Tüberküloz tanısında polimeraz zincir reaksiyonu yönteminin konvansiyonel yöntemlerle karşılaştırılması
Yıl: 2002 Cilt: 19 Sayı: 1 Sayfa Aralığı: 8 - 14 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022
Tüberküloz tanısında polimeraz zincir reaksiyonu yönteminin konvansiyonel yöntemlerle karşılaştırılması
Öz: Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR), kültüre göre daha kısa sürede cevap vermesi nedeniyle Mycobacterhım taberculosis'in tanısında kullanıldı. Polimeraz zincir reaksiyonunda kullanılan primerler bu bakteriye özgül olan Insertion Sequence 6110 (1S6110)'a ait olup 123 baz çifti uzunluğunda bir bölgenin çoğaltılmasında kullanıldılar.31 balgam, 20 idrar, 5 parasentez, 4 torasentez, 3 periton mayi ve l bronkiyal lavaj olmak üzere 64 örnek çalışıldı. Balgam örneklerinin dekontaminasyonu N-asetil-L-sistein-NaOH. diğer örneklerin dekontaminasyonu ise NaOH-Sodyum sitrat yöntemiyle yapıldı. Kaynatma yöntemiyle elde edilen DNA, polimeraz zincir reaksiyonunda kullanıldı. 33 örnek PCR pozitif, 31 örnek PCR negatif olarak bulundu. ARB (aside-alkole rezistan basil) pozil.il' örneklerin sayısı 30, ARB negatif örneklerin sayısı ise 30'clu. Kültür sonuçlarına göre 17 örnek kültür pozitif, 31 örnek ise kültür negatifti. Polimeraz zincir reaksiyonunun du-yarlılığı %94, özgüllüğü ise %79 olarak hesaplandı. Standart sus M. tuberculosis H37Rq'daıı elde edilen DNA ile yürütülen PCR'ın Escherichia colive Slaphylococcus aureus DNA'larmın varlığında (lug'dan az) bile normal olarak çalıştığı görüldüğü.Standart suş DNA'sının farklı konsantrasyonlarının PCR ile çoğaltılmasıyla elde edilen sonuçlara göre içinde yaklaşık olarak 8 M. tuberculosis genomuna eşdeğer miktarlarda DNA bulunduran biyolojik materyallerde basilin varlığının gösterilmesinin mümkün olduğu bulundu. Sonuç olarak. PCR'ın tüberküloz tanısında kullanılabilecek hızlı, duyarlı ve özgül bir yöntem olduğu gösterildi.
Anahtar Kelime: Konular:
Comparison of the myobacterium tuberculosis with the conventional methods
Öz: Comparison of The Myobacterium Tuberculosis with The Conventional Methods Polymerase chain reaction (PCR), due to its faster response than culture was used for the diagnosis of Mycobacterium tuberculosis. Amplification reactions were performed using primers that amplify a 123 bp fragment of Insertion Sequence 6110 (IS6110) specific to M. tuberculosis. A total of 64 samples were tested by PCR. The type (number) of specimens tested as fallows: sputum (31), urine (20), perisentez (5), torosentez (4), peritoneal fluid (3) and broncial washing (1). Sputum samples were decontaminated by N-acetyl-L-cystelne-NaOH, other samples were decontaminated by NaOH-Na citrate method. The DNA used in PCR was obtained by boiling. 33 samples were found positive with PCR arid 30 samples were negative with PCR. 30 samples were smear positive and 30 samples were smear negative. 17 samples were culture positive and 30 samples were culture negative. The sensitivity and specificity were 94% and 79%, respectively. Polymerase chain reaction run with the DNA isolated from standart M. tuberculosis strainH37Rq was working normally in the presence of DNAs (less than 1 ug) of Escherichia coli and Siaphylococcus aureus. The detection limit for PCR was determined by making serial dilituons of DNA from the standart M. tuberculosis H37Rq strain. The detection limit of M. tuberculosis H37Rq strain was found to be as low as ~8 M. tuberculosis genome eqivalents of DNA in biological samples.
Anahtar Kelime: Konular:
Belge Türü: Makale Makale Türü: Diğer Erişim Türü: Erişime Açık
- 1. Currier BL, Eismont FJ. Infectiones of the Spine. The spine. Third Ed., Philadelphia: WB Saunders Co, 1992; 1319-1380. 2. Narain JP, Raviglione MC, Kochi A. HIV-associated tuberculosis in developing countries: epidemiology and strategies for prevention. Tubercle 1992: 73: 311-321. 3. Raviglione MC, Snider DE, Kochi A. Global epidemiology of tuberculosis: Morbidity and mortality of a worldwide epidemic. JAMA 1995; 273: 220-226, 4. Tala E, Kochi A. Elemination of tuberculosis from Europe and the world. Eur Respir Journal 1991: 4: 1159-1160. 5. Mendez PA, Raviglione MC, Laszlo A, et al. Global surveillance for antituberculosis-drug resistance 1994-1997. NEJM 998; 338: 1641-1649. 6. Sechi L. Detection of Mycobacteriwn tuberculosis by PCR analysis from urine and other clinical samples from AIDS and non-HIV infected patients. Molecular and Cellular Probes 1997; 11: 281-285. 7. Eisenach KD, Cave MD, Bates JH, et al. Polymerase chain reaction amplification of a repetitive DNA sequence specific for Mycobacterium tuberculosis. Journal of Infectious Diseases 1990; 161: 977-981. 8. Afghani B, S tutman HR. Diagnosis of tuberculosis: Can the polymerase chain reaction replace acid-fast bacilli smear and culture? J Inf Dis 1995; 172: 903-904. 9. Abe C, Hirano K, Wad a M. Detection of Mycobacteriwn tuberculosis in clinical specimens by polymerase chain reaction and gen-probe amplified Mycobacterium tuberculosis direct test. J Clin Microbiol 1993; 31: 3270-3274.
- 10. Bales JH. Diagnosis of tuberculosis. Chest 1979; 76: 757-763. 11. Daniel TM. The rapid diagnosis of tuberculosis: A selective review. J Lab Clin Med 1990; 116: 277-282. 12. Kim TC, Blackman RS, Heatwole KM. Acid-fast bacilli in sputum smears of patients with tuberculosis. Am Rev Res Dis 1989; 129: 264-268. 13. Cousins DV, Wilton SD, Francis BR, et al. Use of polymerase chain reaction for rapid diagnosis of tuberculosis. J Clin Microbiol 1992; 30: 255-258. 14. Miller N, Dykey DD, Cleary TJ. Evaluation of gene-probe amplified Mycobacterium tuberculosis direct test and PCR for detection of Mycobacterium tuberculosis in clinical specimens. J Clin Microbiol 1994; 32: 393-397. 15. Pao CC. Benedict YTS, You JB, Maa JS, et al. Detection and identification of Mycobacterium tuberculosis by DNA amplification. J Clin Microbiol 1990; 28: 1877-1880. 16. Kocagöz T, Yılmaz E, Özkara Ş, et al. Detection of Mycobacterium tuberculosis in sputum samples by polymerase chain reaction using a simplified procedure. J Clin Microbiol 1993; 31: 1435-1438.
- 17. Berk RH, Yazıcı M, Atabey N, et al. Detectioı Mycobacterium tuberculosis in formaldel solutions- fixed, paraffin embedded tissue polymerase chain reaction. Spine 1996; 1991-1995. 18. Bennedsen J, Thomsen VO, Pfyffer GE, et al. Utility of PCR in diagnosing pulmonary tuberculosis. J Clin Microbiol 1994; 34: 1407-1411. 19. Noordhoek GT, Kolk AHJ. Bjune G, et al. Sensiti and specificity of PCR for detection of Mycobacier tuberculosis: a blind comparison study among sc laboratories. J Clin Microbiol 1994; 32: 277-28 I. 20. Noordhoek GT, Embden JDA, Kolk AHJ. Reliahi of nucleic acid amplification for detection Mycobacterium tuberculosis: an internatio collaborative quality control study among laboratories. J Clin Microbiol 1996; 34: 2522-252: 21. Mang'iapan G, Vokurka M, Scholds L, e t Sequence capture-PCR improves detection mycobactrial DNA in clinical specimens. J Clin Microbiol 1996; 34: 1209-1215. 22. Afghani B, Liebernıan JM, Duke MB, et Comparison of quantitative polymerase eh; reaction, acid-fast bacilli smear and culture resu in patients receiving therapy for puhnon; tuberculosis. Diag Microbiol Inf Dis 1997; 73-79. 23. Daloviso JR, James SM. Kemmerly SA, et Comparison of the amplified Mycobacterii tuberculosis (MTB) direct test, Amplicor MTB PC and IS6110-PCR for detection of MTB in respiralx specimens. Clin Inf Dis 1996; 23: 1099-1 106. 24. Fu YH, Kuhl DPA, Pizzutti A, et al. Variation of t CGG repeat fragile X site results in gene instability: resolution of the Sherman paradox. C 1991; 67: 1047-1058. 25. Heitz D, Devys D, Imbert G, et al.. Inheritance oft Fragile X syndrome: Size of the Fragile premutation is a major determinant of the transitii to full mutation. J Med Genet 1992; 29: 794-801.
| APA | GÜNEŞ S, BAGCI H, Kara N (2002). Tüberküloz tanısında polimeraz zincir reaksiyonu yönteminin konvansiyonel yöntemlerle karşılaştırılması. , 8 - 14. |
| Chicago | GÜNEŞ Sezgin,BAGCI Hasan,Kara Nurten Tüberküloz tanısında polimeraz zincir reaksiyonu yönteminin konvansiyonel yöntemlerle karşılaştırılması. (2002): 8 - 14. |
| MLA | GÜNEŞ Sezgin,BAGCI Hasan,Kara Nurten Tüberküloz tanısında polimeraz zincir reaksiyonu yönteminin konvansiyonel yöntemlerle karşılaştırılması. , 2002, ss.8 - 14. |
| AMA | GÜNEŞ S,BAGCI H,Kara N Tüberküloz tanısında polimeraz zincir reaksiyonu yönteminin konvansiyonel yöntemlerle karşılaştırılması. . 2002; 8 - 14. |
| Vancouver | GÜNEŞ S,BAGCI H,Kara N Tüberküloz tanısında polimeraz zincir reaksiyonu yönteminin konvansiyonel yöntemlerle karşılaştırılması. . 2002; 8 - 14. |
| IEEE | GÜNEŞ S,BAGCI H,Kara N "Tüberküloz tanısında polimeraz zincir reaksiyonu yönteminin konvansiyonel yöntemlerle karşılaştırılması." , ss.8 - 14, 2002. |
| ISNAD | GÜNEŞ, Sezgin vd. "Tüberküloz tanısında polimeraz zincir reaksiyonu yönteminin konvansiyonel yöntemlerle karşılaştırılması". (2002), 8-14. |
| APA | GÜNEŞ S, BAGCI H, Kara N (2002). Tüberküloz tanısında polimeraz zincir reaksiyonu yönteminin konvansiyonel yöntemlerle karşılaştırılması. Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Dergisi , 19(1), 8 - 14. |
| Chicago | GÜNEŞ Sezgin,BAGCI Hasan,Kara Nurten Tüberküloz tanısında polimeraz zincir reaksiyonu yönteminin konvansiyonel yöntemlerle karşılaştırılması. Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Dergisi 19, no.1 (2002): 8 - 14. |
| MLA | GÜNEŞ Sezgin,BAGCI Hasan,Kara Nurten Tüberküloz tanısında polimeraz zincir reaksiyonu yönteminin konvansiyonel yöntemlerle karşılaştırılması. Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Dergisi , vol.19, no.1, 2002, ss.8 - 14. |
| AMA | GÜNEŞ S,BAGCI H,Kara N Tüberküloz tanısında polimeraz zincir reaksiyonu yönteminin konvansiyonel yöntemlerle karşılaştırılması. Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Dergisi . 2002; 19(1): 8 - 14. |
| Vancouver | GÜNEŞ S,BAGCI H,Kara N Tüberküloz tanısında polimeraz zincir reaksiyonu yönteminin konvansiyonel yöntemlerle karşılaştırılması. Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Dergisi . 2002; 19(1): 8 - 14. |
| IEEE | GÜNEŞ S,BAGCI H,Kara N "Tüberküloz tanısında polimeraz zincir reaksiyonu yönteminin konvansiyonel yöntemlerle karşılaştırılması." Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Dergisi , 19, ss.8 - 14, 2002. |
| ISNAD | GÜNEŞ, Sezgin vd. "Tüberküloz tanısında polimeraz zincir reaksiyonu yönteminin konvansiyonel yöntemlerle karşılaştırılması". Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Dergisi 19/1 (2002), 8-14. |
