Amaç: Koronavirüsler, Coronaviridae ailesine ve Nidovirales takımına ait olan zarflı, pozitif polariteli, tek iplikçikli RNA virüsleridir. İnsanlara ve diğer memelilere geniş ölçüde yayılmıştır. Pandemi; bir salgının belirli bir bölgenin dışına taşarak, büyük bir nüfusu etkilemeye başlaması olarak ifade edilir. SARS-CoV-2 virüsü de 2019 yılında başlayarak günümüzde bir pandemiye sebep olmuştur. COVID-19 tanılı hastaların bu tanılarına sekonder olarak eklenen bakteriyel enfeksiyonların hastalığın prognozunu kötü etkileyeceği düşünülmektedir. Bu çalışmada amacımız COVID-19 tanısı almış olan hastaların klinik örneklerindeki bakteriyel üremeleri ve antibiyotik duyarlılıklarını değerlendirmektir.
Gereç ve Yöntemler: Bu çalışmada 20.06.2020 – 31.12.2020 tarihleri arasında Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesine başvuran ve COVID-19 tanısı almış olan hastaların Mikrobiyoloji Laboratuvarına gönderilen örneklerindeki bakteriyel üremeler değerlendirildi.
Bulgular: COVID-19 tanısı almış 102 hastanın, kültür örneklerinden 215’inde bakteriyel üreme saptandı. Hastaların 61’i erkek (%59,8), 41’i (%40,2) kadın hastaydı. Bu hastaların üçü <18 yaş, yedisi 18-49 yaş, 31’i 50-64 yaş, 46’sı 65-79 yaş, 15’i ≥ 80 yaş aralığındaydı. Üremesi olan kültürlerin %60,4’ü kan, %18,6’sı idrar, %16,7’si trakeal aspirat, %2,32’si balgam, %1,86’sı beyin omurilik sıvısı (BOS) kültürüdür. Tüm örneklerde üreyen etkenler arasında birinci sırada %43,2 ile koagülaz negatif stafilokoklar (KNS ) yer alırken, ikinci sırada %9,3 ile Klebsiella pneumoniae, üçüncü sırada %8,83 ile Escherichia coli yer almıştır.
Sonuç: SARS-CoV-2 virüsünün yol açtığı COVID-19 viral enfeksiyonunun immün sistem üzerindeki etkilerinden dolayı sekonder bakteriyel enfeksiyonlara yatkınlık oluşturduğu düşünülmektedir. Şüphe duyulan hastaların sekonder bakteriyel enfeksiyon açısından değerlendirilip zamanında ve uygun tedavi verilmesi mortalite ve morbiditenin azaltılması yönünden katkı sağlayacaktır.
|
Amaç: Helicobacter pylori, insan gastrik mukozasına yerleşerek kronik gastrit ve peptik ülser hastalığına neden olan, MALT
lenfoma ve mide adenokanserinde risk faktörü olduğu tespit edilmiş bir bakteridir. Çalışmamızda dispepsi şikayeti ile gelen
hastaların gaitalarında H. pylori antijen sıklığı ile cinsiyet ve kliniklere göre dağılımlarının retrospektif olarak incelenmesi
amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntemler: 2016-2019 yılları arasında Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi poliklinik ve
servislerinden gönderilen gaita örneklerinde H. pylori antijeni varlığı retrospektif olarak değerlendirildi. Antijen
saptanmasında immünokromotografi esaslı, monoklonal antikorlar içeren üretici firma tarafından duyarlılığı %98,2 özgüllüğü
%98,4 olarak belirtilen CerTest (Biotec,İspanya) kiti kullanıldı. Verilerin istatistiksel analizinde Ki-kare testi kullanıldı.
Anlamlılık düzeyi p<0,05 olarak kabul edildi.
Bulgular: Çalışmaya dahil edilen 3349 gaita örneğinin 569’ unda (%16,9) H. pylori antijeni pozitif saptanmıştır. Yıllara göre
pozitiflik oranlarına baktığımızda en fazla 2018 yılında pozitiflik saptandı (%21,8) ve istatistiksel olarak anlamlı bulundu
(p<0,001). Yaş grupları ile karşılaştırma yapıldığında pozitiflik oranları arasında anlamlı farklılık bulundu (p<0,001). En
yüksek 40-49 yaş arasında pozitiflik görüldü (%23).
Sonuç: Çalışmamızda H. pylori sıklığı önceki yıllarda yapılan çalışmalardan daha düşük bulunmakla birlikte hala toplum
sağlığı açısından önemli bir problemdir. Maliyet etkin, kolay uygulanabilir test stratejileri ile patojenin erken tanı ve
tedavisinin sağlanması gerektiği düşüncesindeyiz.
|
Objective: Enterococcus spp. are widely found in enviroment and can cause diseases. Although the factors that explain its virulence have not yet been fully clarified, enterococcal surface protein (esp) has been associated with the ability of biofilm formation in both Enterococcus faecalis and the Enterococcus faecium. In our study, it was aimed to determine the vancomycin resistance status of E. faecalis and E. faecium species and to investigate the presence of esp gene which is thought to be related of with polymerase chain reaction and biofilm formation capacity by phenotypic methods. Methods: A total of 170 Enterococcus spp. (E. faecalis n = 85, E. faecium n = 85) isolates that were isolated from blood culture were included in the study. Species identification was performed using conventional and automated methods. Vancomycin susceptibilities of isolates were determined by Kirby-Bauer disk diffusion method. Biofilm formation was evaluated phenotypically by using Tube and Microtitration plate methods. In all isolates, the presence of esp gene which is associated biofilms was investigated by polymerase chain reaction (PCR) method. Results: When the vancomycin susceptibilities of the strains included in the study were examined, it was found that 14 of the E. faecalis isolates (16.5%) were moderately susceptible and 1 of them was (1.2%) resistant. And 29 (34.1%) of E. faecium isolates were found to be resistant. It was determined that 5 strains (5.9%) were formed biofilm by tube method. By microtiter plate method, 27 (31.8%) tested strains were determined positive for biofilm formation. The 5 isolates which were positive by tube method also found positive by microtiter plate method. All strains that were positive in both phenotypic methods were found to be E. faecalis. And 49 (57.6%) E. faecalis and 20 (23.5%) E. faecium strains were found positive esp. When the genotypic method was compared with phenotypic methods, 24 isolates which were found positive by microtiter plate method and 5 isolates which were found positive by tube method, were found positive for esp gene. Conclusion: According to these results, E. faecalis isolates are thought to have higher biofilm formation capacity than E. faecium. Furthermore, it is thought that the esp gene may be related to biofilm formation but the presence of esp alone is not sufficient for biofilm formation. New and comprehensive studies on the subject will be able to provide new and useful data on the role of biofilm formation in the virulence of enterococci.
|
Amaç: Stenotrophomonas maltophilia, toplum kökenli enfeksiyonlarda bildirilmiş olmakla birlikte, genellikle çoklu ilaç direncine sahip nozokomiyal bir patojendir. S. maltophilia’nın etkeni olduğu enfeksiyonların tedavisinde ilk tercih edilecek olan antibiyotik trimetoprim-sülfametoksazoldür. Hastanede yatan hastalarda solunum yolu, en sık izole edildiği vücut bölgesidir. Bakteri hakkında, plastik yüzeylere tutunabilme yeteneği sayesinde biyofilm oluşumuna neden olduğu bilinmekle birlikte, virülans faktörleri açısından nispeten az şey bilinmektedir. Çalışmamızın amacı, pulmoner ve ekstrapulmoner örneklerden üretilen S. maltophilia izolatlarının biyofilm oluşturma özelliklerinin karşılaştırılmasıdır. Yöntem: Çalışmaya 37 adet pulmoner, 41 adet ekstrapulmoner örnekten izole edilmiş olan toplam 78 adet S. maltophilia izolatı dahil edilmiştir. Suşların identifikasyonu Vitek MS otomatize sistemi (bioMérieux, Fransa) ile yapılmıştır. Ayrıca disk difüzyon yöntemi kullanılarak antibiyotik duyarlılık testi çalışılmıştır. Tüm izolatlar, mikrotitrasyon plak yöntemi ile biyofilm oluşturması yönünden araştırılmıştır. Örneğin pulmoner veya ekstrapulmoner olmasının biyofilm üretimi ile ilişkisi istatistiksel olarak incelenmiştir. Bulgular: Tüm izolatlar trimetoprim-sülfametoksazole duyarlı bulunmuştur. Toplam 78 S. maltophilia izolatının 68 (%87,2)’inde biyofilm oluşumu saptanmıştır. Pulmoner ve ekstrapulmoner örneklerden izole edilen S. maltophilia suşlarının biyofilm oluşturma yetenekleri sırasıyla; 35/37 (%94,6), 33/41 (%80,5) şeklinde bulunmuştur. S. maltophilia’nın üretildiği örneğin pulmoner veya ekstrapulmoner olması, biyofilm oluşturma özelliği ile istatistiksel olarak ilişkili bulunmamıştır. Sonuç: Çalışmaya dahil edilen tüm suşların önemli bir kısmının (%87,2) biyofilm oluşturduğu görülmüştür. Pulmoner örneklerdeki biyofilm aktivitesinin ekstrapulmoner örneklere göre oransal olarak daha fazla olduğu görülmektedir. Ancak pulmoner ve ekstrapulmoner örneklerden izole edilen suşlar arasında biyofilm oluşumu yönünden anlamlı bir fark saptanmamıştır. Ayrıca trimetoprim-sülfametoksazole karşı bir direnç gelişiminin söz konusu olmadığı görülmektedir. Bu konuda daha geniş kapsamlı yeni çalışmaların yapılması S. maltophilia’nın virülans mekanizmalarının daha iyi anlaşılmasına katkı sağlayabilecektir.
|
Amaç: Çeşitli yara tiplerinde oluşabilecek enfeksiyonlar günümüzde tıbbi açıdan önemini korumaya devam etmektedir.Çalışmamızda, 2015-2017 yılları arasında Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi MikrobiyolojiLaboratuvarı’na gönderilen yara yeri örneklerinden izole edilen mikroorganizmaların retrospektif olarakdeğerlendirilmesi ve antibiyotik direnç profillerinin saptanması amaçlanmıştır.Gereç ve Yöntemler: Laboratuvarımıza farklı kliniklerden gönderilen yara yeri örneklerinin klasik yöntemlerle kültürüyapılmıştır. Üreme gözlenen kültürlerden izole edilen suşların tanımlanmasında Vitek MS (BioMérieux, Fransa) veantibiyotik direnç durumlarının belirlenmesinde VITEK 2 (BioMerieux, Fransa) otomatize sistemi kullanılmıştır.Bulgular: Toplam 3820 izolatın 2487’sini (%65,1) Gram negatif bakteriler, 1281’ini (%33,5) Gram pozitif bakteriler ve52’sini (%1,4) mantarlar oluşturmaktadır. Yara enfeksiyonu etkenlerinin en sık izole edildiği klinik genel cerrahi(%20,8) olarak saptanmıştır. İzole edilen bakteriler içinde ilk sırada Escherichia coli yer alırken takibinde metisilinduyarlı Staphylococcus aureus (MSSA) ve Pseudomonas aeruginosa tespit edilmiştir. Enterobacteriacea türlerinin enduyarlı olduğu antibiyotikler amikasin, imipenem ve meropenem olarak bulunmuştur. P. aeruginosa ve Acinetobacterbaumannii izolatlarının en duyarlı olduğu antibiyotik kolistin olarak bulunmuştur. S. aureus suşlarının 145’i (%23,1) vekoagülaz negatif stafilokokların 82’si (%58,9) metisiline dirençli bulunmuştur. Glikopeptitlere karşı direnç tespitedilmemiştir.Sonuç: Günümüzde yara enfeksiyonları önemli bir sağlık sorunu olmaya devam etmektedir. Bu enfeksiyonlar farklımikroorganizmalar tarafından oluşturulabilmektedir. Ayrıca antibiyotiklere dirençli mikroorganizmalarda etken olarakkarşımıza çıkabilmekte ve tedavide güçlükler yaşanabilmektedir. Yara enfeksiyonu etkeni olan mikroorganizmalar vebunların antibiyotik duyarlılıklarının belirli zaman aralıklarında takip edilmesinin tedaviye ışık tutması açısındanönemli olacağı düşünülmektedir.
|
Objective: Autoimmune diseases occur as a result
of the immune response to self antigens and tissues
of the organism and the detection of autoantibodies
is very important in the diagnosis of these disorders.
Antinuclear antibodies (ANA) autoantibodies generated
against to nuclear/ cytoplasmic components of the cell
are important diagnostic criteria for connective tissue
diseases. Currently, a number of methods are available
for the detection of ANA. The gold standard method for
the detection of ANA is Indirect Immunofluorescence
Antibody (IIFA) assay using Hep2 (human laryngeal
epidermoid carcinoma). When positive results are
observed, Extractable Nuclear Antigen( ENA) tests follow
as a means of confirming the diagnosis. Identification of
the specific extractable nuclear antigens is warranted
because this may further differentiate between the
distinct types of autoimmune connective tissue diseases.
In this study, were analyzed retrospectively that ENA
test results in patients with positive ANA IIFA test.
Methods: Antinuclear antibodies were tested for a
total of 3000 patients admitted to various clinics of Ondokuz
Mayıs University Medical Faculty. Each serum sample
was studied at 1: 100 dilution in accordance with the manufacturer’s recommendations (Euroimmun AG, Lübeck,
Germany) and staining pattern with fluorescence intensity
was evaluated with immunofluorescence microscope. ENA
was investigated by immunoblotting method (Euroimmun
AG, Lübeck, Germany) in 640 ANA positive sera.
Results: Distribution of the patients included in the
study, 2192 (73.07%) were female and 808 (26.93%) were
male. 640 samples detected as ANA positive. When we look
at the distribution of ANA patterns in positive samples;
granular 173 (27.03%), granular and cytoplasmic granular
98 (15.31%), homogenous and granular 67 (10.47%) were
the most common. When the ENA profiles of the ANApositive
samples were examined, 557 (83.7%) were found
to be positive and 83 (12.97%) were negative. According to
our study, SSA (26.88%), SSB (17.81%), Sm / RNP (17.66%)
were the first three places in the ENA positivite.
Conclusion: Our ANA positivity rate was found
to be compatible with the literature. The pattern
distribution is similar to the data of our region. After
the first screening with IIFA, looking for different
antigens with the immunoblot test; not only it is a cost
effective approach;but also facilitate the diagnosis of
autoimmune diseases.
|
Amaç: Kolistin çok ilaca dirençli Gram negatif bakterilerin tedavisinde kullanımı artan antibiyotiklerden biridir.Duyarlılığının belirlenmesinde European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) tarafındanönerilen Mueller-Hinton buyyonda sıvı mikrodilüsyon (BMD) yöntemi altın standart olarak belirlenmiştir. Buçalışmada Vitek2 Compakt otomatize cihazının belirlediği duyarlılık sonucuyla BMD yönteminin sonuçlarınınkarşılaştırılması amaçlanmıştır.Gereç ve Yöntemler: Çalışmaya 126 Gram negatif izolat dahil edilmiştir. Bu izolatların kolistin duyarlılığı Vitek2Compakt otomatize sistemiyle belirlenmiş olup tüm örneklerin kolistin duyarlılığı BMD yöntemi ile de çalışılmıştır.Bulgular Otomatize sistemde 126 izolatın 16 tanesi kolistin dirençli olarak bulunmuştur (%12,7). BMD yönteminde126 izolatın 34 tanesi kolistin dirençli olarak bulunmuştur (%27). İki yöntem karşılaştırıldığında otomatize sistem içinkategorik uyum (KU) oranı %84,12, büyük hata (BH) oranı %1,09, çok büyük hata (ÇBH) oranı da %55,88 olaraksaptanmıştır. Otomatize sistem ile incelenen izolatların minimum inhibitör konsantrasyon değerleri (MİK50 ve MİK90)sırasıyla 0,5 μg/ml ve 16 μg/ml olup BMD yöntemi ile elde edilen sonuçların MİK50 ve MİK90 değerleri sırasıyla 0,5μg/ml ve 2 μg/ml olarak bulunmuştur.Sonuç: Otomatize sistem sonuçlarına bakıldığında dirençli izolat sayısının daha az olduğu görülmektedir. Bu sonuçlarile otomatize sistemde dirençli olan izolatların gözden kaçabileceği görülmektedir. Kolistin duyarlılığında EUCAST’ınönerdiği BMD yönteminin kullanılmasının gerekliliği ve otomatize sistemlerin beklentileri tam olarak karşılamadığı buçalışma ile vurgulanmıştır.
|
Amaç: Bu çalışmada, 2014 ve 2017 yılları arasında laboratuvarımızda izole edilen Mycobacterium tuberculosis kompleks izolatlarının antitüberküloz ilaçlara duyarlılıkları retrospektif olarak incelenmiştir.Gereç ve Yöntem: Tüberküloz ön tanısı ile gönderilen örnekler Ehrlich-Ziehl-Neelsen yöntemi ile boyanarak, mikroskobik olarak değerlendirilmiştir. Ayrıca Löwenstein-Jensen besiyeri ve BACTEC MGIT 960 (Becton Dickinson, ABD) otomatize kültür sistemine ekimleri yapılmıştır. Üreme görülen kültür tüplerinde Mycobacterium tuberculosis kompleks tanımlaması ve streptomisin, izoniazid, rifampisin, etambutol duyarlılıkları BACTEC MGIT 960 (Becton Dickinson, ABD) otomatize sisteminde çalışılmıştır.Bulgular: Çalışmaya 78 Mycobacterium tuberculosis kompleks izolatı dâhil edilmiştir. Her hasta için tek bir izolat çalışmaya alınmıştır. İzoniazid, streptomisin, rifampisine ve etambutole direnç oranları sırasıyla %2,3, %14,1, %3,8 %2,5 olarak saptanmıştır. Sadece rifampisine dirençli izolat saptanmamıştır. Hastaların %82’si tüm antibiyotiklere duyarlı olup, antimikobakteriyel ilaçlar içinde en yüksek direnç streptomisin için saptanmıştır.Sonuç: Çalışmamızdaki tekli ilaç direnç oranları ülkemiz 2017 tüberküloz raporu verilerine göre düşük olmakla birlikte, çoklu ilaç direnci nispeten yüksek olarak saptanmıştır. En yüksek tekli ilaç direnci streptomisine karşı saptanmıştır. Aktif sürveyansla direnç verilerin takip edilmesi önem arz etmektedir.
|
Amaç: Bu çalışma, Ondokuz Mayıs Üniversitesi Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı’nagönderilen Enterobacteriaceae izolatları belirlenip, bu ajanlara karşı oldukça etkili olankarbapenemlere karşı oluşan 3 yıllık süre içindeki antibiyotik direnç değişimi bulmak amaçlanmıştır.Yöntem: Laboratuvara 2015-2018 yılları arasında gönderilmiş olan klinik örneklerden izoleedilmiş toplam 11.264 Enterobacteriaceae üyesi izole edilmiştir. Klinik örneklerin %5 koyunkanlı agar ve EMB agar besiyerlerine ekimi yapılmıştır. Bakteri türlerinin tanımlanmasındaVitek MS (BioMérieux, Fransa) ve bakterilerin antibiyotik duyarlılığının belirlenmesindeVitek2 (BioMérieux, Fransa) Compact otomatize sistemleri kullanılmıştır.Bulgular: Çalışmaya, 13 Haziran 2015 ve 13 Haziran 2018 yılları arasında gönderilmiş olanklinik örnekler retrospektif olarak değerlendirilerek elde ettiğimiz toplam 11.264Enterobacteriaceae üyesinden 518 (%4.59)’inin karbapenem dirençli izolat olduğu belirlenmiş ve yıllara göre dağılımı belirlenmiştir. 2015’te direnç oranı %4.62, 2018’de ise bu oran%5.79’dur. İzolatların gönderildiği kliniklere ve örnek türlerine göre dağılımına bakıldığında,en yüksek sıklığın %71.62 ile Dâhiliye Servisinde ve %52.32 ile idrar örneklerinde olduğubelirlenmiştir.Sonuç: Çalışmamızda, karbapenem direncinin en sık olarak Klebsiella türlerinde olduğusaptanmıştır. Karbapenem dirençli izolatlarda amikasin direncinin yüksek olduğu görülmüştür. Direnç durumunun hastanelerde aktif sürveyansla takip edilmesi uygun tedavi seçeneğinin belirlenmesi açısından önem göstermektedir
|
Amaç: Campylobacter türleri insanda sistemik infeksiyon ve ishallerin önemli sebeplerindendir. Bu çalışmadaki amacımız Campylobacter üretiminisağlamak için uygun besiyerini araştırmak ve üretilecek bakterilere antimikrobiyal duyarlılık testleri çalışarak direnç profillerini tespit etmektir.Yöntem: Çalışmamıza 1 Mayıs-1 Ekim 2016 tarihleri arasında ishal yakınması ile başvuran hastalardan, mikrobiyoloji laboratuvarına kültür içingönderilen 405 gaita örneği çalışılmıştır. Campylobacter üretimi için Modifiye Charcoal Cephoperazone Deoxycholate Agar (mCCDA) ve Skirrowbesiyeri olmak üzere iki farklı besiyeri kullanılmıştır. Üreme görülen kültürlerdeki bakterilere konvansiyonel testler yapılmıştır ve Campylobacterşüpheli olanların Vitek MS ile tanımlaması yapılmıştır.Bulgular: İncelenen 405 dışkı örneğinin dokuzunda Campylobacter (%2,2) türü bakteri üremiştir. Bunların altısı Campylobacter jejuni, diğer üçtanesi ise Campylobacter coli olarak tanımlanmıştır. Elde edilen dokuz izolatın yedisi (%77,8) kan bazlı Skirrow besiyerinde üremiştir. Bu yediizolattan ikisi aynı zamanda kömür bazlı mCCDA besiyerinde de üremiştir. İki izolat (%22,2) ise sadece mCCDA besiyerinde üremiştir. İzole edilendokuz Campylobacter türü izolata EUCAST kılavuzunun önerileri doğrultusunda disk difüzyon yöntemiyle antibiyotik duyarlılığı çalışılmıştır. Testedilen antibiyotikler içinde eritromisin en duyarlı (%77,7), siprofloksasin ise en dirençli (%77,7) olarak bulunmuştur.Sonuç: Besiyeri olarak kan bazlı besiyerinin kömür bazlı besiyerine göre daha iyi üreme sağladığı görülmüştür. Antibiyotiklerden en duyarlı olarakbulunan eritromisin’in ilk tercih olarak kullanılması ve yüksek bulunan kinolon direncinin dikkate alınması gerektiği düşünülmektedir.
|
