C/EBPβ’nın Caco-2 Hücre Farklılaşması Sürecinde İndüklenen Otofajideki Rolünün Anlaşılması

Banerjee, Sreeparna

C/EBPβ’nın Caco-2 Hücre Farklılaşması Sürecinde İndüklenen Otofajideki Rolünün Anlaşılması

Yürütücü

Sreeparna BANERJEE (Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Ankara, Türkiye)

5 2

Proje Grubu: SBAG Sayfa Sayısı: 0 Proje No: 114S937 Proje Bitiş Tarihi: 15.12.2015 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 24-03-2020

C/EBPβ’nın Caco-2 Hücre Farklılaşması Sürecinde İndüklenen Otofajideki Rolünün Anlaşılması

Öz:

Bağırsak epitel hücrelerinin dengeli ve sürekli üretimi ile ilgili moleküler mekanizmalar tam olarak aydınlatılmış değildir. Karmaşık bir süreç olan farklılaşma, çeşitli hücre dışı ve içi sinyaller, sinyal yolakları ve bu sinyal-sinyal yolakları tarafından aktive veya inhibe edilen transkripsiyon faktörleri tarafından düzenlenmektedir. Hücre içi Ca2+ seviyesindeki değişim, glikoz veya amino asit yoksunluğu gibi düzensizlikler, endoplazmik retikulum (ER) stres yanıtına yol açar. Bilinmektedir ki, ER stresi ve otofaji yolakları belirli koşullarda bir arada etkilidir. Yaptığımız çalışmalarda konfluensiye ulaştıktan sonra, enterosit benzeri hücrelere farklılaşabilen kolon kanser hücre hattı Caco-2’de, farklılaşma sürecinde hem ER stresi hem de otofaji gözlenmiştir. Bu proje kapsamında ER stresi ve otofajide önemi bilinen bir transkripsiyon faktörü olan C/EBPβ (CCAAT/enhancer binding protein beta)nın, kolon hücrelerinin farklılaşma mekanizmasındaki etkinliği araştırılmıştır.

Anahtar Kelime: otofaji ER stres C/EBPβ farklılaşma Caco-2

Konular: Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji Biyokimya ve Moleküler Biyoloji Hücre Biyolojisi

Erişim Türü: Erişime Açık

Abreu, M.M., Sealy, L. 2010. “The C/EBPbeta isoform, liver-inhibitory protein (LIP), induces autophagy in breast cancer cell lines”, Exp Cell Res. 316(19):3227-38.
“Alibaba 2.1” http://www.gene-regulation.com/pub/programs/alibaba2/index.html Son erişim tarihi: 01 Eylül 2014.
Astarci, E., Erson-Bensan, A. E., Banerjee, S. (2012a). “Matrix metalloprotease 16 expression is downregulated by microRNA-146a in spontaneously differentiating Caco2 cells”, Dev Growth Differ. 54(2): 216-226.
Astarci, E., Sade, A., Cimen, I., Savas, B., Banerjee, S. (2012b). “The NF-kappaB target genes ICAM-1 and VCAM-1 are differentially regulated during spontaneous differentiation of Caco-2 cells”, FEBS J. 279(16): 2966-2986.
Barbara, P.D., Van den Brink, G.R., Roberts, D.J. 2003. “Development and differentiation of the intestinal epithelium”, Cell Mol Life Sci. 60(7):1322-32.
Bernales, S., McDonald, K.L., Walter, P. 2006. “Autophagy counterbalances endoplasmic reticulum expansion during the unfolded protein response”, PLoS Biol. 4(12):e423.
“Bioruptor Sonicator” http://ki.se/sites/default/files/bioruptor_user_manual.pdf. Son erişim tarihi: 09 Şubat 2016.
Buhrke T., Lengler I., Lampen A. 2011. “Analysis of proteomic changes induced upon cellular differentiation of the human intestinal cell line Caco-2.”, Dev Growth Differ. 53(3):411-26.
Chakraborty, A., Bodipati, N., Demonacos, M. K., Peddinti, R., Ghosh, K., Roy, P. 2012. “Long term induction by pterostilbene results in autophagy and cellular differentiation in MCF-7 cells via ROS dependent pathway”, Mol Cell Endocrinol. 355(1):25-40.
Chen, C., Dudenhausen, E. E., Pan, Y. X., Zhong, C., Kilberg, M.S. 2004. “Human CCAAT/enhancer-binding protein beta gene expression is activated by endoplasmic reticulum stress through an unfolded protein response element downstream of the protein coding sequence”, J Biol Chem. 279(27):27948-56.
Cheng, Y. C., Chang, J. M., Chen, C. A., Chen, H. C. 2015. “Autophagy modulates endoplasmic reticulum stress-induced cell death in podocytes: a protective role”, Exp Biol Med (Maywood). 240(4):467-76.
“ChIP Analysis” https://www.thermofisher.com/tr/en/home/life-science/epigenetics-noncoding-rnaresearch/chromatin-remodeling/chromatin-immunoprecipitation-chip/chip-analysis.html Son erişim tarihi: 09 Şubat 2016.
Cosentino, S., Gravaghi, C., Donetti, E., Donida, B.M., Lombardi, G., Bedoni, M., Fiorilli, A., Tettamanti, G., Ferraretto, A. 2010. “Caseinphosphopeptide-induced calcium uptake in human intestinal cell lines HT-29 and Caco2 is correlated to cellular differentiation”, J Nutr Biochem. 21(3):247-54.
Ding, Q.M., Ko, T.C., Evers, B.M. 1998. “Caco-2 intestinal cell differentiation is associated with G(1) arrest and suppression of CDK2 and CDK4”, Am J Physiol. 275(5 Pt 1):C1193-200.
Ding, W.X., Ni, H.M., Gao, W.T., Hou, Y.F., Melan, M.A., Chen, X.Y., Stolz, D.B., Shao, Z.M., Yin, X.M. 2007. “Differential effects of endoplasmic reticulum stress-induced autophagy on cell survival”, J Biol Chem. 282(7):4702-10.
Kowenz-Leutz, E., Leutz, A. 1999. “A C/EBPβ Isoform Recruits the SWI/SNF Complex to Activate Myeloid Genes”, Mol. Cell 4, 735–743.
Fleet, J. C., Wang, L., Vitek, O., Craig, B. A. vd. 2003. “Gene expression profiling of Caco-2 BBe cells suggests a role for specific signaling pathways during intestinal differentiation”, Physiol Genomics. 13(1):57-68.
Fleet, J. C., Wang, L., Vitek, O., Craig, B. A. vd. 2003. “Gene expression profiling of Caco-2 BBe cells suggests a role for specific signaling pathways during intestinal differentiation”, Physiol Genomics. 13(1):57-68.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/GDSbrowser?acc=GDS709 Son erişim tarihi: 09 Şubat 2016.
Gade, P., Roy, S. K., Li, H., Nallar, S. C., Kalvakolanu, D.V. 2008. “Critical role for transcription factor C/E.BP-beta in regulating the expression of death-associated protein kinase 1”, Mol Cell Biol. 28(8):2528-48.
Gade, P., Manjegowda, S. B., Nallar, S. C., Maachani, U. B., Cross, A. S., Kalvakolanu, D. V. 2014. “Regulation of the death-associated protein kinase 1 expression and autophagy via ATF6 requires apoptosis signal-regulating kinase 1”, Mol Cell Biol. 34(21):4033-48.
Ghosh, T.K., Bian, J., Short, A.D., Rybak, S.L., Gill, D.L. 1991. “Persistent Intracellular Calcium Pool Depletion ByThapsigargin And Its Influence On Cell-Growth”, J Biol Chem. 266(36):24690-7.
Gozuacik, D., Kimchi, A. 2004. “Autophagy as a cell death and tumor suppressor mechanism”, Oncogene. 23(16):2891-906.
Guo, L., Huang, J.X., Liu, Y., Li, X., Zhou, S.R., Qian, S.W., Zhu, H., Huang, H.Y., Dang, Y.J., Tang, Q.Q. 2013. “Transactivation of Atg4b by C/EBP beta Promotes Autophagy To Facilitate Adipogenesis”, Mol Cell Biol. 33(16): 3180–3190.
He, C.C., Klionsky, D.J. 2009. “Regulation Mechanisms and Signaling Pathways of Autophagy”, Annu Rev Genet. 43:67-93.
Hetz, C., Chevet, E., Harding, H.P. 2013. “Targeting the unfolded protein response in disease”, Expert Opin Ther Targets. 19(9):1203-18.
Huin, C., Schohn, H., Hatier, R., Bentejac, M., Antunes, L., Plénat, F., Bugaut, M., Dauça, M. 2002. “Expression of peroxisome proliferator-activated receptors alpha and gamma in differentiating human colon carcinoma Caco-2 cells”, Biol Cell. 94(1):15-27.
Ilantzis, C., Demarte, L., Screaton, R.A., Stanners, C.P. 2002. “Deregulated expression of the human tumor marker CEA and CEA family member CEACAM6 disrupts tissue architecture and blocks colonocyte differentiation”, Neoplasia. 4(2):151-63.
Kaser, A., Flak, M.B., Tomczak, M.F., Blumberg, R.S. 2011. “The unfolded protein response and its role in intestinal homeostasis and inflammation”, Exp Cell Res. 15;317(19):2772-9.
Kidder, B. L., Hu, G., Zhao, K. 2011. “ChIP-Seq: technical considerations for obtaining highquality data”, Nat Immunol. 12(10):918-22.
Klionsky, D. J., Abdalla, F. C., Abeliovich H., Abraham R. T., Acevedo-Arozena A., Adeli K., vd. 2012. “Guidelines for the use and interpretation of assays for monitoring autophagy”, Autophagy 8(4): 445-544.
Kouroku, Y., Fujita, E., Tanida, I., Ueno, T., Isoai, A., Kumagai, H., Ogawa, S., Kaufman, R.J., Kominami, E., Momoi, T. 2007. “ER stress (PERK/eIF2 alpha phosphorylation) mediates the polyglutamine-induced LC3 conversion, an essential step for autophagy formation”, Cell Death Differ. 14(2):230-9.
Landt, S. G., Marinov, G. K., Kundaje, A., Kheradpour, P., Pauli, F. vd. 2012. “ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia”, Genome Res. 22(9):1813-31.
Lane, M.D., Tang, Q.Q., Jiang, M.S. 1999. “Role of the CCAAT enhancer binding proteins (C/EBPs) in adipocyte differentiation”, Biochem Biophys Res Commun. 266(3):677-83.
Lefebvre, M., Paulweber, B., Fajas, L., Woods, J., McCrary, C., Colombel, J. F., Najib, J., Fruchart, J. C., Datz, C., Vidal, H., Desreumaux, P., Auwerx, J. 1999. “Peroxisome proliferator-activated receptor gamma is induced during differentiation of colon epithelium cells”, J Endocrinol. 162(3):331-40.
Li, Y., Bevilacqua, E., Chiribau, C.B., Majumder, M., Wang, C.P., Croniger, C.M., Snider, M.D., Johnson, P.F., Hatzoglou, M. 2008. “Differential control of the CCAAT/enhancerbinding protein beta (C/EBP beta) products liver-enriched transcriptional activating protein (LAP) and liver- enriched transcriptional inhibitory protein (LIP) and the regulation of gene expression during the response to endoplasmic reticulum stres”, J Biol Chem. 283(33):22443-56.
Liang, S. H., Zhang, W., McGrath, B. C., Zhang, P., Cavener, D. R. 2006. “PERK (eIF2alpha kinase) is required to activate the stress-activated MAPKs and induce the expression of immediate-early genes upon disruption of ER calcium homoeostasis”, Biochem J. 393(Pt 1):201-9.
Lindqvist, S. M., Sharp, P., Johnson, I. T., Satoh, Y., Williams, M. R. 1998. “Acetylcholineinduced calcium signaling along the rat colonic crypt axis”, Gastroenterology. 115(5):1131-43.
Liu, L. H., Liu, C., Zhong, Y. W., Apostolou, A., Fang, S.Y. 2012. “ER stress response during the differentiation of H9 cells induced by retinoic acid”, Biochem Biophys Res Commun. 417(2):738-43.
Lytton, J., Westlin, M., Burk, S. E., Shull, G. E., Maclennan, D. H. 1992. “Functional Comparisons Between Isoforms Of The Sarcoplasmic Or Endoplasmic-Reticulum Family Of Calcium Pumps”, J Biol Chem. 267(20):14483-9.
Ma, D., Panda, S., Lin, J.D.D. 2011. “Temporal orchestration of circadian autophagy rhythm by C/EBP beta”, EMBO J. 30(22):4642-51.
Marciniak S. J., Ron D. 2006. “Endoplasmic reticulum stress signaling in disease”, Physiol Rev86(4):1133-49.
Mariadason, J. M., Rickard, K. L., Barkla, D. H., Augenlicht, L. H., Gibson, P. R. 2000. “Divergent phenotypic patterns and commitment to apoptosis of Caco-2 cells during spontaneous and butyrate-induced differentiation”, J Cell Physiol. 183(3):347-54. “Match 1.0” http://www.gene-regulation.com /cgi-bin/pub/programs /match/bin/ match.cgi) Son erişim tarihi: 01 Eylül 2014.
Mei Y., Thompson M. D., Cohen R. A., Tong X. 2013. “Endoplasmic Reticulum Stress and Related Pathological Processes”, J Pharmacol Biomed Anal. 1(2):1000107.
Meir, O., Dvash, E., Werman, A., Rubinstein, M. 2010. “C/EBP-beta Regulates Endoplasmic Reticulum Stress-Triggered Cell Death in Mouse and Human Models”, PLoS One. 5(3):e9516.
Natsuka, S., Akira, S., Nishio, Y., Hashimoto, S., Sugita, T., Isshiki, H., Kishimoto, T. 1992. “Macrophage Differentiation-Specific Expression Of Nf-Il6, A Transcription Factor For Interleukin-6”, Blood. 79(2):460-6.
Ogata, M., Hino, S.I., Saito, A., Morikawa, K., Kondo, S., Kanemoto, S., Murakami, T., Taniguchi, M., Tanii, I., Yoshinaga, K., Shiosaka, S., Hammarback, J.A., Urano, F., Imaizumi, K. 2006. “Autophapy is activated for cell survival after endoplasmic reticulum stres”, Molecular and Cellular Biology 26, 9220-9231.
Papp, B., Brouland, J.P., Gelebart, P., Kovacs, T., Chomienne, C., 2004. “Endoplasmic reticulum calcium transport ATPase expression during differentiation of colon cancer and leukaemia cells”, Mol Cell Biol. 26(24):9220-31.
Park, B. H., Kook, S., Lee, S., Jeong, J. H., Brufsky, A., Lee, B. C., 2013. “An isoform of C/EBPbeta, LIP, regulates expression of the chemokine receptor CXCR4 and modulates breast cancer cell migration”, J Biol Chem. 288(40):28656-67.
Pignatelli, M., Liu, D., Nasim, M.M., Stamp, G.W.H., Hirano, S., Takeichi, M., 1992. “Morphoregulatory Activities Of E-Cadherin And Beta-1 Integrins In Colorectal TumorCells”, Br J Cancer. 66(4):629-34.
Rousset, M., 1986. “The Human-Colon Carcinoma Cell-Lines Ht-29 And Caco-2 - 2 Invitro Models For The Study Of Intestinal Differentiation”, Biochimie. 68(9):1035-40.
Rutkowski, D.T., Hegde, R.S. 2010. “Regulation of basal cellular physiology by the homeostatic unfolded protein response”, J Cell Biol. 189(5): 783–794.
Sakaki, K., Kaufman, R.J., 2008. “Regulation of ER stress-induced macroautophagy by protein kinase C”, Autophagy. 4(6):841-3.
Shanmugam, R., Gade, P., Wilson-Weekes, A., Sayar, H., Suvannasankha, A., Goswami, C., Li, L., Gupta, S., Cardoso, A.A., Al Baghdadi, T., Sargent, K.J., Cripe, L.D., Kalvakolanu, D.V., Boswell, H.S., 2012. “A Noncanonical Flt3ITD/NF-kappa B Signaling Pathway Represses DAPK1 in Acute Myeloid Leukemia”, Clin Cancer Res. 18(2):360-9.
Short, A. D., Bian, J. H., Ghosh, T. K., Waldron, R.T., Rybak, S. L., Gill, D. L., 1993. “Intracellular Ca2+ Pool Content Is Lınked To Control Of Cell-Growth”, Proc Natl Acad Sci U S A. 90(11):4986-90.
Simon-Assman, P., Turck, N., Sidhoum-Jenny, M., Gradwohl, G., Kedinger, M., 2007. “In vitro models of intestinal epithelial cell differentiation”, Cell Biol Toxicol. 23(4):241-56
Solanas, G., Porta-de-la-Riva, M., Agusti, C., Casagolda, D., Sanchez-Aguilera, F., Larriba, M.J., Pons, F., Peiro, S., Escriva, M., Munoz, A., Dunach, M., de Herreros, A.G., Baulida, J. 2008. “E-cadherin controls beta-catenin and NF-kappa B transcriptional activity in mesenchymal gene expression”, J Cell Sci. 121(Pt 13):2224-34.
Sugiura, K., Muro, Y., Futamura, K., Matsumoto, K., Hashimoto, N., Nishizawa, Y., Nagasaka, T., Saito, H., Tomita, Y., Usukura, J. 2009. “The Unfolded Protein Response Is Activated in Differentiating Epidermal Keratinocytes”, J Invest Dermatol. 129(9):2126-35.
“TFSearch” http://www.cbrc.jp/ research/db/TFSEARCH.html Son erişim tarihi: 30 Aralık 2015.
Verfaillie, T., Salazar, M., Velasco, G., Agostinis, P. 2010. “Linking ER Stress to Autophagy: Potential Implications for Cancer Therapy”, Int J Cell Biol, 930509.
Walter, P., Ron, D. 2011. “The Unfolded Protein Response: From Stress Pathway to Homeostatic Regulation”, Science. 334(6059):1081-6.
Whitfield, J.F. 2009. “The Calcium-Sensing Receptor - A Driver of Colon Cell Differentiation”, Curr Pharm Biotechnol. 10(3):311-6.
Whitfield, J.F. 2009. “The Calcium-Sensing Receptor - A Driver of Colon Cell Differentiation”, Curr Pharm Biotechnol. 10(3):311-6.
Wächtershäuser, A., Loitsch, S. M., Stein, J. 2000. “PPAR-gamma is selectively upregulated in Caco-2 cells by butyrate”, Biochem Biophys Res Commun. 272(2):380-5.
Zhu, S. Y., Oh, H. S., Shim, M., Sterneck, E., Johnson, P. F., Smart, R. C. 1999. “C/EBP beta modulates the early events of keratinocyte differentiation involving growth arrest and keratin 1 and keratin 10 expression”, Mol Cell Biol. 19(10):7181-90.

APA	Banerjee S (2015). C/EBPβ’nın Caco-2 Hücre Farklılaşması Sürecinde İndüklenen Otofajideki Rolünün Anlaşılması. , 1 - 0.
Chicago	Banerjee Sreeparna C/EBPβ’nın Caco-2 Hücre Farklılaşması Sürecinde İndüklenen Otofajideki Rolünün Anlaşılması. (2015): 1 - 0.
MLA	Banerjee Sreeparna C/EBPβ’nın Caco-2 Hücre Farklılaşması Sürecinde İndüklenen Otofajideki Rolünün Anlaşılması. , 2015, ss.1 - 0.
AMA	Banerjee S C/EBPβ’nın Caco-2 Hücre Farklılaşması Sürecinde İndüklenen Otofajideki Rolünün Anlaşılması. . 2015; 1 - 0.
Vancouver	Banerjee S C/EBPβ’nın Caco-2 Hücre Farklılaşması Sürecinde İndüklenen Otofajideki Rolünün Anlaşılması. . 2015; 1 - 0.
IEEE	Banerjee S "C/EBPβ’nın Caco-2 Hücre Farklılaşması Sürecinde İndüklenen Otofajideki Rolünün Anlaşılması." , ss.1 - 0, 2015.
ISNAD	Banerjee, Sreeparna. "C/EBPβ’nın Caco-2 Hücre Farklılaşması Sürecinde İndüklenen Otofajideki Rolünün Anlaşılması". (2015), 1-0.

APA	Banerjee S (2015). C/EBPβ’nın Caco-2 Hücre Farklılaşması Sürecinde İndüklenen Otofajideki Rolünün Anlaşılması. , 1 - 0.
Chicago	Banerjee Sreeparna C/EBPβ’nın Caco-2 Hücre Farklılaşması Sürecinde İndüklenen Otofajideki Rolünün Anlaşılması. (2015): 1 - 0.
MLA	Banerjee Sreeparna C/EBPβ’nın Caco-2 Hücre Farklılaşması Sürecinde İndüklenen Otofajideki Rolünün Anlaşılması. , 2015, ss.1 - 0.
AMA	Banerjee S C/EBPβ’nın Caco-2 Hücre Farklılaşması Sürecinde İndüklenen Otofajideki Rolünün Anlaşılması. . 2015; 1 - 0.
Vancouver	Banerjee S C/EBPβ’nın Caco-2 Hücre Farklılaşması Sürecinde İndüklenen Otofajideki Rolünün Anlaşılması. . 2015; 1 - 0.
IEEE	Banerjee S "C/EBPβ’nın Caco-2 Hücre Farklılaşması Sürecinde İndüklenen Otofajideki Rolünün Anlaşılması." , ss.1 - 0, 2015.
ISNAD	Banerjee, Sreeparna. "C/EBPβ’nın Caco-2 Hücre Farklılaşması Sürecinde İndüklenen Otofajideki Rolünün Anlaşılması". (2015), 1-0.