Objective: In this study, we investigated the frequency of Epidermal growth factor receptor (EGFR) gene mutations, the level of EGFR mRNA and protein expressions in Turkish population for indicating substantial differences in the frequency of EGFR mutations, EGFR amplification and EGFR protein expression between populations and the effect of these parameters in response to EGFR tyrosine kinase inhibitors.Materials and Methods: The study included 34 patients with non-small cell lung cancers. The RNA and DNA were extracted from the normal and tumor side of the lung tissue removed by surgery. To investigate the most common mutations in the EGFR gene, exon 19 was sequenced and mutation specific PCR was performed for detecting the L858R mutation in exon 21. EGFR mRNA expression was measured by relative quantitative reverse transcription PCR. The EGFR protein levels were detected with immunohistochemistry methods from the sections of the patients’ paraffin blocks.Results: No EGFR mutation in exon 19 or L858R mutation in exon 21 were detected in the patients. Overexpression of EGFR gene mRNA was identified in 16 of 34 (%47) patients and overexpression of EGFR protein was detected in 15 of 34 (%44) patients. Statistical analysis was not significant for the correlation between sex, age, smoking, histopathology, pathological stage and overexpression of EGFR mRNA and protein.Conclusion: It was found that in Turkish population, EGFR mutation in exon 19 and L858R mutation were very rare, EGFR protein expression was similar and EGFR mRNA expression significantly increased compared to the literature. Markedly increased EGFR mRNA expression ratios in the absence of activating mutations showed that identifying the EGFR mRNA expression level for prediction of response to EGFR tyrosine kinase inhibitors might be significant in the Turkish population.
|
Aim: Hereditary angioedema is characterized with recurrent mucocutaneous angioedema, abdominal pain, edema of larynx andextremities. Dermal vascular thrombosis and systemic coagulation may occur in patients with hereditary angioedema due toinhibition of activated factor XII, thrombin and plasmin. Aim of this study was to screen patients with HAE for prothrombotic geneticrisk factors before treatment.Material and Methods: Ten patients with hereditary angioedema who were followed up at our clinic were included in our study. Thetype and frequency of attack, use of prophylaxis and family history of hereditary angioedema were questioned and prothromboticrisk factors were studied.Results: Among the 10 included patients, five of them were male (50%) and five were female (50%). Four patients had abdominaledema (40%), four patients had edema of hands, feet and face (40%). One patient (10%) had heterozygous factor V G1691A mutation,another one had also heterozygous protrombin G20210A mutation. The heterozygous methylene tetrahydrofolate reductase (MTHFR)mutation were identified in seven patients (70%) and homozygous MTHFR mutation were found two patients (20%).Conclusion: In patients with hereditary angioedema, evaluation of protrombotic risk factors was crucial to estimate attack frequencyseverityand treatment related thrombosis risk.
|
Objective: Hemodialysis (HD) requires a well-functioning temporary or permanent vascular access. Arteriovenous fistula(AVF) is frequently used in chronic kidney disease (CKD) patients for vascular access. Cytokines direct inflammation andimmune response. Inflammation is one of the prevalent risk factors in renal patients. Inflammatory cytokine gene polymorphismshave an effect on vascular access. Therefore, we aimed to investigate a cytokine gene, IL-1α -889 C>T, promoterpolymorphism in HD patients with and without AVF thrombosis.Materials and Methods: Eighty-one HD patients and 62 healthy controls were enrolled in the study. Polymorphism wasstudied using a polymerase chain reaction and restriction fragment length polymorphism. The Mann–Whitney U test andPearson chi-square analysis were used for statistical analysis.Results: There was no significant difference between the groups. However, the wild genotype was found to be much higherin the group without thrombosis compared to the thrombosis group (59.1% versus 48.6%). This difference was not statisticallysignificant. In the patients’ group, the heterozygous genotype was found to be more prevalent (37.8% versus 27.3%).Conclusions: Polymorphisms in the promoter region of the genes affect the transcriptional activity and also the gene products.According to our results, the IL-1α -889 C>T gene promoter polymorphism is not associated with a risk of thrombosisin HD patients
|
Objective: Myelodysplastic syndrome (MDS) represents one of the most frequent and serious hematologic diseases among the elderly. Chromosomal abnormalities have been detected in 23%-78% patients with MDS. We analyzed the cytogenetics of elderly MDS patients in Turkey. Materials and Methods: Data on patients (>65 years old) diagnosed with primary MDS from 2011 to 2013 were retrospectively collected from Erciyes University. Chromosome analysis was performed in 54 patients using conventional karyotyping and fluorescence in situ hybridization (FISH). Results: Of the 54 patients recruited, karyotype abnormalities were found in 8 (15%) of 54 cases, among which, 5 (9%) were Trisomy 8 and 3 (6%) were del 5q. Conclusion: The incidence of chromosomal abnormalities in elderly Turkish MDS patients was lower than that reported in the literature. Although the pathogenesis of MDS is still poorly understood, environmental and biological factors could induce mechanisms that are associated with diverse karyotypes and variable frequencies of chromosomal abnormalities.
|
Amaç: Otizm kompleks bir nörogelişimsel bozukluk olarak tanımlanmaktadır. Hastalık etiyolojisinde genetik bir taban olduğu bilinmektedir. Serotonin ve otizm arasında bir ilişki olduğu daha önce yapılan çeşitli araştırmalarla gösterilmiştir. SLC6A4 geni (SERT veya 5-HTT) serotoninin geri alımında önemli bir role sahiptir. Bu özelliğinden dolayı bu çalışmada otizm hastalarında SLC6A4 geninin ekspresyon düzeyi araştırılmıştır. Yöntemler: Erciyes Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk ve Ergen Ruh Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı'na ilk kez başvurup, yapılan değerlendirme sonrası DSM-V kriterlerine göre otistik spektrum bozukluğu (OSB) tanısı alan 34 hasta (26 erkek, 8 kız) ve sağlıklı 23 kontrol (16 erkek, 7 kız) çalışmaya dahil edilmiştir. Gruplardan alınan periferal kan örneklerinden TRIzol yardımıyla RNA izolasyonu yapılmıştır. SLC6A4 geni ekspresyonu Kantitatif Real-Time PCR (qRT-PCR) ile belirlenmiştir. Bulgular: SLC6A4 geni ekspresyonunun hasta grubunda kontrol grubuna göre istatistiksel olarak önemli ölçüde daha düşük olduğu bulundu (p=0,027). Sonuç: Hasta grubunda ekspresyonun düşük olması serotoninin geri alınımında bir bozukluk olduğunu düşündürmektedir. Elde edilen bu sonuçlarımıza göre genin ekspresyonunun aynı hasta grubunda genişletilerek çalışılması, özellikle genin metilasyon durumu ve genin ekspresyonunu etkileyen polimorfizmlerin de birlikte araştırılması gerektiği düşünülmektedir.
|
Objective: Endothelial nitric oxide synthase (eNOS) gene is a candidate gene in cardiovascular and renal diseases. Several polymorphic varia- tions have been identified in eNOS gene. We investigated a potential role of arteriovenous fistula (AVF) thrombosis and intron 4 and G894T polymorphisms in chronic renal failure. Methods: We performed a case-control observational study involving 79 with/without AVF thrombosis in chronic renal failure patients. All sub- jects were genotyped by the polymerase chain reaction (PCR) and PCR-Restriction Fragment Length Polymorphism. Genotype distribution and allele frequencies were compared between groups using the chi-square test. Results: Genotype frequencies in patients with thrombosis were not significantly different from those of patients without thrombosis for eNOS G894T polymorphism (p=0.1). eNOS gene intron 4 a allele distributions seems to be associated with thrombosis in the groups. Conclusion: This study revealed that there was an association between eNOS intron 4 polymorphism and thrombosis in chronic renal failure patients. This data will be helpful in planning further eNOS association studies in vascular access thrombosis.
|
Gülay BÖREKÇİ, Gönül ASLAN, Esin AYDIN, J. Mark FIANDACA, Henrik STENDER, M. Natuschka LEE,
YUSUF ÖZKUL , Gürol EMEKDAŞ
Gülay BÖREKÇİ, Gönül ASLAN, Esin AYDIN, J. Mark FIANDACA, Henrik STENDER, M. Natuschka LEE,
... Devamını oku
Mikobakterilerin hızlı ve doğru tanısı, günümüzde halen ciddi bir halk sağlığı sorunu olan tüberkülo- zun önlenmesi ve hastaların etkin tedavisi için önem taşımaktadır. Fluoresan in situ hibridizasyon (FISH) yöntemi, rRNA’yı hedef alan problar kullanılarak direkt klinik örnekler ve kültürlerden, karışık ortamdaki mikroorganizmaların birkaç saat içinde kesin ve doğru tanımlanmasına olanak sağlamaktadır. Bu çalış- mada, BACTEC MGITTM (Mycobacteria Growth Indicator Tube) pozitif kültürlerden mikobakteri türle- rinin tanımlanması için iki farklı FISH (Oligo-FISH ve PNA-FISH) yönteminin konvansiyonel yöntemlerle karşılaştırılarak rutin laboratuvar kullanımındaki tanısal performansının değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya, 60 MGIT (BD, ABD) pozitif ve 52 MGIT negatif kültür ile 10 farklı referans suş dahil edilmiş- tir. Oligo-FISH yönteminde, 16S rRNA’yı hedef alan oligonükleotid problar (Myc657: Mycobacterium subdivision, Eub338: Pozitif kontrol, NonEub: Negatif kontrol); PNA-FISH yönteminde ise 16S rRNA’yı hedef alan peptid nükleik asit problar (MTC: Mycobacterium tuberculosis kompleks, NTM: Tüberküloz dışı mikobakteri, BacUni: Pozitif kontrol) kullanılmıştır. Konvansiyonel yöntemler olarak, MGIT 960 kültür sis- teminin yanı sıra Ehrlich-Ziehl-Neelsen boyama (ARB) ve Löwenstein-Jensen (LJ) besiyerinde kültür yön- temleri uygulanmıştır. Çalışmaya alınan MGIT pozitif 60 (44 balgam, 4 doku, 4 idrar, 3 bronkoalveoler lavaj, 3 BOS, 1 apse, 1 periton sıvısı) kültürden 29 (%48.3)’u ARB ile, 44 (%73.3)’ü LJ kültür yöntemi ile olmak üzere toplam 59’u pozitif sonuç vermiş; bunların 58 (%96.6)’i MTC, 1 (%1.7)’i ise NTM olarak tiplendirilmiştir. Oligo-FISH ile izolatların %95 (57/60)’i Mycobacterium spp. olarak saptanırken, 3 (%5)‘ü negatif bulunmuştur. PNA-FISH ile 54 (%91.5) izolat mikobakteri olarak saptanmış ve bu izolatlardan 53 (%90)’ü MTC, 1 (%1.7)’i NTM olarak tiplendirilmiştir. Oligo-FISH ile pozitif, PNA-FISH ile negatif sonuç veren beş izolatın tanımlanmasında ise, PNA-FISH yönteminde yapılan minör modifikasyon ile pozitif sonuç elde edilmiştir. Oligo- ve PNA-FISH yöntemlerinin, MGIT pozitif kültürlerden mikobakterileri tanımlama süresi konvansiyonel yöntemlere göre daha kısa olup (2-2.5 saat), her iki FISH yönteminin konvansiyonel yöntemlere göre, PNA-FISH yönteminin de Oligo-FISH’e göre daha pratik olduğu sap- tanmıştır. Oligo-FISH yönteminin duyarlılık, özgüllük, pozitif ve negatif prediktif değeri sırasıyla, %96.6, %100, %100 ve %96.4 olarak belirlenmiş; bu değerler PNA-FISH için sırasıyla, %91.5, %100, %100 ve %91.4 olarak bulunmuştur (p< 0.0001). Yöntemlerin uyumluluğu kappa istatistiksel analizi kullanılarak belirlenmiş; her iki FISH yöntemi arasında ve her ikisi ile konvansiyonel yöntemler arasında mükemmel uyumluluk saptanmıştır (κ: 0.964, 0.929, 0.964; p= 0.001).
|
Amaç: Kalıtsal hemokromatoz, HFE geni ile ilişkili otozomal resesif geçişli bir hastalıktır. Tedavi gecikirse geri dönüşümsüz organ hasarlarına neden olabilir, bu nedenle erken teşhis önemlidir. Bu çalışmada, Orta Anadolu olarak isimlendirilen Kayseri ve çevresinde kalıtsal hemokromatoz hastalığının prevalansının belirlenmesi amaçlandı. Gereç ve Yöntem: Bu çalışmaya Erciyes Üniversitesi Tıp Fakültesi’nde Aralık 2005-Aralık 2006 tarihleri arasında, 17 yaş üzeri 2304 katılımcı (1220 erkek, 1084 kadın) dahil edildi. Transferin saturasyonları kandan ve ardından bir gecelik açlık sonrası kan numunelerinden değerlendirildi. Serum demiri ve total demir bağlama kapasiteleri çalışıldı ve transferrin satürasyonları hesaplandı. Bir gecelik açlık sonrası transferin satürasyon değeri, erkeklerde %50 veya daha yüksek, kadınlarda %45 veya daha yüksek tespit edilen kişilerin serum ferritin düzeyleri ve kalıtsal hemokromatoz gen çalışmaları yapıldı. Bulgular: Erkeklerde homozigot C282Y mutasyonu görülme sıklığı %0.08 (1/1220), heterozigot C282Y mutasyonu görülme sıklığı %0.08 (1/1220) hesaplandı. Kadınlarda heterozigot H63D mutasyonu görülme sıklığı %0.09 (1/1084) olarak hesaplandı. Genel popülasyonda homozigot C282Y mutasyonu görülme sıklığı %0.043 (1/2304), heterozigot C282Y mutasyonu görülme sıklığı %0.043 (1/2304) ve heterozigot H63D mutasyonu görülme sıklığı %0.043 (1/2304) olarak hesaplandı. Sonuç: Kayseri ve çevresinde kalıtsal hemokromatoz hastalığının görülme sıklığı %0.043 (1/2304) tespit edildi. Bu göreceli düşük oran nedeniyle toplum tarama çalışmalarının şu an için maliyet-etkin olmadığı düşünüldü.
|
Otistik bozukluk toplumsal ve iletişimsel sorunları yaşamları boyunca süren çocukları ve erişkinleri içine alan, özellikle erkeklerde (4:1) daha sık görülen yaygın gelişimsel bir bozukluktur. Yineleyici-sınırlayıcı hareketler dışında iletişim ve bilişsel gelişimde gecikme ya da sapma ile karakterizedir. Otizm etiyolojisinin bilinmemesine rağmen yapılan çalışmalar hastalığın oluşmasında genetik faktörlerin büyük rol oynadığını göstermiştir. Otistik çocukların kardeşlerinde otizm görülme riskinin sağlıklı bireylerin kardeşlerinden 30-150 kat yüksek olduğu tespit edilmiştir. Otizm üzerindeki son dönem araştırmalar genetik, beyin işlevleri, nörokimyasal ve immünolojik etkenler üzerine yoğunlaşmıştır. Bağlantı ve ilişki çalışmaları ile belirli kromozom bölgelerinde (2, 3, 7, 11, 15, 17, X kromozomları) anlamlı sonuçlar bulunmuştur. Otizm için bilinmeyenlerin ışığında ayırıcı tanıda yol gösterebilecek, tedaviye yanıtı öngörebilecek veya ölçebilecek biyolojik belirteçler saptanmasının önemi büyüktür. Bu derleme otizmin genetik kökeni hakkında kısa bir özet verilmesi ve otizme sebep olabileceği düşünülen genetik faktörlerin gözden geçirilmesi amacıyla yazılmıştır.
|
Behçet hastalığı dünyada ilk kez 1937 yılında bir Türk dermatolog olan Prof. Dr. Hulusi Behçet tarafından tekrarlayan oral aft, genital ülserasyon ve hipopiyonlu iridosiklitten oluşan ayrı bir antite olarak tanımlanmıştır. Bu sendroma 1947 yılında Behçet Sendromu, Morbus Behçet veya Behçet hastalığı(BH) denilmiş ve tıp literatürüne geçmiştir. Ailevi vakalar hastalıkta genetik faktörleri akla getirirken coğrafi dağılım ise çevresel etkenlerin rol oynayabileceğini düşündürmektedir. BH kronik zeminde akut ataklarla seyreden ve ataklar sırasında çok zengin sitokin salınmasının izlendiği bir hastalıktır. Çok sayıda proinflamatuvar sitokin, kemokin ve özellikle T helper 1 tipindeki sitokinlerin hastalık aktivitesi ile alakalı olduğu gösterilmiştir. Bizde bu yoldan hareket ederek Behçet hastalığında TNF-α -308(G/A) promotor polimorfizmini aktif, inaktif ve göz tutulumlu fazlarda araştırılmasını amaçladık. Dermatoloji ve Göz Hastalıkları Anabilim Dallarına başvuran 30 Behçet hastası ve 10 kontrolden 2ml EDTA’lı kan örneği alınarak, DNA izolasyonları yapıldı. DNA örneklerinden PCR-RFLP metoduna dayalı olarak gen polimorfizm çalışması yapıldı. ÇalışılanTNF-α -308(A/G) polimorfizmi ile Behçet hastalığı arasında bir ilişki bulunamamıştır. Özellikle Behçet hastalığının TNF-α geni -308(A/G) promotor polimorfizminin istatistiksel değerlendirilmesinde hasta sayısının artırılarak yeniden çalışmanın yapılmasıyla anlamsız bulunan promotor polimorfizminin anlamlı kılınabileceğini düşünüyoruz.
|
