Yoğun bakım ünitesinde yatan hastaların idrarlarından izole edilen candida türlerinin moleküler epidemiyolojisi ve antifungal duyarlılıkları

FINDIK, Duygu; Arslan, Ugur; YÜKSEKKAYA, Şerife

Yoğun bakım ünitesinde yatan hastaların idrarlarından izole edilen candida türlerinin moleküler epidemiyolojisi ve antifungal duyarlılıkları

Şerife YÜKSEKKAYA, (Selçuk Üniversitesi, Meram Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Konya, Türkiye)

Duygu FINDIK, (Selçuk Üniversitesi, Meram Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Konya, Türkiye)

Uğur ARSLAN (Selçuk Üniversitesi, Meram Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Konya, Türkiye)

Mikrobiyoloji Bülteni

4 0

Yıl: 2011 Cilt: 45 Sayı: 1 Sayfa Aralığı: 137 - 149 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Yoğun bakım ünitesinde yatan hastaların idrarlarından izole edilen candida türlerinin moleküler epidemiyolojisi ve antifungal duyarlılıkları

Öz:

Bu çalışmada, yoğun bakım ünitesinde yatan hastaların idrar kültürlerinden izole edilen Candida (Candida albicans, Candida glabrata, Candida tropicalis) suşlarının moleküler epidemiyolojik analizinin yapılması ve amfoterisin B ve flukonazole karşı antifungal duyarlılıklarının saptanması amaçlanmıştır. İzolatların tanımlanması germ tüp testi, mısır unlu agar besiyerindeki mikroskopik morfoloji (klamidospor, blastospor, artrospor, yalancı hif ve gerçek hif) ve karbonhidrat asimilasyon testleri (API ID 32C bioMérieux, Fransa) kullanılarak yapılmıştır. Suşların amfoterisin B ve flukonazole karşı antifungal duyarlılığı, “Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI)” kriterlerine göre mikrodilüsyon yöntemi ile araştırılmıştır. Suşlar arasındaki klonal ilişkiyi araştırmak için Cnd3 primeri kullanılarak RAPD (Randomly Amplified Polymorphic DNA) analizi uygulanmıştır. Amfoterisin B için 56 Candida suşunun mikrodilüsyon yöntemi ile minimum inhibitör konsantrasyonu (MİK) aralıkları, MİK50 ve MİK90 değerleri sırasıyla, C.albicans için 0.125-1 μg/ml, 0.125 ve 0.5 μg/ml, C.tropicalis’te 0.125-1 μg/ml, 0.25 ve 1 μg/ml, C.glabrata’da 0.125- 1 μg/ml, 0.25 ve1 μg/ml olarak bulunmuştur. Flukonazol için MİK aralıkları, MİK50 ve MİK90 değerleri sırasıyla; C.albicans’ta 0.25-4 μg/ml, 0.25 ve 0.5 μg/ml, C.tropicalis’te 0.25-16 μg/ml, 0.5 ve 1 μg/ml, C.glabrata’da 0.5-64 μg/ml, 8 ve 16 μg/ml olarak saptanmıştır. İzolatların hiçbiri amfoterisin B için yüksek (MİK > 1 μg/ml) MİK değerine sahip bulunmamıştır. Bir C.glabrata izolatı flukonazole dirençli (MİK ≥ 64 μg/ml) iken bir C.tropicalis ve iki C.glabrata izolatı flukonazole doza bağımlı duyarlı (MİK: 16-32 μg/ml) bulunmuştur. RAPD analizi sonuçları C.albicans için iki klondan, C.glabrata ve C.tropicalis için ise tek bir klondan ekzojen yayılım olduğunu göstermiştir. Sonuç olarak, yoğun bakım ünitelerinde yatan hastalardan alınan klinik örnekler ile çevresel örneklerin birlikte epidemiyolojik analizinin yapılarak ekzojen odağın tespit edilmesinin, hastane enfeksiyonlarını ve hastalarda morbidite ve mortalite oranlarını azaltması açısından önemli olduğu düşünülmüştür.

Anahtar Kelime:

Konular: Mantar Bilimi Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji Enfeksiyon Hastalıkları Tıbbi Laboratuar Teknolojisi

Molecular epidemiology and antifungal susceptibility of candida species isolated from urine samples of patients in intensive care unit

Öz:

The aims of this study were to analyse the amphotericin B and fluconazole susceptibility and molecular epidemiology of Candida strains (Candida albicans, Candida tropicalis and Candida glabrata) isolated from the urine samples of patients hospitalized in the intensive care unit. Identification of the isolates was done according to microscopic morphology (chlamydospor, blastospor, pseudohyphae and true hyphae) on cornmeal agar, germ tube formation and carbohydrate assimilation patterns (API ID 32C bioMérieux, France). Antifungal susceptibilities of the isolates were determined by in vitro broth microdilution method recommended by Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). To investigate the clonal relationship of the isolates, randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis was performed by using Cnd3 primer. Of the 56 Candida isolates minimum inhibitory concentration (MIC) ranges, MIC50 and MIC90 values for amphotericin B were 0.125-1 μg/ml, 0.125 and 0.5 μg/ml for C.albicans, 0.125-1 μg/ml, 0.25 and 1 μg/ml for C.tropicalis and 0.125-1 μg/ml, 0.25 and 1 μg/ml for C.glabrata, respectively. Fluconazole MIC ranges, MIC50 and MIC90 values were 0.25-4 μg/ml, 0.25 and 0.5 μg/ml for C.albicans, 0.25-16 μg/ml, 0.5 and 1 μg/ml for C.tropicalis and 0.5-64 μg/ml, 8 and 16 μg/ml for C.glabrata, respectively. For amphotericin B, none of the isolates had high MIC values (MIC > 1 μg/ml). While one of the C.glabrata isolates was resistant to fluconazole (MIC ≥ 64 μg/ml), one C.tropicalis and two C.glabrata isolates were dose-dependent susceptible (MIC: 16-32 μg/ml). The results of RAPD analysis indicated an exogenous spread from two clones for C.albicans, one clone for C.glabrata and one clone for C.tropicalis. This study underlines the importance of molecular epidemiological analysis of clinical samples together with hospital environmental samples in terms of Candida spp. to determine the exogenous origin for the related strains and to prevent nosocomial Candida infections.

Anahtar Kelime:

Konular: Mantar Bilimi Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji Enfeksiyon Hastalıkları Tıbbi Laboratuar Teknolojisi

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Bibliyografik

1. Tümbay E. Candida türleri, s: 1081-6. Ustaçelebi Ş (ed), Temel ve Klinik Mikrobiyoloji. 1999. Güneş Kitabevi, Ankara.
2. Ener S, Ener B, Akalın H. Uzun süren operasyonlardan sonra yoğun bakım ünitelerinde yatan hastalarda gelişen invaziv kandida enfeksiyonları. Ege Tıp Derg 2001; 40(3): 185-9.
3. Passos XS, Sales WS, Maciel PJ, et al. Candida colonization in intensive care unit patients' urine. Mem Inst Oswaldo Cruz 2005; 100(8): 925-8.
4. Köksal İ. Nozokomiyal üriner sistem enfeksiyonlarının tedavisi. Klimik Dergisi 2000; 13(Özel Sayı 1): 21-2.
5 Akalın H. Kandidemilerde risk faktörleri ve risk değerlendirmesi. ANKEM 2008; 22(Ek 2): 270-4.
6. Öztürk R. Hastane enfeksiyonları kontrolünde moleküler mikrobiyoloji metotlarının önemi. IV. Uygulamalı Moleküler Mikrobiyoloji Kursu, 3-7 Eylül 2007, Malatya. Kurs Kitabı, s: 64-75.
7. National Committee for Clinical Laboratory Standards. Reference method for broth dilution antifungal susceptibility testing of yeasts. Approved Standard. Document M27-A2. 2002, 2nd ed. NCCLS/CLSI, Wayne, Pennsylvania.
8. Otlu B, Durmaz R. Farklı bakteri ve mantar türlerinin alt tiplendirmesi için ortak bir ‘’Arbitrarily Primed‘’ polimeraz zincirleme reaksiyonu protokolü. IV. Uygulamalı Moleküler Mikrobiyoloji Kursu, 3-7 Eylül 2007, Malatya. Kurs Kitabı, s: 208-13.
9. Ergon MC, Gülay Z. Molecular epidemiology of Candida species isolated from urine at an intensive care unit. Mycoses 2005; 48(2): 126-31.
10. Lundstrom T, Sobel J. Nosocomial candiduria: a review. Clin Infect Dis 2001; 32(11):1602-7.
11. Morera Y, Torres-Rodriguez JM, Catalan I, et al; Grup de Recerca en Micologia Experimental i Clínica (GREMEC). Candiduria in patients with urethral catheter admitted in intensive care unit. Etiology and in vitro susceptibility to fluconazole. Med Clin (Barc) 2002; 118(15): 580-2.
12. Alvarez-Lernma F, Nolla-Salas J, Leon C, et al; EPCAN Study Group. Candiduria in critically ill patients admitted to intensive care medical units. Intensive Care Med 2003; 29(7): 1069-76.
13. Usluer G. Antifungal İlaçlar, s: 147-57. Ulusoy S (ed), Önemli ve Sorunlu Fungal Enfeksiyonlar. 2006. Bilimsel Tıp Yayınevi, Ankara.
14. Arıkan S. Candida enfeksiyonlarının tedavisinde duyarlılık testlerinin önemi. Candida Mikrobiyolojisi ve Enfeksiyonları Sempozyumu, 21-22 Haziran 2002, Eskişehir. Sempozyum Kitabı, s: 161-7.
15. Febre N, Silva V, Medeiros EA, Wey SB, Colombo AL, Fischman O. Microbiological characteristics of yeasts isolated from urinary tracts of intensive care unit patients undergoing urinary catheterization. J Clin Microbiol 1999; 37(5): 1584-6.
16. Baran J Jr, Klauber E, Barczak J, Riederer K, Khatib R. Trends in antifungal susceptibility among Candida sp. urinary isolates from 1994 and 1998. J Clin Microbiol 2000; 38(2): 870-1.
17. Gulay Z, Ergon C, Ozkutuk A, Yucesoy M, Bicmen M. Molecular epidemiologic surveillance and antifungal agent sensitivity of Candida albicans isolated from anesthesia intensive care units. Mikrobiyol Bul 2002; 36(3-4): 309-16.
18. İnci R. Antifungal ilaçlar, s: 1155-8. Ustaçelebi Ş (ed), Temel ve Klinik Mikrobiyoloji. 1999. Güneş Kitabevi, Ankara.
19. Schwab U, Chernomas F, Larcom L, Weems J. Molecular typing and fluconazole susceptibility of urinary Candida glabrata isolates from hospitalized patients. Diagn Microbiol Infect Dis 1997; 29(1): 11-7.
20. Marol S, Yucesoy M. Molecular epidemiology of Candida species isolated from clinical specimens of intensive care unit. Mycoses 2008; 51(1): 40-9.
21. Yagci A. Restriction fragment length polymorfism ve polimeraz zincir reaksiyon bazlı tipleme yöntemleri, s:149-60. Durmaz R (ed), Uygulamalı Moleküler Mikrobiyoloji. 2001. Nobel Tıp Kitabevleri, Ankara.
22. Saniç A. Mantarlar: Genel mikrobiyolojik özellikler ve sınıflandırma, s: 9-20. Ulusoy S (ed), Önemli ve Sorunlu Fungal Enfeksiyonlar. 2006. Bilimsel Tıp Yayınevi, Ankara.
23. Han SH, Huh HJ, Lee MA, Chung WS. Molecular epidemiologic study using randomly amplified polymorphic DNA and risk factor analysis for an outbreak of Candida tropicalis urinary tract infection. Korean J Clin Pathol 2002; 22(1): 15-20.

APA	YÜKSEKKAYA Ş, FINDIK D, Arslan U (2011). Yoğun bakım ünitesinde yatan hastaların idrarlarından izole edilen candida türlerinin moleküler epidemiyolojisi ve antifungal duyarlılıkları. , 137 - 149.
Chicago	YÜKSEKKAYA Şerife,FINDIK Duygu,Arslan Ugur Yoğun bakım ünitesinde yatan hastaların idrarlarından izole edilen candida türlerinin moleküler epidemiyolojisi ve antifungal duyarlılıkları. (2011): 137 - 149.
MLA	YÜKSEKKAYA Şerife,FINDIK Duygu,Arslan Ugur Yoğun bakım ünitesinde yatan hastaların idrarlarından izole edilen candida türlerinin moleküler epidemiyolojisi ve antifungal duyarlılıkları. , 2011, ss.137 - 149.
AMA	YÜKSEKKAYA Ş,FINDIK D,Arslan U Yoğun bakım ünitesinde yatan hastaların idrarlarından izole edilen candida türlerinin moleküler epidemiyolojisi ve antifungal duyarlılıkları. . 2011; 137 - 149.
Vancouver	YÜKSEKKAYA Ş,FINDIK D,Arslan U Yoğun bakım ünitesinde yatan hastaların idrarlarından izole edilen candida türlerinin moleküler epidemiyolojisi ve antifungal duyarlılıkları. . 2011; 137 - 149.
IEEE	YÜKSEKKAYA Ş,FINDIK D,Arslan U "Yoğun bakım ünitesinde yatan hastaların idrarlarından izole edilen candida türlerinin moleküler epidemiyolojisi ve antifungal duyarlılıkları." , ss.137 - 149, 2011.
ISNAD	YÜKSEKKAYA, Şerife vd. "Yoğun bakım ünitesinde yatan hastaların idrarlarından izole edilen candida türlerinin moleküler epidemiyolojisi ve antifungal duyarlılıkları". (2011), 137-149.

APA	YÜKSEKKAYA Ş, FINDIK D, Arslan U (2011). Yoğun bakım ünitesinde yatan hastaların idrarlarından izole edilen candida türlerinin moleküler epidemiyolojisi ve antifungal duyarlılıkları. Mikrobiyoloji Bülteni, 45(1), 137 - 149.
Chicago	YÜKSEKKAYA Şerife,FINDIK Duygu,Arslan Ugur Yoğun bakım ünitesinde yatan hastaların idrarlarından izole edilen candida türlerinin moleküler epidemiyolojisi ve antifungal duyarlılıkları. Mikrobiyoloji Bülteni 45, no.1 (2011): 137 - 149.
MLA	YÜKSEKKAYA Şerife,FINDIK Duygu,Arslan Ugur Yoğun bakım ünitesinde yatan hastaların idrarlarından izole edilen candida türlerinin moleküler epidemiyolojisi ve antifungal duyarlılıkları. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.45, no.1, 2011, ss.137 - 149.
AMA	YÜKSEKKAYA Ş,FINDIK D,Arslan U Yoğun bakım ünitesinde yatan hastaların idrarlarından izole edilen candida türlerinin moleküler epidemiyolojisi ve antifungal duyarlılıkları. Mikrobiyoloji Bülteni. 2011; 45(1): 137 - 149.
Vancouver	YÜKSEKKAYA Ş,FINDIK D,Arslan U Yoğun bakım ünitesinde yatan hastaların idrarlarından izole edilen candida türlerinin moleküler epidemiyolojisi ve antifungal duyarlılıkları. Mikrobiyoloji Bülteni. 2011; 45(1): 137 - 149.
IEEE	YÜKSEKKAYA Ş,FINDIK D,Arslan U "Yoğun bakım ünitesinde yatan hastaların idrarlarından izole edilen candida türlerinin moleküler epidemiyolojisi ve antifungal duyarlılıkları." Mikrobiyoloji Bülteni, 45, ss.137 - 149, 2011.
ISNAD	YÜKSEKKAYA, Şerife vd. "Yoğun bakım ünitesinde yatan hastaların idrarlarından izole edilen candida türlerinin moleküler epidemiyolojisi ve antifungal duyarlılıkları". Mikrobiyoloji Bülteni 45/1 (2011), 137-149.