Yılmaz Şahin E, Altunok V, Kurar E. Türkiye'deki bazı kedi ırklarının mitokondrial DNA D-Loop polimorfizminin araştırılması

KURAR, Ercan; Altunok, Vahdettin; YILMAZ ŞAHİN, Elif

Yılmaz Şahin E, Altunok V, Kurar E. Türkiye'deki bazı kedi ırklarının mitokondrial DNA D-Loop polimorfizminin araştırılması

Elif YILMAZ ŞAHİN, (Selçuk Üniversitesi, Veteriner Fakültesi, Biyokimya Anabilim Dalı, Konya, Türkiye)

Vahdettin ALTUNOK, (Selçuk Üniversitesi, Veteriner Fakültesi, Biyokimya Anabilim Dalı, Konya, Türkiye)

Ercan KURAR (Necmettin Erbakan Üniversitesi, Meram Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Konya, Türkiye)

Eurasian Journal of Veterinary Sciences

3 0

Yıl: 2016 Cilt: 32 Sayı: 4 Sayfa Aralığı: 229 - 235 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Yılmaz Şahin E, Altunok V, Kurar E. Türkiye'deki bazı kedi ırklarının mitokondrial DNA D-Loop polimorfizminin araştırılması

Öz:

Amaç: Bu çalışmada Van kedileri ile diğer bazı kedi ırklarındaki mitokondrial DNA (mtDNA) polimorfizmi ortaya koyulmuş, Van kedilerinde elde edilen mtDNA analiz sonuçları ile göz renkleri arasında filogenetik bir ilişkinin varlığı değerlendirilmiştir.Gereç ve Yöntem: Çalışılan 65 adet kan örneğinde bölgenin polimorfik olması, literatür bilginin yetersizliği ve farklı yöntemler kullanılması neticesinde örnek sonuçlarından sağlıklı bilgi alınamadığı için çalışmada 39 adet kedinin (25 Van kedisi, 3 İran kedisi, 3 Tekir kedisi, 7 Siyam kedisi ve 1 Ankara kedisi) analiz sonuçları sunuldu. Bazı yayınlardan aldığımız ve kendi dizayn ettiğimiz 15 primer denenmiş, 6 iyi çalışan primer ile çalışma tamamlanmıştır. Polimeraz Zincir Reaksiyonu ürünleri (PZR) CEQ-8000 Beckman Coulter Genetik Analiz Sistemi kullanılarak kapiller elektroforez ile ayrıştırılmış sekans dizilimleri belirlenmiştir.Bulgular: Van Kedilerinin her biri kendi grubu içerisinde tek gözlülük/çift gözlülük durumlarına göre gruplar arasında istatistiki fark (P<0.022) tespit edildi. Elde edilen bu dizi analiz verilerine bakılarak Van kedilerinde %80.00 oranıyla tek gözlülük söylenebilir. MtDNA dizi analizinden seçilen 99 bç lik dar bir bölge değerlendirildi ve az sayıda örneğe rağmen elde edilen istatistiki fark değerlendirildi.

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji

Investigation of genetic structure of various cat breeds by using D-Loop polimorphism in Turkey.

Öz:

Yılmaz Sahin E, Altunok V, Kurar E. Investigation of genetic structure of various cat breeds by using D-Loop polimorphism in Turkey. Aim: In this study, mitochondrial DNA (mtDNA) polymorphism between the Van cats and the other cat breeds is revealed. It is evaluated whether there is any relationship between the result of the mtDNA analyses obtained from Van cats and eye colours.Materials and Methods: Although it is studied with 65 blood samples and different methods, polymorphic of the place and inadequate information of literature lead to unreliable sample results. For this reason, 39 analyses of cats (25 Van cats, 3 Iran cats 3 Tekir cats, 7 siyam cats and 1 Ankara cat) are presented. 15 primers which is designed by ourselves and gained by some publication are experimented. The study is completed with 6 good working primers. The products of Polymerase Chain Reaction (PCR) CEQ-8000 are determined by using the System of Genetic Analysis of Beckman Coulter and sequence of sequences resoluted with capillary electrophoresis are determined.Results: Each of every Van cats were evaluated in their groups according to one eye or double eye and statistical differentiation was found (P<0.022) between groups. By looking at the data of analysis, one eye at the rate of 80.00% can be said in Van cats. In this study, the selection of 99 bç, a narrow location obtained from mtDNA sequence analysis is evaluated and in spite of a small number of samples the acquired statistical difference is significant.Conclusion: We found significant differences in this study. This should be study with more samples and a large mtDNA D-Loop region.

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık

Altunok V, Yüksek N, Berkman CC, Agaoglu ZT, Togan I, 2011. Genetic structure and variation of Van cats. Biochem Ge- net, 49, 511-522.
Altunok, V, Yazar E, Yüksek N, 2007. Selected blood serum element in Van (Turkey) cats. Acta Vet Brno, 76, 171-177.
Eizirik E, Bonatto SJ, Jhonson WE, Crawshaw PG, Vie JC, Bro- usset MD, O'Brien SJ, Salzano MF, 1998. Phylogeographic patterns and evolution of the mitochondrial DNA control region in two neotropical cats (mammalia, felidae). J Mol Evol, 47, 613- 624.
Eroğlu T, Özşensoy Y, Kurar E, Altunok V, Nizamlıoğlu M, Yük- sek N, 2015. Türkiye'deki bazı kedi ırklarının genetik yapı- larının mikrosatellit markörler ile genetik karakterizasyo- nu. J Cell Mol Biol, 13, 16-25.
Hall TA, 1999. BioEdit: A user-friendly biological sequen- ce alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT. Nucl Acids Symp Ser, 41, 95-98.
Jae-Heup K, Eizirik E, O'Brien SJ, Johnson WE, 2001. Structu- re and patterns of sequence variation in the mitochondrial DNA control region of the great cats. Mitochondrion, 14, 279-292.
Jia S, Chen H, Zhang G, Wang Z, Lei C, Yao R, Han X, 2007. Genetic variation of mitochondrial D-Loop region and evo- lution analysis in some Chinese cattle breeds. J Genet Ge- nomics, 34, 510-518.
Jobling MA, Tyler-Smith C, Hurles M, 2004. Human evoluti- onary genetics: Origins, peoples and disease. Garland Sci, Taylor Francis, NY, USA.
Librado P, Rozas J, 2007. DnaSP v5: A software for compre- hensive analysis of DNA polymorphism data. Bioinforma- tics, 25, 1451-1452.
Lopez J. V, Cevario S, O'Brien SJ, 1996. Complete nucleotid sequences of the domestic cat (Felis catus) mitochondrial genome and a transposed mtDNA tandem repeat (Numt) in the nuclear genome. Genomics, 33, 229-246.
Lopez JV, Culver M, Stephens JC, Johnson WE, O'Brien SJ, 1997. Rates of nuclear and cytoplasmic mitochondrial DNA sequences divergence in mammals. Mol Biol Evol, 14, 277-286.
Masuda RYMC, Shinyashiki F, Bando G, 1994. Molecular phylogenetic status of the Iriomote cat felis iriomotensis, inferred from mitochondrial DNA sequence analysis. Zool Sci, 11, 597- 604.
Mills LS, Pilgrim KL, Schwatz MK, McKelvey K, 2000. Iden- tifying lynx and other North American felids based on mtDNA analysis. Conserv Genet, 1, 285-288.
Tamada T, Kurose N, Masuda R, 2005. Genetic diversity in domestic cat Felis catus of the Tsushima Island, based on mitochondrial DNA cytochrome b and control region nuc- leotide sequences. Zoological Sci, 22, 627-633.
Tamura K, Dudley J, Nei M, Kumar S, 2007. MEGA4: Molecular evolutionary genetics analysis (MEGA) software version 4.0. Mol Biol Evol, 24, 1596-1599.
Wei L, Wu X, Jiang Z, 2009. The complete mitochondrial ge- nome structure of snow leopard Panthera uncia. Mol Biol Rep, 36, 871-878.
Wu X, Zheng T, Jiang Z, Wei L, 2007. The mitochondrial geno- me structure of the clouded leopard (Neofelis nebulosa). Genome, 50, 252-257.
Zhu ZY, Yue GH, 2008. The complete mitochondrial genome of red grouper Plectropomus leopardus and its applicati- ons in identification of grouper species. Aquaculture, 276, 44-49.

APA	YILMAZ ŞAHİN E, Altunok V, KURAR E (2016). Yılmaz Şahin E, Altunok V, Kurar E. Türkiye'deki bazı kedi ırklarının mitokondrial DNA D-Loop polimorfizminin araştırılması. , 229 - 235.
Chicago	YILMAZ ŞAHİN Elif,Altunok Vahdettin,KURAR Ercan Yılmaz Şahin E, Altunok V, Kurar E. Türkiye'deki bazı kedi ırklarının mitokondrial DNA D-Loop polimorfizminin araştırılması. (2016): 229 - 235.
MLA	YILMAZ ŞAHİN Elif,Altunok Vahdettin,KURAR Ercan Yılmaz Şahin E, Altunok V, Kurar E. Türkiye'deki bazı kedi ırklarının mitokondrial DNA D-Loop polimorfizminin araştırılması. , 2016, ss.229 - 235.
AMA	YILMAZ ŞAHİN E,Altunok V,KURAR E Yılmaz Şahin E, Altunok V, Kurar E. Türkiye'deki bazı kedi ırklarının mitokondrial DNA D-Loop polimorfizminin araştırılması. . 2016; 229 - 235.
Vancouver	YILMAZ ŞAHİN E,Altunok V,KURAR E Yılmaz Şahin E, Altunok V, Kurar E. Türkiye'deki bazı kedi ırklarının mitokondrial DNA D-Loop polimorfizminin araştırılması. . 2016; 229 - 235.
IEEE	YILMAZ ŞAHİN E,Altunok V,KURAR E "Yılmaz Şahin E, Altunok V, Kurar E. Türkiye'deki bazı kedi ırklarının mitokondrial DNA D-Loop polimorfizminin araştırılması." , ss.229 - 235, 2016.
ISNAD	YILMAZ ŞAHİN, Elif vd. "Yılmaz Şahin E, Altunok V, Kurar E. Türkiye'deki bazı kedi ırklarının mitokondrial DNA D-Loop polimorfizminin araştırılması". (2016), 229-235.

APA	YILMAZ ŞAHİN E, Altunok V, KURAR E (2016). Yılmaz Şahin E, Altunok V, Kurar E. Türkiye'deki bazı kedi ırklarının mitokondrial DNA D-Loop polimorfizminin araştırılması. Eurasian Journal of Veterinary Sciences, 32(4), 229 - 235.
Chicago	YILMAZ ŞAHİN Elif,Altunok Vahdettin,KURAR Ercan Yılmaz Şahin E, Altunok V, Kurar E. Türkiye'deki bazı kedi ırklarının mitokondrial DNA D-Loop polimorfizminin araştırılması. Eurasian Journal of Veterinary Sciences 32, no.4 (2016): 229 - 235.
MLA	YILMAZ ŞAHİN Elif,Altunok Vahdettin,KURAR Ercan Yılmaz Şahin E, Altunok V, Kurar E. Türkiye'deki bazı kedi ırklarının mitokondrial DNA D-Loop polimorfizminin araştırılması. Eurasian Journal of Veterinary Sciences, vol.32, no.4, 2016, ss.229 - 235.
AMA	YILMAZ ŞAHİN E,Altunok V,KURAR E Yılmaz Şahin E, Altunok V, Kurar E. Türkiye'deki bazı kedi ırklarının mitokondrial DNA D-Loop polimorfizminin araştırılması. Eurasian Journal of Veterinary Sciences. 2016; 32(4): 229 - 235.
Vancouver	YILMAZ ŞAHİN E,Altunok V,KURAR E Yılmaz Şahin E, Altunok V, Kurar E. Türkiye'deki bazı kedi ırklarının mitokondrial DNA D-Loop polimorfizminin araştırılması. Eurasian Journal of Veterinary Sciences. 2016; 32(4): 229 - 235.
IEEE	YILMAZ ŞAHİN E,Altunok V,KURAR E "Yılmaz Şahin E, Altunok V, Kurar E. Türkiye'deki bazı kedi ırklarının mitokondrial DNA D-Loop polimorfizminin araştırılması." Eurasian Journal of Veterinary Sciences, 32, ss.229 - 235, 2016.
ISNAD	YILMAZ ŞAHİN, Elif vd. "Yılmaz Şahin E, Altunok V, Kurar E. Türkiye'deki bazı kedi ırklarının mitokondrial DNA D-Loop polimorfizminin araştırılması". Eurasian Journal of Veterinary Sciences 32/4 (2016), 229-235.