyle, optimize edilen bu protokole halk sağlığı için önemli olan diğer protozoonların da eklenmesiyle, çok sayıda parazitin tek bir moleküler yöntemle saptanması mümkün hale gelebilecektir.
Anahtar Kelime:

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık
  • 1. Garcia LS, Bruckner DA. Diagnostic Medical Parasitology. In: Intestinal Protozoa Amebae. Third Edition American Society for Microbiology, Washington DC Press, 1997:25-30.
  • 2. Korpe PS, Ravdin JI, Petri WA. Introduction to Protozoal Diseases. In: Mandell, Douglas, and Bennett’s Principles and Practice of Infectious Diseases, Eds: Bennett, JE, Dolin R, Blaser MJ. Ninth Edition. Philadelphia, PA. Elsevier. 2020:3270-2.e1.
  • 3. Gürbüz CE, Gülmez A, Özkoç S, ve ark. Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi’nde 2011‐2018 yılları arasında saptanan bağırsak parazitlerinin dağılımı. Turkiye Parazitol Derg. 2020;44(2):83-7. https://doi.org/10.4274/tpd.galenos.2020.6662
  • 4. Çiçek AC, Direkel Ş, Ulusan Gündoğdu DZ, Ertürk A, Sarı A. Rize İlinde Üniversite ve Devlet Hastanelerine başvuran hastalarda görülen bağırsak parazitlerinin dağılımı. Int J Basic Clin Med. 2013;1(2):78-82.
  • 5. Taş Cengiz Z, Yılmaz H, Beyhan YE, Çiçek M. Geniş kapsamlı bir retrospektif çalışma: Van yöresinde insanlarda intestinal parazitler. Turkiye Parazitol Derg. 2019;43(2):70-3. https://doi.org/10.4274/tpd.galenos.2019.5997
  • 6. Polat E, Özdemir S, Sirekbasan S. İstanbul’da Bir Üniversite Hastanesine başvuran hastalarda bağırsak parazitlerinin dağılımı: Yedi yıllık retrospektif analiz. Turkiye Parazitol Derg. 2020;44(3):139-42. https://doi.org/10.4274/tpd.galenos.2020.6653
  • 7. Ogbera AO, Anaba E. Protozoa and endocrine dysfunction. 2021 Mar 14. In: Feingold KR, Anawalt B, Boyce A, et al. editors. Endotext [Internet]. South Dartmouth (MA): MDText.com, Inc.; 2000–.
  • 8. Sürmeli A, Tolunay T, Yasin Y, et al. Child health, parasites and lower socioeconomic status: Outcomes of a long-term screening, intervention and training study by health volunteers in rural Nepal. Acta Trop. 2020;202:105263. https://doi.org/10.1016/j.actatropica.2019.105263
  • 9. Ok ÜZ, Üner A, Korkmaz M. İmmun yetmezlikte önemi olan paraziter hastalıkları kitabında. Blastocystosis, Özcel MA ed. Türkiye Parazitoloji Derneği Yayını No: 12, Bornova, İzmir, 1995:43-9.
  • 10. Caner A, Zorbozan O, Tunalı V, et al. Intestinal protozoan parasitic infections in immunocompromised child patients with diarrhea. Jpn J Infect Dis. 2020;73(3):187- 92. https://doi.org/10.7883/yoken.JJID.2019.054
  • 11. Özyurt M, Kurt Ö, Yaman O, Ardıç N, Haznedaroğlu T. Bir eğitim hastanesi koproloji laboratuvarında geçen dört yıllık dönemde saptanan bağırsak parazitlerinin değerlendirilmesi. Turkiye Parazitol Derg. 2007;31(4):306-8.
  • 12. Limoncu ME, Ok ÜZ. Taze dışkı örneğinin toplanması, tespit edilmesi ve nakli. Parazitolojide Laboratuvar kitabında. (ed) Korkmaz M, Ok ÜZ. Meta basım, İzmir, 2011:9-16.
  • 13. Kilimcioğlu AA, Ok ÜZ. Makroskobik inceleme ve taze dışkı incelemeleri. Parazitolojide Laboratuvar kitabında. (ed) Korkmaz M, Ok ÜZ. Meta basım, İzmir, 2011:17- 22.
  • 14. Girginkardeşler N, Ok ÜZ. Kalıcı boyalı yaymalar. Parazitolojide Laboratuvar kitabında. (ed) Korkmaz M, Ok ÜZ. Meta basım, İzmir, 2011:29-36.
  • 15. Stark D, Beebe N, Marriott D, Ellis J, Harkness J. Evaluation of three diagnostic methods, including realtime PCR, for detection of Dientamoeba fragilis in stool specimens. J Clin Microbiol. 2006;44(1):232-5. https://doi.org/10.1128/JCM.44.1.232-235.2006
  • 16. Emisiko J, Shaviya N, Shiluli C, et al. Comparison of microscopy and PCR for detection of Giardia lamblia and Entamoeba histolytica in human stool specimens in a resource limited setting in Western Kenya. Ethiop J Health Sci. 2020;30(6):891-6. https://doi.org/10.4314/ejhs.v30i6.6
  • 17. Li W, Zhang N, Gong P, et al. A novel multiplex PCR coupled with Luminex assay for the simultaneous detection of Cryptosporidium spp., Cryptosporidium parvum and Giardia duodenalis. Vet Parasitol. 2010;11;173(1-2):11-8. https://doi.org/10.1016/j.vetpar.2010.05.024
  • 18. Bişkin Z, Yıldırım A, İnci A, Düzlü Ö. Parazitolojide teşhis amaçlı kullanılan moleküler biyolojik teknikler. Erciyes Üniv Vet Fak Derg. 2011;8(1):43-51.
  • 19. Tilmanne A, Martiny D, Quach C, et al. Enteropathogens in paediatric gastroenteritis: comparison of routine diagnostic and molecular methods. Clin Microbiol Infect. 2019;25(12):1519-24. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.07.021
  • 20. Paulos S, Saugar JM, de Lucio A, Fuentes I, Mateo M, Carmena D. Comparative performance evaluation of four commercial multiplex real-time PCR assays for the detection of the diarrhoea-causing protozoa Cryptosporidium hominis/parvum, Giardia duodenalis and Entamoeba histolytica. PLoS One. 2019;14(4):e0215068. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0215068
  • 21. Usluca S, Eken Berberoğlu AE, Çelebi B, Kılıç S. Cryptosporidium spp.’nin realtime PCR yöntemi ile saptanması için metot verifikasyon çalışması. Turk Mikrobiyoloji Cemiy Derg. 2019;49(3):162-8. https://doi.org/10.5222/TMCD.2019.162
  • 22. Autier B, Gangneux JP, Robert-Gangneux F. Evaluation of the Allplex™ GI-Helminth(I) Assay, the first marketed multiplex PCR for helminth diagnosis. Parasite. 2021;28:33. https://doi.org/10.1051/parasite/2021034
  • 23. Coklin T, Farber JM, Parrington LJ, Bin Kingombe CI, Ross WH, Dixon BR. Immunomagnetic separation significantly improves the sensitivity of polymerase chain reaction in detecting Giardia duodenalis and Cryptosporidium spp. in dairy cattle. J Vet Diagn Invest. 2011;23(2):260-7. https://doi.org/10.1177/104063871102300210
  • 24. Görgün S. Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi’nde (Manisa) giardiasis tanısı konulan olgularda Giardia intestinalis genotiplerinin gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi ile araştırılması. [Yüksek lisans uzmanlık tezi]. Celal Bayar Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, Manisa 2011.
  • 25. Balcıoğlu C, Kurt O, Sevil N, ve ark. Genotyping of Giardia lamblia in a cohort of Turkish patients: A search for a relationship between symptoms and genotypes. Kafkas Univ Vet Fak Derg. 2012;18(SupplA):125-31. https://doi.org/10.9775/kvfd.2012.5968
  • 26. Menounos PG, Spanakos G, Tegos N, Vassalos CM, Papadopoulou C, Vakalis NC. Direct detection of Blastocystis sp. in human faecal samples and subtype assignment using single strand conformational polymorphism and sequencing. Mol Cell Probes. 2008;22(1):24-9. https://doi.org/10.1016/j.mcp.2007.06.007
  • 27. Autier B, Gangneux JP, Robert-Gangneux F. Evaluation of the AllplexTM gastrointestinal panel-parasite assay for protozoa detection in stool samples: A retrospective and prospective study. Microorganisms. 2020;8(4): 569. https://doi.org/10.3390/microorganisms8040569
  • 28. Morgan UM, Pallant L, Dwyer BW, et al. Comparison of PCR and microscopy for detection of Cryptosporidium parvum in human fecal specimens: Clinical Trial. J Clin Microbiol. 1998;36(4):995-8. https://doi.org/10.1128/JCM.36.4.995-998.1998
  • 29. Roberts T, Barratt J, Harkness J, Ellis J, Stark D. Comparison of microscopy, culture, and conventional polymerase chain reaction for detection of Blastocystis sp. in clinical stool samples. Am J Trop Med Hyg. 2011;84(2): 308-12. https://doi.org/10.4269/ajtmh.2011.10-0447
  • 30. Roser D, Simonsen J, Nielsen HV, Stensvold CR, Molbak K. Dientamoeba fragilis in Denmark: epidemiological experience derived from four years of routine realtime PCR. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2013;32(10):1303-10. https://doi.org/10.1007/s10096-013-1880-2
  • 31. Stark D, Al-Qassab SE, Barratt JL, et al. Evaluation of multiplex tandem real-time PCR for detection of Cryptosporidium spp., Dientamoeba fragilis, Entamoeba histolytica, and Giardia intestinalis in clinical stool samples. J Clin Microbiol. 2011;49(1):257-62. https://doi.org/10.1128/JCM.01796-10
  • 32. Nazeer JT, El Sayed Khalifa K, von Thien H, et al. Use of multiplex real-time PCR for detection of common diarrhea causing protozoan parasites in Egypt. Parasitol Res. 2013;112(2):595-601. https://doi.org/10.1007/s00436-012-3171-8
  • 33. Zhang H, Morrison S, Tang YW. Multiplex polymerase chain reaction tests for detection of pathogens associated with gastroenteritis. Clin Lab Med. 2015;35(2): 461-86. https://doi.org/10.1016/j.cll.2015.02.006
  • 34. Jerez Puebla LE, Núñez-Fernández FA, Fraga Nodarse J, et al. Diagnosis of intestinal protozoan infections in patients in Cuba by microscopy and molecular methods: advantages and disadvantages. J Microbiol Methods. 2020;179:106102. https://doi.org/10.1016/j.mimet.2020.106102
APA KİLİMCİOĞLU A, Girginkardesler N, Oyur T, Bölük Sabuncu S, Azak D, Görgün S, Akyar I, Kurt Ö, KOCAGOZ T, Ozbilgin A (2021). Blastocystis sp., Cryptosporidium sp. ve Giardia intestinalis’in Multipleks Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile Tanısı: Optimizasyon Çalışması. , 354 - 562. 10.5222/TMCD.2021.20981
Chicago KİLİMCİOĞLU ALİ AHMET,Girginkardesler Nogay,Oyur Tuba,Bölük Sabuncu Selin,Azak Didem,Görgün Serhan,Akyar Isin,Kurt Özgür,KOCAGOZ TANIL,Ozbilgin Ahmet Blastocystis sp., Cryptosporidium sp. ve Giardia intestinalis’in Multipleks Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile Tanısı: Optimizasyon Çalışması. (2021): 354 - 562. 10.5222/TMCD.2021.20981
MLA KİLİMCİOĞLU ALİ AHMET,Girginkardesler Nogay,Oyur Tuba,Bölük Sabuncu Selin,Azak Didem,Görgün Serhan,Akyar Isin,Kurt Özgür,KOCAGOZ TANIL,Ozbilgin Ahmet Blastocystis sp., Cryptosporidium sp. ve Giardia intestinalis’in Multipleks Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile Tanısı: Optimizasyon Çalışması. , 2021, ss.354 - 562. 10.5222/TMCD.2021.20981
AMA KİLİMCİOĞLU A,Girginkardesler N,Oyur T,Bölük Sabuncu S,Azak D,Görgün S,Akyar I,Kurt Ö,KOCAGOZ T,Ozbilgin A Blastocystis sp., Cryptosporidium sp. ve Giardia intestinalis’in Multipleks Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile Tanısı: Optimizasyon Çalışması. . 2021; 354 - 562. 10.5222/TMCD.2021.20981
Vancouver KİLİMCİOĞLU A,Girginkardesler N,Oyur T,Bölük Sabuncu S,Azak D,Görgün S,Akyar I,Kurt Ö,KOCAGOZ T,Ozbilgin A Blastocystis sp., Cryptosporidium sp. ve Giardia intestinalis’in Multipleks Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile Tanısı: Optimizasyon Çalışması. . 2021; 354 - 562. 10.5222/TMCD.2021.20981
IEEE KİLİMCİOĞLU A,Girginkardesler N,Oyur T,Bölük Sabuncu S,Azak D,Görgün S,Akyar I,Kurt Ö,KOCAGOZ T,Ozbilgin A "Blastocystis sp., Cryptosporidium sp. ve Giardia intestinalis’in Multipleks Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile Tanısı: Optimizasyon Çalışması." , ss.354 - 562, 2021. 10.5222/TMCD.2021.20981
ISNAD KİLİMCİOĞLU, ALİ AHMET vd. "Blastocystis sp., Cryptosporidium sp. ve Giardia intestinalis’in Multipleks Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile Tanısı: Optimizasyon Çalışması". (2021), 354-562. https://doi.org/10.5222/TMCD.2021.20981
APA KİLİMCİOĞLU A, Girginkardesler N, Oyur T, Bölük Sabuncu S, Azak D, Görgün S, Akyar I, Kurt Ö, KOCAGOZ T, Ozbilgin A (2021). Blastocystis sp., Cryptosporidium sp. ve Giardia intestinalis’in Multipleks Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile Tanısı: Optimizasyon Çalışması. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi, 51(4), 354 - 562. 10.5222/TMCD.2021.20981
Chicago KİLİMCİOĞLU ALİ AHMET,Girginkardesler Nogay,Oyur Tuba,Bölük Sabuncu Selin,Azak Didem,Görgün Serhan,Akyar Isin,Kurt Özgür,KOCAGOZ TANIL,Ozbilgin Ahmet Blastocystis sp., Cryptosporidium sp. ve Giardia intestinalis’in Multipleks Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile Tanısı: Optimizasyon Çalışması. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi 51, no.4 (2021): 354 - 562. 10.5222/TMCD.2021.20981
MLA KİLİMCİOĞLU ALİ AHMET,Girginkardesler Nogay,Oyur Tuba,Bölük Sabuncu Selin,Azak Didem,Görgün Serhan,Akyar Isin,Kurt Özgür,KOCAGOZ TANIL,Ozbilgin Ahmet Blastocystis sp., Cryptosporidium sp. ve Giardia intestinalis’in Multipleks Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile Tanısı: Optimizasyon Çalışması. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi, vol.51, no.4, 2021, ss.354 - 562. 10.5222/TMCD.2021.20981
AMA KİLİMCİOĞLU A,Girginkardesler N,Oyur T,Bölük Sabuncu S,Azak D,Görgün S,Akyar I,Kurt Ö,KOCAGOZ T,Ozbilgin A Blastocystis sp., Cryptosporidium sp. ve Giardia intestinalis’in Multipleks Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile Tanısı: Optimizasyon Çalışması. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi. 2021; 51(4): 354 - 562. 10.5222/TMCD.2021.20981
Vancouver KİLİMCİOĞLU A,Girginkardesler N,Oyur T,Bölük Sabuncu S,Azak D,Görgün S,Akyar I,Kurt Ö,KOCAGOZ T,Ozbilgin A Blastocystis sp., Cryptosporidium sp. ve Giardia intestinalis’in Multipleks Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile Tanısı: Optimizasyon Çalışması. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi. 2021; 51(4): 354 - 562. 10.5222/TMCD.2021.20981
IEEE KİLİMCİOĞLU A,Girginkardesler N,Oyur T,Bölük Sabuncu S,Azak D,Görgün S,Akyar I,Kurt Ö,KOCAGOZ T,Ozbilgin A "Blastocystis sp., Cryptosporidium sp. ve Giardia intestinalis’in Multipleks Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile Tanısı: Optimizasyon Çalışması." Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi, 51, ss.354 - 562, 2021. 10.5222/TMCD.2021.20981
ISNAD KİLİMCİOĞLU, ALİ AHMET vd. "Blastocystis sp., Cryptosporidium sp. ve Giardia intestinalis’in Multipleks Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile Tanısı: Optimizasyon Çalışması". Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi 51/4 (2021), 354-562. https://doi.org/10.5222/TMCD.2021.20981