Pektin, poligalakturonik asit ve liyofilize pektinaz enziminin yapısal analizi

AKSÖZ, Erol; KIRINDI, Talip; çavuşoğlu, kültiğin; MARAŞ, Meltem

Pektin, poligalakturonik asit ve liyofilize pektinaz enziminin yapısal analizi

Meltem MARAŞ, (Kırıkkale Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi, Biyoloji Bölümü, Kırıkkale, Türkiye)

Kültiğin ÇAVUŞOĞLU, (Kırıkkale Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi, Biyoloji Bölümü, Kırıkkale, Türkiye)

Erol AKSÖZ, (Hacettepe Üniversitesi, Fen Fakültesi, Biyoloji Bölümü, Ankara, Türkiye)

Talip KIRINDI (Kırıkkale Üniversitesi, Eğitim Fakültesi, Bilgisayar ve Öğretim Teknoloji Eğitim Bölümü, Kırıkkale, Türkiye)

İTÜ Dergisi Seri C: Fen Bilimleri

5 0

Yıl: 2004 Cilt: 2 Sayı: 1 Sayfa Aralığı: 3 - 10 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Pektin, poligalakturonik asit ve liyofilize pektinaz enziminin yapısal analizi

Öz:

Pektik enzimler, yüksek moleküler ağırlıklı pektik asitlerin indirgeyici olmayan uçlarına atak yaparak monogalakturonatları oluşturan enzimlerdir. Bu enzimler Saprofltik fungus, bakteri ve bazı mayalarca oluşturulmaktadırlar. Meyve ve sebze teknolojilerinde kullanılmaktadır. Bu çalışmada pektin, poligalakturonik asit ve liyofilize bakteriyel pektinazın kristal yapıları, taramalı elektron mikroskobunda (SEM) görüntülenmiştir. SEM'deki görüntülerinde homojen kristal yapı görülmektedir. Pektin poligalakturonik asit ve bakteriyel pektinaz, elektron ışınlarını geçilmeyecek kadar kompakt ve sıkı paketlenmiştir. Ayrıca substrat moleküllerinin kristallerinin pektinaz enziminden daha küçük boyutta olduğu tespit edilmiştir. Pektinazın enzimatik aktivitesini $Ca^{++}$ ve $Na^+$ gibi katyonların sitimüle ettiği bilinmektedir. Çalışmanın ikinci aşamasında pektinaz enziminin kristal yapısında bulunabilecek elementlerin analizi gerçekleştirilmiştir.

Anahtar Kelime:

Structural analysis of pectin, polygalacturonic acid and pectinase enzyme lyophilysed

Öz:

Pectic substances are pectinic acid, pectin, pectic acid and their salts. Pectin is a polysaccaride found in plants like fruits and vegetables etc in high level. Substances which have no methyl group are pectic acid and polygalacturonic acid. Pectic substances are heteropolysaccarides with 30,000-300,000 molecular weight.Pectic enzymes are known as enzyme destroying chain. Pectic enzymes produce monogalacturonates by attaking the nonreducing end of the high molecular weight pectic acids. These are produced by saprophytic fungi, bacteria and some yeasts. They are used in fruit and vegetable technologies. In this research, crystal structures of pectin, polygalacturonic acid and lyophilysed bacterial pectinase samples were studied by scanning elektron microskop. Homogenous crystal structure was observed from the images at SEM. Pectin, polygalacturonic acid and pectinase enzyme was packed so compact and tightly that no transiion of beam was observed. Pectin crystals have bigger size than polygalacturonic acid crystals. The crystals of substrat molecules was determined to be smaller than pectinase enzymes. Ca and Na cations are known to stimulate enzymatic activity In second step of study, the elements which are thought to be present in the crystal structure of pectinase were analysed. Analysis results showed that Na, Zn and Ca elements were found at concentrations of 60 %, 29.296 % and 6.555 %, respectively.

Anahtar Kelime:

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık

Aksöz, E. ve Aksöz, N., (1985). Pektik enzimler (derleme), Biyokimya Dergisi, 10, 1, 38-51.
Bonnin, E., Le Goff, A., Korner, R., Vigouroux, J., Roepstorff, P. ve Thibault, J. F., (2002). Hydrolysis of pectins with different- degrees and patterns of methylation by the endopolygalacturonase of Fusarium moliniforme, Biochimica et Biophysica Ada, 1596, 1, 83-94.
Cho, SW., Lee, S. ve Shin, W., (2001). The X-ray structure of aspergillus aculeatus polygalacturonase and a modelled structure of the polygalacturonase-octagalacturonate complex, Journal of Moleculer Biology-, 311,4, 863-878.
Federici, L., Caprari, C., Mattei, B. ve Savino, C., (2001). structural requirements of endopolygalacturonase for the interaction with PGIP, Proceedings of the National Academy of Sciences, 98, 23,13425-13430.
Goodenough, P., (1992). Protein Engineering II, Proceedings of the Second AFRC Protein Engineering Conference, Cambridge University, September, Berkshire, UK. 70-71.
Harpen, M. G., (1981). Industrial enzymes from microbial sources recent advences, Chemical Technology Review, 180,282-284.
Hayat, M. A., (1981). Principles and tecniques of Electron Microscopy. Van Nostrand Reinhold Company, Newyork.
Herron, S. R., Benen, J. A. E., Scavetta, R. D., Visser, J. ve Jurnak, F., (2000). Structure and function of pectic enzymes: virulance factors of plant pathogens, Proceedings of the National Academy of Sciences, 97, 16, 8762-8769.
Hirose, N., Kishida, M., Kawasaki, H. ve Sakai, T., (1999). Purification and characterisation of an endo-polygalacturonase from a mutant of saccharomyces cerevisia, Bioscience, Biotechnology and Biochemistry, 63, 6, 1100-3.
Kawano, C. Y., Chellegatti, M. A., Said, S. ve Fonseca, M. J., (1999). Comparative study of intracellular and extracellular pectinases produced by Penicillium frequentans, Biotechnology and Applied Biochemistry, 29(Pt2), 133-140.
Malttei, B., Belnalda, M. S., Federici, L., Roepstoff, P. ve Cervone, F., (2001). secondary structure and ost-translational modifications leusin-rich repeat protein PGIP from Phaseolus vulgaris, Biochemistry, 40, 2, 569-76.
Parenicova, L., Kester, H. C, Benen, J. A. ve Visser, J., (2000). Characterization of a noval endopolygalacturonase from Aspergillus niger with unique kinetic properties, FEBS Letter, 467, 2-3, 333-336.
Pickersgill, R., Smith, D., Worboys, K. ve Enkins, J., (1998). chrystal structure of polygalacturonase from Erwinia carotovora ssp. Carotovora, Journal of Biological Chemistry, 27, 38, 24660-24664.
Romboutz, F. M. ve Pilnik, W., (1980). Pectic Enzymes, Economic Microbiology, A. H. Rose (Eds.), Academic Press, London, 33, 227-382.
Van Santen, Y., Benen, J. A., Schroter, K. H. ve Kalk, K. H., (1999). 1,68-A crystal structure of endopolygalacturonase II from Aspergillus niger and identification of active site residue, Journal of Biological Chemistry, 274, 43, 30474-30480.
Vitali, J., Schick, B., Harry, C. M., Visser, J. ve Jurnak, F., (1998). The three-dimensional structure of Aspergillus niger pectin lyase B at 1.7-A resolution Plant Physiology, 116, 69-80.
Willants, W. G., Me Cartney, L., Mackie, W. ve Knox, J. P., (2001). Pectin: cell biology and structural prospects for functional analysis, Plant Molecular Biology, 47, 1-2, 9-27.

APA	MARAŞ M, çavuşoğlu k, AKSÖZ E, KIRINDI T (2004). Pektin, poligalakturonik asit ve liyofilize pektinaz enziminin yapısal analizi. , 3 - 10.
Chicago	MARAŞ Meltem,çavuşoğlu kültiğin,AKSÖZ Erol,KIRINDI Talip Pektin, poligalakturonik asit ve liyofilize pektinaz enziminin yapısal analizi. (2004): 3 - 10.
MLA	MARAŞ Meltem,çavuşoğlu kültiğin,AKSÖZ Erol,KIRINDI Talip Pektin, poligalakturonik asit ve liyofilize pektinaz enziminin yapısal analizi. , 2004, ss.3 - 10.
AMA	MARAŞ M,çavuşoğlu k,AKSÖZ E,KIRINDI T Pektin, poligalakturonik asit ve liyofilize pektinaz enziminin yapısal analizi. . 2004; 3 - 10.
Vancouver	MARAŞ M,çavuşoğlu k,AKSÖZ E,KIRINDI T Pektin, poligalakturonik asit ve liyofilize pektinaz enziminin yapısal analizi. . 2004; 3 - 10.
IEEE	MARAŞ M,çavuşoğlu k,AKSÖZ E,KIRINDI T "Pektin, poligalakturonik asit ve liyofilize pektinaz enziminin yapısal analizi." , ss.3 - 10, 2004.
ISNAD	MARAŞ, Meltem vd. "Pektin, poligalakturonik asit ve liyofilize pektinaz enziminin yapısal analizi". (2004), 3-10.

APA	MARAŞ M, çavuşoğlu k, AKSÖZ E, KIRINDI T (2004). Pektin, poligalakturonik asit ve liyofilize pektinaz enziminin yapısal analizi. İTÜ Dergisi Seri C: Fen Bilimleri, 2(1), 3 - 10.
Chicago	MARAŞ Meltem,çavuşoğlu kültiğin,AKSÖZ Erol,KIRINDI Talip Pektin, poligalakturonik asit ve liyofilize pektinaz enziminin yapısal analizi. İTÜ Dergisi Seri C: Fen Bilimleri 2, no.1 (2004): 3 - 10.
MLA	MARAŞ Meltem,çavuşoğlu kültiğin,AKSÖZ Erol,KIRINDI Talip Pektin, poligalakturonik asit ve liyofilize pektinaz enziminin yapısal analizi. İTÜ Dergisi Seri C: Fen Bilimleri, vol.2, no.1, 2004, ss.3 - 10.
AMA	MARAŞ M,çavuşoğlu k,AKSÖZ E,KIRINDI T Pektin, poligalakturonik asit ve liyofilize pektinaz enziminin yapısal analizi. İTÜ Dergisi Seri C: Fen Bilimleri. 2004; 2(1): 3 - 10.
Vancouver	MARAŞ M,çavuşoğlu k,AKSÖZ E,KIRINDI T Pektin, poligalakturonik asit ve liyofilize pektinaz enziminin yapısal analizi. İTÜ Dergisi Seri C: Fen Bilimleri. 2004; 2(1): 3 - 10.
IEEE	MARAŞ M,çavuşoğlu k,AKSÖZ E,KIRINDI T "Pektin, poligalakturonik asit ve liyofilize pektinaz enziminin yapısal analizi." İTÜ Dergisi Seri C: Fen Bilimleri, 2, ss.3 - 10, 2004.
ISNAD	MARAŞ, Meltem vd. "Pektin, poligalakturonik asit ve liyofilize pektinaz enziminin yapısal analizi". İTÜ Dergisi Seri C: Fen Bilimleri 2/1 (2004), 3-10.